毛人凤的担忧不是空穴来风。军统局内部斗争刚刚结束，“外患”就接踵而至，不断有各种势力要求取消军统局。国民党内反对军统的势力主要有陈诚、何应钦、CC系陈果夫、陈立夫兄弟和财阀孔祥熙等人。连戴笠在世时，对这些人都忌惮几分。在他们面前毛人凤更是用一只手指就能捻死的蚂蚁。
为了自保，毛人凤首先把橄榄枝投向了陈诚。这人着实不好对付，作为蒋介石最得宠的新贵，一向讨厌军统，憎恨戴笠。戴笠死后，他又把一腔怨气全发在军统身上，欲置之死地而后快。
当时国内国际、党内党外，都盛传陈诚将成为蒋介石身后最有优势的接班人。他数十年来，在蒋介石手下大红大紫，无人能及。蒋介石始终对他没有猜忌戒备之心，不但让陈诚一身兼有党政军要职，而且始终把他摆在各个时期重大事件的中心，加以培植使用，其恩宠有加，在国民党内找不出第二人。
陈诚和军统的交恶，主要是因为他和戴笠的不和。就其根本原因来说，完全是野心的冲突。陈诚比戴笠小1 岁，但是发迹却比戴笠早得多。当戴笠还在黄埔军校充当胡靖安的“清共”打手时，陈诚已晋升为国民革命军二十一师师长。1931 年初，戴笠还在蒋介石身边“跑单干”，陈诚又跃升为第十八军军长，成为蒋介石手下的主力将领。陈诚早年得志，长期处于权力的中心，更因他性格刚直，高傲冷峻，自认为才干过人，又有其妻谭祥的干娘宋美龄作为后援，因而在国民党统治集团内部形成了独树一帜的作风。他除了对蒋介石绝对忠诚以外，对其他实力派人物一律都瞧不起，对他们进行排斥打击。
他大骂何应钦是“烂好人”，始终不给予合作；他痛恨白崇禧，讥讽他处处玩小聪明；一向看不起胡宗南，认为胡没有真才实学，只不过靠机缘时会，把军队摆在反共第一线而见重于老头子；更认为“汤恩伯专门和奸商勾结，以抢运物资为名，设卡走私，上行下效，军纪废弛，民怨沸腾。以致日寇来攻时，官兵无斗志，稍一接触，即溃不成军。此人真该杀一儆百，以维士气”。至于戴笠，他以为靠用盯梢窃听、攻讦诬陷等手段邀功取宠于老头子的做法，更是不值一哂。加之戴笠和何应钦、白崇禧、胡宗南、汤恩伯都有很好的个人关系，这就使陈诚和戴笠的关系自然而然地冷淡起来。就陈诚来说，以他的资历、地位、才干及与蒋的关系，他当然不会把戴笠放在眼里，更不会因为戴笠是个特务头子，而对戴笠进行逢迎巴结。
更使得戴笠对陈诚十分气恼的，是陈诚手底下有一个独立的特工系统。在国民党所有的特务部门中，唯有陈诚的特工系统是戴笠难以插手的，这也使得戴笠下定决心要让陈诚尝尝苦头，知道他的厉害。
可是陈诚是国民党中极少数有些正义感的军人，从不贪污受贿，这让戴笠一直都抓不到他的把柄。一直等到了1939年10月，机会终于来了。那时的陈诚由第九战区司令长官改兼第六战区司令长官。他的任务是防止日军在占领武汉三镇后，进一步进攻湘西，向川东逼近，保卫陪都重庆。
在他的战区内，有一批青年军官认为中国之所以在抗日战争中节节败退，是因为国民党上层统治集团中有一批贪婪无度、昏庸腐朽的官僚，以及卖国求荣、好逸恶劳的汉奸。他们把蒋介石的耳目遮蔽，让他不能看清楚战局的全貌，因此正确的主张不能贯彻始终。他们觉得，中国如果要得到胜利，必须进行一次军事行动，把蒋介石身边这批蛀虫似的败类都给清除掉，才能让真正抗日爱国和廉洁踏实的精英骨干入选高层，辅佐蒋介石抗战和治理国家。他们认为的理想人选就是陈诚，而这个计划就被他们称为“清君侧”。
很快，美国方面由于对蒋介石政权的失望，已经开始考虑“换马”。一部分驻华美军人员以及美国特务开始注意到“清君侧”行动，并且给予了必要的支持。但是美国方面不只是要清除何应钦等亲日派将领和政客，他们更希望能够彻底倒蒋，用陈诚、胡宗南等年轻将领取而代之。
