僖宗派遣使者催促高骈进讨黄巢，使者来回穿梭，高骈始终按兵不动。僖宗来到成都，仍寄希望于高骈立功，诏命高骈发现有功的刺史和将领，从监察到常侍的职官范围，他都可以随意授予官位，事后再报朝廷备案。
黄巢任命朱全忠（即朱温，降唐后改名朱全忠）为东南面行营都虞侯，率兵进攻邛州。
三月三日，朱全忠攻陷邛州，生擒刺史赵戎。朱全忠就将军队驻扎在邛州，用来控制荆州和襄州。
十三日，朝廷下诏让郑畋担任京城四面诸军行营都统。下诏给郑畋说：“不管是蕃军还是汉军将士，只要赴难有功，全都任凭郑畋用墨敕授予官位。”郑畋奏报任命泾原节度使程宗楚为副都统，前朔方节度使唐弘夫为行军司马。
黄巢派遣部将尚让、王播率领5万士兵进攻凤翔，郑畋在龙尾陂将贼军打败，斩首两万多级，尸首遍布数十里。
瞿稹、李友金到代州招募士兵，10多天时间就招募了3万人，全部是北方杂居的胡人。这3万人驻扎在崞县西边，凶狠残暴，瞿稹和李友金没办法控制。沙陀酋长李友金给代北监军陈景思献计说：“现在虽有几万兵众，但若缺少有威信的将领统率，也不会有好的结果。我哥哥李国昌及其子李克用勇略过人，您要是真能奏请天子赦免他们的罪行，让他们来统率军队，那么，平定狂贼是轻而易举的。”
陈景思马上派使者到成都报告僖宗，僖宗下诏批准了。
李友金派500名骑兵将诏书送至达靼，迎接李克用。
李克用率达靼各部数万士兵来到代州。
追随僖宗的大臣们逐渐在成都会集，朝见大臣接近两百人，各道和四夷都来进贡，蜀中府库充实，与长安没有什么两样，赏赐也不匮乏，士兵们也算满意。
黄巢任命王玫为邠宁节度使，邠州通塞镇将朱玫起兵将他杀死，转交别将李重古任节度使，独自率军讨伐黄巢。
这时，唐弘夫在渭北驻扎，王重荣屯兵沙苑，王处存驻扎在渭桥，拓跋思恭驻扎在武功，郑畋驻扎在周至。唐弘夫乘胜追击，进逼长安。
四月五日，黄巢率军众东逃。程宗楚首先从延秋门入城，唐弘夫尾随其后，王处存率5000精兵夜间入城。坊市居民十分激动，争先恐后迎接官军，有人用瓦砾投击贼党，有人拾取落箭交给官军使用。
程宗楚等害怕其他将领与他争抢功劳，隐瞒了已经破城的消息，军士们进入府第宅舍，抢夺金帛、姬妾。
王处存命令军士头系白带为记号，坊市少年也有人冒充这个记号去抢劫。
贼军在霸上露宿，窥探到官军纪律混乱，而且各军相互独立，便回头袭击长安，从各门分头进城，在长安城里大战，程宗楚、唐弘夫被杀，大部分将士都战死。王处存收拾余众回营。
十日，黄巢又回到长安，对民众帮助官军十分恼火，大开杀戒，尸首遍野。
官军诸军全都撤退，贼势更加嚣张。
贼人委任的同州刺史王溥、华州刺史乔谦、商州刺史宋岩得知黄巢放弃打长安的消息，都带领士兵投奔邛州。
朱全忠斩王溥、乔谦，将宋岩放了，让他回到商州。
十三日，拓跋思恭、李孝昌与贼军在王桥交战，战败。
贼众尊称黄巢为：承天应运启圣睿文宣武皇帝。
黄巢攻克长安之时，忠武节度使周岌向黄巢归顺，周岌曾在夜晚设宴，急切地派人找监军杨复光赴宴。
杨复光周围的人说：“周岌为贼人办事，对您将很不利，不能去。”
杨复光说：“事已至此，从大义上不能只保全自己。”便去赴宴。
酒酣，周岌谈到李氏朝廷，杨复光泪下，不久，他问周岌：“大丈夫应该懂得感恩！您从一个普通老百姓做了公侯，为何不效忠皇帝反而辅佐贼子！”
周岌也流泪说：“我一个人无法与贼人抵抗，所以表面上臣服而内心还有别的想法。今天把您找来，正是为此事。”两人滴酒为盟。当晚，杨复光派他的养子守亮在驿所杀了贼人使者。
秦宗权据守蔡州，不听从周岌的号令，杨复光带领3000忠武军到蔡州，劝说秦宗权共同出兵讨伐黄巢。
