四月十三日，清军抵达辽河。明山海关总兵吴三桂遣人至清军，报告农民军攻陷北京的消息，并向清军乞援，当此形势突变之时，多尔衮显示了惊人的应变能力。他没有丝毫迟疑，而是立刻改变策略，接受了临行前大学士范文程的建议，把农民军当成主要敌人。他又征询洪承畴的意见，洪承畴除同意范文程的建议之外，还着重指出，应派先遣官宣布，这次进军的目的，就是为了扫除逆乱、消灭农民军，有作内应及立大功者，将破格封赏。为了争取时间，应计算里程，精兵在前，辎重在后，限以时日，直趋北京。
十九日，清军到达翁后，吴三桂再次派遣副将杨坤致书多尔衮。多尔衮正式复信吴三桂，表示对“崇祯帝惨亡，不胜发指”，声称这次出兵的目的是：“率仁义之师，沉舟破釜，誓必灭贼，出民水火。”并且一定要做到“唯底定中原，与民休息而已”，明确表示要统一中国才肯罢休。同时又拉拢吴三桂说：“伯（吴的爵位）思报主恩，与流贼不共戴天，诚忠臣之义，勿因向守辽东与我为敌，尚复怀疑。伯若率众来归，必封以故土，晋为藩王。国仇可报，身家可保，世世子孙，长享富贵。”俨然以全国最高统治者自居。以这封信为标志，清政权彻底改变了打击目标，由反明改为进攻李自成农民军。
四月二十一日，清军一昼夜行军二百里，至昏黑时在距山海关15里处安营。当天，李自成亲率二十余万大军到达山海关，将吴三桂部包围于关城之内，并开始了夺关激战。吴三桂自知不敌，屡屡遣使向清军告急。多尔衮与多铎、阿济格计议后，仍不敢轻信吴三桂，故当夜清军“披甲戒严，夜半移阵”。李自成与吴三桂激战的隆隆炮声彻夜不止。
二十二日凌晨，清军进迫吴门五里许，吴三桂见清军至，遂炮轰大顺军，率诸将十余员直驰清营，拜见多尔衮。多尔衮在军前将吴三桂晋爵为平西王，树立了一个给明朝降将加官晋爵的样板。多尔衮令吴三桂先行，开关迎降，多铎与阿济格分率劲兵驰入关门，多尔衮自统大军继入。复以吴三桂作右翼先发，出关敌李自成。李自成自知边兵强劲，成败在此一举，挥军与吴三桂死战，但清军却蓄锐不发。及午，多尔衮见吴三桂不支，乃命三吹角，三呐喊，派多铎、阿济格率铁骑数万从三桂阵右出，直冲敌阵，发矢数巡后，但见刀光闪烁。是时狂风大作，一阵黄埃自近而远，直扑大顺军阵，农民军败溃。仅一食之顷，战场空虚，积尸相枕，弥满大野。是役，刘宗敏负重伤，李自成收败兵急忙退回北京。
在李自成大军被击溃之后，多尔衮下令关内军民皆剃发。并谕令全军，“今入关西征，勿杀无辜，勿掠财物，勿焚庐舍，不如约者罪之。”又在进军途中四处张贴安民文告：“义兵之来为尔等复君父仇，非杀尔百姓，今所诛者唯闯贼。官来归者，复其官；民来归者，复其业。”这就完全改变了以往清军数度入关到处烧杀抢掠的野蛮做法，使得关内的官兵百姓纷纷归顺。这样，清兵每日奔行一百二三十里，未遇任何抵抗，五月初一日便到了通州。在这前一天，李自成已满载辎重，放弃北京，向西撤去。
五月二日，明朝的旧官出北京朝阳门外五里，以帝王之礼迎接多尔衮。多尔衮升座武英殿，正式接受明朝降官降将的拜谒。
