由于耶律楚材备受窝阔台的重用，因而引起了一些大臣的嫉妒。石抹咸得卜就非常恨耶律楚材。因为前几年耶律楚材去燕京办案，把他的外甥给杀了。还有一部分人反对耶律楚材所推行的措施，也对耶耶律楚材的夫人苏氏是北宋著名文学家苏轼的四世孙女，她的好多亲戚都在南方，经常有些书信来往。粘合重山由于和耶律楚材都是中书省重要官员，所以，两人交往比较密切，粘合重山经常到耶律楚材家里商讨国家大事。粘合重山是金中都留守粘合答的孙子，算是金国的皇族，而耶律楚材曾为金国大臣，加上耶律楚材大批任用金朝旧臣，这不免使人产生一些猜疑。石抹咸得卜派人四处游说各宗王，说耶律楚材有谋反之心。石抹咸得卜曾亲自到成吉思汗的弟弟斡赤斤府第，对斡赤斤说：“耶律楚材任中书令，率先用旧朝的臣子，一定有谋反之心。”宗王们本来就对耶律楚材有怀疑之心，现在又有人挑拨耶律楚材和他们的关系，于是都派使者到都城和林，请求窝阔台大汗杀耶律楚材。窝阔台听到耶律楚材有谋反之心，很是生气。他心里想，好一个耶律楚材，我父子待你不薄，而你却敢有私心。窝阔台下令先把耶律楚材和粘合重山革职拿问。
命令下来，蒙古武士分头赴耶律楚材和粘合重山的家。这天耶律楚材正在家里和粘合重山商讨开漕运的问题。忽然，家人耶律伟光急急忙忙跑进来，嘴里喊道：“不好了，外面来了许多武士要捉大人。”耶律楚材对耶律伟光说：“不要惊慌，我自己会处理的。”正说着，蒙古武士冲进屋里，不等耶律楚材辩解，就把他捆绑起来。粘合重山刚想上前阻拦，武士见到他便喊道：“这下省事了，两人一起抓走。”说完也把粘合重山给捆住。耶律伟光一看这架势，急得不知如何是好。耶律楚材对他说：“快去给察合台亲王送信。”蒙古武士把二人带到窝阔台面前。窝阔台对他们说：“你们二人知罪吗？”耶律楚材说：“臣等心系国家大事，不知罪犯哪条？”窝阔台命令先把他二人押下去，以后再做处理。
石抹咸得卜听说耶律楚材被抓起来了，心里很高兴，上书请速杀耶律楚材以谢天下。窝阔台抓耶律楚材的时候，心里很是生气。等事情一过去，他又觉得事情有点蹊跷。他命人给察合台亲王送信，以征求他的意见。没过几天，察合台亲王就来到都城。窝阔台对察合台说：“王兄你为何亲自到此？”察合台为什么这么快就来了呢？原来耶律伟光早已派人给察合台送信了。察合台听说耶律楚材被捉起来，很是吃惊，恐怕耶律楚材有性命危险，急忙动身赶赴都城，半路上遇见去给他送信的使者，所以察合台亲王来得要比窝阔台预想的要早。
窝阔台把众亲王和大臣状告耶律楚材的事原原本本地说了一遍。察合台对窝阔台说：“他们告发耶律楚材有充足的证据吗？”窝阔台命人把石抹咸得卜找来，让他和耶律楚材当面对证。石抹咸得卜做贼心虚，哪敢和耶律楚材对证，只得承认自己是诬陷耶律楚材。窝阔台一听气不打一处来，对侍卫说：“先把石抹咸得卜捉起来，留待以后发落。”窝阔台急忙命人把耶律楚材和粘合重山释放，并摆上酒席给二人压惊。席间耶律楚材向察合台亲王请安，察合台拍着耶律楚材说：“你受委屈了。”耶律楚材忙说：“臣受点委屈倒无所谓，只是怕坏了大汗国的大事。”窝阔台听到这儿，非常惭愧，亲自给耶律楚材和粘合重山每人满了一杯酒，算是向耶律楚材他们赔罪。吃完饭，耶律楚材和粘合重山分头回家了。这几天苏夫人都急坏了，恐怕自己的丈夫有什么闪失，今天看他平安地回来，心里很高兴。家人耶律伟光也过来见过老爷。耶律伟光对楚材说：“石抹咸得卜这老狗，胆敢陷害老爷，将来有机会一定饶不了他。”耶律楚材挥挥手示意让他下去。
说起来也巧，没过多久，石抹咸得卜的家人却告发他犯有违法之事。石抹咸得卜留守燕京称霸一方，做了许多不法之事。窝阔台让耶律楚材处理这件事。许多人都劝耶律楚材把石抹咸得卜杀了。石抹咸得卜本人也很害怕，觉得这次自己命在旦夕。谁也没有想到，耶律楚材不但不落井下石，反而在窝阔台面前为石抹咸得卜求情。
耶律楚材对窝阔台说：“大汗您将南伐金国，正是用人之际，不应斩杀大将；况且石抹咸得卜为人骄傲自大，容易引起他人的诽谤；大王不如派他到前线作战，给他一个立功赎罪的机会。”窝阔台听后，免去了石抹咸得卜死罪，让他带兵攻打金国。石抹咸得卜看到耶律楚材这样处理事情，感动得热泪盈眶，感谢耶律楚材的救命之恩。
