辉发部的历史悠久绵长，在扈伦四部之中，是很特殊的。“在辽代它已成为大部，设有‘回跋部大王府’，为辽国非契丹人的部族之一。历经时代的演变，该地及名号犹存。其主几易，到明代后期，建立辉发国。”赵东升：《扈伦探踪》。《清太祖高皇帝实录》载：“辉发国本姓益克得里，黑龙江岸尼马察部人。”（《清太祖高皇帝实录》卷3.）
明初的时候，辉发部属于弗提卫的一支。弗提卫曾属于永乐七年（1409年）三月设置的忽儿海卫，辉发部从弗提卫分出，向南迁徙。（赵东升：《扈伦四部和海西女真》；孙进己：《女真史》第218页。）率领部族向南迁徙的是辉发始祖昂古里·星古力，他自黑龙江出发，载着木主（神主，用木为之，书死者姓名以供祭祀）举家南迁，来到渣鲁地方居住。在渣鲁附近，有一个叫张城的地方，即今伊通满族自治县碱场，这里居住着扈伦国人噶扬噶图墨土，姓纳拉氏，是这一带的望族。昂古里·星古力新来乍到，为了站稳脚跟，便与噶扬噶图墨土“宰七牛祭天，改姓纳喇”，（《清太祖高皇帝实录》卷3.）依附于纳拉氏族，加入了新的“哈拉”（汉译为姓）之中。
星古力生子二：长留臣、次备臣。备臣生纳领噶、耐宽。纳领噶生子拉哈，拉哈当了部卫都督。拉哈都督生子噶哈禅，也当了都督。清史上的噶哈禅明史上写做加哈叉。祝孔革之父齐尔哈尼由于犯边，被枭斩开原市。祝孔革继任后，为报明廷的杀父之仇，联合海西贼首老鼠、乃留及都督加哈叉“阻各夷朝贡”。（《明武宗实录》卷96.）这里所说的加哈叉即是噶哈禅。噶哈禅生齐讷根达尔汉。明史上写作逞得革的人即是《清实录》上所记的齐讷根。齐讷根是噶哈禅之子。《明实录》写道：“正德八年八月己亥，兵部奏：海西卫夷人竹孔革等四人，听抚入贡，辄求袭升，并给印与敕，从之则示弱，不从则兴怨。臣等会廷臣议。以为竹孔革之父的儿哈你本塔鲁木卫指挥佥事，以入寇被杀。今竹孔革既悔罪归顺，宜免勘，暂准袭其父职，以敕付辽东镇巡官收贮，俟一年以上不扰边境，方许给之。老鼠，乃留旧无职事，未可辄授，宜于常赐外，量加赏赉，亦以五年为期，无所侵犯。镇巡官议奏加哈叉及其子逞得革等求易赐敕，恐冒名而来，未可辄易，宜令镇巡官勘实，如无职事，亦如老鼠、乃留例。诏如议。仍令大通事省谕各夷知之。”（《明武宗实录》卷103.）
《明实录》中的加哈叉及其子逞得革，就是《清实录》中的噶哈禅及其子齐讷根，他们分别是后来的王机褚的祖父和父亲。齐讷根没有承袭都督职务而率部南迁，所以在名字后面加了一个“达尔汉”（勇士）的徽号，使他的名字变成了齐讷根达尔汉。赵东升：《关于叶赫部首领的族属问题》。齐讷根达尔汉生子名叫王机褚。
王机褚建立辉发国前，辉发河流域分作若干部卫，部落繁多，互不统属。仅部族姓氏就有二十六个之多，这些部族都是海西女真人，属于“江夷”的一种。
王机褚继其祖先改姓纳拉氏、与纳拉氏结成联盟之后，收复辉发诸部，于明隆庆四年（1570年）渡过辉发河，在滨河的扈尔奇山上修筑了一座非常坚固的城堡，叫做扈尔奇山城，建国号辉发，是为辉发建国之始。
