内河水师和外海水师都是清军水师的重要组成部分。在相当长的时间内，外海水师实力比较强。在镇压太平军水营的作战过程中，内河水师却极度膨胀起来，远远超过了外海水师。然而，庞大的内河水师尽管装备了不少“洋枪”、“洋炮”，甚至还拥有了少量蒸汽动力的舰艇，但在总体上并未跳出旧式水师的窠臼。自英国发动鸦片战争以后，中国外患日深。特别是第二次鸦片战争中，英法侵略军从海上入侵中国，竟一举攻进了北京城，焚掠了圆明园，使举世震惊！海防事宜引起了朝野的注重，外海水师从此得以优先发展。
在反侵略战争中，旧式水师根本无法在海上同敌海军舰队对抗，致使入侵者的军舰在中国海域横行无阻，任意地攻击中国沿海各地。这一惨痛的事实给了中国人深刻的教训，促进了海防的建设。在洋务运动中，部分外海水师购置了越来越多的蒸汽舰艇（70年代后，还引进了钢铁外壳的舰艇）和新式火炮，其装备和军港设备也有了改善。特别是培养了一批受到过海军专业训练、具有较高文化和技术水平的军官和水兵，部队的组织编制和作战指挥体系都发生了根本的变化。因此，这部分外海水师就逐渐演变成近代海军，走到了中国军队近代化的最前列，成为保卫海防的主力。其他的外海水师和全部内河水师却发展缓慢，在保卫海防中的作用和地位日趋下降，最终走向衰亡。
近代海军的兴起
早在第一次鸦片战争时，林则徐、魏源等有远见的中国人就提出改造水师的建议，并开始了初步实践，这是中国近代海军创建的先声。
第二次鸦片战争后，海防危机日益严重。尽管当时在镇压太平军的过程中，建立了实力很强的湘、淮军水师，但这两支水师仅适应内河作战，难以保卫海防。于是，清政府中一些重要人物提出了大力发展海军的设想。
左宗棠指出：“欲防海之害而收其利，非整理水师不可；欲整理水师，非设局监造轮船不可。”（《左文襄公全集·奏稿》卷三）这里所说的轮船主要是指蒸汽动力的舰艇。丁日昌进一步指出：“外海水师，以火轮船为第一利器，尤以大兵轮船为第一利器。”（丁日昌：《海洋水师章程》）周家楣则建议“就外海水师及各营洋枪队中，挑选精壮曾经战阵之兵勇，另立海军，以一万二千五百人为率，简派知兵大员帅之……”（周家楣：《拟奏海防函宜切筹武备必求实际疏》）这是组建独立海军的最早呼声。
这些见识，成为创建中国近代海军的思想基础。在洋务运动中，近代海军应运而生了。
中国近代海军是在旧式水师的基础之上开始筹建的。最初是在第一次鸦片战争爆发后，广东水师已开始注意购买和自制一些新式舰艇和火炮。太平天国运动期间，清军各水师购买了大批“洋炮”和一些蒸汽舰艇，以加强作战能力。
在此之后，清政府批准建立了江南制造总局、福州船政局等近代造船厂，自行建造蒸汽动力舰艇。自同治七年（1868年）江南制造总局造出第一艘蒸汽动力军舰“恬吉”号（后改“惠吉”号）起，到辛亥革命止，各造船厂制造的舰艇和轮船达100多艘。此外，清政府还先后向英国、德国、美国、日本购买了80多艘舰艇，创办了福州船政学堂、天津北洋水师学堂、黄埔广东水师学堂、南京江南水师学堂等一批近代海军学校，培养了许多杰出的海军人才。
经过各方面的筹备，到19世纪80年代初期，在中国北洋（黄海和渤海）、南洋（此处仅指福建以外的东海）、福建和广东沿海地区分别形成了4支近代海上力量。近代海军以拥有蒸汽动力的钢铁舰艇为主要标志，在火炮和其他武器装备（如鱼雷、水雷）等方面都应有长足的发展。近代海军是科技密集的军种，它需要有统一的指挥和严密的组织体系，以保证协同作战的成功。为了使舰队进行作战，近代海军还需要良好的通讯联络和充分的后勤保障。更为重要的是，近代海军必须抛弃旧式水师分守海口和近海巡逻的单纯防御思想，明确树立起努力争取制海权的积极进攻思想。战略指导思想的转变，是旧式水师向近代海军的根本转变。从中国近代海军的实践来看，物质和思想的转变过程都是相当曲折的，海军发展异常艰难。