耶律楚材的不计个人得失，以国家大事为重的做法也使窝阔台很受感动。窝阔台曾私下里对大臣说：“耶律楚材不计较个人恩怨，处处为国家大计为重，真是宽厚的人，你们应该向他学习。”窝阔台把众亲王的使者大骂一通，然后把他们轰走。他对耶律楚材说：“我听信小人之言，险些害了我的左膀右臂。”耶律楚材说：“臣委身于国家，生亦为君臣，死亦为君鬼，死都不吝惜，只是想给陛下多做些事情，使天下民众过上好日子。”
蒙古国期间，大汗对于各种宗教组织持保护态度。当时，各种教门都在蒙古地区传播，道教的全真教在这个时期发展很快。前面已经提到，全真教首领丘处机曾去漠北行宫，晋见成吉思汗。成吉思汗对他很是赏识，命丘处机掌管天下道门，常住燕京右极宫。丘处机死后，由他的弟子尹志平担任全真教首领。但是，丘处机的二弟子李志常也有继承丘处机教主之位的野心。他们两人在全真教中都有一定的势力。李志常常在丘处机身边，有机会接触一些达官贵人，和杨惟忠私人交往不错。杨惟忠是窝阔台时期的显臣，并且年轻有为，但正因为年轻，有时办事欠考虑。李志常为了夺全真教首领，请杨惟忠帮忙。杨惟忠命一家人，扮成逃军，晚上投宿到尹志平所住的道观。这天晚上，尹志平正在灯下阅读经卷，忽然有人敲门，他叫道童开门，发现一个衣服破烂的年轻人。这人自称是过路行人，天晚了，请求尹志平让他投宿一夜。尹志平也没多想，就命道童领他进院安排住处。时间不长，道观外面忽然人声嘈杂，伴随着砸门之声，有人大喊：“快开门。”吓得道童赶紧跑去开门，往外一看，见是一队官兵，忙问：“各位军爷到此有何贵干？”官兵也不理会，径直走进观中。尹志平对官兵说：“你们私入道观想干什么？”这时官兵发现了那个青年，把他抓了起来，一个领头的军官对尹志平说：“谁是这儿的主事道长？”尹志平说：“我就是。”那个领头对尹志平说：“大汗国法律规定窝藏逃军者当烧其房屋，这里是道观就免了，只有锁你跟我到官府走一趟。”志平没有办法，只得跟他们到了官署。根据蒙古法令，逃军被抓住者，处以死刑；为逃军提供食宿者也要入狱。第二天，尹志平被投到大狱中。李志常暗中收买狱卒，让他在监狱中把尹志平杀掉。狱卒收到李志常的好处，就用刑杖将尹志平打死在狱中。那个冒充逃军的家丁，由杨惟忠买通官府，从死囚牢中找了一个替死鬼，家丁就又回到了杨惟忠家。
尹志平死后，他的弟子们觉得事情蹊跷，暗中调查这件事。杨惟忠的家人有一同乡是全真教道士，两人之间常有些来往。有一次，两人吃饭期间，这个家丁把他冒充逃军陷害尹志平的事给说了出来。道士表面上没露声色，但心里却将这件事记得清清楚楚。这就是“说者无心，听者有意”。这个道士回到观中，就将这件事与其他道士讲了。尹志平这派道士于是就控告有人谋害尹志平，案子很快就送到了耶律楚材手中。
耶律楚材带着那个和杨惟忠家人是同乡的道士到杨惟忠家。正巧，那天杨惟忠不在，耶律楚材下令把所要抓的家人找到，然后带回官府。等杨惟忠回到家，听说耶律楚材到他家来抓人，心里很害怕。晚上，他就到耶律楚材家中，请求耶律楚材不要深究这件事，以免伤两家和气。耶律楚材不但没有答应杨惟忠的要求，反而说如果杨惟忠与这件事有关连，也应负法律责任。
杨惟忠碰了一鼻子灰，沮丧地回到家中，他想看看耶律楚材的动静，然后再做下一步打算。
第二天，耶律楚材审问那个家人。这个家人自恃有杨惟忠给他撑腰，很是不在乎，就把整个事情的原委都说了。耶律楚材问他：“你家主人为何要谋害尹志平？”家人答道：“小人也不知道，主人让我去做，我就去做。”耶律楚材对杨惟忠非常不满。
耶律楚材令人将这家人的口供记录下来，接下来楚材命衙役把口供又和这家人对证，这名家人依靠杨惟忠平日里作威作福，以前也没有见过这种阵势，今天看样子要动真格的了。这时候，家人有些害怕了，不敢在供词上签字。耶律楚材让人给他用刑，这个家人支持不住，最后在供词上签了押。耶律楚材拿着供词到窝阔台面前状告杨惟忠徇私舞弊，陷害他人。窝阔台下诏，处罚杨惟忠银2000两，对他的家人处以死刑。杨惟忠从此就和耶律楚材结下不解的冤仇。
