皇太极继位之初，就关注国家官制的改革。原来八旗官制，《皇清开国方略》作了一个简要说明。其文曰：“（天命十一年九月）丁丑（初八日），分设八旗大臣。初，太祖（努尔哈赤）创制八旗，每旗设总管大臣（旧称固山额真，十七年改称都统。）各一，佐管大臣（旧称梅勒额真，亦称梅勒章京。顺治十七年改称副都统。）各二（见乙卯年）。特设议政五大臣、理事十大臣（见天命元年）。后或即以总管一旗、佐管一旗者兼之，不皆分授。又有总兵官、副将、参将、游击、备御诸名，论功加授（见天命五年）。”
此处对八旗官制的历史及现状，作了一个简明清晰的介绍。其意是说，目前的八旗官制比较混乱，有的分授，有的兼职，还有的加授。各自为政，没有统一。皇太极早已看出其中的弊端，因此对八旗官制作了必要的改革，增加职务，明确责任，任命官员，提携新秀。这是即位国汗皇太极在军事上的一个重要动作。其目的是提拔新人，培植势力，整顿军队，巩固君位。
天命十一年（1626年）九月初八日，刚刚继位八天的皇太极，召集诸贝勒共同议定，作了三项调罄：
第一项，八旗旗主兼任议政大臣。《清太宗实录》记道：“上以经理国务，与诸贝勒定议，设八大臣。正黄旗以纳穆泰、镶黄旗以额驸达尔哈、正红旗以额驸和硕图、镶红旗以侍卫博尔晋、镶蓝旗以顾三台、正蓝旗以拖博辉、镶白旗以车尔格、正白旗以喀克笃礼为八固山额真。总理一切事务。凡议政处，与诸贝勒偕坐，共议之。出猎、行师，各领本旗兵行。凡事皆听稽察。”
此段内容，《皇清开国方略》也作了记载，其内容更加丰富，有加以引用的必要。
其文曰：“至是，太宗集诸贝勒定议，每旗仍各设总管大臣一（额驸扬古利，前此已授一等总兵官，其秩在贝勒之次，与额驸李永芳及总管蒙古军之武纳格，俱不预此）。正黄旗纳穆泰（扬古利之弟）、镶黄旗额驸达尔汗（此以正黄、镶黄、正红、镶红、镶蓝、正蓝、镶白、正白为序次，与顺治元年以后序次镶黄、正黄、正白、正红、镶白、镶红、正蓝、镶蓝不同）、正红旗额驸和硕图（何和里之子）、镶红旗侍卫博尔晋、镶蓝旗额驸固三台、正蓝旗拖博辉（和洛噶善城贝勒索长阿第四子龙敦之子）、镶白旗彻尔格（额亦都第三子，前此已授三等总兵官）、正白旗喀克笃哩（初由那木都禄路来归，已授三等总兵官），是为总管旗务之八大臣，凡议国政与诸贝勒偕坐，共议之。出猎、行师，各领本旗兵行。一切事务，皆听稽察（如前此之固山额真兼议政大臣）。”
这是说，每旗各设一名总管大臣，总称为总管旗务八大臣，参与国政，“凡议政处，与诸贝勒偕坐，共议之”。出猎、行军各领本旗兵士行动，本旗的一切事务皆听其调遣、指挥，“凡事皆听稽察”。这就是说，八旗旗主全都兼任议政大臣了。从前，只有部分八旗旗主兼任议政大臣，现在扩大了范围，凡是八旗旗主（即固山额真）都兼任议政大臣，有权参加最高国务会议。从而提高了八旗旗主的政治地位，八旗旗主也更加拥戴皇太极，也使军权更加统一集中。
第二项，每旗仍设两名佐管大臣。《清太宗实录》记道：“又设十六大臣，正黄旗以拜尹图、楞额礼；镶黄旗以伊孙、达朱户；正红旗以布尔吉、叶克书；镶红旗以吴善、绰和诺；镶蓝旗以舒赛、康喀赖；正蓝旗以屯布禄、萨璧翰；镶白旗以吴拜、萨穆什喀；正白旗以孟阿图、阿山，为之。佐理国政，审断狱讼。不令出兵驻防。”
