1793年7月，盘踞在土伦和南方其他几个城市的王党分子为了推翻雅各宾派专政，恢复波旁王朝，居然引狼入室，允许反法联军英国和西班牙舰队驶入土伦港，并把拥有30余艘舰只的法国地中海舰队，拱手交给了英国人和西班牙人。此后，其他外国军队也都相继踏进这个地理位置十分重要的港口。到9月底，土伦的外国军队已经达到14000人，其中英国军队3000人，西班牙军队5000人，那不勒斯军队4000人，撒丁军队2000人。这一情况犹如晴天霹雳震惊了整个法国。为了扞卫新生的革命政权，打退国内外反革命势力的猖狂进攻，革命政府颁发了全国总动员法令，动员人民起来扫除叛乱、抵御侵略。没多久，两支大军便开赴土伦前线，一场着名的围攻战开始了。
围攻先由不中用的纨袴子弟卡尔托指挥。卡尔托过去是个画家，不谙军旅之事，战事屡屡不顺，炮兵指挥多马尔坦也在围攻战中受伤致残，收复土伦的前景十分黯淡。就在这时，拿破仑出现了。他是奉调前往一个海防部队去的，途中正好路过革命军部队驻地，国民公会的特派员、拿破仑的老乡萨利切蒂立即推荐拿破仑接替多马尔坦的职务，担任土伦平叛部队的炮兵指挥官。这一任命很快就得到了巴黎军事当局的批准。谁也没有料到，正是这样一个偶然的机遇，使拿破仑获得了一个初试锋芒的舞台。
9月中旬，拿破仑到达土伦前线。卡尔托傲慢地接待了他。卡尔托身穿挂有金带的军服，大模大样地踱着方步，对拿破仑说：“无须你来相助。不过，欢迎你来分享我的荣誉。”
拿破仑一到这里就立即投入紧张的工作。他很快发现这里的炮兵形同虚设，既无足够的火炮，又无充足的弹药，只有几门破破烂烂的野炮和臼炮，由一名军曹一筹莫展地看管着。士兵们没有起码的素养，也没有经过认真地训练，他们既不会使用火炮，也不懂得如何修理。更可笑的是，他的上司卡尔托竟缺乏炮兵方面的起码常识，对他那少得可怜的几门炮，连射程有多远都一无所知。面对如此状况，拿破仑首先想方设法搜集各种火炮。没多久，便弄到了近百门大口径火炮及大量的弹药。接着，他派专人到里昂和格勒诺布尔等地收集一切有用的军械起材，并在奥利乌尔建立了一个有80名工人的军械工厂。为了解决炮兵的机动和工事构筑问题，拿破仑征用了从尼斯到瓦朗斯和蒙彼利埃一带的马匹，还在马赛安排生产了几万个供修筑炮垒用的柳条筐。
与此同时，拿破仑还仔细地观察了战地，熟悉了每个局部的地貌。最后，他提出了攻陷土伦的作战计划。他认为应该首先集中主要兵力，攻占港湾西岸的马尔格雷夫堡，夺取克尔海角，然后集中大量火炮，猛烈轰击停泊在大、小停泊场内的英国舰队，切断英国舰队与土伦守敌之间的联系，迫使英舰撤出港口。这样，守敌一无退路，二无援兵，三无火力支援，法军只需很少兵力，便可迅速攻占土伦。拿破仑这一大胆而新颖的作战计划，显示了他敏锐的洞察力和丰富的想象力。然而，由于年青和不知名，他的方案迟迟得不到批准。此后，法军又进行过几次围攻，均未获成功。法国国民公会鉴于卡尔托的无能，派出老将杜戈米埃接替了他。杜戈米埃是一个已有40年军龄的老军人，他顽强、勇敢，为人正直，具有正确的军事眼光，他为拿破仑如此大胆而新颖的作战方案惊叹不已，并很快批准了这一方案。
