无论是西方的影视剧作还是反映西方人生活的人文景观，都使中国人产生这样的直觉：夫妇游玩极少携带孩子，更难见抱孩子的场景，好像他们天生就对孩子缺乏亲情。可摩尔根给人的感觉却不然，他既是个伟大的科学家，同时又是个好丈夫、好爸爸。
摩尔根在霍普金斯大学攻读研究生学位时，实验室所使用的伍兹霍尔海洋生物实验室成了很多致力于生物学研究者热衷向往的地方。这里既有紧张的研究，又有活泼的娱乐。年轻人们用装满水的纸袋进行决斗，男生们则用活的大螯虾来装饰自己，由于年轻人越聚越多，这里便成了联姻“胜地”。有一次，威尔逊硬是把不愿放弃手中实验的摩尔根拉出实验室，将自己在希林马尔所教的一名最得意的女学生介绍给了摩尔根。这名女学生就是莉莲 ·沃恩·桑普森，她对胚胎学很感兴趣。但自那以后，她对摩尔根也感兴趣了。
两人由此进入恋爱阶段。但摩尔根认为，一个人在结婚前应当有所造就，并且应具有坚实的经济基础。这或许也是他感到订婚所必须具备的条件。
1903年，他在与莉莲相识几年之后，终于订婚了。莉莲是 1887年进入布林马尔学院的，她是威尔逊最早、也是最得意的生物学门生之一。 1891年毕业后，她在苏黎世学习生物学和小提琴。 1894年，她取得了布林马尔学院的硕士学位。她曾与朋友们一道在亚利桑那住了将近一年。不过，通常她都与抚养她的祖母一起，住在宾夕法尼亚的德国城，并尽可能地在布林马尔学院中逗留。在这里，她一边听课学习，一边在实验室里进行她自己的胚胎学实验并做实验示范表演。
莉莲与摩尔根订婚时，她已 34岁，摩尔根当时已 36岁。莉莲 3岁时父母双亡，于是她便与祖母伊迪丝相依为命。当她从布林马尔学院毕业后结婚时，莉莲实际上又一次成了“孤儿”。莉莲的姨母们和祖父母见她深得摩尔根的恩爱过得美满幸福时，都感到十分欣慰，莉莲很快成为摩尔根家庭里忠实的一员。
订婚后不久，莉莲曾经给摩尔根的母亲写信说：“当我想到您与汤姆之间深沉的母子之爱时，我真是百感交集，自惭形秽。因为，我知道，作为他的妻子——一个如此敬爱他母亲的人的妻子，她必须接受的是何等重大的托付。尽管，我一天比一天更深地爱他、敬他，但我明白，我尚未完全理解他。我指望着您帮助我懂得如何才能使得他过得更幸福。”
就在这个寒冷的、经常细雨绵绵的春季，摩尔根每周都要放下他从来舍不得中止的工作，从布林马尔到附近的德国城去一趟，因为莉莲与姨母就住在那里。开始时，他总是乘火车去那里。后来，天气转暖了，他就改为骑马去。
当年 4月，他给莉莲买了一颗白色钻石。莉莲写信告诉她未来的婆婆说：“我一直过得很愉快，而现在生活似乎是如此地充满着欢乐与幸福，连考虑其他事情的时间与余地都没有了。”
他们将婚礼定在 6月举行。因此，摩尔根曾这样告诉莉莲，在 5月中旬以前，你无须去考虑有关结婚事宜的细节。至于他自己的态度，莉莲回忆说，“他像所有的男人那样，只是任其自然。”
婚礼规模很小，到场的大多是家里人。婚后不久，新婚夫妇即乘上火车，到加利福尼亚太平洋丛林中的海洋生物研究所去了。这是摩尔根第一次到西部旅行，是一次两位生物学家的蜜月。
