1938年3月29日至4月1日，国民党在武昌召开临时全国代表大会。大会在增强抗战力量、整饬领导机构的幌子下，确立了国民党的领袖制，以蒋介石为总裁，汪精卫为副总裁，蒋介石为全党的领袖。大会根据所谓领袖与“细胞”呼应要灵敏的原则，抗战中要加强防谍、防汉奸、巩固后方治安的任务，决定成立两个特务机关，一个是以中央组织部调查处为基础，把特工总部包括进去的国民党中央党部调查统计局；一个是以复兴社特务处为基础加以扩大的军事委员会调查统计局。蒋介石认为徐恩曾和戴笠资望不足，分任两个局的副局长，负责实际工作，由国民党中央秘书长朱家骅和侍从室主任贺耀祖分别兼任两个局的局长。国民党全国代表大会制定的路线虽然是片面抗战的路线，毕竟反映了抗战的愿望；当时国家的现实又是国共合作共同抗战的现实，因此，国民党中央调查统计局关于自身任务的规定中，就把日伪调查、党政调查、党派调查并列了。徐恩曾这个顽固地坚持反共的特务头子，生怕特务们因此而不再卖力反对共产党，他在中统局成立后，一有机会就向喽啰们讲解：“反共，消灭共产党，是我们的历史任务”，“抗日是我们临时的次要的任务，反共是我们长期的基本的第一位的任务”。“为着我们的发展前途，只有集中力量消灭共产党，否则我们将死无葬身之地”。到1939年1月，国民党召开五届五中全会时，徐恩曾和中统局的几个骨干分子濮孟九、梁辅丞、王思诚等共同炮制的《防制异党活动办法》就出笼了。国民党五届五中全会以后，《防制异党活动办法》和《异党问题处理办法》、《处理异党实施方案》、《沦陷区防范共产党活动办法草案》、《陕甘两省防止异党活动联络办法》等一系列文件陆陆续续秘密地发了下去。这些文件提出；要在军事、党政和行政方面，采取各种措施，取消陕甘宁边区政府和各抗日民主根据地的政权；严禁第十八集团军的发展；取缔共产党的抗日民众运动及其组织的抗日群众团体，禁止共产党进行抗日宣传和传播共产主义思想，不许共产党办的报章杂志、书店及印刷所等继续存在；派遣“忠实党员”打入共产党各级组织和共产党领导的各种群众团体及游击部队，进行各种破坏活动；加强国民党各级党部，“策动全体党员，从事共产党活动防范之调查监视等工作”；利用中统局在各地的情报网和特工人员，运用保甲组织，“使各阶层民众，皆在本党领导之下”，“以杜绝共产党活动之机会”。因为国民党反动派做贼心虚，在抗战中不敢明目张胆地搞分裂活动，在它的秘密文件中还指出：“制裁共产党，要运用民众方式，党政机关避免直接出面，尤其避免党派斗争之痕迹”，“注意技巧，避免正面冲突”；“地方务求严紧，中央可示宽大”；“政府秘密策动，借资缓冲”。这些文件下达后，全国各地的反共事件屡屡发生，抗战期间国民党在全国连续掀起三次反共高潮。徐恩曾他们首先炮制《防制异党活动办法》，对国民党反动派说来是有重大功勋的。
在国民党中央搬往重庆以后，在徐恩曾的直接指导之下，中统局在重庆设立了实验区，专在重庆市搞反共反人民的勾当。他们在周恩来同志的住地曾家岩50号附近和红岩村八路军驻渝办事处住地和化龙桥《新华日报》社附近，设立了长期的、日夜不间断的监视哨。对《新华日报》的出版发行千方百计地进行破坏。
