关于洪门起源众说纷纭，最早可以追溯到祟祯十四年。崇祯十四年洪英偕门人南下改投明阁部史可法。其时史阁老正在扬州抵抗清军，命洪英到燕就侦察虚实。他一路联系抗清志士顾炎武。王夫之，博青主，黄梨洲等人，共同创建汉留组织，从事抗清活动。自史阁老在扬州殉难，洪英就来到了AH芜湖，投奔明将黄得功。黄得功战败以后自刎，部众溃散。洪英奔走招抚黄得功部下两万多人，继续武装抗清。但是由于由于双方兵力悬殊，屡战屡败，于祟祯十八年死于三汊河。
此后，洪英的儿子洪旭与洪英门人蔡德忠等又到杭州投奔明潞王，不料潞王降清，他们又投奔郑成功。祟祯十七年清兵占领南京，此后南方各地虽然继续有抗清武装，但是逐步被清军剿灭了。
顺治十八年，蔡德忠追随郑成功据守台湾。郑成功为了加强将士团结，开立金台山，明论堂，这就是洪门最早的山，堂组织。为了发展大陆上的反清秘密组织，郑成功派蔡德忠，方大洪，胡德帝，马超兴、李式开等化装到FJ兴化府莆田九边山少林寺投主持智通为僧，此五人在洪门被称为前五祖，所以世传洪门的祖师是和尚。
少林寺僧精于武艺，名闻全国，各地慕名而来习武者甚众，形成一个武艺传习所。康熙时，郑成功的侄子郑君达和妻子还有妹投居少林寺。曾率领僧众一百多人人组成僧军，应清廷招募，出征西鲁，凯旋而归，僧众并不居功，仍请回寺修道，清帝大加赏赐，除留用郑君达为总兵外，其余听任回寺。后清帝听信谗言，派兵围攻少林寺，由于内奸出卖，少林寺被焚，僧众逃出十八人，蔡德忠，方大洪，胡德帝，李式开，马超兴无人得以逃脱。
蔡德忠等人逃出少林寺后，中途遇清兵追捕。幸有吴天成、林大江等五位勇士掩护其逃脱，此五人在洪门中被称为中五祖。此后吴天成等人随同蔡德忠等逃至GD，途遇清兵追捕，又被惠州宝珠寺和尚吴天佑、洪太岁等五人救护脱险，此五僧洪门中称为后五祖。
后来蔡德忠等自GD经JX到达HB，其中万云山万云寺的主持万云龙和陈近南结义，共图反清复明。万云龙原是明潞王部将，在SD起义失败至此，陈近南是翰林院学士，HB人，因反对清帝焚烧少林寺，力谏无效辞官云游。雍正九年，曾在SC雅州组织汉留，开立精忠山，之后回至HB故乡，当他来到白鹤洞后，仍旧从事反清活动，把白鹤洞变成了一个反清义士聚集的场所。就在白鹤洞研究道教，自号白鹤道人。他同情少林寺僧众的遭遇，为图替僧众报仇，改装江湖算命先生，结交天下豪杰，途遇蔡德忠等，就迎至家中，把他们安顿在附近的下普庵红花亭。白鹤洞位于HB神龙架，重山峻岭，地势险要，易守难攻。这儿风光秀丽，白鹤翩翩，仙气很浓，故称白鹤洞。白鹤洞里面又有一洞，既深又宽，可容几百人。神奇的是洞里还有一个天然形成的亭子，里面有巨型红花开放，又称红花亭。陈近南经常组织各地的洪门义士在这里举行秘密会议，商讨反清大计。久而久之，陈近南便成了湖广一带的洪门主持人，这红花亭三字也成了洪门人士间开会两字的暗语。
雍正十二年，由陈近南主香，在红花亭同盟结义，以先来者为兄，后来者为弟。当时从各方来会者，有FJ的吴天成，方惠成，张敬之等，GD的吴天佑，吴廷贵，洪太岁等，JX的黄昌成，钟玉英以及明朝的遗臣志士。其中有个朱洪竹，据说是明祟祯帝的孙子，大家都以为他是明代正统，拥戴他为盟主，并以‘洪’字为结盟之姓，把洪字拆成‘三八二十一’，作为会中暗号。以‘红花亭’为兄弟出身之地，结盟日为兄弟诞生之日，这次集会称为‘洪家大会’，洪门的名称即由此而来，‘汉留’组织也由此演化为洪门团体。
洪门团体形成后，进一步组织军队，由陈近南统率，派苏洪光为先锋，宝珠寺僧吴天佑等五人为中军，勇士吴天成等五人为后备，由HB的襄阳进军，连战皆捷，但到了武昌，被清军于成龙所败，万云龙战死，朱洪竹失踪。陈近南不得已，退守襄阳，三月余不得进展，由是改变战略，分散部众，到各地自行开山立堂，以图日后发展，再行分合，临别时并以一诗作为日后相会时的证词，其诗词是‘五人分开一首诗，身上洪英无人知，此事传与众兄弟，后来相会团圆是。’
