魏邵陵厉公嘉平五年（癸酉，公元253年）孙峻因为臣民百姓大都怨恨嫌恶诸葛恪，就在吴王面前诬陷诸葛恪，说他想要发动变乱。冬季，十月，孙峻与吴王密谋在酒筵上杀死诸葛恪。诸葛恪将要赴宴的前一天晚上，精神燥动不安，整夜都不能入睡；另外，家里又发生了几次怪异之事，诸葛恪起了疑心。第二天，诸葛恪把车停在宫门，当时孙峻已经在帷帐之中设下伏兵，唯恐诸葛恪不按时进来使事情泄露，于是就亲自出来见诸葛恪说：“您如果贵体欠安，可以等以后再说，我会把情况禀告主上的。”他说这话实际是想探试诸葛恪的态度。诸葛恪说：“我要勉力进去见主上。”当时散骑常侍张约、朱恩等人写密信给诸葛恪说：“今日宫内的陈设不同一般，我们怀疑有其他变故。”诸葛恪把密信给滕胤看，滕胤劝诸葛恪回府。诸葛恪说：“这些小辈能干什么？恐怕他们是在酒食中下毒来害人而已。”诸葛恪进入宫内，带着剑不脱鞋上殿，上前谢过主上，回来坐在座位上。摆上酒宴，诸葛恪因有疑心就不饮酒。孙峻说：“您的病没有大好，如果有常服的药酒，就请派人取来。”诸葛恪这才安了心。诸葛恪喝着自己人送来的酒，喝了几杯之后，吴王回到内室；这时孙峻也起来上厕所，在那儿脱下长衣，换上短衣服，一出来就喊道：“主上有诏命立即拘捕诸葛恪！”诸葛恪慌忙站起，还没拔出剑而孙峻的刀已经砍了下来，张约从旁边刀劈孙峻，但只伤及左手，孙峻却回手砍断了张约的右臂。这时，宫内的卫兵都跑上殿来，孙峻说：“今天要捕取的只是诸葛恪，现在他已经死了。”然后命令卫兵全都把刀收起来，又把地上清除打扫一番重新开筵。诸葛恪的两个儿子诸葛竦和诸葛建听说父亲遭难，就用车拉起母亲想要投奔魏国，孙峻派人追赶并杀掉了他们。又命令用芦席裹住诸葛恪的尸体，中间用竹蔑一捆，扔到了石子冈。另外派遣无难督施宽到将军施绩、孙壹的军队中，在公安县杀了诸葛恪的弟弟奋威将军诸葛融和他的三个儿子。诸葛恪的外甥都乡侯张震、常侍朱恩也都被诛灭三族。
临淮人臧均上表请求收拾诸葛恪尸骨并加以安葬，他上书说：“电闪雷鸣，不会在整个早晨都连续不断，狂风怒吼，也很少终日不停，雷电狂风过后仍然还会有和风细雨，滋润万物。因此天地的威严不会整日整夜连绵不断地施展；帝王的怒气也不应毫无约束地尽情发散。我狂妄愚鲁，不避忌讳，胆敢冒着破家灭身之罪，象祈求上天降下和风细雨一样，求您暂息雷霆之怒。追想已故太傅诸葛恪，罪恶满盈，自己招致了诛灭三族的结果，他们父子三人的首级被砍下示众也有不少天了，观看者有数万人，咒骂他们的声音也如风四起；国家的大刑震慑了各个地方，就连老人孩童也全都见到了。人情对于万物，往往是乐极生哀，看到诸葛恪在尊贵全盛之时，世上没有人能与他相比，身居三公宰相的高位，经历多年，而如今被诛杀灭族，却无异于禽兽，察尽人情的反复，怎能不令人悲伤！而且他是已经死去之人，应埋葬于地下，没有必要再对他砍凿击刺。希望圣明的朝廷，效法天地，发怒不超过十日，让他的乡里之民和手下故吏用普通士卒的丧服为他收尸，再恩准他殓入三寸薄棺。从前项藉曾受到殡葬的礼遇，韩信也曾得到入殓安葬的恩惠，这都是汉高祖被誉为光大神明的举动。愿陛下施布三皇的仁慈，垂赐哀怜之心，使国家的恩泽施加于因罪被杀者的尸骸，再次让他得到不尽的恩惠，从此仁德的声名扬于远方，使天下劝善惩恶，这难道不正大吗？从前汉代的栾布故意违背成命，向彭越的首级禀奏并祭祀。我对栾布的做法极为不满。他不先请求主上的恩典，而擅自肆意发泄自己的情感，他能够不受诛杀，实在是万幸之事。如今我不敢明白地表达自己的情感来显露圣上的恩赐，只能恭敬地写信上书，冒昧地向您陈述我的意见，请求圣明天子爱怜而体察臣下之心。”于是吴王和孙峻下令听任诸葛恪过去的部下把他收敛安葬。