太原路转运使吕振，副使刘子振都是当时有名望的儒士。当初耶律楚材推荐他们出任太原部转运使，使他们由落魄的穷知识分子一跃变成朝廷命官，二人本应该为国家效力。但是这两个人非常贪财，转运使是负责把地方上缴国家的金钱运到都城和监督地方财政的长官，在当时有很大实权。这二人互相勾结，贪污钱财，后来被查出。窝阔台非常生气，下令将二人斩首。窝阔台责备耶律楚材说：“你总向我灌输孔子之教可行天下，说儒者为好人，可为什么会出现这种贪污之徒呢？”耶律楚材答道：“君主父亲教育臣子和儿子，并不想让他们行不义之事，三纲五常，是孔圣人的名教的精髓，所有的国家，没有不用圣教的，这就好比天上一定要有太阳和月亮。哪能因为一个士大夫的得失，就使万世常行的名教毁坏于我朝呢？”窝阔台听了这番话后心情有所好转。
这时，杨惟忠出来上奏说：“耶律楚材身为国家大臣，给国家推荐这样的人才，必有私心作祟。”窝阔台一听，也觉得对，自从让耶律楚材掌管汉事以来，事无大小都由他操办，自己只是下诏而已，他会不会欺骗我呢？想到这他就命人将耶律楚材捆了，免去一切官职，听候发落。一连几天，窝阔台也不理睬耶律楚材的事。窝阔台也不想杀耶律楚材，只不过想杀杀他的锐气。几天过去了，一天窝阔台早朝，命人将耶律楚材押上朝堂，让人给他松绑。耶律楚材说：“陛下且慢，我是国家公辅，正式官员，前些天你命人将臣捆绑，是因为臣有罪，应当让满朝文武都明白，有罪就应该伏法，今天，你又把我释放，是因为我无罪。这种国家大事哪能是出尔反尔之事，就像小孩玩游戏一样。如果像这样，国家的大事，又怎能实行呢？”众大臣都非常吃惊，认为耶律楚材是有点不知好歹，也都暗暗给耶律楚材捏把汗。窝阔台说：“我虽然是大汗，难道就没有过错吗？”最后耶律楚材说：“如果陛下能答应做臣的十个条件，我就松绑。”
那么耶律楚材提哪十个条件呢？第一，信赏罚，就是要求窝阔台对待大臣们应该赏罚得让人信服。第二，正名分，就是做任何事，都应事出有名。第三，给俸禄，大臣的薪水应由国家按品级发给俸禄，不应让大臣自己从下属上贡的财物中支取。第四，官功臣，让有功之人充当国家的官吏。第五，考殿试，通过科举考试来选拔人才。第六，均科差，这是赋税方面的要求，蒙古统治者对待蒙古地区和中原地区的科差不一样，对中原地区科差比较偏重。第七，选工匠，由于蒙古统治者对于有匠籍的人给予很大优惠，可以减免差役。所以有许多人冒入工匠籍，这样国家的收入就减少了。第八，务农桑，蒙古贵族初下江南，许多人主张将南方的耕地改为牧场。耶律楚材非常反对这条意见，他认为将来的统治中心一定要南移，为了加强统治，就必须采取当地比较高级的耕作方法，所以他提出了务农桑。第九，定土贡，蒙古国有一习惯，就是每到节日，地方上的官都要向皇帝进奉礼物。耶律楚材以前也向窝阔台建议过，但窝阔台没有采纳，这次耶律楚材又旧话重提。第十，制漕运。耶律楚材说完这十个条件，太宗窝阔台乐了，他说：“爱卿你这十个条件我都依了。”原来耶律楚材在被押禁的一段时间内，大脑并没有闲着，他针对当前社会的一些弊病，想出了十条解决的办法。窝阔台再次命人给耶律楚材松绑，耶律楚材这才让士兵松绑。
窝阔台性喜豪奢，挥霍无度。1235年，他命耶律楚材负责建设和林城。蒙古族是游牧民族，大都住在移动的蒙古包里。蒙古建国后，也模仿汉人的办法建城市。耶律楚材对窝阔台说大兴土木会使天下民众困倦。窝阔台非常不高兴，改派他人兴建。
窝阔台在位的最后一二年中，对耶律楚材的信任、重用就不如以前了。
窝阔台晚年非常信任奥都刺合蛮。奥都刺合蛮经营商业积攒了大笔钱财，他为窝阔台经营斡脱钱，使窝阔台获利颇丰。蒙古的赋税制度自从庚寅年（1230年）耶律楚材奏请建立十路课税征收使以来，每年的课银都有增无减。到了甲午年（1234年）灭金平定河南后，这年的课税达到110万两白银，这充分说明耶律楚材的政策是正确的。
大利所在，人必将抢之。前几年富豪刘廷玉、刘忽笃马就想承包天下课税，由于耶律楚材的阻挡，使得这个制度才没有被破坏。太宗皇帝窝阔台晚年，主管中书省的左丞相粘合重山病死，右丞相镇海受到别人的陷害，被迫到弘州任弘州人匠提兴司，朝中只剩下耶律楚材掌管中书省。窝阔台新任命的中书左丞相，正是耶律楚材的老对头杨惟忠，所以耶律楚材在朝中的处境很艰难。
