永历十三年（1659）正月，清兵三路追逼，永历帝逃到了缅甸，住在几间竹编的房子里，暂时避开了清军的兵锋，唯一的生活来源就是与当地人贸易，生活极其艰苦。王皇后由于长期奔波劳累，心境越来越坏，染上了疾病。李定国曾连连交涉，欲迎回云南，均为缅甸国王拒绝。
历史学家顾诚先生在《南明史》中有这样一段记载：
朱由榔、沐天波和其他朝廷随行人员在顺治十六年闰正月二十六日进入缅甸以后，二十九日到蛮莫，当地缅甸土官思线前来迎接，永历帝赐给了金牌、缎帛厚礼。当时，黔国公沐天波、华亭侯王惟华、东宫典玺太监李崇实三人，头脑还比较清醒，他们认为把朝廷命运完全置于缅甸保护之下，万一缅甸当局态度发生变化，将带来难以预料的后果。因此，经过商议后共同提出建议：“此地属缅边，尚未深入。我等若将文武将士一半随大驾（指朱由榔）入缅，以一半导太子入茶山调度各营，即上在缅地亦有外援可恃。不然，深入夷穴，音耗内外不通，终于生困。”永历帝觉得这个建议有道理，可以考虑；可是，中宫王氏却舍不得爱子远离身边，坚持不肯。
果然，永历十五年（1661）缅甸发生了政变，金楼白象王被他的弟弟锰白杀害，自立为王。公元1662年，吴三桂进兵缅甸，向缅甸国王锰白索取朱由榔，锰白由于刚弑兄自立，内部不稳，惧怕吴三桂，只得答应吴三桂的要求。锰白假称要与朱由榔盟誓，要他的随从过江议事、饮咒水。由于双方关系紧张，文武官员心怀疑惧，害怕凶多吉少，谁也不敢前往。
但人在屋檐下，不得不低头。在缅方的坚持要求下，大学士、文安侯马吉翔、太监李国泰等提出，要由黔国公沐天波一同前往，方能放心。马吉翔等深知沐天波为明、清及西南边境各邦国、土司重视的人物，认为只有沐天波在场，才有起码的安全保障，不致变生意外。
沐天波见危授命，同意伴行。次日黎明，马吉翔等召集大小官员42人过江盟誓，同饮咒水，仅留内官13人和跛足总兵邓凯看守“行宫”。文武官员到达塔下，即被缅兵3000人团团围定。缅方指挥官员命人将沐天波拖出包围圈，有意放其生路。沐天波知道变生肘腋，鼓足余勇奋力夺取卫士的大刀反抗，砍杀缅兵九人；总兵魏豹、王升、王启隆也抓起木棍还击，终因寡不敌众，力尽全部遇难，史称“咒水之祸”。
缅军随即蜂拥突入永历君臣“行宫”，搜掠财物女子。朱由榔惊慌失措，仓促中决定同中宫王皇后自缢。侍卫总兵邓凯规劝道：“太后年老，飘落异域。皇上失社稷已不忠，今弃太后，难道能是孝吗？高皇帝于地下，岂其见谅？”永历帝这才放弃了自尽的打算。缅兵把永历帝、太后、皇后、太子等至亲皇族25人集中在一所小屋内，对其余人员及扈从官员家属滥加侮辱。当缅兵搜刮已尽时，缅甸大臣才姗姗来到，假惺惺的喝令缅兵住手。
这次事件之后，宫中的贵人、宫女以及大臣的妻女都预感到末日不远了，悲哀就像夜幕一样降临在每个人的头上。永历帝的刘、杨二贵人、吉王与妃妾等100多人，大都纷纷悬树自尽。每当听到这些不幸的消息，王皇后就哭着对下人说：“我不是贪生怕死的人，但我不能像她们那样去死。因为马太后（永历帝生母）还在，皇帝还在，他们需要我呀！我死倒干净，但马太后还能活吗？皇上不就更凄惨了吗？所以我不能死在他们之前！”于是，王皇后就拖着重病之躯，出面维持着永历朝的残局。
朱由榔自知难以脱身，哭着写信给吴三桂，先是斥责了吴三桂叛明助清、忘恩负义的不臣之举，后又出之于哀矜之言：我如今兵衰力弱，命运悬在你的手中，倘若能留我一条活命，我愿舍弃一切。甘愿民间为农，自食其力。吴三桂既叛故主，又怎能背弃新主？自当更加卖命了，因此不允其请，并加紧向缅甸国王催索朱由榔。
永历十六年（1662）二月，缅王见永历帝左右已基本被铲除殆尽，就索性将永历帝朱由榔连人带座地抬到吴三桂军营，献给了清军将领吴三桂。眷属25人哭着相随，哭声灌满山谷。可怜的永历帝和他的母亲、妻子就这样被押送到了昆明。
