为了同1军、5军相互配合作战，开辟和扩大抗日游击区，改编后的2军党委决定，将全军兵分两路，一路北上牡丹江地区，与5军配合，扩大宁安、东宁、穆棱一带游击区，另一路由魏拯民亲自率领南下抚松、临江、长白、濛江、通化一带，与杨靖字率领的1军协同作战，发展长白山抗日游击根据地。
1936年6月，魏拯民率部历尽艰辛，冲破重重险阻，到达南满金川县境的河里根据地，与杨靖宇率领的第1军胜利会师。魏拯民和杨靖宇共同主持召开了1、2军和东满、南满党的主要领导干部联席会议。魏拯民向与会同志传达了共产国际第七次代表大会精神和中央代表团的指示。鉴于抗联1、2军的活动地区已连成一片，为便于统一领导，统一调动，集中力量打击敌人，会议决定：将两个军合编为东北抗日联军第1路军，魏拯民任政治委员，将东满、南满党的组织合并组成东南满省委（亦称南满省委），魏拯民任省委书记。中共东南满省委和抗联第1路军的组成，扩大了抗联的声威，推动了东南满地区抗日游击战争的发展。
8月，魏拯民和王德泰等共同指挥2军主力，攻击了敌人的重要据点——抚松县城，歼敌百余人，缴获大批枪支弹药和物资。9月，于抚松县小汤河附近歼灭伪靖安军150余人。10月，在敦化县东清沟全歼日军100余名，毙敌少将1名。这一连串的胜利，使敌人大为震惊。
1936年11月，2军军长王德泰在粉碎敌人冬季“大讨伐”的战斗中壮烈牺牲。此后，领导2军的重担全落在魏拯民的肩上。他率领2军主力，于1937年春，攻破敌军的另一据点——庙岭，从而解除了敌军在濛江、抚松一带的威胁，给当地抗日军民以很大鼓舞。
魏拯民率部攻打的辉南县城旧址1937年“七·七”事变，全国抗战爆发。抗联1路军于7月25日发表了魏拯民亲自起草的《为响应中日大战告东北同胞书》，表示要同全国人民团结一致，共同抗日，为恢复东北、为祖国领土完整而战斗到底。此后，魏拯民率2军主力，在濛江、金川、桦甸等地，袭击敌军据点，破坏敌军设施，有力地牵制了日伪军的兵力。9月间攻打辉南县城一仗，打破了敌人“南满共匪已完全肃清”的谎言，使抗日军民大为振奋。
为保持同杨靖宇率领的第1军的联系，以便共同研究全国抗战的形势，商讨1路军的作战方针，11月，魏拯民率部向金川县境进发。其间，他指挥2军指战员，多次与尾追、堵截的敌军激战。到1938年春，先后取得了回头沟、大荒沟、大青沟、杨木桥子等战斗的胜利，迫使敌人不得不从浑江防线抽调部分兵力回援濛江和金川。魏拯民乘敌人调兵遣将之机，率部冲破敌围，急奔辑安，于1938年5月同杨靖宇在辑安县的老岭根据地胜利会师。
5月中旬，魏拯民同杨靖宇主持召开了东南满省委和1路军主要领导人会议。会议分析了全国和东南满地区的敌我斗争形势，总结了过去的工作，确定了在长期游击战争中保存实力、粉碎敌人的全面进攻、以利长期配合全国抗战的方针。老岭会后不久，抗联1军1师师长叛变投敌，供出了1路军的全部重要机密。1路军领导人又在老岭召开紧急会议，决定把原第1、2军混合编成3个方面军和1个警卫旅，主力迅速向东部山区转移。此后，1路军总部和警卫旅离开老岭，于1938年8月在辑安县长岗山地伏击伪军索旅22团；10月，在临江岔沟山地冲破敌人的重重包围，胜利地转移到东部山区。1939年7月，魏拯民在敦化县大蒲柴河东南方的汉窑沟，主持召开了1路军总部领导干部会议，进一步讨论了形势，制定了作战方针和策略。这次会议正式编成了第3方面军，并决定由杨靖宇率警卫旅和第1方面军继续在辑安、柳河、通化一带活动；魏拯民率第3方面军活动在敦化、安图和宁安南部的镜泊湖地区，以便和抗联第2路军及吉东省委取得联系。
汉窑沟会议以后，魏拯民与第3方面军指挥陈翰章一起，指挥所部奇袭了大沙河镇。大沙河镇地处明月沟与安图县城之间，是敌重要据点。我军根据大沙河镇的地势和敌军部署，采取分兵3路，攻城和伏击打援相结合的战术，经两天的激烈战斗，全歼大沙河镇伪军和赶来增援的日军宫本讨伐队共200多人，获重大胜利。
敌人不甘心大沙河镇一战的失败，派出驻守大蒲柴河镇的日军长岛讨伐队“围剿”魏拯民部，并张贴“悬赏捉拿魏拯民”的布告。9月某日，魏拯民得到情报：长岛讨伐队的上司松岛少将，将于次日亲自率领讨伐队从敦化县城乘汽车进驻大蒲柴河镇，准备发动秋季“大讨伐”。魏拯民决定在敦化城南、大蒲柴河以北的寒葱岭伏击松岛。寒葱岭是从敦化县城到大蒲柴河镇的必经之地，魏拯民利用这里便于伏击的地势，把队伍埋伏在东部山坡上。第二天中午，松岛讨伐队果然分乘12辆汽车，带着大批军用物资，撞进了我军的伏击圈。魏拯民一声令下，顷刻间枪声大作，跑在前边的敌军汽车被击中起火，堵住了道路。车上的敌人惊慌失措，纷纷跳下汽车，盲目开枪。我军趁势发起冲锋，击毙松岛，全歼其讨伐队170余人，击毁敌汽车11辆，缴获轻、重机枪各2挺，小炮1门，长短枪150多支，子弹70余箱，还有军服、粮食等物资。这一仗，沉重地打击了敌人的嚣张气焰。
