曾国藩对于“浑水摸鱼”之计的理解，恐怕在下面这个案例中比较集中：
长江中上游的安徽，是太平军与湘军争夺的要地之一，而安徽的安庆又是重中之重，双方为此进行了长期而又多次的争夺。在这一纷乱的背景中，安庆外围的祁门，随着战势的发展至1860年8月又成为了一个十分险要之地。为了实现先攻安庆，然后建瓴而下攻取太平天国政权中心南京的战略目标，1860年7月曾国藩让曾国荃继续围困安庆，自率湘军万余渡长江入皖南，进驻险地祁门。以后的十个月间，是曾国藩十分艰难的日子。他如何乱中取胜呢？
先是祁门附近羊栈岭的失守，紧接着一场新的危机又逼近曾国藩和湘军祁门大营。太平军本来就已占据徽州，此时，黄文金部2万多名将士攻破建德，切断了祁门大营与皖北安庆等地的联系。而李世贤和刘官芳两部太平军正分别从东、北两个方向对祁门大营发动进攻。
至1860年11月，曾国藩天天生活在四面楚歌之中，有时是一日数惊，有时是整夜不得一眠，真是度日如年。他在给曾国潢的家信中写道：
自十一月以来，奇险万状，风波迭起，文报不通者五日，饷道不通者二十余日。此一月之惊恐危急，实较之八月徽州、宁国失守时更险难数倍。
曾国藩这一次的险难，幸好有部将鲍超等人的拼死救援，才得以度过。
再接下来是曾国藩几次主动出击的失败。1861年4月，他又移驻休宁。在这里，他又组织了八九千名湘军官兵对徽州城发动攻击，以期再占该城，疏通皖南至浙江的粮道。
出乎曾国藩意料的是，湘军几次接战，又都均告失败。
在4月14日的日记中，他这样描述自己此时的心情：
本日各营进徽州，寸心悬系之至，颇登楼看天色。至午刻，忽下大雨，心绪焚灼不安。傍夕接信，各部因雨致败，尤用忧愤。盖此举关系最大，能克徽州，则祁门、休宁和黟县三县皆有米粮接济，不能克徽州，则三县均不能保，是以忧灼特甚。夜，竟夕不能成寐，口枯舌燥，心如火炙，殆不知生之可乐，死之可悲。
并且，当曾国藩看到湘军对徽州的进攻久久不得战果，心中益发着急，而完全忘记了湘军多年来攻城作战的教训，在一味盲目地下令官兵攻扑城墙时，被太平军瞧准时机，暗开城门，派出一队精兵出城劫营。把湘军打得大败，22营中竟有8营完全溃散。
曾国藩带着残兵败将，狼狈地退回祁门。想着太平军一定会跟踪而至，祁门此次定难保全，他一生的功名，或许也就到此为止，他悲观到了极点。一面吩咐身边的人为自己的后事预作料理，一面写信给自己远在湘乡的儿子曾纪泽和曾纪鸿，立下遗嘱：
我自从军以来，即怀见危授命之志。此次若遂不测，毫无牵恋。自念贫窭无知，官至一品，寿逾五十，薄有浮名，兼秉兵权，忝窃万分，更有何憾！惟古文与诗，二者用功颇深，探讨颇苦，而未能介然用之，独辟康庄，不无耿耿。
到4月上旬，李世贤部太平军一度攻占景德镇，并乘势向祁门发起进攻，使曾国藩在祁门经历了近一年来最大的危险。所部3万官兵，候粮30日不至，军心大为震动。
为了解救祁门之危，左宗棠率部不顾一切地向李世贤部太平军的侧后扑去，逼使李世贤回宫反顾。4月22日，两军大战于乐平城外，太平军逼近楚军壕墙，左宗棠指挥部下发射排枪，以密集的火力阻挡太平军的前进。太平军屡却屡进，奋勇环攻，左军也拼死顽抗，毫不退却。次日，太平军调整部署，继续攻击，左宗棠决计以攻为守，督率所部分三路越过壕墙，突然对太平军发起反攻。当时风雨交加，两军在阵前奋力苦战，枪炮声、刀矛声、喊杀声，与天空的雷鸣声连成一片。结果，太平军伤亡四千余人，渐觉力不能支，被迫向东撤退。左军乘胜追击，连占德兴等地。
左军的这一胜利，使祁门湘军转危为安。曾国藩死里逃生，大喜过望，益发佩服左宗棠才大有为。不久。清廷谕升左宗棠为太常寺卿。
曾国藩在祁门共驻扎了10个月的时间。这是一段异常艰难的日子。期间，有不少人劝他赶紧从皖南撤出，回到皖北去，可他就是坚持不走。他说：帅营一动，军心即摇，即使死于此所，也不后退一步。
除了稳定军心的考虑，曾国藩还有战略的考虑。除了要表示信守他向朝廷所做的许诺，克尽他作为两江总督的职守外，还有非常重要的一点，这就是，他认为这也是湘军安庆会战自身的需要。他多次表示，自己驻守皖南，是为了吸引太平军的一部分兵力，以减轻湘军在皖北方向的压力。1860年底，在给咸丰皇帝的奏折中，他就自己驻守皖南与安庆会战的关系做了这样的预测：
若皖南再坚持两三个月，则皖北、安庆有必克之理，大局有必转之机。
后来，他又给曾国荃写信，更加详细地谈到湘军分兵皖北与皖南两处的关系，以及他的动机。他说：
若北岸办得好，能得安庆之贼屠戮殆尽，则陈玉成必深恨李秀成之不救援北岸，将来必有自相仇杀之时。今冬明春，弟与多隆阿、李续宜在北岸力主进攻，兄在南岸力主稳守，但使南岸勉力支撑三四个月，不大决裂，北岸必有好消息。
牵制李秀成等部太平军于皖南，不仅可以减轻皖北主战场上湘军的压力，而且还能导致太平军两大支主力之间的相互矛盾，使之相互仇杀。曾国藩的用心是极为险毒的。
直到1861年5月6日，曾国藩才从祁门离开，移驻东流紧靠长江南岸的地方，湘军还是没有完全从皖南撤出。
面对那拉氏这样破格的信任，曾国藩采取冷静而又明智的态度，不但不因此而志得意满，骄横跋扈，反而更加谦让。
曾国藩为安庆会战作了最大的投入。与此同时，胡林翼为了取得安庆会战的胜利，在皖北战场上也是倾其所能，并将自己置于非常危险的境地。可见，曾国藩还是有乱中取胜之术的。