北洋海军起步最晚，但发展得最快。这是因为在清政府中掌握重权的李鸿章把北洋海军视为手中的一张王牌，在人力、物力、财力等方面给予大力支持。光绪十四年（1888年），清政府颁布了《北洋海军章程》。北洋海军成为当时惟一的经制海军，拥有包括2艘铁甲舰、7艘巡洋舰在内的25艘舰船组成的舰队，具备了较强的海上作战能力，改变了自第一次鸦片战争以后中国军队几乎不能出海作战的被动局面。
南洋各地旧式水师力量较强，筹建近代海军时间也较长，但经费没有保障，发展很慢，一直没有购置铁甲舰作为中坚，也未被清政府列为经制海军。所以，从严格意义上说，南洋的3支“海军”（南洋海军、福建海军、广东海军）只是向近代海军转化过程中的3支外海水师，或者是“准近代海军”，在舰艇、武器、装备、岸勤、编制等方面离近代海军的标准均有不小的差距。
清朝晚年，清中央政府先后建立过3个统率全国近代海军和旧式水师的军事机构，这是中国历史上从未有过的，标志着中国的海军和水师从此成为独立的军种。
第一个建立的是海防股。光绪九年（1883年），总理各国事务衙门内增设了一个海防股，其职责是：“掌南北海防之事。凡长江水师、沿海炮台船厂，购制轮船枪炮弹药，制造机器电线铁路，及各省矿务皆隶焉。”（《光绪会典》卷一百）把那么多的事都交给仅有10人左右的海防股去办，显然是力不胜任的。
光绪十一年（1885年），在中法战争中暴露出各地海军各自为战、不能统一对敌的弊病，促使清政府将海防股扩大成独立的总理海军事务衙门。光绪帝的生父、醇亲王奕譞担任了总理海军事务大臣，但实际主持海军事务的还是会办海军大臣李鸿章。海军衙门下设海疆、款项、船政、器械4个股，共有30多名官员，其职责是：“所有沿海水师，悉归节制调遣。”“统筹全局拟请先从北洋精练水师一支以为之倡，此外分年次第兴办。”（《清实录·德宗》）
事实上，总理海军事务衙门并未担负起统一领导全国海军和旧式水师的责任，而只是成了一个主要为北洋海军筹款购舰和审批进口海防军火、器材的机构。尤其令人愤慨的是，海军衙门利用职权，挪用海军经费为西太后修建“三海”（北京的北海、中海、南海）和颐和园，严重阻滞了中国海军的发展进程。
在甲午战争中，中国海军损伤惨重，北洋海军全军覆灭。清政府随即撤销了海军衙门和北洋海军的编制。因此，在以后10余年内，中国军队的编制序列中，只有各地水师，而无海军。直到宣统二年（1910年），清政府才重新设立海军统率机构——海军部，恢复了海军编制。海军部不仅指挥海军的巡洋、长江舰队及其他部队，还兼管各省的水师。
清军水师的裁撤和变革
随着近代海军的发展和太平军、捻军被镇压，清军水师的作用就日益下降了。在内外交困的形势之下，清政府被迫采取了一些措施，对各地八旗水师和绿营水师进行了大规模的裁撤和改革。当时，促成清政府决定裁撤和改革水师的主要原因有以下4点：
①由于在江河流域活动的大规模农民起义军已经失败，在短时期内不可能再次兴起，没有必要再维持庞大的旧式水师了。
②从两次鸦片战争中的多次水战来看，旧式水师的战船和武器装备过于落后，在一般情况下无法抵抗海上入侵者的坚船利炮，保卫中国的海防。
