邓在训练团任上校总教官，只穿军服，见了将军们就得行礼。团政治部主任孙伯骞原是邓的部下，如今邓要向孙“立正”、“报告”。同事们见后，在背后都笑话他。由于邓的忍气吞声，守规矩，既勤快又无架子，再加上有贺衷寒等人的暗中支持，大家对邓的印象逐渐好起来。1938年，经贺等人的举荐，邓任中央军校政治部主任，蒋未加反对。
邓上任后，招揽了不少名流学者，编辑出版了《黄埔周刊》、《黄埔季刊》、《黄埔丛刊》，自以为又可以为所欲为了。岂不知蒋对他余恨未了，在一次活动中故意让他当众出丑。同年秋，中央军校十五期第一总队在成都举行毕业典礼后，蒋亲自主持，蒋在大操场边走边巡视，邓也跟在后边。蒋骤然回头对邓说：“你处处跟着我走，是否觉得漂亮些？我不愿意看到你这副嘴脸，你给我滚下去！”当时邓在全校师生和众多来宾面前受到如此奇耻大辱，真是无地自容，待典礼一完便气冲冲地跑回家去了。
邓的家在成都少城三条巷，妻子李白坚正因难产住院(几天后就去世了)，邓因要陪蒋参加典礼而未与妻子见面，却未料到蒋给他当头一棒。邓意外受辱，恼羞成怒，回家后痛哭流涕，决心用“军人魂”剑自杀。恰巧当晚军校教官袁觐贤去看他，见此情形，百般劝说：“校长不是别人，他对你爱极恨深，总有一天会回心转意的。”邓气愤地高声说，“我连王八都不如，还做什么人！”他呻吟了很久，气也逐渐消了。次日，邓照常到校办公，一点牢骚也没有。
1939年4月，邓文仪被授予少将军衔。9月，任三青团中央干事会干事、宣传处副处长。1940年，蒋介石任命邓文仪为第三战区司令长官部政治部主任，协助顾祝同工作。顾祝同时任第三战区司令长官，他城府极深，尽管与邓文仪既有上下级之分，又有师生之谊，但由于邓文仪是蒋介石的红人，所以政治部的大事小事一概由邓定夺，他并不过问。因此，邓文仪便为所欲为了。
邓文仪一到第三战区，就施展其反共本领。他首先整顿了战区的“前线日报”，将一批进步人士逐出报社，在他的把持下，该报经常刊登一些攻击新四军的反动文章。接着，他又成立了一个政治部调查专员室，专门用来对付共产党人和抗日群众。调查室的骨干分子大都是湖南籍的原复兴社社员。此外，每逢纪念周时，邓文仪都要在第三战区大吹特吹一通，极力宣扬“一切为了需要，需要就是真理”的实用主义观点和“一个主义、一个政党、一个领袖”的法西斯独裁理论，把整个政治部搞得乌烟瘴气。
在同僚面前，他一直认为戴笠是蒋介石的希姆莱，自己则是戈培尔。
戈培尔是纳粹德国的重要头目，希特勒的宣传教育部长。他疯狂宣传法西斯主义，鼓吹侵略战争，颠倒是非，无所不用其极，以至他的名字也成了造谣、诽谤宣传的代名词。而邓文仪则以“复兴社的戈培尔”自居，在意识形态领域为蒋介石拼命鼓噪，是一个十足的蒋介石狂和反共狂。尽管他的文章和演讲都只是一大串语无伦次、乱七八糟的口号，简直使人无法懂得他到底说的是什么，但由于他的狂喊狂叫，乱蹦乱跳，却也同贺衷寒、刘健群一起，被称为复兴社的三大“理论家”和“宣传家”。
1941年皖南事变发生前，他曾多次率特务到皖南视察，为袭击新四军做准备。事变中，他参与制定了对新四军进攻的作战方案，是皖南事变的策划者之一。事变后，他主持了对新四军被俘人员的整训工作，并亲自到上饶集中营，对被俘的新四军官兵大打出手，肆意迫害。
1942年，邓文仪任国民党军事委员会政治部第一厅厅长。1944年，蒋介石在大后方组织了10万青年军，调邓文仪出任青年军政治部设计指导委员会主任。邓在青年军中广泛进行法西斯教育，毒害这些青年，为蒋介石培养日后内战反共的反动军队立下了汗马功劳，受到蒋介石的嘉奖。为此，在1945年5月召开的国民党第六次代表大会上，邓文仪当选为中央执行委员会委员。次年3月，在国民党六届二中全会又当选为中央常务委员。