秦宗权派遣部将王淑率3000士兵跟随杨复光进攻邛州，王淑按兵不动，杨复光斩了他，兼并了他的军队，将8000名忠武军兵分八路，派牙将鹿晏弘、晋晖、王建、韩建、张造、李师泰、庞从等八人率领。杨复光率领八部兵与朱全忠作战，把他击败，接着攻克邛州，一直把逃兵追至蓝桥才罢休。
昭义节度使高浔与王重荣共同进军华州城。
邠宁节度副使朱玫屯驻兴平，黄巢将王璠围攻兴平。朱玫退兵奉天至龙尾陂驻守。
西川黄头军使李铤带领1万人、巩咸带领5000人进驻兴平，与黄巢交战，多次战胜。陈敬瑄派神机营使高仁厚率士兵两千作为支援。
当初，僖宗驾临成都，赐给每位蜀军三缗线。后来，田令孜担任行在都指挥处置使，每当四方贡献金帛，就颁赐给随同僖宗而来的各道军队，日复一日，不再赏赐给蜀军，蜀军积怨在心。
七月二十日，田令孜宴请蜀军和随同僖宗来蜀的各道军都头，喝酒用的金杯，随即把金杯赐给他们，各路都头跪拜受领，只有西川黄头军使郭琪不肯接受。
郭琪站起来说：“每月将领都能领到俸禄，充足有余；蜀军与其他军队一同执行警卫，却赏赐差别太大，军士的怨气可能引发兵变。希望军容使削减诸将的赐赏，以与蜀军拉平，让蜀军能和各军有一样待遇。”
沉默了一会儿田令孜问：“你以前立过什么军功？”
郭琪回答道：“生长在山东地区，应征戍守边塞。17次与党项作战，与契丹作战10多次，满身都是伤；还出征过吐谷浑，露出肠子，用线缝合继续作战。”
田令孜便亲自在另一个杯子里斟酒，赐给郭琪。
郭琪心知这酒有毒，只能行拜礼后饮下酒，回到家里，杀了一个婢女，吸吮她的血以便解毒，吐了好几升黑汁，此后便率部作乱。二十一日，在坊市烧杀抢掠。
田令孜据守东城护卫天子，关闭城门，登上城楼，命令各军还击。郭琪领兵回营，陈敬瑄命令都押牙安金山带领军队攻打。郭琪乘夜突出重围，逃奔广都，带出来的军队全都逃散，只有一个厅吏跟随他。
在江岸歇息时，郭琪对厅吏说：“陈敬瑄知道我没有罪，但惊扰成都军府，一定要平息。为报答你的忠心，你把我的印、剑送给陈敬瑄，就说：‘郭琪渡江逃跑，我用剑刺去，尸体没有能从江里捞上来，冲走了；只得到印、剑献来。’陈敬瑄一定会根据你的陈述，在坊市悬示印、剑，出榜安民。你一定会获得丰厚的赏格，同时保我全家不死。我从这里去广陵，投奔高骈，过几天，你可以偷偷告诉我的家人。”说完，厅吏拿到印和剑，郭琪逃向下游。
厅吏把这两样东西献给陈敬瑄。郭琪家人真的没有受到伤害。
僖宗一天到晚与宦官待在一起，商议天下大事，冷淡了外廷大臣。
二十四日，左拾遗孟昭图上疏，认为：“天下太平的时代，远近尚且应该同心协力；多难的年月，朝廷内外尤其应当保持一致。今天冒死来到成都的朝臣，远道而来效忠君王，应该从此一视同仁。黄头军前晚作乱，陛下只和田令孜、陈敬瑄以及其他宦官闭城登楼，据保东城，并不召王铎以下的朝臣议事及收朝臣入城。次日，不但不与宰相们商议确认，也不宣慰朝臣。我占据着谏官的位置，至今不知圣上的身体安否，更不用说其他不接迎陛下的官员！假如群臣心中没有君王，当然应该治罪，但陛下不关怀群臣，那么从情理上如何说通？难道天子与宰相毫无关系，朝臣都形同陌路？这样，恐怕收复长安的计划还要圣上费心，只拿俸禄不干事的官员得以悠闲自在。我受到朝廷的荣宠，左拾遗的职责就是向皇帝进言。”
田令孜压下了这道奏疏不向僖宗报告。二十五日，田以僖宗的名义谎称贬孟昭图为嘉州司户，然后派人将其扔到江中溺死。
人们听到这个消息，心里都很怨恨，却不敢多言。
高浔与黄巢部将李详在石桥交战，高浔战败，撤兵至河中，李详攻下华州。黄巢任命李详为华州刺史。
李孝昌、拓跋思恭与尚让、朱全忠在东渭桥交战，战败后撤兵而逃。
天平节度使、南面招讨使曹全晸与贼军交战，战死沙场，军士们立他的侄子曹存实为留后。
十一月一日，孟楷、朱全忠在富平袭击鄜、夏二军，将其打败，二军逃回本道。
