曹芳继位后，按曹叡的遗诏封司马懿为侍中、持节、都督中外诸军、录尚书事，和大将军曹爽共执朝政。但实际上，曹爽毕竟是曹家的人，哪能真正让司马懿分享权力？刚开始时，为稳定朝局，曹爽装作谦恭的样子，每遇大事就与司马懿商议。待曹叡的丧事完毕，就开始琢磨如何削夺司马懿的兵权。最后，曹爽手下的智能之士出了个招：改封司马懿为大司马。司马懿感觉到曹爽排挤自己，就暗暗指使大臣们上奏，说先朝的大司马都死于任上，不太吉利。曹爽的亲信们再出招：请封司马懿为太傅，位在三公之上。
其时司马懿的长子司马师年过三十，为人沉着，颇能用兵。他私下对父亲说：曹爽升父亲为太傅，是要削弱您的兵权，父亲何故毫无反应？司马懿训斥儿子道：你年岁也不小了，怎么看问题如此幼稚？做人，要先示弱，再用强；对敌，要先放纵，再擒拿。曹爽现在使的这些招，意在试探我的反应。如果我反应过于强烈，他就有了警觉，不利于培育他骄奢的气焰。一个手握权柄的人，如果谨慎用权，就是厉害的角色；如果不会用权，权力反而会害他。所以，要设法让曹爽一手遮天，甚至权力比天子还大，让天子憎恨他，才可以一举歼灭他以及党羽。你这样沉不住气，将来怎么能成大事？
司马师低头受训。待父亲训完，他才说：孩儿自知愚钝，难及父亲万一。不过，孩儿只是担心父亲兵权旁落，我那些跟随父亲出生入死的兄弟们要失望啊。
司马懿摇头道：暂时还没有这么严重的威胁。为父料想新皇继位，吴、蜀两国又想趁火打劫。蜀国的刘禅胆子小不敢来，但孙权老谋深算，一定会出兵的。到那时，我们乘机向幼帝上表出征，将士们一来可以建功，二来也可免除裁撤。
不久，孙权果然分兵四路攻魏国。司马懿上表请求出征。对这次南征，司马懿信心百倍，多年前，他在宛城屯军时就培植了不少亲信，这次前去，老部下们都渴望跟着他建功立业。出征时，司马懿带上了尚书郎邓艾。邓艾是放牛娃出身，当时已年过四十。司马懿经过考察，认为邓艾不仅精于屯田管理，还对军事有独到见解，于是亲自提拔邓艾，让他到魏国东南四百多里的土地上，五里设置一个营，一面屯田，一面戍卫，同时从黄河引水注入淮水和颍水，在淮水流域挖掘了三百多里长的水渠，灌溉农田二万顷，从而使淮南、淮北连成一体。几年后，从京都到寿春，沿途兵屯相望，鸡犬之声相闻，出现了一派繁荣富庶的景象。从此，淮水流域的水利和军屯建设得到飞速发展，魏国在东南的防御力量也大大加强。
对于打击孙权此次的进攻，并没有什么悬念，因为司马懿多年的军力部署和在魏国军中的威信，使他的军队非常强大，出战即歼灭吴军上万人，之后吴国大将军诸葛瑾去世，东吴退军。司马懿得胜后又增食邑两县，前后共四县，食邑万户，司马师、司马昭等九个儿子以及其他子弟共十一人被封为列侯（那时不搞计划生育，司马家人丁兴旺，不成功都难）。不久，司马懿提拔邓艾为南安（今甘肃省陇西东南）太守，把儿子司马师、司马昭也提升为高级将领。
随着时间的推移，曹爽正如司马懿预料的那样，欲望不断膨胀，不再与司马懿商议国家大事，开始着手削弱司马懿的力量，找借口免去了司马懿的铁哥们蒋济的领军将军一职，改任太尉，由弟弟曹羲担任此职。其时领军将军执掌禁卫军大权，是京城最有兵权的人。为把京师重地变成自己的兵营，曹爽让曹氏宗族中亲近自己的兄弟以及亲戚中能带兵的人担任京城各营的要职，整个京城针插不进、水泼不进。
在任用文官方面，曹爽也毫不手软，进一步压缩司马懿的权力空间，任用自己的亲信担任朝中要职，如任丁谧、何晏、邓飏为尚书，且由何晏负责选拔官员；任用李胜为河南尹、毕轨为司隶校尉，控制京城内外；同时令尚书奏事时先向自己汇报，由自己权衡轻重后再“抄送”司马懿，其后渐渐连“抄送”都不做了，完全一手遮天独揽大权。
在此期间，曹爽为“建功立业”开始征讨蜀国，但都徒劳无功；对付吴国的进攻也没有很好的效果，损失百姓数以万计。曹爽对外征战不利，开始对内专政，只要不是曹爽一党的官员都受到排挤。司马师、司马昭兄弟在军中投书父亲，说文官武将们都希望他出来主政，不能眼看着曹爽把国家搞乱了。司马懿没有理会。随着曹爽集团日益猖獗，甚至把后宫中的女人都找来三陪，其饮食、车马和衣服都与皇帝的待遇差不多。不少文武都来找司马懿“主持公道”，司马懿一概不见。最后为省去麻烦，他干脆上表称病，不再上班办公。
