撒木耳寻求富有赞助人的戏剧性故事在美国结束，与此同时，又一个更大规模的搜寻活动在库姆兰展开。阿拉伯巴勒斯坦文物部主任G。兰克斯特·哈定于1948年11月读到关于发现死海古卷的消息时为时已晚。政府竟然没有参与此类发现，哈定吓得目瞪口呆，立即开始行动。这个足智多谋的主任动用了他能支配的所有学者、侦探以及沙漠向导，在两个月之内便找到了当初密藏古卷的山洞。此后，哈定不仅很快便赢得坎多的信任，并迅速地与贝都因人达成协议，从此贝都因人要把他们发现的一切东西都交到巴勒斯坦考古博物馆，并为此得到报酬。
虽然哈定继续搜索，但东西大多是塔米尔部族找到的，对他们而言，搜寻古卷已经成为大宗买卖。贝都因人日益垄断了发现的古卷，使法国天主教圣经学院的院长罗兰·德·沃克斯神父和美国东方研究院的院长威廉·里德大为惊恐，他们开始全面查勘库姆兰的陡坡峭壁，检查了成百上千个可能藏有古卷的洞隙、裂缝，找到了37个内有陶器及其他人类居住痕迹的山洞。这项工作艰难费力：发掘者探测千百年前的废墟时，灰尘封住他们的眼睛、鼻子和喉咙，以及他们所找到的每一件东西。但是他们的工作会得到报偿。在所谓的3号洞里，德·沃克斯及其发掘队挖出一个独特的铜卷，上面列有密藏珍宝——或许就是人们传说的藏有神殿财富的地点。
然而，与在4号洞发现的东西相比，一切都黯然失色：在4号洞里6英尺厚的蝙蝠粪底下有500多个古卷的残片。虽然发掘工作还要持续4年，从总共11个山洞中找到800多个古卷，但任何其他山洞的藏品结果都不如4号洞的丰富。这些古卷加在一起形成一个巨大的书库，里面包含除《以斯帖记》外的《圣经·旧约》各卷的几个不同的抄本；许多类似《圣经》诸卷的书被当作《圣经》人物的作品，或撰写成补充的祈祷文本；以及数量较少的教义、律法方面的文献，还有显然出自一个鲜为人知的犹太异端教派的关于救世主的作品。
德·沃克斯以3600美元购入一批贝都因人在洞内发现的古卷。时光已将这些古卷毁坏成75 000个碎片，博物馆于1952年召集了一支由7个学者组成的国际班子来处理这一意外收获，其成员为活跃在东耶路撒冷各考古学派的代表人。在1954年，美国商人约翰·D。洛克菲勒资助工作组在巴勒斯坦考古博物馆开展工作。在德·沃克斯带领下，这一班全部为基督徒的人马一直工作到1960年才完成残片的污垢清除和整理，以便作进一步的研究。
7位学者竭力在这大量难以驾驭的文献中找到顺序，与此同时，德·沃克斯在解决另一个谜：当时谁拥有这些古卷？他于1951年开始发掘位于库姆兰峭壁之上的高地上的一个遗址，到1956年，已挖掘出一个庞大的建筑群，里面有德·沃克斯认为是缮写室的房间（即抄写员的工作场所），有一个公共餐厅、一个厨房、一个礼堂和工作间，以及规模很大的供水系统。他没有找到居住区，说明居民住在邻近的山洞或帐篷里。
德·沃克斯从罗马学者普林尼和犹太历史学家约瑟夫的历史叙述中获得帮助；他在工作中借助古卷以及遗址本身提供的线索，推断神秘的废墟当年是艾赛尼派的一个小教派的中心。这一教派是公元1世纪左右巴勒斯坦犹太人的三个意识形态运动组织之一，其形象浮现于他们写下的文字之中：一群苦行、奉行和平主义的人，相信命定论，期待末世大动乱即将来临。
后人并不确知艾赛尼教派的命运。德·沃克斯猜测，他们既是古卷的看守者，也是其中一部分的作者。他相信他们是公元68年罗马人入侵的受害人，在丧生之前，他们将宝贵的文献藏匿于附近的山洞之中使它们免遭毁灭。
