这时候，玄武门外边声音渐歇，隔着门缝一看，两千兵马竟然尽数退去。张公谨脸色大变，急忙喊道：“尉迟敬德，速回王府救驾！”尉迟敬德连忙枭了李建成的首级，直奔秦王府而去，他冲到面前，将迎面几人挥刀砍倒，左手提起两颗人头，怒目圆睁，大声喝道：“咄！你等试看这两个首级，乃是何人！”众人一看，无不大惊失色，顿作鸟兽散，薛万彻神勇无敌，但兵败如山倒，无法约束手下，最后只有率骑兵数十人逃离长安，躲进终南山。
尉迟敬德入府拜见秦王。李世民一声叹息，说道：“事已至此，只能进宫去向父王请罪了。”尉迟敬德道：“不知圣上态度如何，进宫恐有危险，待我先进去探明。宁死敬德，不伤大王。”
尉迟敬德全身披挂，手持长矛直入宫中面见李渊请罪，但高祖李渊并不在武德殿，此刻，他正与众妃“泛舟海池”玩得开心，看见尉迟敬德带着十余骑兵全副武装冲了过来，大惊失色，忙问：“今日乱者谁邪？卿来此何为？”
尉迟敬德远远拜跪，高声说道：“秦王以太子、齐王作乱，举兵诛之，恐惊动陛下，遣臣宿卫。”
李渊对旁边的大臣说：“想不到今天竟然出现这种事，你们说改怎么办？”（不图今日乃见此事，当如之何？）
齐声回奏：“建成、元吉本不预义谋，又无功于天下，疾秦王功高望重，共为奸谋。今秦王已讨而诛之，秦王功盖宇宙，率土归心，陛下若处以元良，委之国务，无复事矣。”李渊到此地步，也只得说：“善！此吾之夙心也。”依言下旨，“手诏诸军听秦王节度”，李世民胜利登上大唐帝国的皇帝宝座。
李渊有四个儿子，四子李元霸早夭，剩下的三个当中有两个才堪治国，已经算命中率极高了，所以出一个李元吉这样的酒囊饭袋，也不能怪他教子无方。李渊西进长安，让李元吉做太原留守。刘武周手下宋金刚兴兵来攻太原。他把司马刘德威招来说道：“你率老幼守城，我领强兵出战。”说得是信誓旦旦，跟真的似的，果然当晚就托词出兵，带着妻妾，一溜烟逃回了长安。连敌人都没看见，就把黄河以东的土地，全部拱手让给了刘武周。李渊见他不成，就先不让他带兵，跟着李世民历练历练，也没长什么见识。后来李世民去守虎牢关，留他继续围攻洛阳，却被王世充一小拨出城挑衅的军队杀的丢盔弃甲，连损几员大将。若不是围城八个月，郑军早已虚弱不堪，竟被王世充解围，那不管李世民在虎牢关如何完胜，也都无济于事了。
后来窦建德旧部刘黑闼在山东起兵，李世民前往征讨，又带上李元吉一路，大败刘黑闼。不料李建成在长安串通高祖爱妃张婕妤，说李世民拥兵自重，不把李渊放在眼里。李渊竟然信了，中途把李世民招回，却将兵权交给李元吉。刘黑闼本来已经被杀得只剩两百骑兵逃往突厥，一听李世民被招回，大喜过望，从突厥借了几千骑兵，联合徐元朗，来攻淮南。淮南王李神通招架不住，去请齐王李元吉、亲王李道玄前来支援。李元吉满口答应，只是按兵不动。李道玄亲眼看见李世民杀得刘黑闼抱头鼠窜，以为好欺负，也学着李世民的样子，身先士卒，提刀冲入敌阵，哪知刚冲进去就被层层围住，再也冲不出来，丢了性命。李道玄虽然不自量力，到底还算有些血性。李元吉则是望风而逃，根本不敢交战，胆小如此，倒也罕见。不到半个月，刘黑闼已将失地全部恢复。
不可否认，李渊是偏爱着世民，而世民功劳又大，于是李渊给了世民很丰厚的奖赏，这并没有错。然而，错就错在这封赏背后的寓意。但这寓意是谁赋与的呢？一个人有一个人的看法。世民从中看到了希望，建成从中看到了危机，元吉品尝到了妒嫉，大臣们被搞得疑惑，李渊被搞得烦恼，我们则看到了纷争的源头。于是，各自又有着各自的行动，世民开宏文馆，不避讳的露着自己的锋芒，建成忧虑着着手“反击”，元吉从中挑拨着，大臣们则纷纷选择自己的立场，生怕站错了队，而这些行动又使李渊愠怒着，无奈着……