③清政府本来财政收入就不足，对英、法等国的赔款和进行内外战争消耗的巨额军费更是压得清政府喘不过气来。要发展近代海军取代旧式水师，只有从裁撤水师上打主意。浙江巡抚梅启照就用裁去10艘水师广艇省下的年饷5.5万两供给“超武”号军舰。他主张：“除多桨可行逆风者暂留少半，余皆一律裁改。”
④旧式水师日趋腐败，也是其被裁的重要因素。比如长江水师官兵自恃对太平军作战有功，横行霸道，连曾国藩也不得不承认：“长江水师外间啧有烦言，或谓遇民间有骨牌者字牌者，则以拿赌讹索，得数千或千余文乃肯释放。或以查拿私盐，查拿小钱搜索民舟及附近人家，讹钱释放。夜索打更之灯油钱。民船拉纤，不许在炮船桅上盖过。干预词讼。至有哨官棍责举人者。甚至包庇私盐，袒护劫盗种种弊端。”（《曾文正公家书》卷十）
对于这样一支对外作战不顶用，对内镇压作用已基本过时，耗费大量经费，引起民众怨恨的旧式水师，大量裁撤是势在必行。
在同治、光绪年间，对旧式水师裁撤主要有以下几次：
在捻军失败前后，淮军水师各营基本上被李鸿章裁遣一尽，只有少数并入经制水师部队。
同治八年（1869年），清政府下令把九江、洞庭、岳州、荆州4个水师营改成该城的城守营。
同治九年（1870年），江苏、江西、湖北、湖南4省水师被裁官兵达10146人之多。
光绪四年（1878年），广东水师奉命裁去其所辖的轮拖水勇2300人。
光绪七年（1881年），旅顺口八旗水师营撤销，其防务移交北洋海军，该营官兵改为陆师。
光绪十二年（1886年），广州八旗水师营编制撤销。
光绪三十年（1904年），福建水师提督职务被撤销，其所辖水师各部也作较大精简。
光绪三十一年（1905年），黑龙江八旗水师各营分别被裁撤。
到宣统年间，各省水师官兵总共只剩下了44889人。其中，绿营水师19972人，防军和练军水师24917人。八旗水师除一部分改成练军水师以外，已没有独立的编制了。清末的防军水师是由裁撤剩下的湘、淮军水师改成的，练军水师则是由整编后的八旗、绿营水师改编的。在大批裁撤的同时，保留下来的部分旧式水师也进行了一些改革，以适应军事、政治形势的需要。旧式水师的改革，主要从三方面着手的：
首先，进行体制改革，转变职能。由于海防作战任务开始逐步移交给海军，旧式水师的主要任务为江海警戒和维护治安。中日甲午战争以后，一些地方水师营相继按巡防队编制进行改编。每省水师设统领一二人，每名统领指挥一支水师巡防队。水师巡防队下辖数营，每营设管带1名，下辖数哨。每哨设哨官1名，下辖数艘战船或巡船。一些小型巡防舰艇，则直属于统领指挥。比如太湖水师巡防队共辖5个营，每营辖3个哨，每哨有师船7艘，另外每营有长龙船、舢板各1艘归营官直接指挥。
其次，旧式水师也引进了一些蒸汽动力的舰艇和比较先进的枪炮。其中，有一些是购买的蒸汽动力民用轮船加以改造而成的炮轮。兼用蒸汽机舰艇和帆桨木船进行巡逻，是清朝晚年水师的一大特点。（见附表1、2）与此同时，水师官兵使用的冷兵器和旧式火器逐步淘汰，取而代之的是比较先进的后装线膛火炮和步枪，战斗力有所提高。
第三，加强了港口和海岸的防御力量。旧式水师的战船虽然大量裁撤了，但岸防力量却有所增强。在沿海或沿江的一些险要地方建立或修复了若干水师炮台，购置了一批大口径海岸重炮，提高了扼守海口和海岸防御的能力。比如，吴淞炮台和虎门炮台就能比较有效地控制吴淞口和珠江口航道，光绪十七年（1891年）兴建的厦门水师胡里山炮台对守卫厦门岛也具有十分积极的意义。此外，各地水师还组建了水雷部队，担负布雷和扫雷任务，对增强海防也有着重要作用。这些水雷营或水雷哨分布在长江下游，珠江口和沿海地区，多数是由原来的水师战船部队改建的。
