清史学界有关顺治的研究成果，较为一致的看法是顺治的确信佛、好佛，也有出家的念头，但正如史学大师陈垣先生所说：“顺治出家之说，不尽无稽，不过出家未遂而已。”
关于“顺治出家”之说，最早见之于清初有“诗史”之称的吴梅村之《清凉寺赞佛诗》，此诗共四首，长达100多句。后来一些文人学者在诠释该诗时，认为诗句影射顺治爱妃董鄂氏之死导致其“出家”一事。如诗句中说“王母携双成，绿盖云中来”，“可怜千里草，萎落无颜色”，句中“千里草”——草下千里重叠，是个董字，“双城”乃用《汉武帝内传》王母侍女董双成的故事，实际上都是影射顺治爱妃董鄂氏。而“八极何茫茫，曰往清凉山”，清凉山指的就是佛教圣地五台山，意思是说顺治逊位出宫云游至五台山为僧。在蔡东藩的《清史演义》里写道：“顺治帝经此惨事，亦看破世情，遂于次年正月，脱离尘世，只留重诏一张，传出宫中。”此外，还有《清稗类钞》、《清代野史大观》等书中均有关于顺治帝因董鄂妃去世而削发出家的故事。后来，康熙又多次陪奉母后游巡五台山，遂更有顺治出家五台山、康熙来此寻父之说。据说清圣祖康熙亲政后，曾经以进香为名，多次到五台山看望顺治，希望顺治能回到宫中，但是顺治不为所动。康熙有诗哀悼：“又到清凉境，巉岩卷复垂。芳心愧自省，瘦骨久鸣悲。膏语随芳节，寒霜惜大时。文殊色相在，惟愿鬼神知。”其中悲恸之情跃然纸上。又有传说康熙年间，两宫西狩，经过晋北，地方上无法准备御用器皿，却在五台山上找到了内廷器物，这似乎又是顺治出家的佐证。
针对上述各种顺治出家的传说，孟森在其《清初三大疑案考实》之二《世祖出家事实考》中，以大量翔实的史实考证，顺治虽然好佛，但其的确死于天花，并未离宫出家。
顺治笃于宗教信仰，最早是受到天主教的影响。顺治八年（1651），大学士范文程引见居住在北京的耶稣会教士、钦天监监正汤若望，这位传教士因学识高深很快获得了幼龄君主顺治的好感和敬仰，又因孝庄文太后曾认汤若望为“义父”，所以顺治尊称汤若望为“玛法”，即“爷爷”之意。汤若望利用讲授知识谈论政务的机会，竭力向顺治灌输天主教教义，一定程度上影响了顺治的性格和思想。
顺治十四年（1657），可能是由于太监们的鼓励和怂恿，20岁的顺治召见佛教高僧憨璞聪，从此对佛教产生了浓厚的兴趣，而渐渐疏远了天主教。据有关佛教典籍，如《憨璞语录》、《续指月录·玉林琇传》、《玉林年谱》、《北游记》等记载，自是而后，南方高僧玉林琇、茚溪森、木陈忞、玄水杲先后应召至京，在宫中论经说法，大谈佛理。顺治曾封玉林琇为“国师”。并请玉林琇为自己起了法名“行痴”，号“行痴道人”。他在玉林琇等高僧面前自称弟子，以示尊敬。他曾说：“愿老和尚勿以天子视朕，当如门弟子旋庵相待。”印章亦有“尘隐道人”、“痴道人”等称号。
顺治十七年（1660）八月，董鄂妃突然病死后，顺治痛不欲生，万念俱灰。为哀悼董鄂妃，他五天不理朝政。没过多久，又亲自给礼部下了一道圣旨，特意采用追封的方法，给董鄂妃加封谥号“孝献庄和至德宣仁温惠端敬皇后”。董鄂妃死后，顺治的心也随之而去，正可谓：“维将竟夜长开眼，报答平生未展眉。”然而即便是这样，仍然不能缓解顺治心头的悲懑，终于萌发了遁入空门的念头，他命茚溪森为其削发，决心出家。幸亏玉林琇抵京，闻知此事，命人取来柴薪，欲烧死他的弟子茚溪森，加之孝庄文太后竭力劝阻，才使顺治勉强答应重新蓄发留俗。
对此，著于康熙十九年的《续指月录·玉林琇传》说：“玉林琇二次到京（时为顺治十七年，第一次到京为十五年），闻其徒茚溪森为上剃发，即使众聚薪烧森。上闻，遂许蓄发，乃止。”而《玉林年谱》则载：“十月十五日，到皇城内西苑万善殿，世祖（顺治）就见丈室，相视而笑。”顺治再次申明想要出家的意愿，经玉林琇力劝，顺治才作罢。所谓“相视而笑”，则是因为一个光头皇帝见到一个光头和尚的缘故，因为顺治虽允蓄发，此时尚未长起，便觉可笑。在《汤若望回忆录》内有这样一段话：“此后皇帝便把自己委托于僧徒之手，他亲手把他的头发削去，如果没有他理性深厚的母后和若望加以阻止时，他一定会充当了僧徒的。”以上几则史料表明，顺治十七年八至十月间，清帝顺治决意出家，并剃了头发，但出家未遂。
顺治十八年（1661）正月初七日，顺治因患天花病死在养心殿，距董妃之死仅半年。二月初二日，顺治梓宫移至景山寿皇殿，停放百日之后于四月十七日，由与顺治关系密切的高僧茚溪森主持，在寿皇殿前焚烧火化。第二年五月，顺治的“宝宫”——骨灰坛，由辅政大臣等护送，与董妃的“宝宫”（董妃于死后“三七”火化）一同葬入遵化清孝陵。
关于顺治火化，首先，《清圣祖实录》载：顺治十八年（1661）四月十七日，“上（指康熙）诣世祖章皇帝（即顺治）梓宫前，行百日致祭礼。”康熙元年正月初七日，“上诣世祖章皇帝宝宫前，行期所致祭礼。”“康熙二年四月辛酉，奉移世祖章皇帝宝宫往孝陵。”这里，康熙所祭者分别为“梓宫”和“宝宫”，从中可知宝宫所藏已非梓宫原来之尸体，而是尸体焚化后的骨灰。所谓宝宫，其实就是一个骨灰罐。《五灯全书》引“茚溪语录”，其中有“世祖遗诏召师，至景山寿皇殿秉炬”之语，即指茚溪森主持火化，他是四月十六日到京的。“茚溪语录”还有他当时为顺治秉炬的一偈是：“释迦涅槃，人天齐语，先帝火化，更进一步，大众会么？寿皇殿前，官马大路。”
由此可断定，顺治死后火化毫无疑问，这也就证明了他未曾出家。至于清朝帝王中为何只有顺治火化，是因当时才入关十几年，仍遵循满族故土先祖火化之旧俗。抑或是因顺治好佛，而僧人圆寂后需火化，故清廷为这位“行痴”皇帝举行了佛法所崇的火葬葬仪，还是二者兼而有之，这里姑且不论。目前清史学界较为一致的看法是顺治确实信佛、好佛，也有出家的念头，但正如史学大师陈垣先生所说：“顺治出家之说，不尽无稽，不过出家未遂而已。”
