由孙文圈定的革命委员会，迅即在黄埔军校成立，接管政权。革命委员会的六名成员，包括许崇智、蒋介石、汪精卫、廖仲恺、陈友仁和谭平山，孙文自任会长，鲍罗廷为顾问。11日，孙文致电胡汉民：“请立即宣布戒严，并将政府全权付托于革命委员会，以对付此非常之变，由之便宜行事以戡乱，则小丑不足平也。”
10月13日凌晨，1500名警卫军乘坐20辆铁甲车，迅速向省城挺进；东江前线的军队也调回省城。14日，胡汉民以大本营总参议的身份，代理革命委员会会长，下令解散商团。警卫军、工团军、农民自卫军、飞机队、甲车队、兵工厂卫队、陆军讲武学校、滇军干部学校，统归蒋介石指挥。
关于军队镇压的消息，已在坊间哄传，谣言如浮云，蔽日不使照，广州成了一座危疑震惧之城。孙文致电家乡香山县县长：“如有煽动罢市之人，即行枪决；罢市之店即行充公，切勿姑息为要。” 这天，商团代表往见廖仲恺，力言广州若有战事，损失必然惨重。廖仲恺厉声呵斥：“广州剩回二成人已够！” ③
空气里，已是杀气腾腾，血腥弥漫。10月15日凌晨，夕景欲沉，晓雾将合，城市尚在酣睡之中。参与镇压的军队，都已荷枪实弹，各就各位。胡汉民因怕殃及池鱼，早早在寓所门外，挂起了日本太阳旗，此刻正在微风中缓缓飘扬。街道上一片死寂。
4时，只听民团统率长李福林一声令下，李福林的福军、吴铁城的警卫军和许崇智的粤军，兵分三路，攻入西关。一时炮声隆隆，弹如雨下。理发工人在军队掩护下，沿街纵火。西关的民居，多属砖木结构的骑楼，瞬间便火烧连营，整条街、整条街陷入火海。广州的天空被染成一片血红。天亮时，八面威风的商团军，已如雪逢汤，顷刻消融。军队在广州商业最繁荣的桨栏路、杨巷、西堤二马路、十七甫、第四甫、上九甫、太平路、龙津路一带大肆焚掠。
大火从10月15日，直烧到17日才熄灭。西门口石街、第六甫、第八甫水脚、故衣街、装帽街、普济桥、回澜桥、戏院前（东西从水塔脚至快活亭，南北从长寿新街至明声里）、西濠口一带商铺，被完全焚毁。第二甫宜民市、第六甫、锦荣里、上九甫、桨栏街、同兴街等处，亦受波及，焚毁泰半。总计大小街道约三十多条被焚，一千多商户被洗劫，损失约五千万港元以上。死伤人数约两千人，大部分是非官非商的无辜市民，然距廖仲恺所说死八成人，相差尚远。以上仅为官方公布的数字，实际损失，恐怕远远不止此数。
10月15日，孙文连下数令，凡加入商团者，为首者没收财产，附从者处以罚金，由数百至万元，作北伐军费。“必将商团店户、货物、财产，悉行充公”。10月16日，孙文再下令没收西濠口大新公司充公。
后来，有记者问孙文，是否下过火烧西关的命令，孙文干脆地回答说，的确下过。因为商团多次拒绝服从政府，“这就有必要烧一下以摧毁他们的抵抗”。
一场轰轰烈烈的官商博弈，不能为中国民主制度开一新篇章，却落得如此收场，真出乎时人的意料之外，亦出乎后人的意料之外。面对着颓垣败壁，触目凄凉的家园，历史学家，纵有风雷老将之心，也觉无词说断肠了。
商团的武器，最后大部分如愿落到了黄埔军校的手里。蒋介石说：“黄埔军校就利用这批枪械，成立了一个教导团。” ③这个教导团，后来在战场上，发挥了大作用。
经此一役，作为中产阶级第一梯队的粤商，元气大伤，社团被彻底瓦解，大量财产被充公，从社会主流地位被逐到社会边缘，成为大革命时代被打倒的第一批人——地主、工厂资本家还排在他们后面——政治上从此一蹶不振。
商团事件，为接踵而来的暴风骤雨般的群众运动，做好了预演和铺垫。
“泥腿子”们站起来
孙文一生对群众运动都没有什么兴趣。在漫长的反清革命中，他基本上是依靠少数人的冒险，暴动，失败，再暴动，再失败，直至胜利。在民国时代，也只对军队感兴趣，有枪才有地盘，有地盘才有本钱。虽然“以俄为师”之后，经过苏联人的不断灌输，他也开始把“扶助农工”作为一项政策，要求国民党去关注了，但他自己却仍然一门心思只关注军事。
孙文的土地政策，从同盟会时代定下的“平均地权”，终其一生迄无改变。广东没有大地主，都是小地主。人民分为士农工商四大界别，几乎都有小地主背景，因此，他们都是人民成员，并非对敌立的阶级。
怎样才能平均地权呢？在国家方面，可以根据地价抽重税，或付款赎买土地，以此调节土地的占有与使用；在农民方面，组织起来，以自身力量维护自身的利益。最终实现“让农民可以得利益，地主不受损失”的双赢结局。
但在鲍罗廷的字典里，没有双赢这个词，只有“我赢”。在他看来，孙文的土地政策过于保守，属右派观点。鲍罗廷给出的定义，“凡是赞成解决土地问题的，都是左派。” 左派解决土地问题的方法很干脆，就是直接剥夺地主土地，建立国家的土地储备，分配给无地农民。
