在强大的保守势力围攻下，康、梁变法，仅仅推行百日，便以人头落地，流血失败告终。谭嗣同、康广仁、刘光第、林旭、杨锐、杨深秀等维新派“六君子”，被处死于北京菜市口。康有为、梁启超仓皇逃亡海外；章太炎也被悬榜通缉，举家逃往台湾。莫道书生空议论，头颅掷处血斑斑。学者蒋梦麟欷歔不已地说：
光绪皇帝在1898年变法维新，结果有如昙花一现，所留下的惟一痕迹只是国立北京大学，当时称为京师大学堂或直呼为大学堂，维新运动短暂的潮水已经消退而成为历史陈迹，只留下一些贝壳，星散在这恬静的古都里，供人凭吊。蒋梦麟《西潮·新潮》。岳麓书社，2000年版。
然而，北京古都并不恬静，洪流一旦出闸，就难以回头了。康、梁所开启的变法运动，并没有停止。读书人仕途无望，纷纷转投报界。朝廷开放报禁，民间言路大开，报业的繁荣，缔造了一大批新型的知识分子群体；为其后的立宪运动、保路运动、辛亥革命，打造了最重要的思想舆论工具；也为民国成立后一系列的价值重建运动，奠定了基础。可以说，没有这场改革运动，就没有1915年以后的新文化运动。
在清末十年，“有中国特色的资本主义”有如地平线上的山脉，已经遥遥在望，但望山跑死马，何时可以登上山巅，未可期也。而“有资本主义特色的中国君主专制”，却已成为朝野共识。立宪运动，由沉寂而转趋高涨。诚如梁启超所说：“当时所谓新党如康有为梁启超一派，可以说是用全副精力对于科举制度施行总攻击。前后约十年间，经了好几次波折，到底算把这件文化障碍物打破了。”梁启超《五十年中国进化概论》。《梁任公近著》（下），文海出版社有限公司，1923年版。1905年清廷宣布废除科举。在席卷朝野的改革运动中，走得比康、梁还远。
立宪政治者，恒须两大先决条件，一为开放报禁，一为开放党禁。有这两个“开放”，未必就有真宪政；但没有这两个“开放”，搞宪政绝对是骗人。慈禧太后和光绪皇帝开放了报禁，但党禁仍不敢放，直到武昌革命已经爆发，火烧眼眉了，隆裕太后和摄政王载沣才宣布开放党禁，却为时已晚。天下之望，殆已尽去。百病缠身的大清江山，除了“人死病断根”，再没有第二条出路。
有人或问，如果戊戌变法没有夭折，还会有辛亥革命吗？清廷还会倒台吗？那是一定会的。清廷可以搞宪政改革，但改不了自己的血统。如果龙床上坐的皇帝是汉人，那么实行宪政改革也许会出现另一个结局，“君主立宪”未必绝对不能成功，但现在坐龙床的是满人，无论如何过不了“驱除鞑虏”的汉人革命者这一关。结果，这个“有心立宪，无力回天”的大清王朝，就在1911年的革命中，被彻底推翻了。
大清的京师大学堂，变成了民国的北京大学。青山依旧在，几度夕阳红。这个百日维新的仅存遗物，见证了一个朝代的终结。但它绝非退潮后留下的贝壳，这里依然是中国政治、文化的中心。所有新旧思想与势力，都视这里为必争之地，人人都要登台一展身手。
清末民初，在北京这个大舞台上，演出了中国思想界一幕幕精彩纷呈的好戏。梁启超自豪地宣称：“戊戌维新，虽时日极短，现效极少，而实为20世纪新中国史开宗明义第一章也。”梁启超《康有为传》。《戊戌变法》（一），上海人民出版社、上海书店出版社，2000年版。
新中国开宗明义第一章，就这么迅速地翻过去了。当年康有为担心风暴一来，孔儒将无处寄身。昨日的远虑，今日已成近忧。
