唐高祖武德元年（公元618年）七月，瓦岗军与宇文化及的军队在黎阳（今河南浚县东北）展开决战，双方在童山（今河南浚县西南）脚下杀得天昏地暗，由早及晚，不分胜负。李密被流箭射中，从马上摔下来，昏死过去，瓦岗军众人都以为李密已经战死，士气崩溃，宇文化及的大军又趁势追杀，眼见瓦岗军就要一败涂地，秦叔宝临危不乱，在千军万马中将李密抢救出来，随后，又集合散兵败将，向宇文化及发动反扑，终于将宇文化及击败，但是，瓦岗军也已遭受重创，实际上是两败俱伤。这时，另一个割据势力王世充想坐收渔人之利，率领两万精锐对瓦岗军发起攻击，李密却棋走昏招，坚持与对手硬碰硬，在河南邙山与王世充的军队正面决战。王世充的军队面临断粮的境地，正是置之死地而后生，个个在战场上如同下山猛虎，结果是，瓦岗军烟消云散，大当家李密撇下部下，独自投奔了大唐，秦叔宝、程知节万般无奈之下，归顺了王世充这个奸雄。
秦叔宝得到了高官厚禄，得封龙骧大将军，却很快就鄙薄王世充的为人。程知节对秦叔宝言道，“王世充对人没有器量，又爱诅咒发誓，活象个巫婆神汉，他奸诈狡猾，决不可能是天下归心的明主，我们跟着他没有出路”，秦叔宝深表赞同，决定离开王世充，另投明主。
此时，李渊父子威名远振，出师以来势如破竹，秦叔宝、程知节心中倾慕，决定到大唐去建功立业。公元619年二月，王世充军与唐军在河南九曲作战，秦叔宝和程知节假装向唐军冲击，一行几十骑跑出一百多步，一齐下马向王世充拜别，“我们得到了你的特殊礼遇，也想报答你，但你疑心太重，不能容人，我们不想与你为伍，就此告别，后会有期”，王世充的鼻子几乎气歪，却无可奈何，眼睁睁看着众人投奔了唐营而不敢追击。
秦叔宝和程知节归唐之后，被唐高祖李渊指派到秦王李世民帐下，这时，秦叔宝大概才二十出头的年纪，(叔宝的父亲死于590年，他投唐是619年，再加他之前的事迹，此时的叔宝应当有三十岁多了吧？)与年轻英武的秦王一见如故，很快受到了秦王的重用。秦叔宝被授予马军总管，程知节被授予秦王府左三统军，李世民亲自挑选千余精锐骑兵，穿皂衣黑甲，由秦叔宝、程知节等人统领，组成玄甲队，每战必为先锋，开始了扫平割据势力的征战历程。
公元619年（唐武德二年）三月，北方最大的割据势力刘武周举兵攻唐，并州都督李元吉指挥不当，致使太原失守，李元吉逃到了长安，柏壁（今山西新绛西南）之战由此拉开了序幕。刘武周大将宋金刚乘胜前进，一路凯歌，大唐的河东领土几乎全部失陷，李世民眼见情势危急，挺身而出，担当了收复河东的重任。
李世民的三万精兵渡过黄河，在柏壁与宋金刚军对峙。宋金刚是孤军深入，利在速战速决，李世民坚壁不出，又派人截断宋金刚的粮道，等待宋金刚粮草耗尽、无以为继。在此之前，河东的夏县与蒲州起兵响应刘武周，大唐朝廷派永安王李孝基前往征剿，宋金刚派尉迟敬德增援夏县守军，里应外合，将永安王李孝基及手下将领尽数抓获。尉迟敬德得意洋洋，准备还军浍州（治翼城，今属山西），此时，秦叔宝已经埋伏在夏县与浍州之间的美良川（今山西闻喜南），准备给尉迟敬德一个迎头痛击。尉迟敬德早已被胜利冲昏头脑，未将秦叔宝的伏军放在眼里，双方交手之后，才发现此路唐军勇猛无敌，势不可挡，尉迟敬德左冲右突，奋力杀出包围圈，狼狈逃向浍州，秦叔宝部斩首2000余级，一举扭转了整个战局。
