为了变法的成功，谭嗣同已经随时做好了赴汤蹈火、流血牺牲的准备。当时，谭嗣同等维新派在湖南推行的变法工作，遭到破坏，几乎全部停顿。面对朝野内外强大的顽固势力对维新事业的阻挠和扼杀，谭嗣同感受到在中国实行变法的艰巨性和必要性，因而在进行和平改革遇到破坏时，他又开始寻求用武装斗争的手段改造中国的途径。
哥老会是清朝具有反清性质的秘密团体，成员来自手工业工人、破产农民、退伍军人和游民，他们的首领称“袍哥”。据记载，湖南是哥老会组织的重点活动地区，约有12万会员，他们崇尚刚正侠义，经常袭击劫夺豪强及贪官污吏的不义之财，而相约不侵扰平民。哥老会组织的特点及其反清宗旨，使谭嗣同为之向往。因此，谭嗣同与唐才常决定按照毕永年提供的线索，联络大江南北的哥老会与散兵游勇，在其内部设立自立会，作为哥老会的领导核心，准备在时机成熟的时候，使这支反清力量发挥作用。并准备在京结纳有志之士，作为接应。
1898年6月11日，光绪皇帝颂布“定国是诏”，决定变法。此后，侍读学士徐致靖于6月13日上奏折向光绪皇帝推荐谭嗣同与康有为、张元济等。认为谭嗣同具有超绝的天才和无可比拟的学识，忠心爱国，勇于担当重大的事情，不躲避艰难，不畏惧别人的攻击和怀疑，在朝廷中可以任命为参谋之官，在地方可以为皇上冲锋陷阵、制敌取胜。如果谭嗣同等被皇上重用，以备皇上咨询参与新政或在学堂工作，使他们任教，或开办译书局，让他们从事翻译工作，一定能做得恰如其分，轻而易举，很快地显现出实效来。奏折当天上奏，光绪皇帝当天就有上谕令“送部引见”。谭嗣同接到上谕后，感到光绪皇帝决意变法维新，中国的改革有了希望，国事大有可为，自己的理想就要付诸实现了。他兴奋得彻夜未眠。但这时的谭嗣同头脑是十分清醒的，他知道光绪皇帝宣布变法，只是表明变法的开始，今后的道路会更艰难，面临更大的阻力和考验。离行前，他再三嘱咐妻子李闰，要“视荣华如梦幻，视死辱为常事，无喜无悲，听其自然”。在给时务学堂学生的留言中，他引用佛经上“我不入地狱，谁入地狱”之意，写下了“我不病，谁当病者”的话，从而表明谭嗣同时刻准备为变法献身的勇敢精神。
在湖南新政蓬勃发展的时候，康有为、梁启超等人为宣传变法维新思想，阐发改革主张，劝说光绪皇帝赞同变法做了大量工作，取得了显著的成就。
在1896年至1897年初，以康有为为代表的维新派知识分子为了“去塞求通”，有助于发现和铲除社会弊端，创办了一系列报刊，这些报刊成为宣传维新变法思想和主张，批判并回击封建顽固派的阵地。比较著名的有徐勤等主编的上海强学会机关报《强学报》（上海），梁启超任主笔、汪康年任总经理的《时务报》（上海），章太炎任撰述的《经世报》（杭州），章太炎主笔的《译书公会报》（上海），夏曾佑创办的《国闻报》（天津）。这些报刊如雨后春笋般地纷纷问世，在中国是史无前例的。
与报刊相呼应的是谭嗣同主持的南学会、时务学堂等全国各地的学会、学堂。在谭嗣同、康有为、梁启超、严复等维新志士的宣传、组织和影响下，出现的学会和报刊，不但打破了清朝统治者对结社的禁令，在城市知识分子和士绅中初步形成建立民主性团体的风气，更重要的是在不同程度上宣扬了救亡图存的爱国主义精神，传播了西方社会政治理论和自然科学的新知识，培植了平等、自由的思想，从而为变法维新运动扩大了社会基础。维新派自己创办的学会和报刊，联系了一批具有民主意识和变革志向的知识分子，这是中国国内最早形成的一支自觉的民主力量。在这支力量的带动和影响下，全国议论时政的风气已经形成，封建的传统思想和顽固守旧的社会风气受到了巨大的冲击。