这时英军似乎也认识到马尔格雷夫堡和克尔海角的重要性，竟派出4000人登岸驻守，征用了土伦一切人力来加强防御。英军扬言要把马尔格雷夫堡变成“小直布罗陀"。于是，一个月前还是可以轻易攻取的阵地，如今必须重兵进攻。拿破仑立即着手在小停泊场的北面构筑一个炮兵阵地，准备集中火力攻打马尔格雷夫堡。为了攻敌不备，拿破仑带领士兵用橄榄树枝对阵地进行了巧妙的伪装。因此，敌人对这项工程毫无察觉。
围攻土伦的日子终于临近了。11月下旬，前线司令部最后批准了进攻作战计划。12月上旬，革命军的最后一批援军到达，使围攻土伦的兵力达38000人，超过了守敌一倍以上，12月中旬，突击部队和炮兵都按预定计划进入集中地域，并占领了预先构筑好的保垒，完成了最后的进攻准备。
12月14日，对土伦的总攻正式开始。法军使用45门大口径火炮，集中地向“小直布罗陀”猛烈轰击。一排排的炮弹掠空而过，飞向联军阵地。“小直布罗陀”倾刻之间变成火海。在法军猛烈炮火的打击下，联军精心构筑的防御工事很快被摧毁。许多火炮还没有发射一颗炮弹就被击毁在阵地上。一些地段上的敌人，被迫放弃前沿工事，退守后面阵地。法军用猛烈的炮火整整轰击了两天两夜，直到16日晚，才真正发起冲击。
这天晚上，电闪雷鸣，海风呼啸，大雨滂沱，黑暗和恐怖笼罩着整个战场。午夜1点钟，在杜戈米埃将军的指挥下，法军6000人，从南北两翼开始攻击，直扑“小直布罗陀”。尽管“小直布罗陀”受到法军48个小时的炮击，但在法军进攻时，敌人仍在顽强抵抗。整连整连的法军在黑暗和混乱中迷失了方向。敌人猛烈的炮火使得大批法国士兵倒在血泊里。在几次进攻都被击退之后，法军许多官兵开始有些惊慌失措了，甚至产生了绝望的情绪。就在这关键时刻，拿破仑率领预备队冲了上来。拿破仑身先士卒，冲锋陷阵，他的战马被炮弹击毙，他的小腿被击伤，他仍然坚守岗位，指挥战斗。拿破仑命令炮兵大尉米尔隆率领一个营从一条曲折的小路盘旋上山，出敌不意地从棱堡的后门攻入“小直布罗陀”堡。凌晨3时许，这个营突入“小直布罗陀”炮台，给后续部队打开了一个缺口，许多英国和西班牙炮兵还没明白过来是怎么回事，便被法军杀死在大炮上。
法军占领了“小直布罗陀”堡后，立即调转炮口向敌人猛轰。敌人在拂晓前投入预备队反攻，企图夺回“小直布罗陀”，未获成功。战斗一直持续到天亮，敌人感到大势已去，放弃了毫无意义的抵抗。17日上午10时，法军在调整部署以后，再次向敌人发起进攻，又经过几个小时的激烈战斗，终于将敌人全部逐出了克尔海角。三色旗在“小直布罗陀”和克尔海角上空高高飘扬。
18日，法军收复了土伦城。这一捷报立即传遍了整个法国，许多人不肯相信土伦这个曾被看作是无法攻克的堡垒竟会陷在一个初出茅庐、默默无闻的拿破仑之手。这意外的胜利格外激动人心，拿破仑也因这次战役由一个普通军官一跃为众人瞩目的风云人物，根据杜戈米埃将军的提议，拿破仑于1793年12月22日被破格提升为炮兵准将。当时，他年仅24岁，1794年2月6日，国民公会任命拿破仑为意大利军团的炮兵指挥。
正当拿破仑凭着雅各宾革命政府对他的赏识及自己卓越的军事才能去施展更宏大的抱负时，一个意想不到的、突然爆发的政治危机使一切发生了彻底变化。
