在抗日战争中，中国共产党领导的人民武装在敌后日益壮大，引起了蒋介石的强烈恐慌，他又掀起了一股破坏国共合作的逆流。
1939年1月，国民党确定了“融共、防共、限共、反共”的方针，掀起了战时的第一次反共高潮。共产党针对这种情况以“有理、有利、有节”为斗争原则，坚决抵抗国民党军队，彻底粉碎了第一次反共高潮。1940年7月，新四军渡过长江，向苏北发展。蒋介石再次命令国民党军队向新四军进攻。新四军以少胜多，大破敌军。国民党见在苏北无法抑制新四军的发展，便蓄意消灭在皖南的新四军，发动了第二次反共高潮。
1940年10月，国民党当局指使何应钦、白崇禧以国民党政府军事委员会参谋总长的名义，打电报给朱德、彭德怀、叶挺，指责八路军、新四军自由扩充，吞并友军，限令新四军在一个月内全部撤到黄河以北。中国共产党严词拒绝这种无理要求，揭露国民党的反共阴谋。同时为了顾全大局，共同抗日，他们答应将皖南新四军调到江北。
1941年1月6日至14日，新四军军部与所属部队9000人走到皖南泾县茂林地区，遭到国民党7个师8万余人的重重包围攻击。新四军顽强抵抗七昼夜，终于因为寡不敌众，除了两千余人逃出包围圈外，大部分壮烈牺牲，一小部分被俘，军长叶挺被扣，政委兼副军长项英遇害。这就是震惊中外的皖南事变。
事后，蒋介石宣布新四军为叛军，取消番号，将叶挺“交军法审判”。中共中央与国民党针锋相对，严厉谴责国民党反动派的暴行，并任命陈毅为新四军代理军长，刘少奇为政治委员，1939年3月，周恩来与新四军军长叶挺军部合影。重建军部。周恩来于1月18日在重庆出版的《新华日报》上写了“千古奇冤，江南一叶，同室操戈，相煎何急！”的悼词，冲破国民党的封锁，把皖南事变的真相公布出来。
国民党反动派置民族危亡于不顾，残杀新四军的行为，遭到国内各方面的反对。国民党左派人士、民主党派和民主人士纷纷发起对国民党当局的抗议活动。英国和美国担心日本独占中国，也不赞成国民党发动内战。形势如此，国民党的第二次反共高潮只能悄然收场。
