司马迁在《史记》中还向读者透露了一个重大的秘密：秦始皇不是秦国皇族的亲血脉，而是商人吕不韦的儿子。这是秦朝的重大机密在秦朝灭亡一个世纪后的解密。
《史记·秦始皇本纪》说：“秦始皇是秦庄襄王的儿子。秦庄襄王未登王位时，名字叫做子楚，他作为秦国的质子长期呆在赵国。有一天，看见吕不韦的小妾，很喜爱她，就娶了过来，作为自己的妻子，生下的儿子就是秦始皇。秦始皇于秦昭王四十八年（公元前259年）正月生于邯郸，取名政，因生于赵国，故姓赵名政。赵政13岁时，庄襄王死去，赵政就被立为秦王，改名嬴政。”这里说得含糊，没有将秦始皇和商人吕不韦的父子关系完全点明。
《史记·吕不韦列传》却把这层关系和盘托出：
战国时期，韩国阳翟（在今河南禹县）有一个大商人，名叫吕不韦，因为善于贱价买下，高价卖出，家资累积千金。
吕不韦真正称得上历史上最大的投机商，他由投机商业转而投机政治，他立意要用金钱买一个国家，当时有七个诸侯大国：韩、赵、魏、燕、楚、齐、秦。吕不韦看上了秦国，认为这个国家最强大，前景最好。他心中盘算：要购买秦国，先得用钱收买它的一个王子。当时恰好有一个名叫子楚的秦国王子在赵国邯郸做质子，而吕不韦本人也在邯郸做生意，于是吕不韦用金钱引诱，使子楚接近自己，进一步使其听从自己的支配。
吕不韦将子楚完全控制在手中后，又大量使用金钱，使子楚成为秦国的太子，即王位的继承人。后来子楚终于上台当了秦王，他让吕不韦做丞相，封为文信侯，吕不韦在洛阳的食邑有十万户。
事情如果仅仅这样，吕不韦花了不少钱，也只买了一个丞相当。但吕不韦和子楚的关系还有更深一层的秘密。子楚当初在邯郸时，看上了吕不韦身边的一个歌女，跟吕不韦要，吕不韦假装发怒，但最后还是将这歌女送给了子楚，其实这是他设下的一个计谋，因为这时邯郸歌女已经有了身孕，吕不韦也没告诉子楚。也巧，这个孩子晚产，十二个月才生出来，子楚就认为是自己的孩子，取名嬴政，就是后来的秦始皇。
子楚当了三年秦王，不明不白地死了，十三岁的嬴政陡然成了秦国的国君，吕不韦眼看着自己的儿子当了秦王，就自号仲父。他从此代嬴政处理国政，当上了实际的太上王。他用钱购买一个国家的计谋基本成功了。
但还没有完全成功，这时吕不韦如果从自己的儿子手中夺取王位，自己当王，好像田氏代齐一样，他的这个计谋才算完全成功。
然而吕不韦爱子之心太切，他让嬴政继续做秦王，自己甘愿当儿子的臣僚，这就伏下了他日后覆亡的祸根。
原因在于那个现已成为太后的邯郸歌女。她原是吕不韦的情人，吕不韦不愿和她继续勾搭，就找了一个名叫嫪毐的人做自己的替身，谁料到嫪毐和太后又生了两个孩子。
于是一场宫廷政变发生了，吕不韦不想夺嬴政的王位，嫪毐却想，他想趁嬴政行冠年礼之机杀他，让自己的孩子登位，但嬴政已有防备，立即将嫪毐捕杀，同时将太后放逐。吕不韦和这事有牵连，也被迫自杀。这么一来，吕不韦用钱买一个王国的计谋功亏一篑，落得身死名败的下场。但后来统一了全国、成为秦始皇的嬴政是他的儿子，则很可能是事实。
以上是司马迁记载的秦始皇“杀父逐母”的故事，看来，秦始皇也够心狠手辣的，正是凭着这种心狠手辣、快刀斩乱麻的手腕，他才能在国内的政治斗争中夺得最高领导权；正因为他不是真正的王族之子，而是商人之后裔，才对周王室和六国诸侯没有丝毫怀旧之情，在极短的时间内，将这些旧贵族的国家一股脑儿通通扫平。前几代秦王本来也有力量一举灭掉六国，非不能也，是不为也。这些老秦王仍然是旧格局的继承者和维护者，没有魄力创造一个崭新的局面。只有秦始皇才有创新的魄力。从许多事件可知，秦始皇做事果断坚决，面对突如其来的危险，能沉着应付，一生遇到多次行刺事件，他都能安然无恙。在各方面他都有超人的本领，他与那些退化守旧、软弱无能、毫无作为的六国国王相比，真有天壤之别。只有秦国才能统一天下，只有秦始皇才能消灭腐朽的六国贵族。历史赋予秦始皇这种伟大的责任，司马迁在《秦始皇本纪》中将这种趋势叙述得十分明白生动：“秦王续六世之余烈，振长策而御宇内，吞二周而亡诸侯，履至尊而制六合，执棰拊以鞭笞天下，威震四海。”
秦始皇开创了一个新的君主专制社会模式，这个模式延续了两千年，其中有两项制度改革永远为后世效法。首先是废除分封制，实行普遍的郡县制。这种制度保证了中央的高度集权，可以迅速动员作战力量，中央的新政策可以最快地贯彻到基层。其次是只有国家（即皇家）才有军队，不容许民间有武装和兵器。秦朝以前，除了周天子有武器和军队外，数不清的诸侯国、大夫领地、士集团，甚至一介匹夫都可以有武器和军队，这样就互相攻伐，战乱不停。秦朝收集天下兵器铸造十二个金人，这样就杜绝了民间的械斗，按司马迁的话来说，是“士不敢弯弓而报怨”，使太平盛世有出现的可能。
秦始皇运用强大的军事力量，铸就了中华帝国的固有领土的雏形。司马迁说：“南取百越之地，以为桂林、象郡，百越之君俯首系颈，委命下吏。乃使蒙恬北筑长城而守藩篱，却匈奴七百余里，胡人不敢南下而牧马。”秦朝的天下已经包括了今日中国的大部。
但秦始皇犯了一个致命的错误，即用夺取天下的方法来治理国家，取天下时要使用诡诈的阴谋手段和狂暴的战争；而治理国家首先是要解决百姓的生存问题（吃穿住行、教育、养老等），顺应百姓的愿望，形成安定的局面，同时对百姓开诚布公，取得百姓的信赖。如果继续用欺诈的手段和暴力夺取的方法来治理国家，百姓会起来推翻统治者的。始皇治理天下使用的就是暴力手段。《史记》中说：“秦王行贪鄙之心，行自奋之智，不信功臣，不亲士民，废王道，立私权，禁文书而酷刑法，先诈力而后仁义，以暴虐为天下始。”
始皇最大的错误是“废先王之道，焚烧百家之言，以愚黔首”。他采纳李斯的建议，焚书坑儒。书籍是当时文化水准的载体，毁灭了书籍就毁灭了文化，也就毁灭了思想，使中国落到和周边的夷狄同样的可悲状况，形同禽兽；而儒是指当时的书生，知识分子，即使人数不多，但力量很大，有号召力，一呼百应。坑儒的措施使得全国的精英都背离始皇。没有精英的支持，始皇的政权二世而亡。
因此，秦朝创建的政治模式是个有致命缺点和不完善的模式，后来的中国君主专制政体很少有全盘采用这种模式的，而只吸收它的合理的有用的部分。