被人称为“造谣公司”总经理和满天飞的“空中使者”；是国民党当局破坏国共和谈的“打手”；奉命劝阻陈明仁起义未果；是下令炸毁广州市区海珠桥的凶手
抗日战争胜利后，蒋介石采纳了美国的建议，将原军委会政治部第一厅改为国防部新闻局，后又改为政工局，一直由邓文仪但任局长，同时，邓还担任了国民党国防部军事发言人的职务。内战时期国民党中央社的有关军事新闻几乎全是通过邓文仪之口转述的。这一时期，他的主要工作就是负责战地宣传和军事新闻发布，被人称为“造谣公司”总经理和满天飞的“空中使者”。
国民党发动内战后，不断遭到失败。为了鼓舞士气，拼命开动宣传机器，颠倒是非，往往把败仗，把“全军覆没”说成“国军大捷”，以至于有人要反面理解国民党的宣传，才能了解事实真相。另外，邓文仪主管战地宣传工作，有时甚至亲自出马，乘飞机到阵前空投传单，以鼓动国民党军队的士气。他更多的时候是代表蒋介石亲临前线，充任蒋介石的“空中使者”。
1947年5月，国民党第八军李弥部在山东临朐与我华东野战军展开激战，李弥十分顽固，陈毅曾三次派人前往劝其弃暗投明，均遭拒绝，消息传到南京，邓文仪命令手下大肆渲染。不久，蒋介石又亲派邓文仪飞临山东潍县慰问，对李弥慰勉有加，并授予青天白日勋章。李弥受宠若惊，对邓文仪说：“感谢邓局长冒矢石之险前来慰劳，李某这下可算通天了。”
同年夏，胡宗南进攻延安，邓文仪乘机飞到西安，组织了“陕北工作团”，以王超凡为团长，黎宗铭为副团长，并将从南京政工局带来的一批人交给黎宗铭带往延安，从事反动革命活动，邓文仪还用画册“伟大的蒋介石委员长”及法币50万元买通地主张永泰，让其在大会上诬篾共产党“压迫剥削人民”。又强迫一参政员诬篾共产党不民主，并命令刘培初组织保甲，以达到反共的目的。
1948年9月，邓文仪晋升中将军衔，当时，华东野战军发动了济南战役。邓文仪的黄埔一期同学王耀武死守城池，困兽犹斗。蒋介石为给王耀武打气，派邓文仪飞往济南。飞机飞抵济南上空时，已无法降落，邓文仪只好向城内空投了一个信袋，和王耀武在对讲机里说了几句话，就匆匆回南京复命去了，邓刚飞走不久，济南即被解放军攻下，王耀武作了俘虏。
淮海战役期间，黄维的第十二兵团被中原野战军和华东野战军包围在安徽蒙城双堆集地区。当时，蒋介石一面令黄维兵团，并派邓文仪乘飞机到蚌埠督战。
邓文仪一到李延年的指挥部，就将蒋介石的亲笔信交给他说：“黄维的安危全仰仗你了。”正在此时，一阵激烈的炮火打来，震得泥土乱飞。李延年无可奈何地对邓文仪说：“我尽力而为吧，战场的情况你也看到了，我劝你还是早一点离开，我是不敢留你在这儿过夜的。我是带兵的，只有听天由命了。”邓文仪见势不妙，只好乘飞机离开蚌埠。不久，黄维兵团被歼，李延年兵团也受到了重创。
1949年初，蒋介石宣布“引退”，回奉化溪口进行幕后指挥，邓文仪经常到溪口去看望蒋介石，面对国民党军队的接连惨败，他感到心灰意冷，白天依旧一副君子模样，晚上则下舞场，玩麻将，花天酒地。
蒋介石宣布“引退”后，李宗仁上台担任代总统，继续进行“和平攻势”。4月1日，以张治中为首席代表的“南京政府和平商谈代表团”启程离宁赴平。南京政府实行真和平，反对假和平。蒋介石闻讯大怒，向邓文仪下达了镇压的手谕。接着，军警、宪兵、特务方面头目开会，宣读了蒋介石的手谕。接着，军警、宪兵、特务一齐出动，对游行示威的学生和群众大打出手，打死2人，打伤200多人，这次“四一血案”，是国民党破坏和谈的严重步骤，而蒋介石是幕后指挥，邓文仪等则充当了打手。