这件事本来不是陈诚组织的，但因为陈诚被那些年轻军官们内定为推翻蒋介石后的领袖人选，因此戴笠得到情报后，就把帽子扣在陈诚头上，污蔑是他组织了这次“清君侧”的行动。但由于证据不够充分，戴笠并没有立即行动，而是命令部下继续搜集新的证据。他觉得目前来看，并没有足够证据证明陈诚被牵连在内。过早出击，反而容易让陈诚提高警惕，找到脱身之计。不如等到有万全把握的时候再下手。因此在相当长的一段时间内，特务们并没有搞到更多的证据，而这一拖，又是许多年。到1943年，情况终于有了转机。
1943年2月，陈诚就任远征军司令长官，第六战区仍由他负责。在这段时间内，少壮派一面利用进入陆军大学深造的契机，在陆大青年中寻找知音，壮大力量；一面积极与在华帮助中国军队训练的美国军官联系，寻求外援。他们的实力不断扩大。另外，一批策划“政变”的青年军官也渗透进远征军司令部。他们已经暗中拟定了“政变”的组织章程、计划行动，并决定把行动时间定在“西安事变”7周年纪念日—1943年12月12日。更让戴笠兴奋的是，这批人中间，有一名青年军官是陈诚关系密切的亲戚。
戴笠认为，打击陈诚的时间到了。
某天，他亲自带着一卷卷宗走进了蒋介石的办公室。蒋介石果然震怒。西安事变一直是他心里难以磨灭的屈辱，而这一班青年学生竟然要重演这一幕，无疑是往他的伤口上撒盐，这让他更加气愤难当。他立即批准了戴笠的行动计划，并给陈诚下令，立即将远征军内所有参加“政变”密谋的青年军官交给军统审讯。戴笠也同时下令将六战区司令长官部青年军官和陆军学校里参与活动的学生悉数逮捕，分开秘密囚禁在中美所内的警卫大队部，前后一共逮捕了大概600人。
对首要分子戴笠使出浑身解数亲自审讯，想要他们供出“政变”是得到陈诚的支持。可是问来问去，青年学生就是不松口，都不承认陈诚参与其中，反而把驻华美军司令官、同盟国中国战区参谋长史迪威给推了出来。
戴笠对这个消息显然非常失望，但是蒋介石却感到十分有价值。他跟史迪威之间本来已经存在着矛盾，如今便有充足的理由要他打包袱回老家。
蒋介石不惜冒着得罪美国政府的危险，正式通知罗斯福将军，要求他解除史迪威的职务，调他回国。后来经过东南亚盟军司令蒙巴顿将军和美国空军补给司令萨摩维尔中将出面斡旋，并由与美国关系很深的宋美龄等人劝说，再考虑到罗斯福不顾丘吉尔的反对，力邀蒋介石参加开罗首脑会议，他才同意由史迪威亲自登门当面道歉，解决这场风波。
蒋介石虽然宠爱陈诚，并且相信陈不会介入这次“政变”活动，但是他作为第六战区及中国远征军的司令长官，对下属监察不力，管教不严，负有不可推卸的责任。再加上戴笠、何应钦等人不断向蒋介石施加压力，蒋介石在临去开罗参加首脑会议之前，决定解除陈远征军司令长官的职务。对外则由陈诚以养病为由，主动请辞职务为借口。同时，蒋介石另调卫立煌接替他的职务，以示惩戒的决心。
很快，参与“清军侧”活动的16名青年军官被秘密处决。而除了陈诚，还有许多人也受到影响。与美国政府关系历来密切的孔祥熙、宋子文、宋美龄等人也受到蒋的责难。蒋介石认为他们早就知道内幕，却不告诉自己，是居心不良。为此，他还有意地抑制打击孔、宋家族，一度改变了“蒋陈宋孔”四大家族的局面。从此，孔氏家族开始在中国政坛上失势。宋子文被蒋冷落闲置了1 年多时间，才被重新起用。
戴笠的这一击，虽然没有能把陈诚彻底打倒，但确使陈诚锐气大减。从1943 年11 月至1944 年6 月止，陈诚经历了他一生中政治上的一个空白时期。
1944 年6 月，国民党豫中会战失败，西北告急，蒋介石对汤恩伯、蒋鼎文等人失望之极，决定重新起用陈诚，前往汉中任第一战区司令长官。10 月，陈诚又挤掉何应钦，升任军委会军政部长，再次活跃在中国政坛的中心。戴笠对蒋如此宠信陈诚，甚为不满，但也无可奈何。
