达尔文的进化论打破了生物学中被神学盘踞的最后一个顽固堡垒，推翻了那种把物种看作是彼此毫无联系的、偶然的、神造的、不变的观点，给生物学乃至整个自然科学的发展带来了一场革命。
但是，由于科学技术发展水平的限制，达尔文的进化论也有不足和局限性。他虽然揭示了生存斗争、自然选择、适者生存的原理，然而对于变异的原因并没有真正搞清楚。达尔文自己也很坦然地说过：“关于变异的规律，我们实在是深深无知的，我们能够说明的这部分或那部分发生变异的任何原因，恐怕还不及百分之一。”
随着遗传学、分子生物学的发展，人们已经弄清楚了变异的物质基础是基因，对染色体上某个基因，甚至基因上某个威基变化给生物体带来的影响开始有所了解。人们不仅从生物形态的宏观水平，而且开始从细胞水平、分子水平去探索生物的进化。
100多年来，达尔文的进化论经受住了种种考验，而且它还不断地从现代科学的发展中汲取营养，丰富、发展、完善，进化论也在不断进化中。