进入北京之后，多尔衮的同母兄阿济格提出，“初得辽东，不行杀戮，故清人多被辽民所杀。今宜乘此兵威，大肆屠戮。”这个建议遭到了多尔衮的断然拒绝。多尔衮继续采纳汉官范文程、洪承畴等人的建议，不失时机地采取了一系列笼络明朝士人的措施，为崇祯帝发丧，以帝礼葬之。同时将周后、袁贵妃、熹宗张后、神宗刘贵妃等，“丧葬如制”。改变对明王室的态度，规定“故明诸王来归者，不夺其爵”。有一个明廷宗室来投诚，受到欢迎，后来还让他作了保定知府。表彰明朝“殉难”诸臣，照旧录用故明各衙门官员，对一些有影响的人还加以重用，如冯铨、陈名夏等明朝降官，都任命为大学士或尚书，对降官穿戴明朝衣冠也暂不加限制。七月，山东巡抚朱朗嵘向他请示，新补官吏能不能仍以纱帽圆领的明朝官服“临民莅事”，多尔衮说，目前军事方殷，衣冠礼乐未遑制定，近简各官，姑依明式，对明陵采取保护措施。八月，派大学士冯铨“祭故明太祖及诸帝”，又“以故明太祖牌入历代帝王庙”，还规定“明国诸陵，春秋致祭，仍用守陵员户”。申严军纪，取悦百姓。
当时，多尔衮把多数清军留在城外，“凡军兵出入城门者，有九王标旗方得出入”。规定“军兵出入民家者，论以斩律”。对于清军中一些违反禁令者，则“悉置重典”。所有这些做法，都是为了收买人心，即范文程说的：“治天下在得民心。士为秀民，士心得，则民心得矣。”事实证明，这些办法确实起到了笼络明朝士大夫和安定民心的作用。当时随清军入关的朝鲜人就指出，“九王入关之初，严禁杀掠，故中原人士无不悦服”。这对清朝统一中国有着很大的影响。
清军入关后，对于清朝应否建都北京，要不要统一中国等问题，在满洲贵族内部有着激烈的争论。当时，由于到处是战火，漕运不通，北京一带“公私储积，荡然无余，刍粮俱乏，人马饥馁”。而这时的关外则是“禾稼颇登”。因此，八旗官兵“皆安土重迁”，对于立即移居北京多有怨苦者。在这内外交困的时候，五六月间又谣言四起，“有讹传七八月间清兵东迁者”，“将纵东兵肆掠，尽杀老壮，止存孩赤”。在这种形势下，多尔衮的同母兄八王阿济格就主张，将诸王留下来镇守北京，而大兵或者还守沈阳，或者退保山海关，这样才无后患。对于这样一个直接关系到清朝命运的战略问题，多尔衮非常坚定，他驳斥说：既得北京，“当即徙都，以图进取”中原，统一中国。特别是在目前人心未定的情况下，更不可弃而东还，动摇人心。他坚定表示：“燕京乃定鼎之地，何故不建都于此而又欲东移？”
为了安定民心，六月间多尔衮明确宣布建都北京，并派遣辅国公屯齐喀、和托、固山额真何洛会等，去迎接幼主福临。他还反复宣谕说：“民乃国之本，尔曹既诚心归服，复以何罪而戮之？尔曹试思，今上（福临）携将士家属不下亿万，与之俱来者何故？为安燕京军民也。昨将东来各官内，命十余员为督、抚、司、道等官者何故？为统一天下也。已将盛京帑银取至百余万，后又转运不绝者何故？为供尔京城内外兵民之用也。”这既是对京师人民而发，也是对八旗内部的军民而发。他以破釜沉舟的决心，决计建都北京，以统一中国。这对中国以后的发展进程产生了极为深远的影响。
九月，福临入山海关，多尔衮率诸王群臣迎于通州。福临到北京后，马上封多尔衮为“叔父摄政王”，并为他“建碑纪绩”。多尔衮的同母兄阿济格、弟多铎也都升为亲王，济尔哈朗则仅被封为“信义辅政叔王”。至此，摄政王只有多尔衮一人。
十月一日，福临在北京“定鼎登基”，宣告“以绥中国”，“表正万邦”。从此，清王朝把统治中心从关外转移到关内，在统一全国的道路上又前进了一步。在这个历史大转折的关头，多尔衮是实际上的最高统治者和决策人。
兴利除弊统一全国
清朝定鼎北京后，多尔衮在政治、经济等各方面，又采取了一系列措施，以缓和民族矛盾和阶级矛盾，巩固清王朝的统治。