时间到了1956年，中东局势再度干扰了古卷的研究。
以色列虽然在第一次中东战争中取得了胜利，但从此也处在了四周阿拉伯国家深刻的敌意之中。正如原帕尔马赫的司令伊加·阿隆说：“以色列赢得了战争，失去了和平。”20世纪50年代是阿拉伯民族主义运动高涨的时期，不少阿拉伯国家都通过革命或政变建立了军人政权，而每一个上台的新政权为了争取民众的支持，都把消灭以色列、解放巴勒斯坦作为其首要的政治目标之一。随着时间的推移，各阿拉伯国家对以色列的仇恨情绪变得越来越强烈。
以色列面积狭长，没有天然的防御屏障，很容易被从中切为两段。从距离上看，除内格夫沙漠腹地外，以色列所有的城镇离阿拉伯边界都不超过30公里，从约旦河西岸到地中海最狭窄处还不到15公里，根本没有战略纵深可言。从人口上看，以色列同周围的阿拉伯国家的比例是1∶40，常备军人数的比例是1∶8.这些情况自然使以色列对其安全问题格外关注。无论官方还是民众，都认为安全对于国家和民族来说，便意味着生存还是死亡的问题。也有不少犹太复国主义极端分子认为，对付阿拉伯人最有效的手段就是武力，主张用实力来说话。这种态度反过来又进一步刺激了阿拉伯国家的敌意。
20世纪50年代前期，以阿之间在两个问题上的斗争尤为激烈，一个是耶路撒冷的地位问题，另一个是巴勒斯坦难民问题。
在本·古里安等人的推动下，以色列议会通过决议，宣布耶路撒冷为这个犹太国家的首都，并决定将政府迁到耶路撒冷。而此时联合国大会刚好通过了关于重申耶路撒冷国际化的决议，以色列这一公然蔑视联合国的行动遭到了包括美、英在内的世界上许多国家的反对，在阿拉伯世界更是激起了广泛的愤怒。但是国际社会却没有采取任何实际行动。受此鼓励，外约旦国王阿卜杜拉也宣布正式将约旦河西岸和耶路撒冷旧城并入其版图，国名改为“约旦哈希姆王国”。阿卜杜拉也受到阿拉伯各国的纷纷谴责，并于1951年7月在耶路撒冷遭一名阿拉伯人刺杀身亡。
战争前和战争期间，大约有65万阿拉伯人逃离了巴勒斯坦，成为滞留在周围阿拉伯国家的难民。在美国的压力下，以色列政府曾一度表示愿意先让10万难民返回家园，作为全面解决冲突的步骤之一。但以色列公众却强烈反对这一让步，认为让阿拉伯难民返回将会危及他们的安全和国家的生存，于是以色列政府又撤回了这个提案。随着大批犹太难民涌入以色列，阿拉伯人原来的房屋和土地都被新移民所占用，以色列也就放弃了让阿拉伯难民重返家园的计划，而提出将他们安置在阿拉伯国家，由以色列向他们作出经济赔偿的建议。当1950-1951年伊拉克等阿拉伯国家也针锋相对地驱逐了它们国内的犹太人之后，以色列就更有理由不让巴勒斯坦阿拉伯人返回了。难民问题成了以阿斗争的焦点。
由于阿拉伯国家在战争中失败，一些国家的内部矛盾激化，政局动荡。在一个时期里，各国虽然在宣传上都表示最终将消灭以色列，但并没有制订出具体的行动计划。但是，阿拉伯联盟发起的经济封锁，却确实加剧了以色列的经济困难。阿拉伯各国不仅完全断绝了同巴勒斯坦的经济联系，而且尽量阻止第三方同以色列来往。埃及不允许任何船只通过苏伊士运河和亚喀巴湾前往以色列，这样进出以色列的船只能穿过地中海绕道航行，需要高得多的运费。