等到戴笠死后，这个麻烦就落在毛人凤头上了。毛人凤虽然和戴笠同穿一条裤子，但是在对待陈诚的问题上，同戴笠还是有区别的。抗战期间，毛人凤和陈诚同住在军统局局本部隔壁的杨森的房子里。他们每天进出见面的时候，尽管毛人凤很客气有礼貌地向陈诚打招呼，无奈陈诚对军统有着深仇大恨，每次总是爱理不理地看一下，彼此极少交谈。
毛人凤感觉到，如果不和陈诚疏通关系，凭借他在国民党内的地位，10个军统也要被他吃了。从那以后，他便决心要想尽一切办法来缓和陈对军统的恶感。他除了低声下气去请教之外，更托杨森去和陈诚拉关系，可是收效仍不大。陈诚到南京后，照样对军统进行过公开的责骂。毛人凤考虑，这还是因为陈诚对戴笠的污蔑仍然难以释怀。他想，还是应该对症下药，解开陈诚的心结。
毛人凤特意厚着脸皮，专程到陈诚府上拜访。听说是毛人凤来了，陈诚哼了一声，没好气地说：“黄鼠狼给鸡拜年，不知道他安的什么心。”
陈诚的夫人谭祥好言安慰他：“见面三分礼。他既然来了，也是客人。你好歹出去应酬一下。”谭祥是蒋介石的干女儿，也是宋美龄在美国时的同学。虽然陈诚样子并不高大，但是一张略显苍白的脸却显得十分清秀和严肃，倒也颇得谭祥的好感。结婚之后他们感情一直不错，陈诚每一次出征打仗，都会每天跟谭祥打一次电话。听了她的劝，陈诚暗暗想了一下，也觉得的确如此，便一边碎碎念叨，一边穿衣见客。
一见到陈诚，毛人凤连忙恭维地说：“陈将军是党国的台柱子，是当今中国的英雄，人凤一直想来拜访，苦无机会。”
陈诚没好气地看着他说：“只要不在背后使刀子，就是好同志。他妈的！有的人就是坏，坏人没有好报应，摔死郊外，大雨冲尸三天三夜。”
毛人凤知道陈诚骂的是戴笠，可他仍旧低声下气地说：“戴先生是个火暴脾气，他在世的时候，我对于他的有些做法也不满意，但是却没有办法，例如抗战时期的第六战区军官叛变案就是一桩假案。”
陈诚没想到毛人凤会主动提这件事。他眼睛一亮，放缓口气问：“哦，你怎么这么说？”
毛人凤说：“这件事的确是戴局长办得不周到，当时我们要劝，他又不听我们的。现在我经过调查，已经查明真相，这件事和陈将军无关。我会尽快把陈将军的人放了并承报给委员长，说是一桩假案，并决定为这些将领洗刷掉莫须有罪名，恢复名誉。”
听了这话，陈诚一下子露出了笑容，他抓住毛人凤的手说：“你和雨农不一样，是好同志！”
毛人凤微微一笑，接下去两个人相谈甚欢。陈诚惊讶地发现，这个毛局长和戴局长很不一样，不仅为人诚恳、圆滑，而且十分善解人意，体贴人心。他开始把他看做是可以亲近的朋友，对他态度也十分友善。
第二天，毛人凤令人从中美合作所把张振国等人提出来，在局本部设宴管待。席间，毛人凤频频向张振国敬酒，道：“张先生，真是委屈你了，以前我明明知道你们无罪，可我没有权力，没有资格替你们主持公道，这回我放了你们，并非存什么心，而是作为一个政府公务员凭本能的良心做事。回去以后，望你们不要有怨言，仍像从前一样一心一意为陈将军卖力，效忠党国。”
张振国等人以为这辈子再也出不来了，见毛人凤不仅放了他们，还说出一番如此动听得体的话，一肚子的委屈也都化为感动，哪里还有半句怨言？回去后，他们在陈诚面前大大地赞扬毛人凤，又给毛人凤加了许多分。
毛人凤放走张振国，又上书蒋介石，说张振国等人本意以生命捍卫领袖安全，维护领袖尊严，才准备成立一个小组织。蒋介石见了，很高兴地说：“这就对了嘛，我是不会看错人的，陈诚的人怎么反对政府呢？”
从此，陈诚见到毛人凤总是亲昵地拍拍肩膀说：“我们是自己人，以后有什么事尽管说。”能同陈诚是“自己人”，毛人凤当然受宠若惊，他要求陈诚支持军统，不要让军统这个机构撤了，陈诚一拍肩膀说：“毫无问题。”