每旗两名佐管大臣，《皇清开国方略》也有详细的记载，文曰：“其佐管大臣每旗各二，正黄旗拜音图（笃义贝勒巴雅喇之子）、楞额哩（亦扬古利之弟，前此已授三等副将）；镶黄旗以伊逊（费英东弟音达瑚齐之子，前此已授游击）、达珠瑚（前此已授副将）；正红旗以布尔吉（即天命七年留守辽阳大臣觉罗铎弼之子）、叶克舒（初由尼玛察路长来归，已授副将）；镶红旗武善（前此已授参将）、绰和诺（那木都禄路长明安图之子，前此已授参将）；镶蓝旗舒赛（前此已授参将）、康喀赉（前此已授备御）；正蓝旗屯布噜（张嘉城贝勒宝实长子康嘉之子，即天命十年守耀州击败明兵者）、萨璧翰（前此已授游击）；镶白旗武拜（前此已授游击）、萨木什喀（扈尔汗之弟，前此已授备御）；正白旗蒙阿图（前此已授参将）、阿山（前此已授参将），此十六大臣，赞理本旗事务，审断狱讼（如前此之梅勒额真兼理事大臣）。不令出兵驻防（按：是年十月，楞额礼、阿山率兵入巴林境，则惟职任有别，非此十六大臣，竟不令出征）。”
这是说，每旗又设两名佐管大臣，八旗一共设十六名佐管大臣。明确他们的任务是协助管理本旗事务，“佐理国政”。并负责司法，“审断狱讼”。他们等于过去的梅勒额真兼理事大臣，“不令出兵驻防”，即不必出兵打仗。
第三项，每旗又设两名调遣大臣。《清太宗实录》记道：“又设十六大臣，正黄旗以巴布泰、霸奇兰；镶黄旗以多内、扬善；正红旗以汤古代、察哈喇；镶红旗以哈哈纳、叶臣；镶蓝旗以孟坦、额孟格；正蓝旗以昂阿喇、色勒；镶白旗以图尔格、伊尔登；正白旗以康古礼、阿达海，为之。出兵驻防，以时调遣。所属词讼，仍令审理。”
关于调遣大臣，《皇清开国方略》也有详细记载，文曰：“又每旗各设调遣大臣二，正黄旗太祖第九子巴布泰（前曾驻防鞍山驿，即天命十一年五月击败名将毛文龙兵者）、巴奇兰（前此已授游击）；镶黄旗多诺依（前此官职未著）、扬善（费英东弟音达瑚齐之子，前此已授备御）；正红旗太祖第四子汤古岱（前此官职未著，后封镇国将军）、察哈喇（沾河寨长常书之子，前此已授备御）；镶红旗哈哈纳（那木都禄路长明安图之子，前此已授备御）、叶臣（前此已授游击）；镶蓝旗穆克坦（前此已授副将）、额孟格（前此官职未著）；正蓝旗昂阿喇（前此官职未著）、觉罗色勒（武功郡王礼敦之三史孙，前此已授备御）；镶白旗图尔格（额亦都第八子，前此已授参将）、伊尔登（额亦都第十子，前此已授游击）；正白旗康古哩（初由绥芬路长来归，尚郡主为额驸）、阿达海（阿山之弟，前此同授参将），此十六大臣，出兵驻防，以时调遣。所属词讼，仍令审理（后为驻防副都统暨前锋统领、护军统领诸职）。”
这是说，每旗又设两名调遣大臣，八旗共设十六名调遣大臣。他们负责出兵驻防，听从调遣，是军事指挥官。此外，对管辖区的刑事案件，仍有审理之责。此职，后来成为驻防副都统、前锋统领或护军统领等。
努尔哈赤时代的后金，其国家政权尚不完善。八旗军制代替了国家政权。八旗旗主名固山额真，固山额真为每旗的总管大臣，管理全旗军政事务。另设两名梅勒额真为佐管大臣，协助总管大臣管理旗务。天命元年（1616年）之前，特设议政五大臣、理事十大臣。议政五大臣参与国家最高决策，“参决机密”。理事十大臣管理各项庶务，“分任庶务”。“国人有诉讼，先由理事大臣听断，仍告之议政大臣，复加审问，然后言于诸贝勒。众议既定，犹恐或有怨抑，令讼者跪上前，更详问之，明核是非”。努尔哈赤每五天接见诸贝勒大臣一次，处理朝政。
