轻度肥胖不会影响性功能，尤其是大多数单纯肥胖者性功能正常。只有少数有性功能障碍，其原因是肥胖症多合并糖尿病、高血压病、骨关节退行性改变，造成阳痿、不射精、性欲低下。中、重度肥胖可出现不同程度的性功能异常。
相当一部分的肥胖青少年由于脂肪在局部堆积十分严重，可造成外生殖器异常，如男性阴茎相对短小，女性不能展露外阴，加之大腹便便，会对成年婚后的性生活造成障碍。
肥胖者性交时可能发生行动不便，过重的躯干压在对方身上，令对方不舒服，或要叉开双腿才能性交，甚至性交时阴茎不能进入阴道。
继发性肥胖中伴有性功能障碍者不少，男性血中睾酮偏低，雌激素偏高，性欲偏低者不少。肥胖者一般服减肥药物对性功能无直接影响，但可使神经兴奋，失眠、多梦、心悸，从而间接影响部分性活动。因此肥胖者在坚持综合治疗的同时，必须有信心，减少不必要的心情紧张、顾虑，生活有规律，饮食科学化，积极锻炼身体。