这个主张，遭到孙文断然拒绝。他不仅反对没收土地，甚至反对挑起农民与地主的对立。廖仲恺解释：中国农村是一个宗法社会，阶级矛盾并不太尖锐，“地主、豪绅和农民往往是同一家族的成员，有同一个姓氏……地主与农民之间的关系更像叔侄关系，而不像两个敌人之间的关系”。
在一全大会之前，鲍罗廷曾专门召集出席大会的共产党党团会议，以求统一立场。在会上，李大钊提出，“按照三民主义进行的土地改革是孙（文）的骄傲，他认为这是他的发明”，因此，国民党内，支持赎买土地的人必然占多数，倒不如做个顺水人情，不坚持土地储备的主张，“我们可以坚持让农民得到土地，而不指出其来源”。这既淡化与了孙文的分歧，也为中共以后的土地革命留下很大的活动空间。谭平山、毛泽东都同意李氏意见，鲍罗廷也接受了。
揆诸现实，农民的生活确实非常艰难，在他们头上，压着军费、北伐费、自治费、保安队费、游击队费、疯人口粮费、民团费、庚子赔款费、自卫总局费、保卫团费、更夫费、捕费、沙捐费、附看费、杀骨费、沙夫费（沙田）、鸭埠费、果木费、巡田费、厘金、人头税、薯芋捐、猪捐、牛捐、烟叶捐、糖捐、地豆捐、梅菜捐等几十种苛捐杂税。
导致农民破产的最大威胁，并不来自田主，而是来自官府。人们常说，“匪过如梳，兵过如篦，官过如剃”，其实农村匪患严重，大部分是拜“兵过如篦，官过如剃”所赐；而匪患的蔓延炽烈，又召来更多的官军，以剿匪为名，再篦再剃，进一步把农民逼成破产。恶性循环，愈陷愈深，令农民的困境，永无解套之日。
但孙文对于农民的真实状况，其实不甚了了。有一回，彭湃当面向他解释农民的苦况，特别是沙田佃农，每季收获，难偿地租、捐税、肥料、种子等支出，非减租难以生存。孙文奇怪地问：“农民耕沙田亏本，为什么不谋别业？”彭湃痛心地回答：“沙田佃户就像池中鱼，池水干了，鱼就不得不困在池里，哪能到别的池塘去呢！”孙文听了，默然无语。③
广东历史上是一个移民大省，祭祖风气，一向很盛。彭湃所生活的潮汕地区，“营宫室，必先祠堂，明宗法，继绝嗣，重祀田”，是为乡间的头等大事。珠三角也不例外，凡聚族而居之处，必有祠堂，所谓“顺德祠堂南海庙”。祠堂拥有大量族田（公尝），属于宗族共有的，由宗族共同耕作，收入维持着祠堂的开支。据1930年代初的一项农村调查，广东西南部的族田，占耕地面积23%，北部占25%，东部占35%，中南部占40%，在珠江三角洲高达50%。易言之，全省有三分之一的耕地是族田。
佃农所交的田租，虽然高达收成的一半以上，但并不是全归田主所有。田主除了要应付官府的各种横征暴敛之外，还要拨出相当的公尝收入，用于乡村公用事业，如兴办私塾义塾、铺路修桥、贷粮施粥等。中国农民，世代耕种，过着日出而作，日入而息的生活，但求温饱，对政治毫无兴趣。
但在共产党人眼中，宗族观念、祠堂政治，都属封建余孽，不彻底推翻打破，不足以揭开农村阶级斗争的盖子。在国民党中央，主管工农事务的是廖仲恺，但实际做事的是中共党人。
一全大会后，廖氏兼任中央党部工人部长，日常工作由秘书冯菊坡（中共党人）负责；广东工界宣传员谭平山是中共党人；首任农民部长林祖涵也是中共党员，后来林去了汉口执行部，农民部则由秘书彭湃（中共党人）主持。农民部换了几任部长，彭湃以不变应万变。在政治上，权力的大小，并不看他所坐的位置，而要看他能否把手中的权力运用到极致。在农民部，真正的光源与热源是彭湃。国民党广州市党部工人部长马超俊在回忆文章中，对廖仲恺倚重中共的描写，活灵活现：
那时中央党部的工人部长是廖仲恺，他的思想左倾，受共党人员操纵，每次谈到共党问题，他都意存偏袒。我因职务关系，与廖时有接触，辄发生激烈争论。每当他理屈辞穷，便面红耳赤的说：“人家行，我们不行！我们落伍！落伍！落伍！”
尽管当时留在广州，并有资格出席中央会议的中共党人不多，初仅林祖涵、谭平山二人，林氏去了汉口后，仅余谭氏一人，但仍然是左派的天下。排共、反共的元老派，在工农问题上，几无置喙余地。
中共最初由一群城市“五四青年”组成，对农村十分隔膜，并不相信农民有多大的革命性。虽然在1922年中共二大的宣言中，已高喊出“中国三万万的农民，乃是革命运动中的最大要素”的口号，但雷声大雨点小，真正扎根乡村的中共党人，寥若晨星，远不及工运来得轰轰烈烈。中共三大前，共产国际要求立即开展土地革命，没收地主及寺院庙宇的土地，无偿分给农民，也没有被中共采纳。