阿拉伯各国同以色列敌对的另一种形式是持续不断的边境冲突。停战协定签订后，由双方代表和联合国观察员组成了四个混合停战委员会（MAC），分别对以色列同叙、黎、约、埃之间的停火进行监督。但不久后，由于破坏停火的事件防不胜防，边境冲突频繁发生，停战委员会除了记录冲突次数外完全失去了作用。最早发生冲突的是以叙边境。由于以色列在靠近边界的胡拉沼泽实施排水造田工程，引起两国关系紧张，继而在1951年爆发了激烈的军事冲突，双方都越过边界袭击对方。
以约边界曲折漫长，加上约旦境内有大量巴勒斯坦难民，因此是冲突发生最频繁的地段。不断有一些巴勒斯坦武装人员越过停火线进入以色列控制区域实施破坏或袭击行动，约旦政府对此既不想约束也无能为力，以色列则采取针锋相对的报复性还击。在遭到一系列越境袭击之后，以色列派出的两支部队在报复行动中杀死了约旦50多名平民，几乎摧毁了边境地区的整个基比亚村，引起国际社会的普遍谴责。自1949年6月到1954年10月，以色列指责约旦破坏停火协议1612次，约旦也指责以色列破坏停火协议1348次。混合停战委员会证实，以色列方面有124人，约旦方面有256人在冲突中死亡。
从1954年起，边界冲突的焦点逐渐转到了埃及与以色列的停火前线加沙地带。在这里除了一般的违反停火事件外，更多的是越界袭击—报复—反报复的恶性循环。与约旦河西岸一样，加沙地带也有大量的巴勒斯坦难民，他们的生活条件更加拥挤恶劣。纳赛尔政府在他们中组织了一些游击队（费达因），不时深入以色列内地开展袭击和破坏活动，尤其是对内格夫北部一些犹太人定居点的袭击，造成了许多平民的伤亡。据以色列驻联合国代表埃班称，1949-1956年间共有1300多名以色列人在阿拉伯人的袭击中伤亡，其中三分之二是平民。伤亡人数的激增，使以色列公众的情绪变得非常激烈。也正是在这种情绪的支持下，一度下野的强硬派本·古里安1955年2月重新上台执政。以色列对阿拉伯人的袭击采取了多次猛烈的报复行动，其中包括一次深入加沙内地摧毁埃及陆军司令部的行动，打死打伤埃军60多人。
冷战开始后不久，以色列便选择了站在以美国为首的西方一边。以色列领导人不仅在意识形态上同西方有一种天然的亲近感，而且他们认识到以色列必须依靠盟友的支持才能维持生存，而强大的美国是以色列应该选择的主要盟友。同时，以色列也在积极修复它同英国的关系。1950年，美国发起组织旨在阻止苏联势力进入中东地区的“中东防卫司令部”，以色列表示愿意参加这一组织，这一态度立即招致了苏联的不满。1953年初，苏联国内发生了所谓“犹太医生谋害斯大林”案件，引起了以色列公众的愤怒，抗议者们冲击了苏联使馆，导致两国一度断绝了外交关系。加上后来苏联公开支持阿拉伯民族主义运动，并向埃及提供武器，以苏关系便彻底恶化了。
埃及革命后，以纳赛尔为首的民族主义者加快了收回苏伊士运河的步伐。经过长期谈判，英国被迫从埃及撤离了军队，但仍在经济上控制着运河。1956年7月26日，纳赛尔宣布将苏伊士运河收归国有，此举使英国和法国在政治和经济上受到了沉重打击。在经济制裁、政治和外交压力都未能使埃及屈服的情况下，英、法便决心采用战争手段来恢复它们对苏伊士运河的控制，力图挽回它们在中东地区正在消失的影响。