杨惟忠一次到奥都刺合蛮家做客，席间两人开怀畅饮无所不谈。喝到高兴的时候，奥都刺合蛮说：“我有意承包天下的课税。”杨惟忠说：“这恐怕办不到，因为耶律楚材这老家伙反对。”杨惟忠想了想对奥都刺合蛮说：“你经常出入王宫，是大汗的心腹，你可以在大汗面前尽说耶律楚材坏话，久而久之，我就不信耶律楚材不倒。”“好主意！”奥都刺合蛮拍手称好。从此以后，奥都刺合蛮一有机会就在窝阔台面前说耶律楚材坏话，本来人老就多疑，再加上一个扇风点火的，窝阔台对耶律楚材就更加不信任了。奥都刺合蛮时常给窝阔台和乃马真皇后贡献给一些奇珍异宝，以博得他们的欢心。
奥都刺合蛮看到火候差不多了，就和杨惟忠商量关于他承包课税的事。杨惟忠说：“明天早上我可以向窝阔台上奏，你可以和我同去。第二天早朝，诸位大臣都站立两旁，杨惟忠离班跪倒磕头，说有本上奏。窝阔台命杨惟忠陈述他的奏章。杨惟忠说：“自庚寅定课税后，每年课银虽有增长，但尚不能尽天下之力，今天我推荐一人，他可以为国家收敛更多的钱财，以供国家所用。”说完他就让人把奥都刺合蛮带进朝中。窝阔台一看就明白什么意思了，他对奥都利合蛮说：“你一年能为国家收课银多少？”奥都刺合蛮答道：“我每年保证向国家交付课税银220万两，也就是戊戌年的二倍。”窝阔台一听高兴了，现在的窝阔台只看到钱而看不到黎民百姓的苦难。
耶律楚材极力辩解，希望窝阔台不要听信小人之言，坏了国家的大事。窝阔台就是听不进去。到了后来，耶律楚材声色都变了，说话间眼泪就流下来。窝阔台说：“耶律楚材，你想和我拼斗不成？”又说：“你是为天下百姓哭吗，今天我一定要执行。”最后，窝阔台下令由奥都刺合蛮统管汉地十路课税使。耶律楚材见不能劝止窝阔台，也就作罢，散朝以后，他长叹道：“百姓的穷困，要从今天开始。”看到耶律楚材这个样子，奥都刺合蛮和杨惟忠非常高兴，奥都刺合蛮晚上请杨惟忠到家中吃饭，感谢他帮助自己取得这份肥差。
奥都刺合蛮到任后，召集各路课税使开会，讨论税收的征收计划。他对各课税使说：“我已在大汗面前立下军令状，答应明年的税收总额为220万两，也就是今年的两倍，我对你们的要求就是，每路的税款总额为今年的三倍。”几路课税使都对奥都刺合蛮的为人有所了解，听了他这番发言，也就不说什么了。河南路课税使杨奂对奥都刺合蛮说：“大人不知，天下虽稍复苏，但不应操之过急。”奥都刺合蛮说：“大汗命我提领诸路课税所长官，你们就要听我的。”说完，奥都刺合蛮就退出会场。各路课税使看到这种情况就知自己的差事不好办。
奥都刺合蛮等各路课税使回到任所后，向窝阔台上奏，说：“各路课税使，都是以前耶律楚材任命的，不听我的调遣。”窝阔台对奥都刺合蛮说：“你尽管撤换，我为你作主就是了。”奥都刺合蛮有了窝阔台的大力支持，开始对广大百姓进行搜刮。
首先，奥都刺合蛮废除儒户的免除科差杂役的优待政策。耶律楚材为了鼓励文化的发展和对儒士的重视，在1238年，上奏窝阔台请求免除儒士的科差杂役，窝阔台答应了。现在废除这一政策，使刚刚被社会重视的儒士，又沦落到了和普通老百姓一样了。
自从耶律楚材不再提领各路课税使后，也就无权管理汉民赋税的事情了，自然就轻松多了，每日里只是起草些文书，和处理一些其他方面的政务。因为有时间，耶律楚材常和诸王们在一起喝酒取乐。
有一次，耶律楚材在一个朋友家喝酒，由于觉得自己有点不得志，酒喝多了，出门就躺在车中大睡。碰巧这天窝阔台从这里路过，看到耶律楚材躺在车中，忙走了过来，登上车用手摇撼耶律楚材。楚材可能是酒喝得太多了，睡得特别沉，尽管窝阔台摇的劲很大，楚材不但没有醒，反而对人扰乱他睡觉呈现出怒色。窝阔台就站在车上看着耶律楚材。忽然耶律楚材睁开眼，发现是窝阔台站在旁边，忽的一下从车中跳下来，跪倒谢罪。窝阔台对耶律楚材说：“你有酒独自喝，难道不能和我同饮吗？”说罢笑着离去了。耶律楚材吓得连衣服也未及整理，就跑着追进宫中。窝阔台摆上酒，二人开始喝酒，窝阔台看着耶律楚材，心里很不是滋味。窝阔台比耶律楚材年长4岁，成吉思汗在位的时候，耶律楚材称他为兄长，两个人的关系很好。耶律楚材应成吉思汗之召到漠北的那年是28岁，那时耶律楚材长得英俊威武，给窝阔台印象最深的是他的长胡子。而现在的耶律楚材，头发已经白了，背也有点驼了。想到耶津楚材为了蒙古汗国东征西战也够辛苦的，窝阔台的眼睛湿润了。两人谈起青年时候西征往事，都感到非常的高兴。最后，君臣二人极欢而散。耶律楚材没有想到，这是他和窝阔台最后在一起饮酒。
