噶尔丹是蒙古族的一支准噶尔部的首领，自从他统治准噶尔部以后，便野心勃勃，先兼并了漠西蒙古的其他部落，又向东进攻漠北蒙古。
漠北蒙古被攻破后，几十万的漠北蒙古人逃到漠南，哀求清政府给予保护。康熙帝派使者来到噶尔丹那里，要他将侵占的地方交还给漠北蒙古。噶尔丹的幕后有沙俄政府唆使策划，他认为有沙俄撑腰，根本不理睬康熙帝的劝说，不但不肯退兵，还大举进犯漠南，气焰十分嚣张。
康熙帝见谈判无望，决定亲征噶尔丹。1690年，康熙帝兵分两路：左路由抚远大将军福全率领，出击古北口；右路由安北大将军常宁率领，出击西峰口；康熙帝亲自带兵在后面指挥。噶尔丹对地形熟悉，长驱直入，向南一直打到乌兰布通，距离北京仅有七百里。康熙的西路军刚一接触噶尔丹军，就吃了败仗。噶尔丹更加得意洋洋。
福全率领的左路大军全线反击。噶尔丹挖空心思，他将几万骑兵集中在大红山下，后面有树林掩护，前面又有河流阻挡。又将上万只骆驼，绑住四条腿躺在地上，驼背上加上箱子，用湿毡毯裹住，摆成长长的一个驼城。叛军就在那箱垛中间射箭放枪，阻止清军进攻。
福全命炮火分段击破，不一会儿，驼城被轰开了一个大缺口，上万名骑兵呼喊着冲杀过去。福全又派兵绕到山后夹击山下的骑兵，叛军猝不及防，被里外夹攻，损伤大半，剩下的抱着脑袋纷纷逃命去了。
噶尔丹见清军来势凶猛，硬攻不利，便立即派了个喇嘛到清营求和。福全一面命令停止追击，一面派人向康熙帝请示。康熙帝早就看穿了噶尔丹的诡计，便命令“继续追击！千万不能中了贼敌的奸计”。果然，噶尔丹求和只是缓兵之计，等清军奉命追击的时候，噶尔丹已经带了残兵败将逃到漠北去了。
1694年，康熙帝约噶尔丹会见，订立盟约。噶尔丹不仅不来，反而暗地派人到漠南煽动叛乱，并扬言沙俄将支援六万名枪兵，对付清军。
面对噶尔丹的阴谋，康熙帝决心乘胜追击。1696年，康熙帝第二次亲征。分三路出击：黑龙江将军萨布素从东路进兵；大将军费扬古率陕西、甘肃大军，从西路出击，截击噶尔丹的后路；康熙帝亲自带中路军，从独石口出发。三路大军约定好时间组织夹攻。
康熙帝带领的中路军先期到达科图，遇到了敌军前锋，但东西两路军还没到达。康熙帝当即决定继续进攻克鲁伦河，并派使者去见噶尔丹，告诉他康熙帝亲征的消息。噶尔丹闻言变色，慌忙来到山头一看，只见清军阵容强大，队列整齐，康熙帝黄旗飘扬，吓得他直哆嗦，下令军队北撤。
康熙帝立即派人通知西路军大将费扬古，做好半路上截击的准备，自己带兵乘胜追击。
当噶尔丹带兵撤退到昭莫多时，正遇上费扬古的军队。费扬古按康熙帝的部署，在路边小山的树林茂密地方设下埋伏，先派四百先锋军诱战，边战边退，将叛军引到预先埋伏的地方，清军先下马步战，听到号角声起时，就一跃上马，占据了山顶。叛军向山顶进攻，清军从山顶放箭放枪，双方展开了一场激战。费扬古又派一支人马在山下袭击叛军背后，前后夹击，叛军损伤惨重，噶尔丹带着剩下的几十名骑兵仓皇逃命。
噶尔丹叛军经过两次大战，所剩无几。康熙帝劝噶尔丹投降，但是他顽抗到底。隔了一年，康熙帝又率兵渡过黄河亲征。这时，叛军的将领听说清军又来时，纷纷投降。噶尔丹走投无路，服毒自杀。
自此，清政府重新控制了阿尔泰山以东的地区。