这是司马懿第二次装病。第一次是不想为曹操所用，那时他还只是一介书生；如今的司马懿，经过四十余年的运作，魏国上下遍布他的亲信，只要他一声令下，效死之士就会像雨后春笋般拔地而起。他装病，是为了麻痹曹爽，恰似一条装死的毒蛇，以求一击得手，尽诛曹爽集团。
曹爽及其手下当然怀疑司马懿这老头儿是否真的病了。公元248年冬，曹爽亲信河南尹李胜要到荆州任刺史，曹爽让李胜临行前假借辞别为名，到司马懿的府上探个究竟。司马懿听说李胜来了，把头发弄乱，让两个保姆扶着自己，颤巍巍地从内堂出来，眼神呆滞地看着李胜。李胜连忙拜见，说：太傅大人，下官就要去荆州任职，特来辞行。司马懿听了没作声，张开嘴巴，喉头有咕咕之声。保姆按先前导演好的步骤，端了粥来喂他，但司马懿吃得流汤滴水，把衣襟打湿了一大片。李胜叹道：听大臣们说太傅大人旧风复发，没想到这么严重。随即又把去荆州上任的事重复了一遍。这回司马懿似乎听明白了，哑着嗓子说：并州靠近胡人，你当好自为之，我年老病重，恐怕不能相见了。李胜说：下官是去荆州，不是并州。司马懿说：你到并州边关后，要注意胡人的动向，随时向大将军汇报。李胜再解释说是荆州。司马懿就当没听见，接着说：并州是建功立业的好地方。我老迈将死，请你念在过去共事的份上，照料犬子师、昭等，我虽在九泉亦无憾！说罢，眼泪鼻涕一起流了下来。李胜见司马懿勾腰驼背，眼花耳聋，哪有当年纵横天下的风采？不禁黯然。辞别回来后，就把探得的情况一五一十汇报给曹爽。曹爽听罢，冷笑道：老贼毕竟是七十岁的人了，哪里还有当年之勇？若不是重病，我定让他好看！于是不再提防司马懿。
司马懿探得曹爽不再防他，立即启动应急预案，与太尉蒋济、长子司马师、次子司马昭等秘密谋划，调遣军队，只等时机到来时闪电出手。正始十年（公元249年）正月初六，曹芳离开洛阳到高平陵为魏明帝曹叡扫墓，大将军曹爽、中领军曹羲、武卫将军曹训等曹爽一党都率军随行。司马懿见时机已到，一边传令部署兵力，一边上奏太后曹爽种种逆行。太后先前被曹爽欺侮打入冷宫，对曹爽恨之入骨，加上司马懿的“请旨”也不能拒绝，就命司马懿清除乱党。司马懿“得令”，马上命司马师为中护军，率兵控制了洛阳。随后，司马懿和蒋济引军前去“救驾”。曹爽的亲信多数都在洛阳城，已被控制，虽然大司农桓范逃出城去出主意，但天下的兵马多数都听司马懿的，曹爽自知大势已去，只得缴械。司马懿这次痛下杀手，杀曹爽及其党羽何晏、丁谧、邓扬、毕轨、李胜、桓范等，灭三族，其血腥清理手段令人色变。
诛灭了曹爽一党，曹芳任命司马懿为丞相，食邑二万户，特许奏事不名，享受当年曹操的待遇。司马懿辞了丞相之职；后来曹芳又诏命加九锡之礼，朝会不拜，司马懿又固辞九锡。司马师、司马昭不明缘故。司马懿说：我花费了一生心血，不是为了名位，而是要为你们奠基。你们当奋力向前，平定吴蜀，统一天下。
剪灭了曹爽在京师的党羽后，司马懿又把魏国的王公贵族（主要是曹氏宗族）全部拘捕放置在邺城（今河南省安阳境内），派人严密监督，不准他们往来，基本根绝了曹魏势力。
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等做完这一切，司马懿已经到了生命尽头。公元251年8月，司马懿病逝于洛阳，享年七十三岁。之后，长子司马师废除曹芳，控制了魏国的政权；司马师死后，其弟司马昭继承父兄基业，命邓艾、钟会平灭了蜀国；司马昭死后，其子司马炎任用杜预平定吴国，统一天下，建立了晋朝，开创了一个崭新的时代。
司马懿借曹氏集团的窝，孵化了自己的蛋，成功改写了历史，靠的是“五力”：对复杂形势的研判力、在逆境中的忍耐力、在团队建设中的凝聚力、在应对国内外情势时的把控力和超一流的节制力。更主要的是，他时刻都将敌我的强弱保持高度警惕，在没有把握时绝不冒险，往往示弱以保存实力，暗中积蓄力量，讲究实效，不留祸患，不图虚名，在历代谋略家中独树一帜。