1241年3月的一天，窝阔台忽然晕倒，宫医迅速赶到，一摸窝阔台的脉，认为他已经死了。皇后脱列哥那不知所措，忙命人召耶律楚材进宫。耶律楚材进宫后对皇后说：“现在在任的官员都是些贪赃枉法之人，他们卖官狱，囚禁和杀害的无辜的人太多，冤魂不肯散去，请速赦免天下的囚徒。”皇后想下诏书。耶律楚材说：“下诏必须是君王的命令。”皇后对耶律楚材这句话非常不满，等了一会，窝阔台却苏醒了。耶律楚材于是入内请求大批地赦免天下的罪犯。这时，窝阔台还不能说话，只是点点头表示同意耶律楚材的请求。看到耶律楚材这样，皇后对他说，大汗命在旦夕，你怎么还请求这种事。耶律楚材没有搭理皇后的问话。这天夜里，医生给窝阔台摸脉，发现窝阔台已经没有什么大毛病了。趁着窝阔台能说话了，楚材请他下令赦免天下囚犯。第二天，窝阔台就康复了。
这年冬天，窝阔台准备出宫打猎。耶律楚材劝阻窝阔台不要去，窝阔台也被耶律楚材劝动了。但是，窝阔台的左右侍卫都说：“不骑射，怎么能玩得高兴呢？”窝阔台遂下决心要去。耶律楚材用自己的身躯挡住了窝阔台的马，用颤抖的声音说：“大汗，你万万不能去呀，老臣用太乙数推算，如果你决心要去，恐怕是凶多吉少。”窝阔台看着耶律楚材的样子，很恼火地说：“你尽说些不吉利话。”说完拨转马头就带着众侍卫扬长而去。耶律楚材呆呆地望着窝阔台等人远去的背影，在寒风中显得特别可怜。
耶律楚材知道窝阔台患有心脏病，不适应剧烈的运动，特别是窝阔台今年已是56岁的人了，身体的各个器官已经老化，并且经常喝酒，对身体损害也很严重。因而，很替窝阔台担心。
窝阔台领着众侍卫和近臣到达狩猎牧场。虽然窝阔台在众人的劝说下来打猎，但他对于耶律楚材的忠告，也不是一点也不往心里去，因为他知道耶律楚材占卜是很灵验的。因而一开始，窝阔台只是看别人骑马打猎。同他一起来的人都在猎场尽情驰骋，拉弓射箭玩得很开心、很高兴。本来这次窝阔台准备狩猎五天，四天过去了，也没有发生什么意外事情，窝阔台的戒备之心也就放松了。左右侍卫也都劝他亲自骑射一把，过过瘾。窝阔台禁不住众人的劝说，骑上自己的马，肩头上斜背着金雕弓，箭壶里插着几支狼牙箭，北风一吹，显得威风凛凛。窝阔台仿佛又见到年轻时候的自己，他和兄弟们追随父亲成吉思汗西征数十国，无所不胜，南方伐金，也是战无不胜。可惜的是大哥、三弟早已作古，和自己关系最好的二哥在七个月前也离开了这个世界，世界上只剩下自己了。旁边的侍卫用脚一碰窝阔台的战马，这马“嗖”的一下就蹿了出去。窝阔台收回自己的思绪，他正跑着，发现前面有一黄羊在奔跑，他拉弓搭箭，找好角度，左手拉弓，右手搭箭，猛然一松右手，箭像流星一样射向黄羊。随后传来一阵喝彩声：“大汗英勇无比”！听到喊声，窝阔台意气风发，很是高兴。就在这时，他突然觉得自己的心窝像刀绞一样疼痛，并且呼吸困难，他大叫一声：“不好，我命休矣”！然后摔下马去。众侍卫一看，赶忙过去想把窝阔台扶起来，窝阔台摆了摆手，示意他们不要动，喘着气对侍卫说：“尔等回去，速转告耶律楚材，让他像辅佐我一样，去辅佐我以后的大汗，悔不该不听耶律楚材的话，才有今日之灾。”窝阔台还想往下说，不知那个侍卫手快，用手想把窝阔台扶起来坐着说话，这个侍卫也是好心，没想到，他刚把窝阔台扶起，大汗就腿一蹬，眼一闭，撒手西天。那时候的人，没有护理经验，不懂得心脏病人发病时，千万不能动。
窝阔台已死，左右侍臣一方面派人给朝廷送信，另一方面则运送窝阔台的尸体回都城和林。