1898年1月29日，康有为呈递了《应诏统筹全局折》（上光绪皇帝第六书），请求光绪皇帝正式确定维新变法政策，选拔人才，改革中央政权机构。在这次上书中，康有为再次申述变法的重要性，批驳顽固派对变法维新的种种责难。光绪皇帝对这个奏折非常满意，把这个奏折放在御案上，每天都要浏览，对于世界各国胜败兴衰的原因更加明了，光绪皇帝实行变法的志向更加坚定。
康有为除给光绪皇帝上书外，又于4月在北京发起组织以救亡图存为号召的保国会。保国会以“保国、保种、保教”为宗旨，在北京、上海设立总会，各省、府、县设立分会。在保国会的影响下，保浙会、保川会、保滇会相继成立。保国会的出现，为后来的百日维新作了直接准备。
自1895年公车上书以来，资产阶级维新思想得到广泛传播，维新派的力量不断壮大。北京、上海、湖南、天津以及广东等地的维新运动普遍高涨，维新派已创办了3000多所学会、学堂、报馆、书局，从而为百日维新奠定了思想基础和组织基础。到1898年春夏之交，变法与反变法，以及与此密切关联的帝党与后党之争日趋激烈。处于无权地位的光绪皇帝，不愿做亡国之君，颇想有所作为。
光绪皇帝，即爱新觉罗·载恬，是道光皇帝的孙子，同治皇帝的从弟。同治皇帝早夭无子，慈禧太后为了继续垂帘听政，于1874年择立年仅四岁的载恬入继大统，是为光绪皇帝。光绪皇帝在位期间，封建统治集团内部，在皇帝和慈禧太后周围逐渐形成两股势力，产生了帝党和后党的权力之争。
1889年，19岁的光绪皇帝举行“大婚典礼”，按照清代制度，此后皇帝应该“亲政”，慈禧太后不得不宣布“归政”，退居颐和园，但要政还须请示她。她仍掌握着清政府的内外大权。光绪皇帝经历了1883—1885年的中法战争和1894—1895年的甲午中日战争的失败，感触很深。他在甲午战争时是主战的，本想借对日战争的胜利来提高自己的政治地位，不料中国遭到惨败，丧权辱国，割地赔款。战后财政非常困难，北洋海军全军覆灭，淮军所剩无几。而人民的反抗，如西北的回民，四川余栋臣和山东、湘赣的会党（大刀会、哥老会）的武装暴动，给予清政府严重的威胁。加上帝国主义掀起的瓜分危机，都使光绪皇帝十分忧惧。为了巩固清朝的统治权，必须重练海军，重理财政，这就使他倾向于改革，通过改革从慈禧太后手中夺得实权，改变国家衰弱的局面。经过康有为等人多次上奏书催促，加上帝党官员与维新派的积极活动，光绪皇帝决定利用不断高涨的维新运动来实施变法。
谭嗣同接旨赴京，途经湖北时，突然生病，不能立即赴京。光绪皇帝电催“迅速来京，毋稍迟延”。于是，谭嗣同抱病动身，于8月21日到达北京，住进宣武门外的浏阳会馆。浏阳会馆与康有为住的南海会馆相隔不远，二人常常相互蹉商、研究如何推进变法运动。
9月5日，谭嗣同觐见光绪皇帝，表达了自己的政见。光绪帝对他很欣赏。光绪皇帝在特许康有为专折奏事并任命他任总理衙门章京上行走后，于谭嗣同觐见的当天便下令破格授予谭嗣同、杨锐、林旭、刘光第等为四品卿衙，军机章京上行走，参预新政。
第二天，光绪皇帝召见谭嗣同，皇帝表示，他早就要图谋富强，不愿别人骂他是“昏君”，“没有办法，太后不允许变法，又有满洲各大臣总是说要守祖宗之成法”，他“自己的确束手无策”。又叮嘱谭嗣同，凡“所欲变者，俱可随意奏来”，他“必依从”。
谭嗣同等军机四卿的具体工作是阅览全国臣民的奏折、上书，并拟出处理办法，“凡事关新政者，每令拟旨，大军机不与闻”，谭嗣同等也不向他们通告。军机处是清政府的中枢决策机构，一切国家的重大决策，包括人事任免，都由该处官员参与制订和决定。谭嗣同等成了光绪皇帝推行新政的心腹参谋。