总之，通过裁撤和改革，清军水师面目有所改观，从而能在清朝晚期的作战中发挥作用。
清军水师的最后几次作战
近代海军兴起后，清军水师的作战职能就减弱了。但由于近代海军创建时间不长，兵力很少，陆战队还未建立。所以，在一段时间里，濒临江海的许多地方仍旧由水师驻守。在围攻捻军等几次作战中，清军水师配合海军或陆上部队进行战斗，起了一定的作用。
1.围攻捻军
捻军，是豫、皖、苏、鄂一带的一支农民起义军。太平军北伐之后，清军力量被削弱，捻军乘势发展起来。咸丰五年（1855年），各路捻军首领会集在安徽雉河集（今涡阳），推张乐行为大汉盟主，10万人马分成黄、白、蓝、黑、红5个旗。两年后，捻军南渡淮河，在安徽霍丘与太平军会师，接受太平天国领导。天京失陷后，太平军遵王赖文光部与捻军联合抗清，曾一举歼灭了清军名将僧格林沁的部队。太平军和捻军的联军（以下简称捻军）采取骑兵流动战术，打得中原各地清军顾此失彼，疲于奔命。
同治四年（1865年），曾国藩奉命督师北上镇压捻军。他采取了“聚兵防河”的作战方针，以对付捻军的流动袭击。根据这个方针，水师和陆师配合，在运河、黄河、沙河、贾鲁河设防，对捻军形成合围之势，然后再派部队“进剿”。执行“防河”任务的主要是淮扬水师各营。后来又调来部分直隶水师炮船，成立了黄河水师。因兵力不足，曾国藩“防河”计划失败，被迫辞职。
同治五年（1866年）底，李鸿章继任进攻捻军的统帅后，调动了更多的水师部队配合陆师进行“防河”。其中有长江水师数营和淮军水师的魁字2个营、水师亲兵营、江苏抚标水师营符国华部等。加上原来的淮扬水师、黄河水师，进攻捻军的水师兵力共有20个营以上。
由于清军采用“防河”战术，捻军流动作战受到了很大限制，多次渡河均因遭到清军水师拦截而失败。例如同治五年（1866年）在湖北旧口渡汉水和同治六年（1867年）在山东章丘渡黄河都未成功，使部队陷于困境，遭到了很大伤亡。最后，捻军余部被清军水、陆师包围在黄河以北、运河以东、捷地减河以南冀鲁交界的濒海地区，几次抢渡运河均未奏效。咸丰七年（1868年），捻军在德州和东昌附近两次组织抢渡，又均遭失败，随后在清军追击部队的攻击下，全军覆灭。
2.保卫马江和甬江口
光绪十年（1884年）七月，在中法马江之战中，英勇抵抗法国侵略的不仅有福建水师的11艘蒸汽舰艇，还有福建水师所辖的闽安协等水师部队和前来增援的广东水师平海营。清军水师各部共有旧式战船8艘、炮船10艘、布雷汽艇7艘及20多艘武装渔船。
战斗开始后，这些水师舰艇的官兵们不畏强敌，立即挺身而出，用比较落后的枪炮向敌舰射击。在法舰猛烈炮火的打击下，这些舰艇大部分被击毁、击沉，许多水师官兵壮烈殉国。这些烈士的姓名留在福州马尾的昭忠祠内，他们分别属于绿营闽浙总督督标水师营、平海水师左营和右营、镇海营、闽安水师协、潮州水勇营及“宁”字三号、“得胜”一号等战船。八旗三江口水师营官兵也在统带黄彝卿率领下奋力作战，共牺牲七八十人。
光绪十一年（1885年）一月，法国海军舰队北犯浙江镇海口。在浙江水陆兼辖提督欧阳利见《原淮扬水师将领）指挥下，镇海军民同法国侵略军进行了长达1个多月的战斗。清军浙江水师的五六艘红单船配合南洋水师的“南琛”号、“南瑞”号、“开济”号巡洋舰和“元凯”号、“超武”号炮舰，在海口炮台的协同下，击退了法舰的多次进攻。