耶律楚材听到窝阔台的死讯，感到天旋地转。耶律楚材知道窝阔台对他政治生涯的重要性，并且耶律楚材和窝阔台在一起共事近20年，也有一定感情，虽然他推测出这次窝阔台出猎是凶多吉少，但他还是不愿意让窝阔台死去。所以他一得到窝阔台的死讯，还是有点接受不了。
窝阔台临死前，没有指定继承人，只能按照蒙古传统由皇后乃马真氏脱列哥那监国，耶律楚材失去了最高统治者的支持，晚年在凄凉悲愤中度过。脱列哥那皇后是乃蛮人，汉文史籍中也称她为乃马真皇后。她在窝阔台汗在世时，很能迷惑大汗，当窝阔台汗去世后，马上改变前朝大政方针，对推行汉法的耶律楚材一派官员极力排挤打击，使蒙古汗国出现了动乱与倒退的局面，辅佐窝阔台汗推行汉法的官员人人自危。
脱列哥那皇后虽然主政，但她深知这不是长久之计，她要通过合法程序确立一个对自己有利的汗位继承人。她也知道耶律楚材是前朝老臣，有很高的威信，于是想拉拢利用他，下令召见楚材征求意见。耶律楚材当然明白脱列哥那皇后的意思，但他更明白她是什么人物，于是委婉地说：“这种事情不是我们外姓臣子们敢议论的。”脱列哥那也知道楚材的真实思想是什么，便说：“大汗活着的时候，曾立皇孙失烈门为汗位继承人，但失烈门太小，不如让皇子贵由继位。”贵由是脱列哥那所生，她考虑立贵由对自己有利。楚材一听，自然不能附和，只是说：“既然大汗有遗命，还是应该按大汗的意思办。”这实际上是反对了脱列哥那的意见，从此招来了她的更大忌恨。也就在这时，宠臣奥都刺合蛮大声说道：“皇孙年幼，皇子也远在外地未归，还是皇后暂且主政吧！”脱列哥那听他这么一说，知道贵由未回来，汗位继承人暂时难以确定，也就答应了继续主政。耶律楚材看出大局已难挽回，只好叹气退出。
就在这一年（1243年）五月，出现了“荧惑犯房”的天象，脱列哥那皇后想乘机把汗廷西迁。因为西迁更远离中原汉地，便于她排斥汉法。耶律楚材此时虽境遇不佳，但关系到汗廷的搬迁，他仍不肯袖手旁观，又借助自己精通天象，提出了反对意见。他说：“汗廷是天下的根本，不能随便搬动。如搬动了根本就会动摇，动摇了根本，天下就会大乱。我已观察了天象，不会发生什么祸患。”加上别的大臣反对，汗廷西迁也就作罢。这件事实际上反映了蒙古汗国上层人物中，赞成还是反对接近中原汉族文明的两种意向。所以，极力推行汉法的耶律楚材当然反对西迁汗廷。
脱列哥那皇后完全主政后，重用奥都刺合蛮一派宠臣。她任命奥都刺合蛮主管天下财政事，并把盖有大汗御玺的空白纸张交给他，由他随意填写发布。奥都刺合蛮也极力想拉拢耶律楚材，送楚材五万两银子以表示友好。因为他虽有空白御书，但还需经过中书省办理。楚材拒不接受，他只要认为是对蒙古汗国不利的事情，照样出来反对。他看到脱列哥那皇后把空白御书交给奥都剌合蛮，马上进朝上谏说：“天下是先帝的天下，先帝在世时已制定了明确的典章号令，今天谁要轻易改变，恕我不能遵奉执行。”并要求收回空白御书。脱列哥那皇后听罢只是敷衍几句，并没改变原意，甚至变本加厉地下了一道旨意说：“今后凡奥都刺合蛮奏准的事，令史如不填写办理，就砍断他的手。”楚材一看，事关汗国兴盛衰败，又冒死进谏说：“汗国的军政大事，先帝都委托给了老臣我，与令史们又有何相干？事情如果合理，我自当奉行，如果不合理，当然不执行。我死都不怕，难道还怕断手吗？”脱列哥那听了大怒，喝令耶律楚材退下。楚材仍然大声争辩说：“我辅佐太祖、太宗三十余年，自知没有辜负了汗国的期望，皇后难道敢杀一个无罪之人吗？”脱列哥那皇后听了更是气急败坏，恨不得马上杀了耶律楚材以解心头之恨。但楚材毕竟是先朝勋臣，脱列哥那不能不有所顾忌，所以只得暂时咽下这口恶气，等待机会。这种形势下，楚材的心情也就可想而知了，加上就在这时，他的夫人苏氏去世，心灵又受一次打击，他的晚年完全在一种悲愤苦闷中度过。