英军撤离苏伊士运河在以色列也引起了恐慌，普遍的担心是英军撤走后就少了一道隔离埃及的屏障。使本·古里安更不安的是，自1955年秋开始埃及与苏联迅速接近，并从苏联集团获得了包括飞机和坦克在内的大量的武器，而以色列试图从美国获得武器的努力却未成功，因为此时美国正在拉埃及加入它策划的“巴格达条约”组织。于是本·古里安认为，以色列有必要对埃及发动一次有效的打击，目的有二：一是制止加沙地带愈演愈烈的越境骚扰，二是有效地削弱埃及的实力，以免它装备了新武器之后对以色列构成威胁。苏伊士运河危机使以色列与英、法走到了一起。
在策划打击埃及的战争中，法国首先提出与以色列联合作战的计划。英国因希望保持同伊拉克、约旦的友好关系，对同以色列合作开始还有些犹豫，但后还是决定利用以色列的力量打击纳赛尔。不久，以色列同英、法领导人就联合入侵埃及达成了最后协议。
10月29日，以色列向埃及发起了突然袭击，苏伊士运河战争（亦称第二次中东战争，以色列则称为西奈战争）爆发。以军空降兵降落在苏伊士运河以东65公里的米特拉山口，同时出动4.5万兵力，分四路越过边界进入西奈半岛南部，在经过激烈的交战后，占领了半岛大部分地区。英、法发出了早已准备好的最后通牒，要求以、埃双方立即停火并从运河各后撤10公里。以色列按照事先策划好的方案，接受了通牒，而埃及则表示拒绝接受这个通牒。英、法出动了200多架飞机和100多艘军舰，开始对亚历山大、开罗进行轰炸，埃及空军遭到严重打击。英、法2万多海军陆战队在塞得港登陆，埃及军队进行了顽强抵抗，炸沉了运河中的船只，以封锁运河。以色列军队趁机占领了整个西奈半岛，埃军损失惨重。
联合国安理会连续举行紧急会议，讨论停火问题：参加会议的多数国家同情和支持埃及，谴责英、法、以的军事行动。大会以64票赞成，5票反对，6票弃权通过了997号决议，要求各方立即停火，将军队撤回停战线后，并采取措施使苏伊士运河恢复通航。在美、苏的强大压力下，以色列和英、法先后宣布接受停火。联合国紧急部队开始陆续分批进驻塞得港和运河区。
苏伊士运河战争从10月29日到11月6日，共持续了8天。以色列和英、法参战兵力共约6万人，出动了约600架飞机和400辆坦克。埃及的参战人数约为15万，动用了250架飞机和530辆坦克。结果埃及共死亡1600人，受伤4500人，被俘和失踪6100人，以色列死亡189人，受伤899人，英、法一共只伤亡了150人。
埃及虽然在军事、经济上遭到巨大损失，但在政治上却赢得了胜利，得到了世界上多数国家的同情和支持，政治影响大增，从此成为阿拉伯民族主义运动的中心。而英、法却在政治上遭到惨败，此次战争后便彻底退出了中东，由美、苏取而代之。以色列虽然也因发动战争而遭到国际社会的指责，并在战后退出了占领的土地。但它基本上达到了参加战争的目的：从军事上打击了埃及，在以、埃之间建立起了一道由联合国部队隔离开来的缓冲地带，使以、埃边界保持了10年的相对平静，从而保证了国内政治和经济得以稳定的发展。
在这次战争中，研究羊皮卷的国际委员会撤离了东耶路撒冷，为了安全起见，羊皮卷也被送往约旦的安曼。但正当德·沃克斯在库姆兰的工作行将结束之时，贝都因人在11号洞的岩石背后发现了保存完好的古卷。这是发现的最后一批密藏物，其中5卷被收入博物馆，然而，据传至少其他两卷落入私人之手。学者们心存希望，期望有朝一日又一个衣衫褴褛的牧童会怀揣宗教文卷出现在他们面前，但是4年过去了，无人前来。