明末“三饷”（辽饷、剿饷、练饷）数目之多，已为明朝政府正常赋税的数倍，实是明末最大的苛政。这种无休止的加派，使得明末人民处于贫困交迫之中，人民对加派恨之入骨。清军入关后，有人建议清朝也按明末的数字进行加派，遭到多尔衮的反对。他在顺治元年十月下令，革除三饷及正税之外的一切加派。于是，每年赋税减少了数百万两，穷困已极的人民得以缓一口气。这是清入关后最得民心的一条措施。
多尔衮另一个重要举措就是反对贿赂。多尔衮对明末广行贿赂的恶劣作风严加斥责。顺治元年六月，他在《谕众官民》中说，“明国之所以倾覆者，皆由内外部院官吏贿赂公行，功过不明，是非不辨。凡用官员，有财之人虽不肖亦得进；无财之人虽贤亦不得见用”，“乱政坏国，皆始于此，罪亦莫大于此”。因此，他责令：“今内外官吏，如尽洗从前婪肺肠，殚尽效力，则俸禄充给，永享富贵；如或仍前不悛，行贿营私，国法俱在，必不轻处，定行枭首。”因此，当时的一些汉官都认为，“王上（多尔衮）新政比明季多善，如蠲钱粮，严禁贿赂，皆是服人心处”。这使得清初的吏治比较清明。
明末太监势力极为猖獗，除操纵朝政外，对一般百姓迫害亦甚。当时宫廷中的宫女多达九千人，内监更多至十万人。清入关后，太监的势力仍然很大。当年七月，太监照旧例到京郊各皇庄去催征钱粮。多尔衮认为这样“必致扰民”，没同意这样做。八月正式下令，不准太监下去征收，而改为地方官征收，这是对太监势力的第一次打击。对太监的第二次打击是，禁止太监朝参。本来，明熹宗以后，每值上朝，太监也要着朝服参加。清政府迁北京后，这种制度并无改变，每遇朝参，太监总行礼在文武诸臣之前。顺治二年（公元1645年），多尔衮批准礼部的奏请，规定上朝时“内监人员概不许朝参，亦不必排列伺候”。经过这两次打击，太监在宫廷政治和经济上的势力大为收敛。
剃发问题也是清入关后的一个大问题，它是清朝统治者执行的民族政策之一。早在努尔哈赤时，汉族及其他各族人民凡是投降满洲的，都要以剃发作为标志。清兵入京后，多尔衮仍以剃发与否“以别顺逆”。但他很快发现，“剃头之举，民皆愤怒”。于是，在进京的当月，多尔衮就改变前令，宣布“自兹以后，天下臣民照旧束发，悉从其便”。在剃发问题上作了暂时让步，这使清朝在攻下江南重颁剃发令以前，在一定程度上缓和了同北方汉族人民的矛盾。
另外，多尔衮对当时北方农民军和各地人民的反抗，采取大力招抚的政策，下令各地方官，按能否招抚农民军将士定各官之功劳。对投降的农民军将士，则委以不同的官职。顺治元年六月，顺天巡抚柳东寅见“流贼伪官一概录用”，认为很不妥当，主张“慎加选择”一番。多尔衮则说，“经纶之始，治理需人，归顺官员既经推用，不可苛求”。多尔衮这个政策对于瓦解农民军起到了一定的作用，河北、山东、山西等地，很快被招抚平定，使刚入关的清政权有了一个较为稳定的后方。
以武力统一全国是多尔衮既定的方针。然而，当时李自成的大顺军和张献忠的大西军都很强大。明福王朱由崧刚刚在南京建立的南明弘光政权，集合江淮以南各镇的兵力，仍有五十万之众，并且雄踞长江天险。而清军入关时，满洲、蒙古、汉军八旗，总共不过二十万人。清军要在辽阔的中国腹地同诸多对手作战，兵力不足，并且会顾此失彼，很可能陷入腹背受敌的境地。
多尔衮审时度势，根据柳寅东的建议，制订了统一全国的作战部署，先怀柔南明政权，集中力量攻击李自成农民军，这样做可以达到一箭双雕的目的。第一，证明多尔衮宣称的清得天下于“流贼”的口号，正付诸军事行动，以便得到汉族地主阶级的广泛支持。第二，便于清军集中主力各个击破敌人，避免两面同时作战，从而取得政治上和军事上的主动地位。