乾隆十四年，洪门GD惠州高溪庙集商量举义，其时陈近南已逝世。由吴天佑等五人主持。其后吴等相继去世，乃进由苏洪光主持。他改名天佑洪，定其组织为三合会，以天为父，以地为母，以日月为姐妹，取义是把天时，地利，人各三者合而为一。天佑洪率领三合军攻打清军，攻占不少名城，声震东南七省。后有明总兵周遇吉之侄周豪率部韩龙，韩虎，李昌国等先后来归，遂以史可法之侄史鉴明为军师，女侠关玉英为女军统领，尊朱洪竹为先皇，声势浩大，自襄阳起兵入蜀。其时清廷蜀督王春美看到三合军势大，难于正面抵御，就设计派其心腹符四，田七向三合军诈降，天佑洪误信为真，安置符四为三合会的四排，田七为七排，充当三合军的副军师。行至CQ与清军作战时，符四，田七在三合军内为清军内应，因之三合军内外受敌，遭致大败，天佑洪作战时为流矢所伤，全军溃退白虎山，符四和田七均被拿获处死，此后洪门中禁用四，七排，就是这个起因。
后来为了整肃内部，修改内章，订立三十六条，十禁，十刑等规律，建立严格的赏罚制度。不久天佑洪伤重去世，由苏洪宇，林烈统三全军继续抗清，边占数县，后被清军包围，关玉英往援战死，又以失败告终。适逢蜀督王春美调GD，苏洪宇晚间潜入督府把王春美刺死，本人在混战中被害。至此，林烈势孤力薄，难以维持，乃将所部遗散，改向全国各地发展，开山立堂，采取游击方式继续抗清，并把洪门组织推广到海外华侨社会。
嘉庆十一年，GZ开立‘筑青山’，主其事者为林怀明。次年，林在HN卫辉的起事，从狱中劫出会首李文成，当时曾有SD泰安的几个州县响应，其后又有林清在BJ起事，他本来与HN的会众约期共同行动，但因约期有误，林清先期约集了两百多人从宣武门入城，分头进攻东华门，西华门，并有太监作内应，但被宫内护卫发觉，林看形势不对，立即退走，事败。其后HN会众起事，亦告失利。会众不得已分散四方，HN各地的起义军始平息。
道光二十八年，FJ泰宁的郭永泰从渔人手中获得郑成功开山时订立的规律。这是郑成功的孙子郑克爽被清军围困紧急时，把规律和重要文书装入铁箱里沉于海底的。此后洪门中就把它称做海底，通用于各地的洪门团体。
洪秀全发动的太平天国运动，从道光三十年十二月金国村起义至咸丰三年攻破南京为止，原有三合会参加在内，同时各地三合会会众看到洪秀全起义胜利，了纷纷发动，如道光三十年间，两广三合会在各地起义，至咸丰四年占领了肇庆，佛山，东莞等地，GD省城几被包围。FJ方面，人众占领过厦门。SH方面，在咸丰三年九月，GD人刘丽川，FJ人李咸池等起义，攻战SH，他们的组织名为小刀会，属于天地会的一个支派，以后接受太平天国领导，到了咸丰五年，刘丽川在战斗中壮烈牺牲，县城始为清军所陷。
光绪十二年，三合会三千多人，在GD惠州府宁山起义，有石工四百多人人应援，不幸被清军击败。光绪二十四年，在三合会首领李立亭，洪振年在GX起义，除梧州，桂林外，席卷全省，活动是个多月，被清军镇压。
哥老会成立于清乾隆年间，原是三合会的又一名称，兴于HN及ZJ，长江沿岸各省次之，会员极众。
洪门在海外华侨中发展颇广，在南洋群岛及美洲都有组织。1893年孙先生在美国檀香山结识在三合会首领郑士良，由郑介绍参加洪门组织，此后改组致公堂，创建兴中会，开立大陆山，并派会员郑弼臣，陆皓东，陈少白等分赴各地联络江湖志士，进行革命活动。
光绪二十六年，兴中会，三合会，哥老会三方面首领集议于香港，合组兴汉会，公推孙先生为首领，至此洪门与孙先生的革命组织结合了起来。