崇德二年（1636年）四月二十八日，崇德帝皇太极又添设了八旗议政大臣。此前，有大贝勒代善、二贝勒阿敏、三贝勒莽古尔泰，其下还有议政十贝勒、八大臣，又有佐管十六大臣及调遣十六大臣。现在每旗添设议政大臣各三员，计二十四员。
关于添设议政大臣的原因，皇太极作了说明，谕曰：“议政虽云乏人，而朕不欲轻令干预者，以卑微之人参议国家大政，势必随事唯诺，取悦其主，其贻误国计民生者不小。国家安用此谄谀之辈为也？今特加选择，以尔等为贤，置于议政之列。尔等殚心为国，匡辅其主。”
皇太极想要让更多的有识之士参与国家政权。
皇太极将努尔哈赤时代的国家政权进一步完善化，并创建了具有后金国特色的国家政权。皇太极创建后金国国家政权的指导思想，是以明朝为模式，结合满族的特点，创建了自己的国家政权机构。他指示，“凡事都照大明会典行”。时人认为：“极为得策。”
他在任内相继设立了合乎后金国实际的国家机构，机构设置先后如下：
设文馆。天聪三年（1623年）四月初一日，皇太极旨命成立文馆。文馆的任务有两条，一是“翻译典籍”，二是“记注政事”。文馆有十名儒臣，分作两班轮值。命儒臣达海等翻译汉文典籍，目的是“以历代帝王之得失为鉴”，取得汉族王朝的资政经验；命儒臣库尔禅记注本朝政事，“以昭信史”，便于总结自己的经验教训。文馆成为皇太极的咨询机构、顾问机构和权力机构。
设六部。天聪五年（1631年）七月八日，皇太极仿照明朝，在后金国中央设立六部。这六部是吏部、户部、礼部、兵部、刑部和工部。每部由一名贝勒管理，其下设满人承政两员、蒙古承政一员、汉人承政一员。承政之下设参政八员。只有工部特殊，设满参政八员、蒙古参政两员，汉人参政两员。各部均设启心郎一员。六部办事的笔帖式，根据各部事务繁简，酌量设置。六部由贝勒主持，但他们听命于国汗，这就加强了中央集权。
据《皇清开国方略》记载，六部任命的官员如下：“庚辰（天聪五年，1631年）始设六部。集贝勒大臣议定官制，设立六部，以贝勒多尔衮管吏部事，图尔格为承政，满珠什哩为蒙古承政，李延庚为汉承政，索尼为启心郎。以贝勒德格类管户部事，英固尔岱、觉罗萨璧翰为承政，巴思翰为蒙古承政，吴守进为汉承政，布丹为启心郎。以贝勒萨哈廉管礼部事，巴笃礼、吉逊为承政，布彦岱为蒙古承政，金玉和为汉承政，祈充格为启心郎。以贝勒岳托管兵部事，纳穆泰、叶克舒为承政，苏纳为蒙古承政，金砺为汉承政，穆成额为启心郎。以贝勒济尔哈朗管刑部事，彻尔格、索海为承政，多尔济为蒙古承政，高鸿中、孟乔芳为汉承政，额尔克图为启心郎。以贝勒阿巴泰管工部事，蒙阿图、康喀赉为承政，囊努克为蒙古承政，祝世荫为汉承政，苗朔珲为满洲启心郎，罗绣锦、马鸣珮为汉启心郎。”
皇太极后金国所设的中央政府的六部，是向明朝中央政府的六部学习而来，但又有自己的特点。
其一，名称不同。六部内所设官职的名称与明朝不同。明朝六部内的官职设尚书、侍郎、郎中、员外郎、主事等。而后金国的六部官职，似乎贝勒兼任部务，有尚书之实，却无尚书的具体官名。各部承政相当于侍郎，编制为四员。参政相当于司局级干部，但有八员之多。各部特设的启心郎，似乎是秘书长之类的官员，这是明朝没有的。后金国六部的笔帖式，是秘书类的官员，大体与明朝同。
其二，性质不同。明朝六部保证汉族的绝对优势。而后金国的中央六部保证的是满族的绝对优势。这从六部的最高长官为贝勒一级即可看出了。管吏部事的贝勒多尔衮是皇太极的第十四弟，管户部事的贝勒德格类是皇太极的第十弟，管礼部事的贝勒萨哈廉是大贝勒代善的第三子，管兵部事的贝勒岳托是大贝勒代善的长子，管刑部事的济尔哈朗是贝勒舒尔哈齐的第六子，管工部事的阿巴泰是皇太极的第七兄。即是说，六部的最高长官全部是皇太极的近亲，是后金国的高等贵族。