长沙起义前夕，陈明仁尚在犹豫。蒋介石派邓文仪飞抵长沙做陈明仁的工作。邓、陈二人同为黄埔一期，私交很深。邓文仪向陈明仁转交了蒋介石的亲笔信，并对他说：“子良兄（陈明仁号子良），你我都是校长的学生，现在许多都在背叛他，他待你我不薄，你可不能见利忘义啊！”陈明仁听了低头不语。邓又说：“不要忘了你是血战四平的英雄，共产党能忘了那笔血债吗？”陈明仁听了此话颇感不快。他抬头对邓说：“此一时，彼一时，陈某人并不是因为怕死才有此举的。”当时，起义已迫在眉睫，陈明仁的部下建议将邓文仪扣留交给共产党。陈则说：“邓是一介书生，又是信使，人各有志，道不同不相谋。”邓文仪见陈明仁主意已定，只好悻悻而去。
人民解放军百万雄师渡过长江后，以摧枯拉朽之势，很快解放了南京、上海、武汉、长沙等大城市。10月上旬，兵临广州城下。当时，邓文仪已逃到了广州，在阎锡山拼凑的所谓“战时内阁”中任政工局局长，指挥国民党特务继续进行各种破坏活动。在一次军警特务头子会议上，他曾扬言：“所有嫌疑分子应迅速逮捕，所有政治犯应迅速处决。”在他的指导下，反动军警在广州大搞白色恐怖，仅中山大学一次就有156人被捕。
在广州解放前夕，邓文仪曾命令广州卫戍司令李及兰大肆破坏城市设施，犯下了种种罪行，最令人愤恨的是他下令炸毁了广州市区的海珠桥。海珠桥是广州人民用血汗建筑的横跨珠江的大铁桥，工程浩大，建筑雄伟，是广州人民引以自豪的建筑之一。国民党要破坏大桥的消息传出后，广大市发纷纷派代表向广州当局请愿，坚决反对破坏大桥，但由于邓文仪等人的干涉和阻挠，请愿毫无结果。
10月14日，国民党军警突然宣布大桥“紧急戒严”。不久，又宣布解严，车马行人照常行驶。可人们哪里知道，丧心病狂的反动派已经在他们脚下安装了400多箱黄色炸药。下午6时，随着一声惊天动地的巨响，钢架结构的珠海大桥腾空而起，桥上的一切化为乌有，途经行人炸得粉身碎骨，桥下的船只也顷刻间化为支离破碎的木板，一时间，珠江两岸呻吟声四起，惨绝人寰。事后统计，海珠桥血案造成灾民三千，死伤五百，沉毁民船百余艘，震损房屋数百间，海珠桥血案教育了广州人民，更增强了他们对国民党的无比仇恨。
早已跑到成都的蒋介石，得知这一消息十分高兴，称赞邓文仪等人干得好，而邓文仪也以此在台湾国民党政坛上又混了几年。
晚年钻研道教，为台湾中华黄埔四海同心会名誉会长，率四海同心会祭祖团回大陆
邓文仪随蒋介石到台湾后，被任命为台湾国民党省党部主任委员、“行政院”内政务次长等职，但已不掌握实权了。他一手经办的政工局被蒋经国接管，改为“国防部”总政治部，蒋经国任主任。3年后，他又辞去其他职务，专任政务次长，也曾任国军退役官兵辅导员会副主任委员。20世纪60年代以后，他退出政界，皈依道教，影息山林，整日和一班道士谈经说道。从1983年起担任台湾道教总会理事长，并从事着述。
80年代后，邓文仪任台湾中国民主和平统一策进会主任。1991年，台湾中华黄埔四海同心会成立，邓文仪被推为名誉会长，刘番为会长。4月5日，邓文仪、刘番率该地祭祖团到陕西桥山祭扫黄帝陵。祭文写道：“四十年寒暑，癸奠愧疚，两岸黄埔，相期互助。率团谒陵，同心相求，河山一统，万世行秋。”
邓文仪在接受《中国新闻》社记者采访时说：“台湾同胞来桥山祭拜黄帝陵的机会很难得。我想说的话很多，但最要紧的还是祖国尽快统一。中国统一，好处很多，海内外同胞都应为此竭诚努力。”随后，邓文仪、刘番率中华黄埔四海同心会祭祖团到达北京，同黄埔军校同学会进行了座谈，4月10中共中央总书记江泽民接见了邓文仪等。在交谈中，邓文仪再次表达了希望祖国尽快统一的迫切愿望，并表示愿为此做出努力。