当初，诸葛恪少年即名声大振，吴大帝孙权非常器重他，而他的父亲诸葛瑾常为此事忧虑，说诸葛恪不是能保护家族的主人。诸葛瑾的朋友张承也认为诸葛恪必将败坏诸葛氏家族。陆逊曾对诸葛恪说：“在我前面的人，我必然尊奉他，与他共同升迁；在我之下者，我就去扶持接引他。如今我看你气势凌驾于你前面的人之上，心意中又蔑视在你之下的人，这不是安定德业的根基。”蜀汉的侍中诸葛瞻，是诸葛亮之子。诸葛恪再次攻打淮南时，越太守张嶷给诸葛瞻写信说：“吴王刚刚驾崩，现在的皇帝实在太年幼怯弱，太傅诸葛恪承受辅政托孤的重担，又哪里是容易的事！以周公之才且有亲戚关系，来摄理朝政，仍然会有管叔、蔡叔散布流言发动叛乱；霍光受命摄理朝政，也有燕王刘旦、盖主和上官桀等人阴谋陷害霍光的活动，只是依赖周成王、汉昭帝的圣明才得以免遭危难。以前常听说吴王生杀赏罚的大权，从不交给下人，如今却在垂死之时，终于召来太傅，把后事托付给他，这实在令人忧虑。另外从以前的记载看，吴、楚地方的人性格轻飘急躁，但太傅却远离年幼的君主，深入敌国境内，这恐怕不是良好而长远的计策。虽然说吴国国家纲纪整肃，君臣上下和睦相处，但百事中即使有一次失误，也不是明智者的谋略。用古事来衡量今天的事情，则今事如同古事一样，如果您不向太傅进献忠言，还有谁能直言相告呢？希望您能劝他撤回军队扩展农业，致力于推行仁德恩惠，数年之中，我们东西两国再同时大举进攻魏国，也不算晚，希望您深刻地考虑和采纳我的建议！”后来诸葛恪果然如张嶷所言而失败。
吴国的群臣共同建议上奏，推举孙峻为太尉，滕胤为司徒。有个向孙峻献媚的人说：“政务的权柄应由皇族掌握，如果滕胤当了司徒，地位仅次于太尉，而且他声名卓着，众人之心都归附他，那么他日后的势力则不可估量。”于是又上表请任命孙峻为丞相、大将军，都督中外诸军事，却不设置协助丞相管理政务的御史大夫，因此士人都大失所望。滕胤的女儿是诸葛恪之子诸葛竦的妻子，滕胤以此为由想要辞职。孙峻对他说：“鲧之罪不会牵连到禹，你何必这样呢？”孙峻和滕胤虽然内心不甚融洽，但处理外部事务却能互相包容。于是进封滕胤的爵位为高密侯，二人像以前一样一起共事。
齐王孙奋听说诸葛恪被诛杀，于是移居芜湖，想要到建业去观察事态变化。傅相谢慈等人劝谏他不要去，孙奋就把谢慈杀掉了。朝廷得知后，把孙奋废黜为庶民，徙居章安县。
南阳王孙和的妃子张氏，是诸葛恪的外甥女。早先诸葛恪有迁都的打算，就让孙和去修建武昌宫，民间有谣传说诸葛恪想要迎立孙和为天子。诸葛恪被诛之后，丞相孙峻就因此事夺去了孙和的印玺，徙居到新都，又派使者随后追去赐孙和自杀。当初，孙和之妾何氏生了儿子孙，其他姬妾生的儿子有孙德、孙谦、孙俊。孙和将死时，与张妃决别，张妃说：“无论吉凶祸福，我当永远相随，决不独自活着。”然后也自杀而死。何姬说：“如果都相从而死，谁来抚养孤儿呢？”于是就抚育孙和他的三个弟弟，这些孩子都依靠她才得以生存下来。
