东汉政权建立后，光武帝刘秀面临的是几十年战乱所留下的满目疮痍，对此，东汉初年割据的军阀之一窦融是这样描述的：“自兵起以来，转相攻击，城郭皆为丘墟，生人转于沟壑，今其存者，非锋刃之余，则流亡之孤。迄今伤痍之体未愈，哭泣之声尚闻……言者可为酸鼻。”
面对如此怵目惊心的惨状，在民间和兵荒马乱的社会动荡中经历了无数坎坷和血雨腥风考验的刘秀，懂得该如何巩固自己的统治，知道如何复苏社会，为此而采取了集权从统一、进贤以励治、安民以稳定的指导思想。
集权，是由中国封建制度的特点所决定的，这是确保“家天下”的继承和延续，确保皇权巩固的政治问题。东汉初年光武帝的集权，涉及到如何处理皇权和功臣、贵戚以及豪族强宗的关系，涉及到如何在恢复西汉制度的同时而加以必要的改革以重建和强化中央集权专制体制。
在中国封建社会中，每一个开国皇帝往往都遇到如何处理、安置和自己一起打天下的功臣问题。因为夺取天下时，大多为群雄逐鹿，且各路军事力量互不统属，有的甚至是势均力敌。只不过到天下统一时，或由众多首领中涌现出来的领袖人物做上皇帝，或由群雄中势力超群者当上天子，但无论何种情况，天子都只能是一个，封建专制制度也决定最高的权力只能归皇帝一人。于是，在皇帝和功臣之间，关系就变得相当复杂、微妙，不是“敌国破，谋臣亡”，就是功臣尾大不掉危及皇权。因此，在战争结束后，刘秀首先注意到妥善安置开国功臣的问题。
对开国功臣，刘秀一方面给他们以“高秩厚禄允答元功”，即给他们以高爵厚禄，给以优厚的待遇。东汉建立后，先后封三百六十多位功臣为侯，这些封侯的食邑也是相当多的。例如像邓禹等人的食邑都是四个县，远远超过了西汉初年刘邦对萧何、张良的赏赐。同时，刘秀不忘在各种公开场合回忆这些功臣和自己打天下的艰难历程，以示不忘其功。平时，刘秀和这些功臣的关系也是相当融洽的，宴饮欢笑无所拘束。一次，刘秀在宴会群臣时问各位功臣：“你们如果不和朕一起起事，自度现在能得到何种爵禄？”邓禹回答说：“臣可以当文学博士。”刘秀说：“你太谦虚了，凭你的‘志行修整’，至少能当功曹。”其他各位都一一作答，刘秀也是一一评点。轮到马武时，马武说：“臣可以当捉拿盗贼的尉。”刘秀一听大笑起来：“你能当尉？你只要能保证不做盗贼而被亭长捉住，就差不多了。”由于君臣之间的这种融洽关系，使东汉的功臣们很少有像西汉初年那样人怀自危之心。
但另一方面，刘秀是不忘时时告诫功臣们不可居功自傲。公元26年，刘秀在封邓禹、吴汉为侯时，一面封侯，一面下诏告诫说：“人心要知足，不要只顾一时的放纵快活而忘记法纪刑罚，诸位都是功劳很大，要想世代相传，就应当如临深渊，如履薄冰，战战兢兢，不可一日大意。”这与其说是勉励，不如说是警告。同时，刘秀还断然地采取了以下两项措施：即首先让拥有重兵的功臣远离京师，驻在外地或边境，这样既可以继续发挥武将的作用，更重要的还在于这些拥有重兵的人远离政治中心，万一为患也不致发生全国性的骚动；其次是对功臣“不任以吏职”。东汉时期的功臣大都以列侯奉朝请，但不参与政治，刘秀之所以要这样做，一方面是为防止功臣任吏职而使缙绅道塞，贤能蔽壅，朝有世及之私，下多抱关之怨。另一方面解决了如何功臣任吏职而不能胜任，皇帝对他们直绝则亏丧旧恩，挠情则违废禁典的难题。
对刘秀安置功臣的这些措施，王夫之评论说：“光武帝没有任将帅以宰辅的重任，诸将也各自安于蔽膝而不做非分之想，光武帝的用意是深远的。自古以来，群臣能交尽其美的，也只有东汉一朝为盛的。”
自刘邦建汉以来，汉王室始终没能解决外戚干政问题，以致酿成了西汉末年的外戚专权、王莽篡汉。刘秀重建汉政权后，为防止外戚干政问题的再现，规定：凡后族、宫戚，一律“不得封侯与政”，并对其进行了严密的防范。如冯衍幼有奇才，九岁时就能诵诗，至20岁时就因博览群书而享誉乡里。王莽时，虽多有举荐，冯衍都是辞而不肯入仕。公元30年（光武建武六年），冯衍上书光武帝，建议光武帝显文德、褒武烈，修旧功、招俊杰，明好恶、简法令，差秩禄、抚边境，深得光武帝的赏识。后因外戚阴识、阴就也深深的敬重冯衍，冯衍也就与他们结交。为打击外戚私交宾客，光武帝把外戚的宾客全都抓了起来，绳之以法，或死或贬，冯衍虽经光武帝下诏赦罪，但也终不得用。光武帝这次打击的虽然是宾客，但实际是在警告、震慑外戚们不要存有非分之想，所以，光武帝时，外戚大都表现为知足、谦退以求自保。公元33年（光武建武九年），刘秀欲封阴兴，阴兴极力推让说：“臣蒙陛下、贵人恩泽至厚，家贵已极，不可复加，至诚不愿。”刘秀对阴识的这一举动深表赞许：“嘉兴之让，不夺其志。”事后，皇后阴丽华问阴兴为什么要如此自谦呢，他说：“夫外戚之家苦不知谦退，嫁女欲配侯主，娶妇眄睨公主，愚心实不安也。富贵有极，人当知足。”光武帝就是这样，既不愿外戚权势的增长，又有意鼓励他们谦退，正因如此，终光武一代，外戚后家“皆奉遵绳墨，无党势之名。至或乘牛车齐于编人”。