1794年7月27日即法国“共和历”热月9日这一天，雅各宾派的反对派突然发动政变，逮捕了罗伯斯庇尔及其弟奥古斯丁等一些雅各宾领袖。第二天未经审判，便将这些雅各宾领袖处死。维护大资产阶级的热月党人掌握了政权。接着，热月党人在全国追捕雅各宾政府的亲信，拿破仑也因此被捕。拿破仑在被监禁了14天以后获得释放，因为在他的档案中没有发现任何监禁他的理由。
拿破仑虽未被送上断头台，但他顺利的前程却因此中断了。拿破仑出狱后，当权者仍以不信任的眼光看着他，他的抱负得不到施展，心情非常压抑。1795年5月2日，拿破仑来到巴黎，希望获得新的任命。救国委员会命他去旺代镇压叛乱，但不是作为炮兵指挥，而是担任步兵指挥。拿破仑愤怒地拒绝了。在他看来，那里不足以施展他的才能。此外，他的专长是炮兵，把他从炮兵调到步兵是对他的侮辱。他同救国委员会里负责军事的人大吵了一场。救国委员会鉴于他拒不接受对他的任命，下令从现役将官名册上勾销他的名字。
这次意想不到的打击深深地挫伤了拿破仑的情绪。他寄居在迈勒路上距胜利广场不远的一所房屋里，又开始了以前那种贫困的生活。他痛苦地耐心等待当权者消除对他的种种偏见；他期望在局势不断变化中权力终将落入对他抱有好感的那些人手中。这一时期的拿破仑整天无所事事，穷困潦倒，过着抑郁寡欢的生活。
朱诺夫人对此有过生动的描绘：“拿破仑非常消瘦，不修边幅，头发蓬松，不抹粉，一副惹人生厌的外表。我还看到他走进特朗基利泰旅馆的庭院，那时他拖着歪斜、摇晃的步伐，戴着一顶破旧的圆形帽子，帽子几乎遮住了他的双眼，大衣的翻领盖住了他警觉的双耳。一双瘦长、黑色的手，不戴手套，因为他说过这是多余的支出。他穿的长靴，样子不好也不上油。整个容貌因为身体奇瘦和脸色发黄而显出病态。”时光流逝而一事无成，这种不公正使他心事重重，一心想有所作为的愿望在苦苦地折磨着他。他再也不能在芸芸众生中混下去了，他决意离开法国，前往君士坦丁堡为土耳其大君效劳。他起草了一道呈文，请求将他和另外几名不同兵种的军官在法国政府赞助下派往土耳其。他认为几人合在一器具备完整的军事技艺知识，足以把大君的军队编练得适应当时的局势，因为在当时看来，土耳其政府极有可能同法国结盟。这次呈请未得批复，拿破仑照样无所事事。
拿破仑心情沉闷地在巴黎度过了1794年这个艰难的冬天，度过了1795年更加艰难的饥饿的春天，看来所有的人都把他忘了。命运多舛，生活潦倒，拿破仑出现了自杀的念头。但是，他终究闯过了这一关，没有成为命运之神的俘虏，他继续钻研政治问题和战略问题，为有朝一日能大展宏图而作准备。
果然没多久，法国错综复杂的政治斗争又一次把拿破仑推上了巴黎政治舞台，让他扮演了一个极为重要的角色。
热月党人战胜了雅各宾之后，解散了巴黎公社和各地革命委员会，封闭了人民团体和俱乐部，废除了包括限价法在内的商业方面的种种限制，新兴资产阶级投机倒把、盗窃公款和发财致富的活动空前地猖獗起来。酒宴、狂欢舞会、****生活及骇人听闻的伤风败俗行为风行一时。平民群众的饥饿、贫困同资产阶级暴发户的穷奢极欲、寻欢作乐形成了鲜明对比，巴黎的平民再也不能忍耐下去，饥饿的群众向国民公会大厦进发，打破了国民公会的大门。国民公会派军队对饥饿的群众进行了血腥镇压，把许多人送上了断头台。