确定了作战部署之后，多尔衮命英王阿济格经土默特、鄂尔多斯，由绥德攻击西安；命豫王多铎在攻打江南之前，也顺道追击大顺军。
与此同时，多尔衮实施对南明的迷惑工作。他传檄江淮等地说：有不忘明室，辅立贤藩，戮力同心攻“贼”，共保江左者，也在情理之中，我不禁止你们。但是应当通和讲好，不负我朝，要永记我们替你们复仇灭寇之恩，共同发展睦邻之谊。这就给弘光政权造成一种错觉，好像清朝准备同南明搞南北分治，只打农军民，而不再进攻江南。南明果然放松了对清的警惕，不但不抵抗清兵，反而派出使臣，携带大量金银绢缎，到北京与清谈判，幻想效法宋朝故事，以每岁贡银十万两为条件，向清求和。福王还幻想联合清军，共同镇压农民军。
随着军事上不断取得进展，北京日趋稳固，多尔衮便对南明亮出了自己的真面目。顺治元年七月，他在致南明大学士史可法的信中，令福王“削号归藩”。他说：“如果不削号，那便是天有二日，就是我大清的劲敌。这样，我将拨出西征的精锐部队，转旗东征。现在是兵行在即，可东可西，南国的安危在此一举。”这是威胁弘光政权投降。十月，又发布檄文，严申“擅立福王”是“王法所不赦”，定将问罪征讨。同月，南明使臣陈洪范、左懋第、马绍瑜抵达北京。多尔衮有意贬低他们，下令说：“陈洪范经过地方，有司不必敬他，让他自备盘费。”清廷收纳陈洪范等所带银十万两、金千两，蟒缎二千六百匹，而待之以藩属朝觐之礼，将福王的“御书”视为“进贡文书”。大学士刚林奉多尔衮之命严询南明使臣：“尔福王奉何人之命僭位？”当堂朗读檄令，历数“擅立福王之罪”，宣布“旦夕发兵讨罪”。在压力下，陈洪范变节，将江南的实情泄露给清。十一月，陈洪范请回江南策反南明诸将降清，并请扣留另外两名使臣。多尔衮依计而行，立刻遣人将这一新情况告知带兵在外的多铎。
多尔衮顺治元年十二月，多铎率清军在潼关与大顺军激战近月，重创大顺军。顺治二年正月十八日，清军攻占西安。二月，多尔衮接到多铎“克定全省”的捷报，立刻命令他，“初曾密谕尔等往取南京，今既破流寇，大业已成，可将彼处事宜，交与靖远大将军英亲王等，尔等相机即遵前命，趋往南京”。又责成阿济格率吴三桂等，追击大顺军。五月底，阿济格追击大顺军于湖北通山县，李自成在九宫山遇害。顺治二年四月，张献忠在四川凤凰山与豪格率领的清军相遇时，不幸牺牲。此后，大顺军、大西军余部继续抗清。
顺治二年四月十五日，多铎率大军抵达扬州，明大学士史可法死守。二十五日城破，史可法死于难。扬州城经历了空前浩劫，清军大肆屠戮，史称“扬州十日”。五月六日清军渡江，弘光政权军队不战而溃。十四日，清军占领南京，福王逃往太平，很快被俘，弘光政权的大批文武官员及二十余万军队投降，清军继续向南方各省进军。
清军占领南京，很快把自己的统治扩展到长江中下游地区。但是，由于当时清军再度强迫人民剃发，激起了江南人民的强烈反抗，清军继续统一南方的行动受到阻挠。在这个紧要关头，多尔衮又灵活地改变了策略。顺治二年七月间，他以“大兵日久劳苦”为名，把南方人民最恨的多铎召回北京，而改派福建籍的大学士洪承畴“招抚”江南。他要利用洪承畴在南方汉族地主阶级中的影响，来“节制”南京、江西、湖广等地区，进一步消灭刚刚建立的唐王政权和鲁王政权。在洪承畴临行前，多尔衮称他为自己“心爱之人”，鼓励他“此行须用心做事”，并特铸“招抚南方总督军务大学士印”，授权他“便宜行事”。