秋天，他们搬到纽约。在那里，摩尔根的研究生们都提前开始注册入学。在业余时间里，摩尔根和莉莲总是一起在池塘边寻找生物，还为他们租来的房间配备家具。每天上午，莉莲在对厨师嘱咐一番并做一些家务杂事之后，就穿过几条街道，来到哥伦比亚大学校园内的谢默霍恩大楼，在摩尔根的实验室里与丈夫一起工作一两个小时。
摩尔根的生活程式似乎毫无变化，冬季进行学术活动；夏季在伍兹霍尔度过。但其生活质量已大不一样了。他发现莉莲是一名理想的妻子，她总是替他接待、处理一些杂务琐事，使他免受实验之外的事情打扰。他还发现，他再也不必亲自去钉一个钉子，或学开汽车，或是整理衣箱了。
莉莲会阅读摩尔根的手稿，懂得并确切领会他实验工作中最复杂的细节。尽管她自己也是一位科学家，但婚后她所优先考虑的事情是十分明确的。一是托马斯 ·亨特 ·摩尔根；二是不久将要出世的孩子；第三才是她在实验室中的工作。
由于有了这个妻子，摩尔根在实验中的工作更为专心致志了。
在哥伦比亚大学的 13年时，摩尔根夫妇添了 4个孩子。这对生物学家为他们的孩子珍养了许许多多的小动物；购置了一所房子，后来又新建了一所，还添置了大批行头。
摩尔根的粗枝大叶、不拘小节的品质，使得他能把许多私人杂务处理得很好。这无疑是给莉莲的生活提供了诸多依靠，但莉莲总是千方百计地让他尽量不被卷入那些琐事中去。
刚到哥伦比亚大学时，摩尔根夫妇的住宅离谢默霍恩大楼的实验室只有 5分钟的路程。莉莲与汤姆几乎形影不离。摩尔根偶尔到野外旅行时，莉莲也总伴在左右。
在实验室里，莉莲总是在不妨碍别人的情况下，在一旁做着自己的实验。晚上回到家里，夫妇俩总是面对面地坐在桌子两头奋笔而书。在尚未进行果蝇实验的那一段，摩尔根与莉莲的业余时间好像还比较多，他们经常走亲戚，与生物学界的同行聚会、进餐。莉莲还常常劝说丈夫与她一道去参加音乐会，摩尔根则教她去滑冰。
婚后一年，莉莲怀孕了。摩尔根的母亲得到喜讯后，赶紧送来了摩尔根小时候睡过的花梨木小摇篮，并自己动手为即将临世的孙子缝制小衣服。
1906年2月22日，他们的长子霍华德 ·凯·摩尔根在纽约市出世。他很讨人喜欢，并打扮得很漂亮。做奶奶的担心大大咧咧、马马虎虎的儿子不会带孩子，经常询问儿媳妇。莉莲却写信告诉她说：“就像他始终是个好儿子和好丈夫一样，汤姆是一位理想的好父亲。”摩尔根经常把小宝贝逗得不可开交，于是莉莲不得不忍心作出这样的决定：孩子上床时，父亲不准进育儿室。
即使添了孩子。莉莲还照样抽时间去实验室。她在给婆婆的信中曾说：“这里有好几个人在汤姆的指导下搞研究，我就是其中的一个。”但她不像以前有劲头，因为小宝贝出世时，她已经 36岁，而且，孩子的出世，无疑使他们的生活又多了一个忙乱和兴奋的因素。
同时，摩尔根正准备在离实验室大约 1千米多的伍兹霍尔桑迪克劳山的巴扎德湾大街旁一大片马铃薯地建造一所大的住宅。这是一所为了工作，也是为了越来越大的家庭而建造的房屋。起居室很大，它的一部分可作为会客厅，此外，还有 6间卧室、两条走廊，三层楼上至少有 4个供女仆用的房间。这些女仆，一直是摩尔根全家生活中一个重要的组成部分。因为摩尔根一家每年要去伍兹霍尔消夏，他的学生和纽约的友人也经常要来进进出出，更不用说一些高贵的宾客和来访者了。据说这栋房子里留宿的客人最多时达到 17人。