接着，蒲州在唐军的围剿下也向宋金刚求救，尉迟敬德、寻相又被宋金刚派去增援蒲州。李世民如法炮制，派遣精锐士卒三千人，从小路穿插，在安邑（今山西运城东北）设下埋伏，杀得尉迟敬德全军覆没，尉迟敬德、寻相孤身逃走。唐军一面收复失地，一面继续与宋金刚对峙，到了公元620年四月，宋金刚军粮草耗尽，撤兵回军，李世民开始后发制人，全力追击。唐军将士一天驰骋200里，连李世民都三天不解甲，两天没吃饭，终于在雀鼠谷（介休西南）追上了宋金刚的主力部队，一天之内连打八仗，俘斩数万人，宋金刚、尉迟敬德逃往介休（今属山西），唐军如影随形，紧跟不放，宋金刚万般无奈，率领两万士兵在介休背城布阵，以最后的老本与唐军决战。李世民派秦叔宝、程知节攻打大阵的北端，翟长孙、秦武通攻打大阵的南端，正面迎击的徐世绩出师不利，李世民亲自带兵冲杀，以泰山压顶之势，一举击溃宋金刚军，斩首三千余人，刘武周、宋金刚逃往突厥，后来死在突厥人的刀下，尉迟敬德、寻相眼见大势已去，以介休、永安（今山西霍县，介休南）两城向大唐投降归顺。
柏壁之战，河东收复，秦叔宝战功最著，唐高祖欣喜万分，加封上柱国，赏黄金百斤、杂彩六千段，他派人送秦叔宝一个金瓶，告诉秦叔宝，“你不顾自己的妻子儿女，远来投奔我，立下了很大的功劳。如果我的肉可以食用，我都应该赐给你，何况那些子女玉帛？你要以此为勉励，带领部下，为大唐再立新功”，很快，秦叔宝成为秦王右三统军，下一个敌人，就是秦叔宝曾经效力过的王世充。
王世充原来就是隋朝东都洛阳的守将，他毒死杨侗，于武德二年四月称帝，国号为郑，占据河北大部州县的窦建德也自称夏王，这样，在中原地区，唐、郑、夏形成三足鼎立之势。
王世充趁着唐军在河东作战，夺取了河南的许多州县，成为大唐急需解决的心腹之患。李渊采取先王后窦的方略，于武德三年（公元620年）七月，令李世民率领八万军队进攻王世充，每次战役秦叔宝都充当先锋。鉴于洛阳城城防坚固，李世民决定扫清外围，拔掉洛阳城外王世充军的各个据点。武德四年（公元621年）正月，屈突通、窦轨巡营时与王世充军遭遇，交战失利，连连告急，李世民亲自带领训练有素的玄甲队驰援他们，斩俘王世充军六千余人，俘虏王世充的骑将葛彦璋，王世充逃回洛阳城，闭门不出。
王世充困守孤城，弹尽粮绝，只得向窦建德求援，窦建德不是等闲之辈，当然明白唇亡齿寒的道理，他决定联合王世充共同对抗唐军。武德四年（公元621年）三月，夏王窦建德亲率十余万大军驰援洛阳，很快推进到东原一带（河南荥阳东北广武山），李世民采纳郭孝恪等人的建议，继续用重兵围困洛阳城，自己亲率精锐步骑3500人抢占虎牢（今河南荥阳西北汜水镇西），阻止窦建德军西进。五月初二，决战打响了，秦叔宝横枪跃马，从敌军正面一直杀到敌军背面，他手持唐军军旗，又从敌军背面杀到敌军正面，千军万马之中，纵横驰骋，勇不可挡，敌军心生怯意，阵脚大乱，唐军一鼓作气，赢得了虎牢战役的最后胜利，窦建德被迫接受了充当俘虏的命运。唐夏虎牢战役，为数不多的唐军消灭窦建德军十余万人，成为历史上围城打援的著名战例。王世充眼见窦建德军的主力已经溃败，洛阳城不会再有援军，走投无路之中，向唐军弃械投降，中原的主要地区落入唐军的掌控，唐王朝的统一大业初告成功。秦叔宝受赐黄金百斤、帛七千段，因功进封翼国公。