辉发建国不久，扈尔奇山城刚刚竣工，即遭到蒙古人的侵犯。《清太祖高皇帝实录》记载这个事件的结果说：“是时，蒙古察哈尔国扎萨克图土门汗自将围其城，不克而还”。（《清太祖高皇帝实录》卷3.）辉发城的坚固是很有名的，王机禇为反对蒙古的侵犯、捍卫家园的英勇斗争也是非常值得赞扬的。
辉发部的领土主要在今吉林省的南部，即今天的磐石、桦甸、柳河、东丰、靖宇、海龙一带，（赵东升：《扈伦四部和海西女真》。）从领土面积上讲，辉发仅次于乌拉，为扈伦四部中的第二大部。但是由于辉发处于几个强部的包围之中，国力自始至终得不到发展，比起其他几个部显得相对软弱，先是从属于哈达，后又从属于叶赫，是个后天发育不足的地方政权。
辉发部在王机褚统领期间本已出现兴起的迹象，但辉发兴起的历程被王机褚的孙子拜音达里的残暴统治所打断。
大约万历初年，辉发部贝勒王机褚死亡。王机褚共生有八个儿子，其长子早在王机褚死前就已经早夭，他留下一个儿子，名叫拜音达里，他成为王机褚的长孙。王机褚在临死之前，没有指定接班人。按照女真族的传统习惯，凡遇这种情况，即由宗族的长老会议推举贝勒的继承人，自金代至清入关前，都是如此。（赵东升：《扈伦探踪》。）拜音达里作为家族的长孙早就觊觎辉发部贝勒的位置了。他开始秘密串通死党。他的祖父一去世，尸骨未寒，他即设计，“杀死了七个叔父及其家眷，并对家族不满者进行清洗”。他终于踏着本家族众多先辈和同辈兄弟的尸骨，登上了辉发贝勒的宝座。
拜音达里屠杀同宗的行径引起了辉发纳拉氏的分裂和宗族部民接连不断地大逃亡，逃亡的主要目的地是叶赫和哈达。为了遏制部民和宗族逃亡他部的狂潮，拜音达里请来了努尔哈赤的兵马，帮助镇压。努尔哈赤的兵马起程前，努尔哈赤秘密指示说：“不管是不是叛民，只要是辉发人，见着就杀。”努尔哈赤下达这样的指示，其目的很明显，就是要尽量多地消灭辉发人，辉发部数以千计的部民死于非命。辉发部民叛逃的狂潮被遏制后，辉发部贝勒拜音达里送了好些财物，才把努尔哈赤的兵马送出辉发境外。
拜音达里的倒行逆施激起了辉发境内外的辉发人的普遍愤恨。他们千方百计地消灭辉发部的独夫民贼。当时辉发部已经走到了灭亡的边缘。据《居易录》载：辉发部落未灭亡之前一载，每至日晡（申时，午后3—5时），辄有小儿千百为群，连臂入城嬲（戏弄、纠缠）人，或入酋长之居，或散在人家。提而掷之，散若轻尘，旋复聚为小儿。驱逐祈禳，皆不能禁。国人夜不得眠，日出始倦而就寝。如是者年余，太祖（努尔哈赤）兵至，已入城，人无觉者，自此妖而不见。（杨宾：《柳边纪略》卷3.）这个传奇的故事，充分说明，拜音达里袭杀其叔自立为贝勒的行动，在辉发部简直是天怒人怨。
万历二十三年（1595年）六月，为了对辉发部参加九部联军发出军事警告和惩罚，努尔哈赤派大将杨古利领兵讨伐辉发部，辉发部的多壁城“阻水不得进，扬古利乱流而济，众从之，遂薄城，多所俘馘”。（《清史稿》卷226.）攻克多壁城后，建州军斩杀了其守城将领克充格、苏猛格两员大将。