康有为“公车上书”时37岁，而立已过，不惑在望；而梁启超则年仅22，正是“潜龙腾渊，鳞爪飞扬；乳虎啸谷，百兽震惶”（梁启超在《少年中国说》中对少年的赞美之词）的青春年华。然而，时间过得飞快，少年子弟江湖老，一代比他们更新鲜活泼的孩子，正在康有为的视野范围之外，像春天的野草一样，悄悄地蓬勃成长。
那一年，在这些“如初春，如朝日，如百卉之萌动”（陈独秀在《敬告青年》中对青年的赞美之词）的孩子当中，陈独秀16岁，鲁迅14岁，沈尹默12岁，周作人10岁，钱玄同8岁，李大钊6岁，胡适4岁。属于他们的时代还没到来。当他们刚跟着垫师念“人之初，性本善”时，就碰上了义和拳，然后又碰上辛亥革命，天下大乱，沧海横流，在价值崩溃的年代中成长，从小就磨炼了一双“怀疑一切”的金睛火眼，否定与批判，便成了伴随他们一生的烙印。
他们是中国最后一代受过严格传统文化教育的知识分子，但他们长大成人时，儒学已不再是安身立命的必需品，他们无须像康、梁那一代知识分子那样，要在新世纪进行艰难而痛苦的价值转换；也不用学梁启超，花了半辈子去思考，鼓足了勇气，才说出“吾爱儒学，但吾更爱真理”这句话来，他们跺跺脚，就可以毫不犹豫地高喊出“打倒孔家店”的口号，并不需要克服多少心理障碍。
1911年的辛亥革命，推翻帝制，创立民国，孙文出任民国第一任临时大总统，一度给中国人带来了希望，以为国家从此走上共和、民主之路。第一任教育总长蔡元培，字鹤卿，号孑民，一位44岁的浙江绍兴人，1889年中举人，三年后中进士，在同盟会时代，有过研制炸弹，谋刺清吏，策划暴动的传奇经历，自称“我是从手枪炸弹中历练出来的”，曹建《蔡孑民先生的风骨》。《为了忘却的纪念》，经济日报出版社，1998年版。但他被后世尊为文化界、知识界的泰斗，却不是因为他会造炸弹，而是因为他在民初开现代教育体制先河的成就。
其实蔡元培年轻时写文章，与章太炎有同好，都是古字连篇，字妖成群，他嫌自己的号“鹤卿”太俗，便改成了没人会读的“隺庼”。他又喜欢用周秦子书典故，连八股先生都嫌太过艰深晦涩，不适合考科举。蔡元培就任教育总长后，首先进行机构改革，在普通教育司和专门教育司外，再增设一个社会教育司，专责推广社会教育，做普及教育的工作。
同时，他着手制定新的教育学制，当时襄助他的蒋维乔，向蔡氏建议：“前清之奏定学堂章程，合乎帝制，不适于共和。今值变革，各省学校，无所适从。惟有先颁通令，对旧制之抵触国体者去之，不抵触者暂仍之。”根据这个原则，决定民国的教育制度，在法规上“去尊孔”，在学校中“废祀孔”，在课程中“删经学”，并制订14条通令，向全国颁行，其中明确规定：“小学读经科，一律废止。”蒋维乔《辛亥革命闻见》。《辛亥革命》（八），上海人民出版社、上海书店出版社，2000年版。
1912年9月2日，教育部颁布实行新的教育宗旨：“注重道德教育，以实利教育、军国民教育辅之，更以美感教育完成其道德”。这体现了蔡氏的教育思想。蔡氏后来说：“我素来不赞成董仲舒罢黜百家、独尊孔氏的主张。清代教育宗旨有‘尊孔’一款，已于民元在教育部宣布教育方针时说他不合用了。”蔡元培《我在北京大学的经历》。《东方杂志》第31卷第1号，1934年1月1日。
蔡元培的思想，有很鲜明的安那其主义色彩，崇尚个人自由、思想自由、学术自由，孔子就是孔子，宗教就是宗教，国家就是国家，义理各别，绝不能混为一谈。在学校中强制推行尊孔、祀孔、读经，在蔡氏看来，皆属“抵触国体”的严重事情，必须立即废止。