在中法战争期间，广东水师严密设防，使法军舰队没有敢进犯广东。战争开始后，广东水师在珠江口大角、沙角一带的兵力增加到7个营，并增设了靖海水师营，配备红单船20艘，负责巡弋珠江入海口。广东水师还募集民船20艘，防守陈头五斗口；征调武装小火轮、红单船各10艘驻防横档；派遣武装小火轮10艘、红单船4艘守卫黄埔。这样，广东军队水陆协同，形成较强的防御力量。
3.参加甲午战争
光绪二十年（1894年）爆发的中日甲午战争中，海战的主角是北洋海军。然而，沿海各地的水师也承担了警戒任务，配合海军主力舰队对日军作战。
水师的主要行动是在沿海各港口和重要地域驻防，并派人在敌军可能登陆的水域布雷或设障，在重要的海口增修了炮台。其中，前往驻守台湾和澎湖的清军水师兵力最多，战斗也最激烈。
中日两国开战后，为了增强台湾和澎湖的海防，福建水师提督杨歧珍率部乡勇2000多人乘船赶赴台湾，分驻基隆、沪尾等海口。此外，南澳水师镇总兵刘永福也领兵3000人进驻台南、凤山、恒春一线。原驻澎湖各岛的水师总兵周振邦所率左、右2营近2000人继续在澎湖担任守备，并招募2000人予以配合。
光绪二十一年（1895年）二月，日本海军在攻占威海和消灭了北洋海军之后不久，就挥师南下，直逼台澎。二月二十七日，日本海军陆战队一部和陆军1个混成支队在大批军舰炮火的支援下，首先向澎湖发动进攻。澎湖水师的战船无法在海面拦截来犯之敌，转而坚守各海岸炮台。日舰先集中火力猛击里正角海湾西面的拱北炮台，遭到炮台的顽强还击。1艘日舰被击伤，但炮台也多处中弹。日军在文良港登陆后，立即抢占了该岛北部的制高点——太武山。次日，登陆日军分路攻击大城山和拱北炮台。拱北炮台守军在日舰和上岛日军的海陆夹击下，伤亡惨重，又得不到增援，不久就失守了。驻马公的清军水雷营闻讯溃散，日本海军陆战队乘机进占马公城，水师总兵周振邦和知府朱上泮先后乘船逃走。驻澎湖的其他各部官兵得知主将已逃后，不少人也丧失了斗志，弃阵而走。二月二十九日，日军进攻西屿。都司刘忠良率水师官兵奋力抗敌，不幸阵亡。炮台弹药用尽后，守兵卸下炮门投入大海后，也乘船撤走。圆顶半岛守军经2天抵抗后，支持不住，向日军投降。至此，澎湖各岛全部沦陷。
在澎湖之战中，清军水师虽有一批忠勇将士浴血拼搏，为国捐躯，但无力挽回败局。从这场作战中可以看出，落后的旧式水师在敌强大的海军舰队进攻面前，是难以取胜的，有时甚至是不堪一击的。
根据《马关条约》，清政府把台湾和澎湖割让给日本。杨歧珍带领福建水师主力一枪未发，就从台湾撤回厦门了。刘永福违背了清政府的命令，领兵在台南协同义军抗日，多次击退了日本海、陆军的进攻，最后也被日军击败。
4.抗击八国联军
光绪二十六年（1900年）五月，英、美、法、德、日、意、俄、奥8个国家组成八国联军对中国大沽口发动了大规模入侵。中国水师官兵配合海军、陆师进行了英勇的抵抗。驻大沽口的水师水雷营在战前布设了一批水雷，以阻止敌舰进入海口。战斗打响后，水师官兵奋勇杀敌，有一些为此献出了生命。大沽口失陷后，退往内河的水师仍继续战斗。设在天津三岔河口附近的水师黑炮台用大口径火炮猛烈射击集结在老龙头火车站和紫竹林一带的八国联军部队，掩护义和团和陆师对敌人发动反击。后来，在沙俄军队炮兵的轰击下，黑炮台多次中弹，伤亡很大，火炮也被击毁，幸存者被迫撤往杨柳青。
清军水师的分化解体
在孙中山领导的资产阶级民主革命过程中，不少水师官兵投身于推翻清朝封建专制统治的斗争，为创建中华民国贡献了力量。