唐僖宗中和二年（公元882年），黄巢任命朱全忠为同州刺史，下令他独自进攻同州。
二月，同州刺史米诚逃到河中，朱全忠于是将同州占据。
朱全忠寇犯河中，被王重荣击败。
黄巢攻打兴平，在兴平的各道军撤退至奉天屯守。
朱全忠见黄巢已露败迹，知道他迟早灭亡，于是萌生异心。亲将胡真、谢瞳劝朱全忠归顺朝廷。
九月十七日朱全忠杀死了监军严实，带领一州人马向王重荣投降。朱全忠认王重荣做了舅舅。
王铎根据诏命委任朱全忠为同华节度使，派谢瞳携上表前去成都。
僖宗让朱全忠担任右金吾大将军、河中行营招讨副使，赐名朱全忠。
李详见朱全忠受到朝廷恩遇，也想归顺朝廷，但被监军告发。黄巢将他杀死，任用他的弟弟李思邺为华州刺史。
黄巢兵败自杀
唐僖宗中和三年（公元883年）六月，陈州被黄巢大军团团围住，陈州刺史赵犨向相邻各道求援，武宁节度使时溥、宣武节度使朱全忠、河东节度使李克用等人相继率军前去救援。
到了第二年的三月，陈州被围攻将近300天，赵犨兄弟与黄巢之间，大小战斗已经进行了几百次。虽然官兵的粮草快要用完，但大家抗敌之心不减反增。
李克用在陈州与许州、汴州、徐州、兖州的各路官军会合。当时，太康驻有黄巢的将领尚让。四月初三，各路官军一起进发，攻克太康。黄思邺驻扎在西华，也被这几路官军围攻，黄思邺弃城逃跑。黄巢听说后十分畏惧，把人马撤退到故阳里，解除对陈州的围攻。
黄巢将至的消息传到朱全忠耳朵里，就带领军队回到大梁。五月初三，下起大雨，平地积水三尺深，黄巢的军营被水淹了，又听说李克用快要到达，于是带领兵马挺进至东北方的汴州。
5000精锐骑兵在尚让的率领下，进逼大梁，到达繁台，宣武将军朱珍、庞师古击退了尚让。朱全忠又向李克用告急，请求救援。初六，李克用与忠武都监使田从异离开许州。初八，在中牟北面的王满渡与黄巢相遇。
李克用趁黄巢的兵马渡河渡到一半的时候，奋力出击，把黄巢军击败，斩杀1万多人，剩余贼寇就此逃窜。尚让率领自己的人马向时溥投降，别将李谠、霍存、葛从周、张归霸与他的堂弟张归厚也带领自己的部众向朱全忠投降。
黄巢经过汴河向北奔逃。初九，李克用在封丘追上黄巢，又将他打败。初十夜里，又下起大雨，贼寇惊慌畏惧，向东奔逃，李克用穷追不舍，经过胙城、匡城。黄巢集结了剩余人马，将近有1000人，向东逃奔兖州。
十一日，李克用追到冤句，率领的骑兵仅有几百人能追赶上，一天一夜急行军两百多里，士兵和马匹都疲惫不堪，粮食也没了，于是返回汴州，想装备上此地的粮食后，再去追击黄巢。
李克用将黄巢年幼的儿子活捉，缴获他乘坐的马车和器具、服装、符节以及印章，得到黄巢以前抢掠的男、女百姓1万多人，释放了他们并遣送回家。
二十二日，时溥派遣手下武宁将军李师悦，率领士兵1万人堵截黄巢。六月十五日，李师悦追到瑕丘，将黄巢打败。
黄巢的人马所剩无几，逃到泰山东南部的狼虎谷。十七日，黄巢的外甥林言斩下黄巢与黄巢的兄弟、妻子的脑袋，正要送到时溥那里，遇到沙陀人博野军，黄巢等人的首级被他夺去，并且砍下了林言的首级，一起献给时溥。
七月二十四日，时溥派遣使臣将黄巢等人的首级进献给皇帝，陪献的还有他的姬妾，唐僖宗亲自驾临成都大玄楼，接受进献。僖宗向黄巢的姬妾问话，说：“你们都是功臣贵族的子女，世代蒙受国家恩惠，为什么要跟从贼寇呢？”
居首的女子答到：“贼寇逞凶作乱，国家以百万大军，仍然无法守住宗庙而流落巴蜀。今天陛下责问一个女子无法抗拒贼寇的原因，那把朝中的公卿将帅置于何地呢？”
僖宗不再说话，下令将他们全部在集市处斩。人们争着送酒给黄巢的姬妾喝，其他的人都悲伤恐惧，喝得昏昏沉沉，唯有答僖宗话的女子，既不饮酒也不哭泣，到了临刑的时候，仍然一脸坦然。