其三，内涵不同。后金国官员的设置特别注意民族的构成，明确规定，满族、蒙族、汉族各自的比例。部长由满族贵族贝勒担任。副部长承政的比例为满族两员、蒙族一员、汉族一员。这就在中央机关中保证了蒙族、汉族官员的一定比例，有助于政权的稳定。当然，六部官制随着时间的推移，其内涵也在不断变化，即官职的级别、人数都有相应的增减。此时的各部官职只分三级，即部级、副部级和秘书长级。部长由贝勒兼任，承政相当于副部长，满蒙汉各一员，启心郎相当于各部的秘书长。其后，贝勒不再兼任部务，承政升为部长，参政成为副部长，启心郎仍为司级干部了。
设内三院。崇德元年（1636年）五月初三日，皇太极命设立内国史院、内秘书院和内宏文院。以刚林为内国史院大学士，以范文程、鲍承先为内秘书院大学士，以希福为内宏文院大学士。其顶戴服色及随从人役，俱与梅勒章京同。同时，罗硕、罗锦绣为内国史院学士，詹霸仍为内秘书院学士，胡球、王文奎为内弘文院学士。其顶戴服色及随从人役，俱与甲喇章京同。
设都察院。崇德元年（1636年）五月十四日，皇太极命设立都察院。清太宗皇太极面对新授都察院各位大臣，谕曰：“尔等身任宪臣，职司谏诤。朕躬有过，或耽游畋，迩声色，信任奸佞，废弃忠良，黜有功，陟有罪，俱当直言进谏。至于诸王贝勒大臣，如有旷废职业，黩货偷安，及朝会不敬，冠服违式，部臣容忍者，尔等即据实核奏。或六部听断不公及事未结而狂奏已结者，亦惟尔等察究。凡人在部控告该部未经审结，又赴告于尔衙门者等，察其虚实，应奏者奏，不应奏者惩禁之。明朝陋规，尔衙门亦通行贿赂之所，尔等当互相防检。若以私仇诬劾，经朕察出，定加以罪。其余章奏，所言是，朕即从之；所言非，朕亦不加罪。必不令被劾者与尔面质。至于无职之人，小节过犯，当加宽宥。我国初兴礼制，多未娴习，尔等教诫而释之可也。”
这是说，皇太极给予都察院大臣以谏诤弹劾权，用他们来监督各级官吏。五月二十六日，即命大凌河城降将张存仁为都察院承政。
设理藩院。崇德三年（1638年）六月二十九日，将原来的蒙古衙门改为理藩院，专门负责蒙古方面的事务。
更定官制。崇德三年（1638年）七月二十五日，大学士范文程等奏，请更定八衙门的官制，得到皇太极的批准。八衙门是指六部和都察院、理藩院。皇太极颁布谕旨，决定八衙门各设满洲承政一员，下设左右参政、理事、副理事、启心郎、主事等官，共五级，并依此任命了八衙门的所有官员。这些官员满、蒙、汉都有任命，以满为主，参差错落。
需要指出的是，经过此次改革的八衙门官制的官员品级，几乎同明朝完全一致了。各部承政相当于尚书，左右参政相当于侍郎，理事相当于郎中，副理事相当于员外郎，启心郎相当于司级干部，主事相当于处级干部。
三院八衙门。到此，就形成了三院八衙门的完整的官僚体制。三院是内三院。皇太极的后金国家机关的设立，有三个特点：一是以明为主，兼顾后金；二是满族执政，汉蒙参加；三是体系完整，规模初具。
总之，皇太极创建的国家机器，以明朝为圭臬，照顾到后金的特点，具有后金自己的特色。其性质是满、蒙、汉贵族地主阶级的联合执政。其意义是标志着皇太极的政权，在政治上已经完成了向封建国家的过渡。