这时，保王党人认为波旁王朝复辟的机会来了。他们在南部的马赛、里昂等地区发动叛乱，在他们控制的地区实行白色恐怖。同时，集结在伦敦、科布伦茨、汉堡、罗马等地的王党亡命者再度活跃起来，拥立路易十六的弟弟普罗旺斯伯爵为路易十八。他们组织了亡命者队伍，在布列塔尼省的西北端基贝伦半岛登陆。热月党国民公会派奥什将军前去镇压，击溃了这支叛乱队伍，并将被俘的750名叛乱者全部处死。
热月党人消除了来自左的和右的方面的威胁之后，为了稳定资产阶级的统治，于1795年8月17日通过了一部宪法。宪法规定了分权原则，将国家权力分为立法权和行政权。立法权赋予两院，即元老院和五百人院。行政权则赋予由五位督政官组成的督政府。国民公会在实行这部宪法之后即行解散。热月党现任议员为了保持自己权力，又在这部宪法后补充了一项重要条款：五百人院和元老院中三分之二的成员必须从现任的国民公会成员中选出。这项补充条款立即引起了广泛的不满。保王党分子趁机又活跃起来，9月下旬，法国中部地区开始出现了****。在巴黎，王党分子占优势的中心区勒巴勒蒂埃区组织了一个中央委员会。在它的煽动下，叛乱犹如瘟疫迅速地在各区蔓延开来。他们决定在七月13日（10月5日）举行暴动。负责巴黎警卫的梅努将军因不满新选举法而实际上站在王党分子一边。七月12日，梅努将军同叛乱区司令谈判，同意让军队撤回军营，结果大部分地区落入暴动者之手。暴乱分子在巴黎已达到约4万人，而忠于国民公会的兵力却只有5000人左右，陆军部队当时远离巴黎。再加上热月党人的倒行逆施使得国民公会失去了群众的支持，热月党人的统治岌岌可危。
这天夜里，热月党的国民公会决定革除梅努将军的职务并将其逮捕，任命热月党的着名人物巴拉斯为巴黎武装部队司令。巴拉斯1789年为第三等级代表，1792年为国民公会议员，1793年参与围攻土伦，是热月政变的一个策划者，政变后是救国委员会委员，他为人无比自信，善于辞令，擅长玩弄权术，既能在派系斗争中明哲保身，又善于见风使舵。他虽然在陆上和海上经历过一段战争生活，但不是职业军人。现在，战斗将在几个钟头后展开，他必须有一个英明果断的将军作他的助手。
巴拉斯想起了拿破仑——一个穿着破灰大衣、曾几次找他帮忙的瘦削的年轻人。他太了解拿破仑了，他知道拿破仑是个退职将军，曾在土伦显示了突出的才能，后来发生了一些不快的事，现在穷困潦倒，薪俸微薄。巴拉斯命人将拿破仑找来，问他能否把叛乱镇压下去，拿破仑考虑了几分钟，给了肯定的答复。但他附加了一个条件：谁也不能干涉他的指挥。他说：“等大功告成以后，我才会放刀入鞘。”就这样，拿破仑如同一只久缚的雄鹰又准备展翅高飞了。
这时，巴黎的情形十分危急。巴黎的大部分地区失去控制，陷于叛乱队伍的包围之中。叛乱方面的武装队伍在人数上远远超过国民公会的武装力量。拿破仑受命于危难之际，他以异乎寻常的精力迅速地重新部署了国民公会的防卫。拿破仑作为一个出色的炮兵，他首先想到的是如何使用大炮。他设想了一个用炮火猛攻叛乱队伍的计划。当时，在杜伊勒里宫附近没有炮兵，也没有弹药，而在巴黎西北的萨布隆营房却闲置着40门大炮。拿破仑立即指派骑兵队长缪拉带着200名片兵，把大炮拖运到杜伊勒里宫周围。
