郑成功虽然赶走了荷兰殖民者，收复了台湾，但是他面对的是一个破败和落后的台湾。当时为了抗清大计，为了求得生存，郑成功在和众将商议后决定，效仿古代的寓兵于农的战略思想，在台湾积极开展开垦荒地的运动。在这种战略思想的引导下，郑成功很快就改变了台湾的面貌，不仅解决了军队的粮食问题，还使得当地的人民能够安居乐业。不仅如此，郑成功还将先进的技术和教育等都引进了台湾。然而，在这个喜人的形势下，他却不幸病逝了。然而他的光辉业绩永远为世人牢记。
郑成功收复了台湾不仅让原来的汉民和少数民族的人恢复了自由，改变了被压迫的命运，同时也使这里的人们看到了希望。
然而，当人们都还沉浸在喜悦当中的时候，郑成功却是喜忧参半。喜的是他收复了台湾，有了一块的新的根据地用来抗击清廷；忧的是这里刚刚经历过战乱，生产力受到极大破坏，并且这里的人民由于长期受到迫害，生产力非常落后，很多人甚至是食不果腹。再加上自己的军队也需要供给。虽然荷兰殖民者留下了一些军用和民用物资，但是都不能解决长远的问题。在这样严峻的形势下，郑成功为了让庞大的军队自力更生，于是就下令军队开发荒地僻野，并且还要能在特别时期维持最高战力，以便随时能够出征，因此，分遣诸将至各地屯垦。
顺治十八年（1661），郑成功改普罗文舍堡为承天府（今台南市），下设天兴（今嘉义）、万年（今凤山）两县，并任命官吏，清查田园人口，规定赋税。为了纪念他的家乡，使将士们不忘大陆，郑成功将赤嵌城改名为安平镇。于澎湖设安抚司。从此，台湾有了行政机构。此外，郑成功还在普罗文舍堡外原来的商业区设立四坊，管理商业，安定市场。之后，郑成功迅速地展开经济建设，掀起了开发台湾的高潮，迅速而有力地推动了台湾的前进，做出了前人所未及的业绩。
经历了这次的攻台之战后，郑成功认为要解决郑军长期存在的粮食问题，促进台湾的繁荣，就必须从农业生产抓起。荷兰人投降后的第三天，郑成功带着何斌及官兵千余人，准备了10天口粮，到各地进行调查研究。他从新港以至半线等处出发，直到高山族同胞聚居的地点，进行了深入的访问。他要研究台湾的农业状况及自然状况，并安抚台湾的人民。各地人民对郑成功的到来非常高兴，表示拥护郑成功。过去高山族的农业生产是落后的。郑成功使散居在台湾西南平原的各社高山族同胞，学习和运用汉族的先进农业技术，使农业生产向前发展得很快。以前高山族同胞不知道使用犁耙、耕牛，也不会使用镰刀收割。稻禾成熟时，他们一穗一穗地拔。郑成功接受杨英建议，每社派去汉族农民一人，发给铁犁耙锄各一副，熟牛（耕过田的牛）一头，让汉族农民教给高山族同胞使用工具的技术。高山族同胞亲眼看到先进耕作技术的好处，都高兴地效仿，从而提高了生产力。
郑成功到蚊港附近的高山族各村社巡视，顺便踏勘了土地。从蚊港回来的第二天，郑成功就把提镇、参将以上的官员召到中军帐议事。在这次会议上提出了从根本上解决粮食问题的“寓兵于农”的发展战略。其实，早在围困赤嵌城时，郑成功就曾分出一部分军队进行农业生产，以解决军需粮食。此时，郑成功更是注重农业的生产。他认为加强汉族、高山族的团结，寓兵于农，大力发展农业生产，是当时开发台湾、建设台湾的中心环节。
说到这个“寓兵于农”养兵战略，其实，并不是郑成功首创的。早在秦始皇以前的时候，很多的诸侯国就是兵民不分。人们在有战争时当士兵去征战，无战争时在家耕田。秦始皇时，废除井田制，兵民开始分开。民，专门从事生产；兵，专管打仗。后来汉、唐、宋、元朝，屡年征战，军需要求很大，粮食问题没法解决。因此，善为将者，不得不组织军队自己生产。如诸葛亮在斜谷，司马懿在淮南，姜维在汉中，杜预在襄阳，都是处于两军对峙的时候，因为运转军需粮秣很困难，以致士兵饿肚子，所以都组织了军队屯田生产，这就是“寓兵于民”。元朝的分地立法，明太祖朱元璋设卫安军，都是处于天下太平时，军队里以十之六七的人力从事农业生产，而剩下的人力从事作战、警戒、战备执勤。
议事时，有一位户部官员站起来说：“我们存粮有限，当及早计议。”
郑成功接着说：“凡是治国治家，都要以粮为先。如果家里没有吃的，虽然亲如父子夫妻，也不能和睦相处；如果国家没有存粮，虽然有能干的文臣武将，也不能治理好国家。昨天我亲自踏勘了这里的土地，真是肥田沃土呀！我以为应当实行‘寓兵于农’的古法。这样，军粮不致匮乏，兵多粮足，然后才可以静观时变，再作进取。”
将军黄安听了，站起来说：“开疆辟土，建立万世不拔的基业，我等当唯命是从。但是寓兵于农是什么法则，还要请延平王明示。”
郑成功于是说明寓兵于农之法其实古已有之，并说明施行办法，他说：“今台湾乃开创之地，虽僻处海滨，安敢忘战？暂尔散兵，留勇卫、侍卫二旅，以守安平镇、承天二处，其余诸镇，按镇分地，按地开垦，日以什一者瞭望，相连接应，轮流迭更，是无闲丁，亦无逸民。插竹为社，斩茅为屋，围生牛教之以犁，使野无旷土，而军有余粮。寓兵于农，实万世良法，自当凛遵而行。”