1907年夏天，摩尔根全家和几个学生、一个女仆以及霍尔德的奶妈一起搬进伍兹霍尔刚完工的新住宅。此时，莉莲同她自己的奶妈已先在海湾对面的一家小旅馆住下了，等着第二个孩子的出世。
摩尔根从紧张的工作中，不时抽空乘船去探望莉莲，并告诉她有关伍兹霍尔实验室的工作和小霍华德的情况。 1907年5月25日，第二个孩子——伊迪丝 ·桑普森 ·摩尔根出世。显然，这个女孩是以莉莲的妹妹的名字命名的。
第三个孩子莉莲 ·沃恩和第四个孩子伊莎贝尔 ·梅里克，分别是于 1910年1月和 1911年8月出生的，这两个都是女孩。
摩尔根曾与他的一位同事说过，他有三次差点给他的孩子命名为“果蝇”。但由于摩尔根一家对世家的姓氏十分看重，所以才不至于出现下一代“果蝇”。
到1911年，摩尔根的果蝇实验进入了一个激动人心的阶段，他的整个生活都随之发生了巨大变化。他停止了早先十分喜欢的外出旅行。他曾说：“你应看得出，拖着这么一大堆小家伙，我怎么能出门旅行呢？”事实上，“小家伙多”或许只是一个借口，因为莉莲可以将这些孩子带好并为他收拾所有的行李。同时，摩尔根一家也免去了不少社交活动。对于任何邀请，摩尔根总是重复那句同样的话：“莉莲，你把孩子们带去，我得去实验室。”
借助于仆人们照料孩子，莉莲却不忘像往常那样拜访朋友，特别是那群拉小提琴的朋友。她对在家里召集的每周一次的科学讨论会也很感兴趣，她悄悄地一直保持着自己的文化爱好和政治信仰。特别是在政治信仰方面，她一直小心翼翼地不让丈夫知道她所参与的活动，否则，摩尔根会不同意。她对国际聪明组织十分热衷，在内心深处，她是一位热忱的妇女参政鼓吹者，她参与这些活动的大部分方式是出钱，而不是出力。隐瞒丈夫，那是为了尽量不干扰摩尔根的工作；出钱不出人力，乃是为了尽量挤出时间去支持摩尔根所从事的复杂的科学实验。
摩尔根的作息时间表，是其全家关注的中心之一。
他每天都起得很迟。等孩子们忙完之后，他便独自一人进早餐。接着便步行去实验室。中午，他回家与家人一起午餐，然后又返回实验室埋头工作。 5时，他便准时与一群同事，在哥伦比亚体育馆碰头，一起打手球。摩尔根与一帮上了年纪的老队员，会经常耍弄与他们进行比赛的新学员。摩尔根很爱好体育运动，总是玩得很痛快。一小时后，他便回家，有时身上还经常带点伤痕和青肿。然后，全家人一起进晚餐。而摩尔根总是在吃饭前，先喝上一杯威士忌。在禁酒买不到威士忌时，他就用干果自己酿酒。
吃完晚餐，他便和孩子们在一起心情愉快地玩耍。当孩子们还小时，他跪爬着像一匹慈祥的老马和他们玩；当他们渐渐长大，并会提出一些问题时，他总是耐心地予以回答。孩子们上床时，他经常为他们讲一些精彩的故事。他给霍华德讲的，多是侦探或西部牛仔惊险故事，而给伊迪丝、小莉莲及伊莎贝尔这 3个小女孩，则常讲一些仙女之类的故事，在讲述过程中，还经常插入一些知识性的解释。
当孩子们再大一点时，他让他们玩各自的游戏，但自己却守在一旁陪着他们。这时，他经常一边留神照看在地板上嬉戏的孩子，一边阅读一些《科学》等一类的杂志。当孩子们入睡后，他便回到自己的书房。
摩尔根的书房设在大楼的最上层，他在这里，一直要写到深夜。在这段时间里，莉莲总是守在一旁，她坐在睡椅上，或者阅读点什么，或者缝补衣服，或者写点什么。但她从不打扰他的工作，他们就喜欢这样在一起。
