口腔黏膜发生的鳞状细胞癌主要由口腔黏膜鳞状上皮增殖转变而成。癌细胞突破基底膜向深层浸润，形成很不规则的团块或条索状癌细胞巢。在形态上癌细胞与复层鳞状上皮细胞相似。但在癌巢中心可出现层状角化物，即角化性癌珠。分化差的鳞癌无角化珠形成，甚至缺乏细胞之间的间桥，癌细胞呈典型的异型性改变，而且有较多的核分裂象。
在组织学上从细胞形态方面估计肿瘤的恶性程度主要根据增生和分化表现。分化程度高，预后好；分化程度差，预后差。目前鳞状细胞癌主要用三级分法。
1级：癌细胞角化珠量多；较多的细胞角化伴细胞间桥；每个高倍视野内核分裂象少于2个，罕见不典型核分裂象及多核巨细胞，细胞核与细胞呈轻度多形性。
2级：肿瘤细胞角化珠少见甚至缺失，单一细胞的角化与细胞间桥都不显著；核分裂象2～4个，不典型核分裂象罕见；胞核和细胞呈中度多形性，多核巨细胞少见。
3级：细胞角化珠难见到，几乎不见细胞角化，更无细胞间桥，核分裂象有4个以上，常见不典型核分裂象；细胞和胞核主要呈多形性，常见到多核巨细胞。
鳞状细胞癌的扩散主要是直接蔓延至邻近组织，以及通过淋巴道（以颈淋巴结出现转移灶多见）、血道转移。最先受累的颈淋巴结主要是颌下淋巴结、颈浅淋巴结及颈深淋巴结。其次有颏下淋巴结、耳前淋巴结、耳后淋巴结及锁骨上淋巴结。
