因为前列腺体表面有一层脂质包膜，大多数抗生素很难透过包膜进入腺体内发挥作用，因此选择抗生素时应遵循如下原则：
（1）药物对细菌有较高的敏感性。
（2）选用的药物应以高脂溶性、高渗透力、与血浆蛋白结合率低、离解度高为标准。
（3）两种以上的药物联合使用。
（4）为使药物在前列腺间质中达到有效浓度及防治尿路感染的发生，应提倡超大剂量和超时限（1～3月）的用药法。常用药物：
①复方新诺明：临床上过去常用此药，每次2片，每日2次，用药至少4周。据报道，疗效欠佳，主要因为前列腺炎患者的前列腺液pH值增高（>8），影响药物透入，前列腺内药物达不到杀菌浓度，故应长时间应用，以期前列腺液pH值逐渐下降而显效。②红霉素加卡那霉素联用：红霉素有较强的穿透前列腺上皮的能力，且能在酸性环境中离解为非脂溶性状态，从而不返回血浆，在前列腺内保持较高药物浓度，此药对全部金黄色葡萄球菌、链球菌均高度敏感，但对革兰染色阴性杆菌无效。卡那霉素虽仅有少量进入前列腺，但对金葡菌、大肠杆菌均高度敏感，故有协同作用。用法为红霉素2片（0．2g），每日4次口服，卡那霉素0．5g，每日2次，肌注，连续10天后，改用复方新诺明2片，每日2次，共10天，然后再用红霉素加卡那霉素10天，总共30天。③利福平加TMP联用：每日口服利福平3～4片（450~600mg），磺胺增效剂200mg，服用15天，改为利福平300mg，磺胺增效剂100mg，服用105天，标准疗程4个月，其缺点为利福平对肝有毒性，故应定期检查肝功能。尽管长期使用上述抗生素，慢性前列腺炎的治疗失败率仍可达30％～40％。
需要强调的是，现在泌尿科门诊性病患者明显增加，以淋球菌及支原体、衣原体单独或混合感染多见，所以性病后引起的前列腺炎用药应以头孢三嗪加红霉素类联合用药，且疗程至少2周。