逢到星期天，摩尔根下班后就不去打手球了，他会从实验室直接回到家里，这会令孩子们感到十分高兴。但他们全家都不上教堂，摩尔根和莉莲对于宗教都不是很热心。当宗教阻碍了学术发展时，摩尔根常常勇敢地与之斗争。
显然，摩尔根是十分热爱他的家庭的，但作为一名科学家，他的精力是放在一些特殊的事情上的。晚饭时，他有时会坐在餐桌边一声不吭，思考着当晚该写的书或论文。
最令孩子们快乐无比的，是圣诞节，这一日子摩尔根是不会忘记的。他领着全家步行到阿姆斯特丹大街，为孩子的选购圣诞树，并扎上精致的彩球和小蜡烛。也只有到了这时，他才为孩子们购买这些东西，因为这时购买是比较便宜的。摩尔根让孩子们屏息等待着圣诞老人的出现。
圣诞老人穿着一件用毛皮滚边的红色浴衣，腆着大肚子，一缕长长的胡子飘飘洒洒。孩子们印象极深的是，圣诞老人有一双炯炯有神的蓝眼睛，他十分大方地把背在肩上的大口袋里的礼物分发给大家。其中有些礼物别有用意，如剪刀是给全体孩子的，上面附着一张纸条，要大家剪开口角，意即劝孩子们不要争吵。而每当这时，孩子们总是感到有点惋惜，那就是爸爸怎么不早一点从家里带他们出来见见这位大好人。
在这期间，摩尔根每年在上完课后，都要安排一趟从哥伦比亚到纽约的旅行。可为了这次旅行，莉莲要做上好几个星期的准备工作。
在整理行装时，楼上常一字排着七八只大箱子。箱子里整整齐齐地排放着衣裙与尿布，其中还有一只箱子里放的是摩尔根要看的书籍，这只箱子的重量常常使搬运人员望而生畏，因为把它从五楼搬下去后，不久还要把它再搬上来。还有一只箱子总有一半是空着，因为摩尔根往往在临行前最后一分钟能想出半箱子要带的东西。
虽然在整理行装时已经花了这么多时间，可时间花得更多的，却是在实验室里。摩尔根对实验室的每样东西，好像都爱不释手，他小心翼翼地把果蝇装进旅行瓶子里，并在瓶底放上足够它们旅途中享受的香蕉泥。
学期终于结束，摩尔根一家也上路了。拖家带口，较之于摩尔根与莉莲婚后第一年外出旅行的情状，这真是别有风味了。一大早，马车拉着行李，全家人朝地铁走去。孩子、佣人、随带的花草、金鱼和鹦鹉，还有兴奋得不服管的长毛猎狗，熙熙攘攘，好不热闹。随即，便会从实验室那边涌来送行的同事和学生，他们已为摩尔根旅行中的实验准备好了关在笼子里的小鸡啦、小老鼠、大白鼠，还有那一瓶瓶果蝇。年龄大点的孩子则帮着拿一些瓶子。这些果蝇虽被用瓶子装走，但却要在纽约留下一部分；旅行结束回来时，又要留一些在伍兹霍尔，因为摩尔根怕在旅途中果蝇有闪失。摩尔根安全到达的第一件事，便是打电报告诉助手，果蝇已安全到达。只有到这时，留在家里的果蝇才能处理掉或任其死亡。
摩尔根一家将先乘船到鳕角，然后再坐火车去伍兹霍尔。一家人将在船上吃着预先精心准备好的、装在一只大篮子里的晚饭。莉莲会大声地规劝着嬉闹的孩子们，因为他们都感到异常的兴奋。摩尔根则要不时地查看随身带来的动物是否安然无恙。
即便是旅行，摩尔根也毫不放松对科学的研究。在伍兹霍尔，他每天早饭后骑自行车去实验室。中午，他回来与大家一起去游泳。家里人和客人无一例外，都得一起去。午餐是全家人团聚的时间。在这一个小时里，大家和睦相处。一小时结束后，摩尔根返回实验室。晚饭回家吃，跟孩子们玩一会儿后，便看书写作一直到深夜。