对宗室，光武帝在建国之初是分封了一些诸侯王，但和西汉初年的诸侯王相比，东汉的诸侯王的领地大多为一个郡；同时这些诸侯王，只在经济上有食封权，而无政治上的治民权。尽管如此，光武帝深鉴于西汉七国之乱的教训，对诸侯王的势力加以多方约束限制。公元48年（光武建武二十四年），光武帝重申了汉武帝的“阿附蕃王法”，严禁诸侯王交通宾客，蓄养羽翼。但不久，沛王纠集宾客谋杀仇人，光武帝立即令郡县收捕诸王宾客，这些人多坐刑罚，处死者数千人之多。所以三国时的诸葛恪说：“自光武帝以来，诸王有制，惟得自娱宫内，不得临民于与政事，其与交通，皆有重禁。”
为了集权，为了最大限度地加强皇权，光武帝从建立东汉王朝起，就不断地调整其政治军事机构，加强对官吏的法律监督，从而强化了专制主义中央集权制度。
东汉人仲长统在评论光武帝对政治机构的改革时说过，光武帝“愠数世之失权，忿强臣之窃命，矫枉过直，政不任下，虽置三公，事归台阁，自此以来，三公之职备员而已”。光武帝对政治机构的改革，是沿着西汉武帝改革的方向进行的。
东汉初年的三公是司徒、司空和太尉。虽然从名义上司徒掌人民事、司空掌水土工程事，太尉掌军事，但实际上，三公没有实际权力。一方面，三公之下有九卿，分掌庶政；另一方面，军国大事，典要机密，刑政诛赏之权，已转归尚书。当然，三公的权力虽被削弱，其地位仍然很尊贵，上自天子，下至朝臣，会见三公，均加礼敬。
在削弱三公以后，光武帝把三公的主要职权集中在尚书部门，进一步扩大了尚书台机构。尚书台主官为尚书令，副手为尚书仆射，下设六个部门，称六曹，各曹设尚书一人，并辖令史，侍郎若干人。其中三公曹掌考察诸州郡事务；吏曹掌任免官员；民曹掌修缮营建；客曹掌少数民族及对外事务；二千石曹掌诉讼刑法；中都官曹掌治安，这样，尚书台是总领纲纪，无所不统。
与此同时，光武帝在秦、西汉的基础上，完善、加强了监察制度，以实行对行政系统的有效监督。
秦朝时监察是由三公之一的御史大夫负责的，到东汉初年，御史大夫改称为司空，且名义是负责水土工程事。光武帝另设了御史台，由御史中丞主管，下设治书御史两人，负责解释法律条文；侍御史15人，纠察官吏违法，接受公卿群吏奏事；御史台由皇帝直接控制。
西汉武帝时，曾设置司隶校尉，负责纠察京师百官及京师周围地区，成帝时，司隶校尉被废除。光武帝重新设置了司隶校尉，并将其监察权扩大，在京师，百官中除三公外都可纠察，在地方，则从京师周围地区扩大到所有诸郡。司隶校尉并不统属于御史台，而是与之平行的独立的监察官员，在中央朝官中与尚书令、御史中丞同处尊崇地位，号称“三独坐”，即在朝殿中有专用的座席。
在对地方的监察方面，光武帝沿用西汉武帝之旧，分全国为13州部，每州设刺史1人。光武帝时的刺史有了庞大的僚属机构，职权也有所扩大，不仅巡察地方二千石和强宗大姓，而且把地方上所有的朝廷命官都列入督察之列，还负有对地方官的选举、弹劾之权。
军队是封建专制制度的支柱，更是皇帝维护、强化皇权的重要工具。光武帝对西汉以来的军事制度进行了重大改革，这一改革首先是在公元30年，下令废除内地各郡执掌兵权的郡国都尉，第二年又裁撤了地方的轻车、骑士、材官和楼船士，取消了都试制度。与此同时，扩展了中央军队，除京师的南北军外，在京师外围地区还设置了两支军队。一支驻黎阳（今河南浚县），称黎阳营，以作为洛阳北面屏障；一支驻雍（今陕西凤翔南），称雍营，为洛阳西部屏障。在重要的边区则设有诸如乌桓校尉、匈奴中郎将、护羌校尉等所统领的边防军。
封建官僚机构是由封建官吏组成的，光武帝深知“理国以得贤为本”的道理，为此，他非常注意官吏的选拔和任用。
为选拔官吏，光武帝沿用了西汉的察举征辟制度，但接受了西汉后期察举征辟制度蜕变的教训，颁布了“四科取士”的诏书。“四科”是选择官吏的德才标准。一是品德高尚，志节清白；二是有知识，是通经的博士；三是熟悉法令，能够熟练地依法办事；四是有魄力才干，遇事不惑，能独当一面。诏书中说：“征召人才，必须严格按四科标准，各地必须从自己的辖地严格选拔年青、贤行、廉洁、平正的人才，授官与职，对举荐不实的，举贤者要负连带责任。”
对选拔上来的官吏，光武帝要求非常严格，不仅要求他们严守法度，勤于职守，还经常亲自对他们进行考核，选优汰劣。对违法官吏，严加处罚，就是对尚书近臣，只要有过错，也要受到“捶扑牵曳”的体罚。