虽然君临天下，他始终觉得自己的帝位出自非法，更何况自己杀兄逼父，不符合封建伦理道德，更不能贻示子孙，垂为法戒。因此，他一方面令人修纂国史，让国人认识自己继承大统的合法性；另一方面，为减轻自己杀兄逼父，杀人子夺人妻的心理压力，迅速缓和他即位之初的复杂形势，李建成、李元吉多年营造的实力并没有消失，薛万彻等李建成的死党竟然逃往终南山准备东山再起，幽州大都督庐江王李瑗也准备起兵反叛李世民；贞观元年春，天节将军李艺据泾州反，事件虽然都很快平息，对李世民的震动很大，使他进一步意识到处置原东宫、齐王府的从党并非靠杀戮就能解决问题。隐藏在河北、山东巨大的反唐潜流，时时威胁着李唐统治。一旦李世民对原东宫、齐王府势力进行清洗，势必激化原有的矛盾，使本来就动荡的政局更为动荡。这时候，魏征进入他的视野，魏征不仅参加了瓦岗起义，而且又是原东宫集团的主要谋臣之一，这种特殊的经历不仅使其成为山东豪杰的联络人，而且也成为东宫集团的代言人。如果李世民杀掉魏征，就会导致这两大势力的不安和反对，从而失去山东豪杰的支持。
李世民登基后，迅速将自己的心腹尉迟敬德、房玄龄、长孙无忌、杜如晦、侯君集、段志玄等安插到要害职位，以巩固自己的政权。除其秦王府的旧臣外，还吸收了建成太子党(魏征)，李渊老臣(裴寂)等，敌人集团(李靖、张玄素等)，委任魏征以“安辑河北，许以便宜从事”之重任。魏征在安抚河北时，亦极力保护山东集团中的精英。一到磁州，就立即释放掉东宫齐王府中的千牛李志安和李思行，以安辑人心。还多次奉命赴山东地区处理各种棘手的问题。贞观十四年(640年)，李世民准备东登泰山封禅时，魏征进谏坚决反对。理由就是“今自伊、洛以东，暨乎海岱，灌莽巨泽，苍茫千里，人烟断绝，鸡犬不闻，道路萧条，进退艰阻’，魏征反对李世民登泰山封禅，实质上就是不愿关陇集团过早地染指山东，劳役山东地方。他保护山东的意图又流露出来。
此外，为扩大山东集团在唐中央的实力，取得部分关陇集团成员的支持，魏征先后向太宗推荐侯君集、杜正伦、褚遂良等。并特别指出侯君集、杜正伦有宰相才，使他们受到李世民的重用。魏征与王硅的关系也非同一般，这从每当王洼进谏李世民之时魏征必然附和，魏征进谏时王洼也同样附和就可清楚看出。特别是杜、褚二人，对李世民的言行是“必书、“必记’，达到了魏征所期望的使李世民“不为非法”的目的。当然，李世民对魏征的心理活动也极为清楚，看到了魏征的背后有庞大的山东集团作后盾，而自己又“即位日浅，国家未安’必须协调各种政治力量之间的关系，使自己时时处于“居安思危”的状态，保持清醒的头脑，因而接受魏征的“犯颜”进谏亦就不足为奇了。为取得山东集团的支持，维护统治，使位居九五之尊的李世民不断遭到臣下的“犯颜”，而且要把不满深深地隐藏在心中，这与李世民的性格是格格不人的，对他而言是一种痛苦的选择，唯有在庙堂之后切齿道出“会杀此田舍汉”的愤言。而这又恰恰是李世民的聪明之处。
最后，李世民将李建成五个儿子李承道、承德、承训、承明、承义和李元吉五个儿子李承业、承鸾、承将、承裕、承度全部杀死。李渊眼见一群心爱的孙子全被砍下人头，哼都没敢哼一声，自知身处危境，李世民血淋淋的屠刀只怕下一次就要架到他脖子上了，急忙在事变后第三天（六月七日）立李世民为太子；过了几天就表示要退位；两个月后（八月），李世民就正式在东宫显德殿继位为帝。之所以是在东宫里登基，是因为他向李渊许诺，只要李渊有生之年，皇宫都由他来住，自己只住在东宫。但到贞观三年，李世民政权稳固后开始大举清洗武德年间的旧臣，以便提拔新人。李渊从中闻到火药味，连忙表示自己愿让出皇宫。李世民自然要表示坚持前诺，李渊当然也坚持不再住皇宫了。于是最后还是李世民从东宫搬到皇宫里住，李渊迁往弘义宫（改名大安宫）。