抗战期间，中统对积极抗战的共产党组织，进行了多方面的破坏。徐恩曾一直认为不解气。他要求在国民党统治区采取放长线钓大鱼的策略，对共产党的组织做彻底的破坏，对中共南方工委的破坏，就是在他这种思想指导下进行的。当时中统在江西的特务组织有两个：一个是以章智仁为主任的调查统计室；一个是以冯琦为处长的特种工作办事处。特种工作办事处，建制属于省政府，活动同样属于中统局，在徐恩曾指导下，1941年初，江西中统特务组织逮捕了中共江西省委电台的一个报务员，他们不肯就此停手，继续深入追查，扩大线索，又破坏了中共江西省委组织，他们还不停手，又通过叛徒，以江西省委电台与中共南方工委的电台联系，逐渐地摸到了南方工委电台的线索。这时，中统特务章智仁和冯琦发生了争论：章要求立即破坏中共南方工委电台，再进一步破坏中共南方工委，免得中间出问题；冯主张继续深入，暂时不动，待中共南方工委情况弄清后再彻底破坏。官司打到中统局，徐恩曾决定：继续隐忍，继续深入，务求掌握整个情况，要做到一网打尽，彻底破坏，非到万不得已时不动手。他还指定经验丰富的庄尚之具体负责这件事，在徐恩曾的指导下，冯琦还伪造了中共中央有人到来等假情况，与中共南方工委联系。一直拖到1942年春夏间，由于中共江西省委被捕的两个人突然逃跑，中统怕机密泄漏，才急急忙忙派遣特务在乐昌逮捕了廖承志和张文彬等。
特务们秘密把廖承志等关到江西泰和马家洲集中营，想迫使他叛变，让叛徒郭潜(后改名郭乾辉)前往劝降。廖承志同志知道郭潜叛变后，痛骂郭潜说：“叛徒，可耻的叛徒！你不配跟我讲话！滚！滚！滚！滚出去！”他们劝降失败，就用非常恶劣的手段折磨他。廖承志在极端严酷的监禁生活中，横眉冷对国民党的威胁利诱，始终坚贞不屈，他将“任凭弱水三千，我只取一瓢饮”写出挂起来，以表示自己的决心。
徐恩曾破坏中共南方工委后，利用叛徒郭潜和涂振农等，继续扩大线索，在广东、广西、湖南等省进行了一系列的逮捕和搜查，前后逮捕了近千人。蒋介石因此而对徐恩曾大加表扬，还发给特务们一大笔奖金。
与朱家骅争权而被撤职
自从国民党临时全国代表大会决定成立国民党中央调查统计局，让朱家骅兼任中统局局长，让徐恩曾任副局长负责实际工作以后，徐恩曾既高兴，又有些不自在。高兴的是特工总部这个私生子有了着落，有了合法地位，可以免去手下那群喽啰整天叫唤“我们像小老婆养的一样”了。不自在的是，从特工总部成立以后，基本上一直是他当家做主，现在头上又来了个婆婆朱家骅。朱家骅虽然也属CC系，却素以戴季陶、张静江为靠山，从而得宠于蒋介石。朱对二陈虚与委蛇，实际上貌合神离，骨子里不买陈的账。特别是他曾担任过北京大学地质系教授，广州中山大学副校长、代校长，南京中央大学校长。武汉国民党临时全国代表大会推选蒋介石为总裁，汪精卫为副总裁以后，是蒋介石为了牵制汪精卫才安排朱家骅为中央执行委员会秘书长的，并且在文件中明确规定，秘书长为专任职，承总裁命令与中央执行委员会或常务委员会之决议，掌握一切事务，是国民党内很有权势的人物。徐恩曾真怕朱家骅傲视一切，抓取中统的实权。
朱家骅和国民党的其他官僚有所不同，上任以后劲头颇足，喜欢揽事找事。此人在上层虽然关系不少，但下面缺少实力，所以一旦有了中统局长这个职务，就很想借机会把这个有雄厚基础力量的全国性庞大特务组织抓将过来，发展自己的势力，使自己也能够组成一个独立的派系。因此，一上台就行使他的权力。
