咸丰元年，太平军在金田起义，起义之后，迅速壮大。清朝的正规军在太平军面前不堪一击，咸丰帝不得不下令让地方兴办团练。
守制在家的曾国藩奉令创建湘军，这支地方武装出道之初，便展现出惊人的战斗力，给了太平军不小的打击。
道光三十年（1850）正月，道光帝驾崩，年仅二十岁的爱新觉罗·奕继位，即是咸丰帝，不过咸丰这个年号是在道光帝驾崩后第二年才启用的。
道光帝在位期间，发生了鸦片战争，与英国签订了丧权辱国的不平等条约《南京条约》，从此中国步入半殖民地半封建社会，开始了百年的耻辱史。咸丰帝继位后，为了振兴朝纲，改变道光以来的衰败境况，晓谕群臣：“据实直陈，封章密奏。”希望臣子们可以直言进谏。
曾国藩趁机上了一道奏折，名字叫《应诏陈言疏》，这道奏折是斥责当时官场的不良风气的，曾国藩认为当时的京官普遍有两个通病，第一就是退缩，遇到事情，官员互相推诿，不肯担当；第二个通病就是琐屑，不顾大体，天天追逐锱铢小利。曾国藩还认为外地的官员也有两种通病，第一就是敷衍，做事情只管拆东墙补西墙，剜新肉补旧创；第二个通病就是颟顸，糊涂而且马虎，外表华丽，内在溃烂，只知道刻意粉碎，说起话来却言之无物。这四个通病都有一个共同点，就是得过且过，苟安无过，不求有作为，这样下去，国家一旦有患难，靠这些人是根本靠不住的。
这是曾国藩在清朝国门被打开之时上的一道奏折，曾国藩希望通过吏治改革，使得国家从衰败中走出来，但是当时清朝自上而下已经腐败不堪，贪污横行，想吏治改革极其艰难，所以曾国藩的这个奏折基本没起什么作用。不久之后，广西的金田便爆发了太平军起义。
咸丰元年（1851），洪秀全在金田起义，以太平为号。这是中国历史上规模最大的一次农民起义，它爆发于清朝统治腐败透顶、西方列强不断入侵之际，既是为了反对清朝政府的沉重剥削，也带有反侵略的性质。因为起义之初，太平军横行于两广一带，并且起义军首领洪秀全、冯云山等人都是广东人，所以清朝政府称呼太平军为“粤贼”、“粤逆”，又因为太平军不剃头、不留辫子，所以又被清朝政府称为“长毛”、“发逆”。
太平军起义后，蓄发易服，摧枯拉朽般迅速壮大，朝廷震动，咸丰帝刚当皇帝没多久就出这种事，非常闹心，召集群臣询问得失。曾国藩上书表达了自己的看法，曾国藩没有去讨论太平军为什么会出现，他身为士大夫的一员，想的是怎么剿灭的问题。在曾国藩看来，太平军之所以迅速壮大，在于清朝的正规军绿营兵根本不堪一击。兵在精而不在多，朝廷空有几十万绿营兵，战斗力却极差，遇到太平军未战即溃，从来都只是在太平军屁股后边追赶，根本不敢和太平军正面交锋。而在清朝初年，兵虽少战斗力却很强，现在几十万绿营兵，一年光兵饷就得很多，兵多了非但没有提高战斗力，反而空耗兵饷。曾国藩建议裁军，裁军的建议早在乾隆年间就有人提出，嘉庆、道光年间，也有人提出来，但是都没好好实行，这次曾国藩再次提出来，要求裁五万绿营兵，减少士兵数量，提高士兵质量。另外曾国藩还建议朝廷精选良将，绿营兵的将领大都久不习战，平日作威作福，一旦打起仗来跑得比谁都快，只有换骁勇刚猛的将领，才能带动整个绿营兵的士气。
曾国藩的这些认识是非常独到的，在此后的几年，南方的战况印证了他的话，人数众多的绿营兵在太平军面前根本不堪一击，而曾国藩的湘军人数虽然都很少，但是在和太平军的对战上，坚忍不拔，视死如归。
咸丰帝对曾国藩的这道奏折非常认可，于是昏了头的曾国藩接着又上了一道奏折，在这个奏折里，他不再谈论官员的问题，也不再谈论军队的问题，他把矛头指向了咸丰帝，这个奏折名字叫《敬陈圣德三端预防流弊疏》。
曾国藩之所以有这么一道奏折，大概和新登基的咸丰帝希望有所作为有着莫大的关系，大凡一个帝王继位之初，为了有一番作为，常常会让臣子们直言进谏，不管你说的有多难听，言语有多刻薄，一般都不会治罪的。这种进谏是有风险的，如果你说的话太刻薄，万一惹恼了皇帝，弄不好会落个杀头的下场，但是这种进谏的收益也是很可观的，万一皇帝比较圣明，听得进难听的话，采纳了你的进谏，重用了你，那可是风光无限的。所以很多臣子在新帝登基后，都会冒着杀头的危险进言，希望可以被新帝赏识，一鸣惊人。
譬如雍正帝继位之初，让臣子们进言，有一个叫孙嘉淦的官员上了道奏折，在奏折里劝雍正帝要“请亲骨肉”。这个奏折可是很要命的，要知道雍正帝是和自己的兄弟们拼个你死我活才上位的，上位之后就把和自己抢皇位的兄弟们整死的整死，圈养的圈养，对自己的兄弟们可一点也不好，现在你孙嘉淦让皇帝“亲骨肉”，这不是摆明了不给皇帝一个耳光吗？当时的朝臣都以为他死定了，结果雍正帝不但没有治他的罪，还很佩服他的胆气，升了他的官。
曾国藩效仿孙嘉淦上了道不要命的奏折，在奏折里曾国藩说了咸丰帝的三个缺点，一是只顾小节不顾大局，曾国藩指责咸丰帝经常在小节的问题上斤斤计较，譬如臣子们叩头失礼、走路不当，这些都会被咸丰帝抓住不放。又譬如行礼里边有个词叫“仪注”因为和咸丰帝的名字“奕”同音，居然也要改名。咸丰帝常常纠结于这种小事情，而对于关系国家大计的事情却往往不管不问，如广西金田太平军起义。这段话就很不客气了，而且也很难听，言外之意，南方出现太平军都是咸丰帝的责任。
曾国藩又指出自从咸丰帝继位后求言以来，对于朝臣的意见，常常用“毋庸议”三字答复，曾国藩觉得咸丰帝不是真心实意在求言，而是做个样子而已。
曾国藩指出咸丰帝的第三个缺点是骄矜之心，不听大臣进言。有了骄矜之心就容易不听人言，独断专行，以这样的心态去处理广西的问题，是很容易出问题的，纵使咸丰帝不靠大臣们，以自己之力快速平定了太平军，更容易滋生骄矜之心。
写这封奏折的人不客气，看这封奏折的人很难受，咸丰帝看到一半就勃然大怒，直接把奏折摔到了地上，回复曾国藩说我自从继位以来，大小臣子进言，只要说得有理的，无不立刻施行，而且我宣谕是真心实意求言，并非沽名纳谏，什么时候用“毋庸议”来答复了？
咸丰帝恼火归恼火，他还是很看重曾国藩的，并没有治曾国藩的罪，反而在咸丰二年（1852）任命曾国藩为江西乡试的正考官。七月份，曾国藩离开京城赶往江西，等他到安徽太湖县小池驿的时候，忽然得到噩耗：自己的母亲去世了。曾国藩赶快赶回老家，他没想到这次返回湖南将会是一个新的开端，从此他将会走向战场，开始漫长的戎马生涯。