蒙古脱列哥那后三年（1244年）五月十四日，耶律楚材这位美髯中书令在经受了晚年的凄苦悲凉折磨后，终于告别了他心爱的事业，与世长辞了。消息传来，汗国内悲声震天，人们都好像失去亲人那样痛哭流涕。当时汗廷的所在地和林，还为此罢市数天，音乐声也听不到了。尤其是经他引荐或得利于他以儒治国思想的汉族士大夫们，更是流着眼泪来凭吊这位契丹族政治家。当时曹之谦就在《中书耶律公挽词》中写道：“忽报巨星陨落，顿传挽歌阵阵。百姓呼叫苍天，洒泪祭奠英灵。”但耶律楚材的反对派们并不就此罢休，他们的目的是借打倒耶律楚材而推翻楚材执政时所推行的以儒治国的汉族传统统治方法。楚材去世不久，就有人向皇后揭发说：“耶律楚材身居相位数十年，天下的贡赋财税半数都落入了他们家，皇后您应该派人清查。”脱列哥那也早想出一口恶气，于是借机派了近臣麻里扎去查抄楚材住所。结果只发现了琴阮十余张，诗文数千卷，以及古今书画、金石，别无其他财物。政敌的谣言不攻自破了，另外也恰恰证明楚材是一位廉洁高尚的政治家。楚材为自己的政治理想奋斗了一生，从不计较个人名誉与利益。凭吊他的官员们就议论说，中书令得了俸禄分给他的亲属，从不私自给他们官爵，认为给他们物资可以生活快乐，如使他们从政违法，必然受到惩处，反而倒害了他们。楚材这样廉洁有为的政治家，在中国封建社会里是为数不多的，特别是作为一个契丹族政治家就更值得称赞了。
耶律楚材去世后的十几年，蒙古汗国经历了一段争夺汗位的动荡时期。直到忽必烈继承汗位，蒙古国才又走向兴旺强大，并改元建制，建立了中国历史上第一个少数民族统治的中央王朝———元朝。耶律楚材极力推行的汉法也才被继承并发扬光大。楚材的遗骸也于蒙古中统二年（1261年）十月二十四日，遵照他的遗愿运回今北京西郊颐和园的万寿山安葬。当初建墓时立有祠堂，并有楚材和他夫人的石像树于墓前。到了明朝弘治年间（1488—1505年）祠堂已荒废，但石像还在。后来有一个传说：明天启七年（1627年）的一个夏夜，成千上万个萤火虫在石像头上聚集，好像石像的眼光，当地老百姓害怕发生什么灾难，天亮后就把石像推倒击碎了。但也有人说，明崇祯年间（1628—1644年）石像还存在着。
清初修建颐和园，楚材墓被圈入园内。乾隆皇帝这位具有卓越文治武功的帝王，非常赞赏耶律楚材，于乾隆十五年（1750年）把楚材墓从原瓮山南麓迁到东角，妥加修缮，复建祠堂，并自书碑文为其树碑立传。被损坏掩埋了的楚材及其夫人的石像也重新修复树立起来。今天我们游览颐和园，进东门左拐不远就可以看到这些文物遗迹，供人凭吊参观。
耶律楚材去世已七百多年了，由于他在中国历史上做出了卓越贡献，所以一直受到后人的敬重与怀念。元代人宋文宪写了《耶律文正公楚材》，宋子贞写了《中书令耶律公神道碑》为楚材树碑立传。后者称赞楚材道：“以天下为己任，如中流之砥柱，能以所学救济生灵，是无愧于历史的杰出人物。”明代人沈德符也在他所著的《野获编》里称楚材有功于中国。近代也有不少历史学家盛赞楚材，著名的如张文相在所编的《湛然居士年谱》里说，楚材在中原遭受草原游牧民族攻伐时，能以“佛心儒术”推行汉法，保护生灵，缓解杀戮，是乱世之中的明达之人。再如王国维也编写《耶律文正公年谱》，对楚材生平经历进行了详细的考订，对楚材诗文作品做了编目，给予楚材高度评价。国外的一些蒙元史专家，也高度赞扬耶律楚材的历史功绩。今天，我们当然应给予耶律楚材一个公正的评价。
耶律楚材历经成吉思汗、窝阔台汗、脱列哥那皇后三朝。作为三朝元老，他为蒙古汗国的强大，为使蒙古贵族逐渐适应和接受中原传统的农业封建文明做了多方努力，取得突出成绩，成为我国13世纪一位杰出的政治家。
耶律楚材最辉煌的时期，当是窝阔台汗在位的十三年。这期间，他以自己的博学多才深得窝阔台汗的信任与重用，君臣合作，相得益彰。窝阔台继汗位后干了几件大事情：1. 强化了国家机器，提高了大汗权威，加强了政权建设；2.再次颁行《大札撒》（法令），确定了牧民缴纳税赋的数额，使他们程度不同地摆脱了被任意掠夺的境地；3.任命契丹人耶律楚材掌管中原汉地的赋税，牙老瓦赤掌领西域赋税；4.征服了金国，使统一事业向前迈进一大步；5.考试选拔儒生，使汉族知识分子能发挥作用；6.建立驿站，方便交通；7. 在漠北建设城市，在缺水处打井，对草原经济的发展起了积极作用。这些事情，很明显有不少是耶律楚材在其中发挥了重要作用，特别是关于中原汉族地区的治理。耶律楚材身居相位，精通中原地区事务，在政治、经济和文化诸方面，贯彻以儒治国的思想，成效显著。明朝人王鏊在《吊元耶律丞相墓》一诗中说：“蒙古有公方用夏，居庸从此不为关。”即蒙古汗国有了楚材才能很好治理中原华夏，自古阻隔中原与塞外的居庸关也不为关了。本来，在成吉思汗时期，任命木华黎经营中原事务，已经程度不同地学习和接受了中原汉族文明。耶律楚材又把这种学习进一步系统化、制度化，比木华黎时期又大大前进了一步，并且也为后来的忽必烈在更广阔的范围内推行汉法，学习中原文明，打下了坚实的基础。当然，耶律楚材与忽必烈二者身份地位不同，所起的作用也是有差别的。