国民党中央决定把首都搬往重庆以后，徐恩曾一时来不能到重庆来，朱家骅在重庆就连电催徐，跳着脚骂人。徐恩曾解释说原特工总部的人大部分还在武汉、衡阳，路途遥远，交通困难，来到重庆颇费时日，中统机关不宜马上建立。朱家骅则不管三七二十一，独自做主，陆陆续续安排了干部。在他安排的干部中，有的是从外边拉来的亲信，有的是原来即在中统但不为徐重用的人，有的是已经成了军统骨干分子的朱的学生，弄得徐恩曾非常恼火。特工总部原主任秘书濮孟九前边被调走，朱家骅后边就安排他的亲信刘次箫接任这个要职。何培荣曾是朱家骅任浙江民政厅长兼杭州警官学校校长时的学生。当时以政治特派员身份在校负责的是军统头子戴笠，何在校时即加入戴笠的特务组织，抗战后又任戴笠系统的重庆警察局督察长，因此得到朱的赏识。朱便安排他为四川省调查室主任，使他掌握了中统在一个重要省份里的事务。此外，陈介生做特经处长，郑尧柈做统计处长，也都是朱家骅安排的。局内专员室，安排有大批职位较高的专员，朱的人差不多占多一半。徐恩曾在特工总部时期，为赶走叶秀峰的心腹，培育自己的势力，花了很大的气力，现在朱要对他下手，他哪里肯善罢甘休？
但是朱家骅是国民党中央秘书长，大权在握，特别是经费，必须经过朱的批准才能拿到手。因此，徐恩曾虽然很生气，却不敢和朱闹翻。他不得已而采取的手段是，公开场合尽量应付朱家骅，背地里搞一些大大小小的名堂。朱的人做特经处长、统计处长，徐就安排他的亲信做副处长。徐的人不搞业务，专门监视朱的人的活动，打小报告。在中统局内部，徐还多方制造对朱的不满空气。当时徐派的人经常相互间唠叨：“我们出生入死辛辛苦苦地打天下，你们坐享其成，一来就是高位、高薪、高待遇！”有时还指名道姓地嘀咕。在实际工作中，徐的人经常对朱的人采取不合作主义。朱的人多是新来乍到，对一些事情不明究竟，问到徐的人时，有的不理睬，有的反问对方：“你是领导，为什么问我们？”有几位原来的科长，还消极怠工，请假不上班。朱家骅为了笼络人心，缓和同徐派人的矛盾，取得国民党中央的同意，于1939年冬、1940年春给全体中统人员发委任状，明确实职。开始，徐派的人串通一气，来了个“不予接受”，弄得朱家骅颇为难堪。朱家骅无奈，拖着徐恩曾给大家做工作。后来，经过一番周折，对委任办法做了若干修改，比如，总干事以下一律给予调查员名义等，事情才算了结。
最使朱家骅恼火的一件事是，一次，朱家骅想和中统局的全体人员见见面，准备做一次训话。在徐向大家介绍朱局长时，台下竟有人故意起哄，有的呼叫：“喂，站在上边的是谁呀，怎么不认识啊！”朱家骅为此满面怒容悻悻而去。从此以后，很长时间他不到局里办公。但是，朱并不肯就此给徐恩曾顺气丸吃，他吩咐主任秘书刘次箫，代他处理局内一切事务，重要问题直接向他请示。他把私人图章交给亲信高越天，必要时代他盖章，有意把徐恩曾晾在一边。过了一个时期，刘次箫觉得处在朱、徐斗争的漩涡里，很难办事，便离开了中统局。刘走后，朱把私章取回来，但是他向徐说明，他是局长，局内的事情必须由他签字才能生效。差不多就在这个时候，朱安排的特种经济处长陈介生，自以为有靠山，为给朱出气，故意不听徐的指示，弄得徐恩曾下不了台，徐呼叫要派行动员扣押陈介生，陈不得已而辞职。