唐高祖武德四年七月，窦建德在长安遇害，其旧部高雅贤等人共推刘黑闼为首领，起兵反唐，半年之内，尽复窦建德故地，占据了河北大部郡县和河南部分地区，又与突厥狼狈为奸，得到了突厥颉利可汗的支援，一时声势惊人，严重威胁了唐朝在河北的统治。十二月，李世民奉命出征，身边自然少不了秦叔宝这位王牌将领。武德五年（公元622年）二月，秦叔宝在列人（今河北肥乡东北）迎击刘黑闼部，又立殊勋，三月，刘黑闼粮草已尽，粮道又被李世民截断，不得不与唐军决一死战。刘黑闼的两万步骑渡过洺水（今河北曲周东南），与唐军展开了殊死搏斗，战斗一直从中午持续到黄昏，唐军气势如虹，刘黑闼军拼命顽抗，唐军决开洺水，顿时浊浪滔天，刘黑闼军终于士气崩溃，被唐军斩首一万余级，数千人淹死在洺水当中，刘黑闼带着两百骑兵仓皇逃走，后来也避免不了被人出卖、斩首示众的命运。沦陷州县光复了，秦叔宝再受重赏，前后受赐的金帛数以千万计。
在跟随李世民的征战中，每逢敌人的骁将锐卒在阵前挑衅，李世民总让秦叔宝去拿下他们，秦叔宝提枪跃马而去，“必刺之万众之中，人马辟易”，堪称英雄盖世的万人敌，李世民对秦叔宝更加器重，秦叔宝也以此颇为自负。
李世民战必胜、攻必克，在李唐统一战争中居功至伟，让皇太子李建成和齐王李元吉十分嫉恨，李建成感到自己的皇储地位受到严重威胁，千方百计想要除掉李世民。突厥进犯中原，李元吉代替李世民做了主帅，他请求将尉迟敬德、秦叔宝等强将精兵调到自己帐下，想等李世民成为光杆司令后再予以加害。形势紧迫，秦王府将士一致要求李世民马上动手，先发制人，秦叔宝也坚定地站在李世民这一边，愿意与他同生共死。武德九年六月四日，玄武门事变爆发了，李世民诛杀了皇太子李建成和齐王李元吉，夺取了皇储之位，不久，唐高祖李渊退位为太上皇，李世民即位为唐太宗。秦叔宝拜左武卫大将军，得封邑七百户。
自此，秦叔宝没有再领兵出征，多年以来缠绵病榻，身体十分虚弱，他曾对别人言道，“我从少年时代起就戎马倥偬，经历过大小二百多次战斗，屡次身受重伤，计量我前后流出的鲜血，总有几斛之多，怎能不生病呢”，贞观十二年（公元638年），秦叔宝因病去世，追赠徐州都督，陪葬昭陵，墓前雕刻石人、石马，以彰显其显赫的战功和超人的武功，贞观十三年（公元639年），唐太宗改封秦叔宝为胡国公，贞观十七年（公元643年），唐太宗将二十四位功臣的画像放进了凌烟阁，画像与真人一般大小，去世多年的秦叔宝也名列其中，成为永垂青史的大唐英雄。 战马、长枪、剽悍勇武的男人、鲜血染红的沙场，秦叔宝的形象充满了男人的血性，充满了气吞山河的阳刚，他如同一种振聋发聩的声音，让今人反思我们民族失落已久的精神和梦想，在他身上，我们看到了唐人的无比自信，在他身上，我们看到了唐人的豪情万丈，智、信、仁、勇、严，他样样具备，是他聚焦了我们无限向往的铁血大唐，豪杰辈出，逐鹿天下，英雄的传奇久久在我们心中风云激荡。
