正当秦始皇进行国内改革的时候，在北方的蒙古高原上，分布着一支匈奴人。这些匈奴人以游牧为生，经常南下抢掠粮食和财物，对秦王朝构成了严重的威胁。为了保证中原地区的安定，秦始皇派大将蒙恬率兵30万人，镇守北方。经过几次战斗，蒙恬终于攻取了黄河河套地区秦长城示意图万里长城第一台遗址，在这里建城设县，又从中原地区迁移了3万多户人家到这里安家落户、垦荒种田。
后来，秦始皇为了防御匈奴的再次侵犯，征用民夫30万人，在燕、赵、秦三国长城原有的基础上，进行连接和修补，建成了举世闻名的万里长城。这座长城西起临洮（今甘肃岷县），东到辽东（今辽宁辽阳西北），对于抵御匈奴的侵扰，保障内地人民生活安定起了重要作用。它不但是中国历史上的一个历史奇迹，也是世界历史上最伟大的建筑之一，成为了中华民族悠久文明的象征。
公元前213年，为了统一全国人民的思想，丞相李斯向秦始皇建议说：“现在天下已经安定，法令统一。但是有一批读书人不学现在，却去学古代，对国家大事乱发议论，在百姓中制造混乱。如果不加禁止，会影响朝廷的威信。”秦始皇听了，深以为然。他采纳了李斯的建议，立刻下了一道命令：除了医药、占卜、种植以及秦国史官所记的历史书以外，凡是私人收藏的《诗经》、《尚书》和诸子百家的书籍，一律交出来烧掉；谁要是再私下谈论这类书，按死罪论处；谁要是拿古代的制度来批评现在，满门抄斩。
秦始皇的这道命令一下，引起了儒生们的强烈不满，他们纷纷在私下里指责秦始皇。公元前212年，几个为秦始皇炼制仙丹的方士联合起来攻击秦始皇的错误做法，并在百姓中间广泛散布言论。秦始皇知道后，非常生气，下令严加查办，查出受牵连的儒生和方士共有460人之多。秦始皇下令将这些人全部活埋了。这就是历史上有名的“焚书坑儒”事件。从此以后，再没有人敢对秦始皇提意见了。