在这个时期，徐、朱矛盾达到顶点。徐提出的文件、报告，朱或故意刁难，或阅而不办；徐推荐的人，朱不予同意，或者干脆改为自己的人。徐恩曾无奈，又改变策略，主动提议把与朱有私人关系的李超英调任特经处长，知道朱爱打网球，便投其所好，把中统局住地川东师范的网球场加以修理，旁边摆上茶几、藤椅、汽水、三炮台香烟等，约朱前来打球。并且有意安排自己的亲信陶蔚然等陪朱打球。朱很虚荣，即使打球，也是胜则兴高采烈，败则多方责难。徐因此而吩咐陶等故意输球，以换取朱的高兴；并且吩咐下属，乘朱高兴时把需要请朱批核的文件送上去，请朱核批。徐恩曾一边布置人这样做，一边在办事人员真的送文件要朱核批时，又装做生气的样子说什么：“局长在休息，以后专门送去审批么，为什么拿到这！”朱则说：“不要紧，拿来吧！”打开文件夹，并不细看就签字。朱并不是不知道徐在耍手段，他认为徐既然表示低头，也就有意地使矛盾缓和了。但是，这并不能从根本上解决两人的权势之争，特别是徐的背后还有二陈，如果朱将中统据为己有，中统将成为朱另树一帜的重要资本，这对二陈说来是绝对不能答应的。所以在朱、徐斗争中，二陈早就向蒋介石奏了一本，要求调开朱家骅了。
据说，1939年11月20日国民党五届六中全会决定朱家骅改任组织部长，秘书长由叶楚伧继任，背后就有二陈的动作。但是朱家骅接任组织部长后，赖着中统局长的职务不辞，叶也不好伸手要。1941年4月2日，国民党五届八中全会决议由吴铁城任秘书长后，朱仍不辞中统局长之职。但这时朱已没有了财权，中统局的经费无须朱来批准，徐对朱的态度，就不像以前那么顺从了。这时徐恩曾为了窃取经济部长的职务，把他的亲信顾建中从广东盐务部门调来中统局，并通过二陈保荐顾充任副局长的职务。在顾的委任还没有下来时，徐已授权顾建中代理了他的工作，徐的人也就以副局长称呼顾建中了。朱家骅在这种情况下，为给徐、顾制造难堪，故意称顾为“秘书”。差不多发生这些事情的同时，中统局来了一个曾经在陕西担任国民党省党部书记长的人，名叫郭紫峻。郭诡计多端且有野心，他到中统局的目的就是要窃取实权。他一来就发现朱、徐之间的矛盾，想加以利用。他得知徐恩曾想提拔顾建中任副局长而不提他时，为徐的行为不能容忍，便秘密地投到朱的门下，献计献策，说东道西，尽量拆徐的台，一时间颇得朱的赏识。后来，朱既不同徐商议，也不向徐通消息，径自向蒋介石保荐郭紫峻出任中统局副局长，并且得到了蒋介石的批准。这一来，使一向视中统局为个人囊中物的徐恩曾成了三个副局长中的一个。朱家骅对这一招非常得意。
徐恩曾虽然是三个副局长中的一个，由于他在中统局里亲信多，势力雄厚，特务们还是听从他的。顾建中是徐的人，是老中统，在中统局内也有基础。郭紫峻虽然当了副局长，和徐、顾相比，在中统内实力要差一些。郭紫竣为了改变这种状况，也曾表示过向徐靠拢，徐却视郭为异己。
在1941年底，蒋介石安排徐恩曾做交通部政务次长以后，他进一步挤入行政院阁僚之列的野心就迅速地膨胀起来。尽管蒋介石在提出升他时召见过他一次，向他讲得很明白，派他做交通次长是希望他在全国范围的交通方面也布置一个完整的调查网。并且警告他：中统是基本，交通是中统思想的发展，任何时候都要把主要精力放在中统方面，不要因为当了次长放松了中统方面的工作。徐恩曾当时虽然也诺诺连声，想的完全是另一回事。他认为，既然蒋介石提拔他，就是看中了他，他应该趁此机会更加效忠于蒋介石，干出一点名堂来，以飞黄腾达。