窝阔台汗去世后，蒙古汗国经历了脱列哥那称制（1242—1245年）和贵由的短暂统治（1246—1248年）以及海迷失称制（1249—1250年）的八年非常时期。这期间汗位两度空悬，各派势力为争夺继承权展开明争暗斗，致使朝政混乱，百姓贫困，耶律楚材所策划的有利于恢复封建秩序和休养生息的若干制度和措施大都被破坏殆尽。诸王公贵族独断专行，中原汉族地区的统治权被西域回回人所掌握，他们唯以横征暴敛为能事，派往四方征收税利的使者络绎不绝。
到了蒙古宪宗元年（1251年）六月，拖雷的长子蒙哥继汗位，汗位的争夺才暂告一段落。蒙哥即位后做了一些革除弊政的事情，如颁发政令，拘收在他以前诸王滥发的牌印、诏旨、宣命等，限制诸王随便使用驿站征用马匹，禁止诸王擅招民户和滥收人民财货，赦免修筑和林城的工匠，等等。但他在内政上趋于守旧，继续信任重用西域回回商人，排斥或不接受中原汉法，自称要遵守祖宗的成法，不学习和照搬他国做法，而且把主要精力放在对外征伐上。不过，蒙哥的继位使汗权从窝阔台系转移到了拖雷系手中，他做了他父亲拖雷想做而没做到的事情。另外值得注意的是，他任命长弟忽必烈总管漠南汉地的军政等一切事务，却使蒙古汗国发生了大的变化。忽必烈经营中原汉地，重用汉族儒家知识分子，推行汉族传统统治方法，在蒙哥汗去世后，凭着中原的强大经济实力，打败了幼弟阿里不哥的挑战，登上了大汗宝座。没过几年改元建制，取中国《易经》中“大哉乾元”之意，建立了元朝。次年定大都（今北京）为首府，终于把蒙古国的统治重心南移到中原汉地。
元世祖忽必烈是中国历史上一位有杰出贡献的帝王，他的登基依靠了中原的经济实力和儒家知识分子的出谋划策，所以，他一旦执政，就把汉法作为建政纲领中最关键的核心，明确提出“国家之当行汉法无疑也”。他推行的汉法，不少是对耶律楚材的思想和施政纲领的继承和深化。如他改元建号，制定封建礼仪制度，加强中央集权统治；整顿赋税，把赋役剥削限制在一定的数额之内，缓解百姓困苦；重视社会生产的恢复与发展，采取一些有利于农业和手工业生产的措施；重视儒家知识分子，提倡和推动学习以儒家为主体的汉文化，等等。这些措施不少是耶律楚材提出来或已经做了的，忽必烈利用他的身份又进一步给予充实、完善、发展。其中赋税制度方面，就基本是在耶律楚材的框架里的进一步完善；重视儒家知识分子，设立学校，号召学习汉文化，也是在耶律楚材基础上的更大范围展开。楚材的以考试录取官吏的方案更迟至元仁宗延祐年间（1314—1320年）才得以正式实施。显然，耶律楚材推行汉法无论在理论设想、实践经验，还是创造一种普遍社会影响，使蒙古贵族有一种心理承受能力等方面，都为忽必烈进一步实行以汉法治国提供了一个很好的基础。
耶律楚材与忽必烈是一个大时代下的历史人物。耶律楚材在随从成吉思汗征伐西域时期，就曾见过忽必烈，并在一次打猎中，当着成吉思汗的面赞扬过忽必烈的仁义与勇武。他们在历史大变革时期，面临同样任务，都根据自己的学识与地位，提出治国方案，那就是要适应变化了的历史，学习中原农业文明，推行以儒家思想为基础的汉族传统统治方法。耶律楚材主要是在治理中原汉族地区方面取得了成效，并且由于他只是一个中书令，还要取决于大汗的态度如何，所以时时碰到阻力与挫折；而忽必烈作为蒙古大汗，有职有权，一旦他认定的事情就可以明令执行，效果当然就不一样。忽必烈把耶律楚材提出的汉法更加发扬光大，使元帝国出现经济发展、社会安定、国力强盛的局面，耶律楚材的先行之功是不可埋没的。
附录