在台湾当时的情况下，郑成功提出“寓兵于民”的战略，无疑是有长远战略眼光的。诸将领也知道这个战略对台湾、对军队的重要性，于是都纷纷响应。
在召令下达之后，各镇闻风而动，分赴南北各路，建立起屯田据点。后来，又有征台大军1万多人到达台湾，郑成功仍然命令他们当中的大部分人屯田种地。
他以营镇的主将为屯垦的首领，统领士兵前往各指定的地区开垦，其中以当时的盐水港地方最为密集，凤山地方次之，台南地方则大都属已开垦地区，数量反而较少。在这种以军队为主的屯田制度下，形成了所谓的“营盘田”，因为是在屯田地设置营镇，所以在形成聚落后，就会以该营镇为地名，为该地区留下带有“营”、“镇”、“劲”、“协”、“冲”（昌）等字尾的地名，如台南县的新营、柳营、下营、左镇，以及高雄市的前镇、后劲、左营、右昌（冲），高雄县的燕巢即为援剿镇，都是军事屯垦所留下来的名称。军兵屯田的地方都是一些没有人烟的荒丘野岭，长着一人多高的荆棘和野草，不论是白天还是晚上，都难得看到行人，常有豺狼野鹿出没。将士们每到了一个地方，都要选择靠近水源的地方，盖起茅屋，开垦荒地。那时随郑成功大军到台湾的名士卢若腾写了一首《东海屯卒歌》，讲述屯田官兵的艰辛劳动。这首诗歌写道：海东野牛未驯习，三人驱之二人牵。驱之不前牵不直，偾辕破犁跳如织。使我一锄翻一土，一尺两尺已乏力。哪知草根数尺深，终日挥锄不得息。将士们并肩奋战，清除荆棘，铲除野草，历尽艰辛，开了许多荒地，建了许多屯田据点。这些据点，有许多后来成了人烟稠密的村落。
当时，有一个非常出名的地方就叫六斗门。在六斗门有一处叫林圮埔的地方，当年由一名叫林圮的军官带着一些士兵来这里屯田。他们每天生活很苦，可是林圮一点也不动摇。后来，林圮就死在那里了。后人为了纪念他为开发这片土地作出的贡献，便把那个地方称作林圮埔。到了清朝末年，那里已经发展成有几万人口的大地方了，生活在那里的林氏子孙，继承了先辈的遗风，都有坚忍不拔的精神。后来，那里建立了县城，叫云林县。嘉义县有一处地方叫林凤营，也是一名叫林凤的将领率领士兵屯田的地方。后来，林凤当先锋官，在和荷兰人作战时牺牲了。距离林凤营十里有新营，新营北面有旧营，东边有五里营，西边有查田营……这些地方都是郑军屯田旧地，直到现在，人们还沿袭那时候的名称。
郑成功除了让士兵集体屯田之外，还鼓励自己的亲属和文臣武将召佃开荒。发布屯田令之后，他宣布了这样一道命令：东都明京，开国立家，建立万世不拔基业。尔等文武官员及各镇大小将领，务必修造田宅，遗留子孙后代。今尔等应当以自己能力经营，不准侵占百姓产业。兹将条款开列，成使遵守，如有违犯，按法究治。随后，郑成功还罗列了8条具体条款，八条垦殖条款中，郑成功提出：“文武各官圈地之处，所有山林陂池，具图来献。本藩薄定赋税，便属其人掌管，须自照管爱惜，不可斧斤不时，竭泽而渔，庶后来永享无疆之利。”强调为了年年丰收，永享幸福，必须注意保护好原有的水渠、池塘，并支持和鼓励兴修新的水利设施。同时他还明确规定了不准侵扰高山族部落和汉族百姓的产业，保护山林条款。郑成功规定，郑氏亲属、文武官员开垦荒地，要先到他那里报明地点、亩数，才许开垦。百姓必须先禀报承天府。如有先垦后报及报少垦多者，查出后都将土地没收，从重治罪。郑成功的这些重大的举措，不但调动了官员们的积极性，使他们都乐于开发土地，而且保护了台湾百姓的利益，维护了社会的安定。
虽然郑成功在台湾实施的“寓兵于农”的战略备受推崇，不过由于初来台湾的人多水土不服，病者十之七八，死者众多，加上郑成功用法严峻，果于诛杀，并且厦门是他们的抗清阵地，所以很多将领及其家眷都不愿意搬迁。面对这样的情况，郑成功叹息道：“吾欲留此数茎发，累及桑梓人民！且以数千里膏腴鱼盐之地、百万亿众生灵，一旦委而弃之，将以为得计乎？殃民而已！……今当驰令各处，收沿海之残民，移我东土，开辟草莱，相助耕种，养精蓄锐。”当时，由于郑成功带来三万多的将士和眷属，加上迁海令，人口因之大量流入台湾，大约有十二万人之多。但是，此时入台者多是男子，妇女极少。
郑成功在台湾大力发展农业生产，取得了很大的成效，使台湾逐渐成为一个著名的产粮宝地。随着时间的推移，将领们逐渐明白，郑成功的“寓兵于农”的战略，不只解决了郑军粮食不足的问题，由于开垦了不少荒地，也直接地开发了台湾，并因军队分屯各地，耳目灵便，不但可以就近维持地方的治安，对于台湾农业的发展也有助益。最重要的是，这个政策使得跟随郑成功来台湾的军士在台湾生根，滋长了他们在台湾定居的意念。这对于郑成功的抗清大计和以后郑氏集团的发展和壮大都有着极其深远的意义和影响。