为了报答光绪皇帝的信赖，也为了实现自己挽救民族危亡的政治抱负，谭嗣同悉心尽力地工作。谭嗣同考虑到康有为提出的变法措施（包括替别人所写奏折中提出的）还必须补充更为切合现实的新内容，所以他在9月12日为光绪皇帝拟了一道值得注意的谕旨，指出目前所进行的各方面改革并不是“崇尚新奇”，而是为了使“赤子”得到“康乐和亲”。中国处于“各国环处，陵迫为忧的局面，不吸取西人的长处，便不能发展我们已有的长处”，而“不肖之官吏，与守旧之士大夫”却不明了这个道理，“相互鼓励谣言，使百姓疑惑而惊恐”，必须切实纠正，“以成新政，以强中国”。在这里，谭嗣同强调变法主要是“为民立政”（他所说的民，是指民族资产阶级），必须认真从西方资本主义国家的政治学说中汲取那些经济上和文化上能充分体现“民”的利益的东西，从而使中国摆脱帝国主义的欺凌，进而跻于富强国家之列。这表现了他比较鲜明的资产阶级民主观和爱国思想。
从6月到9月，康有为本人或代其他官员起草的变法奏折50多件，大部分被光绪皇帝采纳，并以上谕形式发布全国。
明官国是变法失败
变法触犯了以慈禧太后为首的顽固派的利益，遭到他们的激烈反对。废除八股取士，使举国守旧迂谬之人，失其安身立命之业，自是日夜相聚，阴谋与新政为敌。撤并政府机构和裁汰冗员，将使大小官僚连带关系因之失职失业者将及万人。令旗人自谋生计，更引起惯于寄生生活的八旗子弟及守旧势力的仇视。以慈禧太后为首的从中央到地方的封建顽固势力，从变法法令下达之日起，就极力进行阻挠和破坏。对光绪皇帝的一系列关于变法和新政的诏谕，除了手无实权的某些开明帝党官员表示支持，湖南巡抚陈宝箴能认真执行，湖北巡抚曾铄也比较热心之外，其他各省督抚则观望敷衍，甚至抵制。如两江总督刘坤一和两广总督谭钟麟，对谕令筹办之事，竟无一字复奏，经电旨催问，刘坤一声称“部文未到”，谭钟麟则置若罔闻。光绪皇帝虽然也谕令奖励陈宝箴，斥责刘坤一和谭钟麟，但新政在绝大多数省份仍然不能推行。因此，光绪皇帝关于变法的许多诏谕，大都成了一纸空文。而阴险狡诈的慈禧太后集团，从新政一开始，就加紧布置，准备反扑。
“明官国是”诏书颁布后4天，即6月15日，慈禧太后迫使光绪皇帝在一天之内连发3道谕旨：第一道是下令免去光绪帝师傅翁同龢的军机大臣和总理衙门大臣等职务，驱逐回籍。翁同龢本系支持变法的帝党首领，他的被革职，无疑是对光绪皇帝和变法运动的沉重打击。第二道谕旨规定，凡授任新职的二品以上官员，必须到皇太后面前谢恩。已经“归政”的慈禧太后，照例不再召见大臣。这一违反常规的举动无疑是要重新控制光绪皇帝，抓住朝廷用人大权，阻塞光绪皇帝与破格重用维新派和支持变法的帝党官员的渠道。第三道谕旨是任命慈禧太后的亲信荣禄署理直隶总督。不久又实授荣禄统帅北洋三军，即董福祥的甘军，聂士诚的武毅军和袁世凯的新建陆军，并加文渊阁大学士衔（军机大臣及内外名官之资望特重者，授大学士作为荣典）。于是荣身兼将相，权倾举朝。同时，慈禧太后又广布心腹，把北京城内外和颐和园的警卫权牢牢抓到自己手里。
面对慈禧太后的一连串打击，9月4日，光绪皇帝下令将阻挠礼部主事王照上书的礼部尚书怀塔布、许应骙，侍郎堃岫、徐会沣、溥頲、曾广汉等六人全部革职。同时授王照三品顶戴，以四品京堂候补。9月5日，光绪皇帝又破格任命谭嗣同等军机四卿，加紧推行新法。9月7日，把阻挠新政的李鸿章等人逐出总理衙门。
光绪帝的这些反击措施，更加激起了慈禧太后的恼恨，下决心扑灭新政，于是不断派人去天津与荣禄密谋策划。京津一带盛传10月间慈禧偕光绪皇帝去天津阅兵时发动政变，废掉光绪。