光绪二十一年（1895年），孙中山从檀香山回国，在香港成立了兴中会总部，秘密开展革命活动。当时正值甲午战败，清政府的腐败和卖国行径激起全国人民的极大愤慨。兴中会迅速壮大，广东水师“镇涛”号炮舰管带程奎光、原“广丙”号巡洋舰管带程璧光及程耀宸等水师官兵加入了兴中会。孙中山领导的第一次广州起义失败后，程璧光逃往南洋槟榔屿，程奎光和程耀宸等被捕。程耀宸死于狱中，程奎光身心备受摧残，保释后不久病逝。这是为资产阶级民主革命最早献身的水师官兵。
宣统三年（1911年）三月二十九日，革命党人在广州再次发动武装起义（黄花岗起义）。起义前，以起义指挥部出纳课长李海云负责策反广东水师。李海云派陆觉生、李箕、钟义、袁玉云等人从广州督练公署抄来水师各舰和炮台人员名单，又从香港船厂查到各舰管带、炮手的住所，分头联络。水师哨官温带雄、张辅臣、范秀山、范锦堃及哨长罗灿等参加了革命。战斗打响后，温带雄等率兵直扑水师行台（即广东水师提督办公场所）。为了入城方便，温带雄等未佩带起义的白布标志。在一个路口与黄兴、方声洞率领的起义军相遇，发生误会，损失惨重，方声洞和温带雄都牺牲在自己人的枪口之下。在起义队伍中，还有一位水师学堂的学生名叫冯超骧。最后英勇献身。这次起义最后又在以广东水师为主的清军重兵的镇压下失败了。
宣统三年八月十九日（1911年10月10日），武昌起义爆发。清朝湖广总督瑞澂慌忙逃上“楚豫”号炮舰，驶到汉口外国租界码头停泊。革命军渡江，先后攻克了汉阳和汉口。清政府闻讯大惊，急命陆军大臣荫昌率2镇（师）主力部队南下镇压，并令海军统制（即总司令）萨镇冰率领巡洋舰队、长江舰队及长江水师予以配合。数日后，清朝海军和水师的大批舰艇和炮船云集武汉江面，开始向革命军进攻。可是，几天后，大批海军和水师官兵在革命党人影响下倒戈，成为革命阵营中的一支生力军。
清军汉阳水师镇总兵张有亮拒绝革命军代表陈孝芬、彭超衡的劝告，准备顽抗，广大官兵却倾向革命。张有亮见势不妙，被迫潜逃。水师管带陶启亮、方汉廷率部举义，编成中华民国驻汉水师，设1标（即团）、3营。陈孝芬任水师标统带，彭超衡、陶启亮、方汉廷分任务营管带。这支水师起义后，立即投入作战。九月八日，在革命军反攻汉口的作战中，水师充当了先锋。他们有水上作战经验，首先从汉阳渡江攻入汉口，取得了不少战绩。
汉阳水师起义后，荆州、陆溪、巴河、田家镇、南昌、长沙等地的水师官兵也先后投归了革命军。上海起义时，驻沪巡防水师及太湖水师也加入了革命军。杭州举义时，也有水师士兵参加。江浙联军进攻南京时，长江水师数营官兵不战而降，为光复南京扫除了水上障碍。
九月十九日，广州独立，革命党人迫使广东水师提督李准反正。同日，福州水师闽江要塞统领陈恩涛、管带吴少岩等也率部起义。3天后，同盟会员王耀东、栾星壑等联络水师哨官宫顺德等，在烟台组织海军和水师官兵举义，控制了全市。
其他各地的清军水师官兵也大多举行了起义，或向革命军投降。
中华民国临时政府在南京成立后，临时大总统孙中山下令对旧式水师实行改编。民国元年（1912年）三月十二日，孙中山命令陆军部和海军部统一长江5省22个水师营的编制，拟任李传芬为统制。三月二十一日，孙中山正式批准李燮和为长江上游水师司令长，张通典为长江下游水师司令长。鉴于当时旧式水师和实际情况，民国二年（1913年）二月二十二日民国政府决定将长江水师及全国各地水师改编成水上警察，专门维持江海治安。至此，延续了2400多年的中国古代海军的历史宣告结束。
