一个国家或王朝的兴衰，在很大的程度上取决于这个国家或王朝的中枢机构是否健全和合理。康熙亲政不久，就亲自书写了“三藩、河务、漕运”的条幅悬挂在宫柱之上，以之作为首要大事。很显然，这三件首要大事已经成为他亲政的心腹之患，为了顺利解决这些问题，他吸取了前朝的经验教训，决定从组建内阁入手，以理顺君臣、满汉、南北和中央与地方的关系。因为只有先把这些关系理顺，达到得心应手、如臂使指的效果，才能力保自己的政令畅通和各种政策的施行。
清朝早在入关之前，清太宗皇太极就深深地感受到了诸王对自己皇权的威胁，于是在天聪十年设立了具有辅弼性质的内三院，即内国史院、内秘书院和内弘文院，以此作为抵制诸王、加强皇权的得力助手。顺治帝继位之后，也效仿先帝依靠内三院来制衡诸王、维护皇权。
顺治十五年，为了使中枢机构“名义符合，品级划一”，将内三院改称内阁，同时设立翰林院。在当时的内阁十一名大学士中，两名满州、两名汉军、六名北人、一名南人，因此，基本上是一个以满洲为主，依靠北人的政治内阁。
在辅政时期，内阁又改称内三院，但是它们的主要职能却被辅臣所取代，因此不能起到辅弼的作用。康熙执政之后，立即就废隙了辅臣制度，收回了批红权，并且调整内院的大学士，着手建立以皇帝为中心的内阁体制。
朱批是皇帝权力的象征，由别人代批，就意味着大权旁落。因此，康熙铲除鳌拜之后，立即就收回了批红之权。
康熙在废除辅臣体制的同时，还调整了内三院中的满人大学士。首先，他革除了鳌拜同党班布尔善，增补巴泰为内秘书院大学士；此后，又任命在擒拿鳌拜中功勋卓著的索额图为内国史院大学士。
在调整内三院大学士基础上，康熙九年（1670年）八月，又“命改内三院为内阁。其大学士、学士官衔，及设立翰林院衙门等官，俱著察顺治十五年例议奏”。同年十月，以图海和巴泰为中和殿大学士，兼吏部尚书；索额图、李蔚为保和殿大学士，兼户部尚书；杜立德为保和殿大学士，兼礼部尚书；对喀纳为文华殿大学士，管刑部尚书事；折库纳、熊赐履为翰林院满、汉掌院学士，兼礼部侍郎。同年十二月，重新建立翰林院机构，设翰林院满、汉侍读学士各三员，侍讲学士各三员，侍读各三员，典籍、孔目各一员，待诏各二员，习满字笔帖式十六员，习汉字笔帖式十六员。
与此同时，康熙为了让更多的南人入阁参政，开始在翰林院中重用南人。康熙九年七月，召国史院学士熊赐履至瀛台试讲。熊赐履是湖北孝感人，字敬修，顺治十五年进士。康熙亲政后，一再上言，针砭鳌拜，直声素著。康熙六年应诏上疏近万言，其中提到国体日伤、士气日靡、文教曰衰、礼制日坏等重耍问题，在当时的情形下，这些直言虽未被采纳，但给康熙留下了深刻的印象，得到了康熙帝器重。
这次再召熊赐履试讲，正是为了采纳他的那些建议，并有意委以重任，此后即提升他为翰林院掌院学士。康熙十年(1671年)二月，开始担任经筵讲官，后又担任日讲起居注官，每日进讲弘德殿。康熙十四年(1675年)三月，超授为武英殿大学士。同时，在翰林院等衙门任职的江南士子也迅速增加。自康熙十年（1671年）三月设日讲官起，至二十三年(1684年)九月康熙帝首次南巡之前，担任过最受皇帝信任的日讲起居注官这一职务的汉人就有四十二人。
日讲官，都是从翰林院、詹事府中选拔学问优长、人品端正之人来担任的，他们的任务就是帮助皇帝学习汉族文化，同时咨询时政。
属于皇帝的一个贴身机构，由于他们具有得天独厚的条件，可以与皇帝直接接触交流，因此一般升迁得也较快。如宋德宜担任日讲官仅一年左右，就从翰林院侍读学士晋升到了内阁学士。此后又担任过户、吏等部的侍郎，康熙十六年(1677年)被擢升为左都御史。十七年再升刑部尚书，迁兵部。二十一年(1682年)晋升吏部尚书，后又至内阁大学士。
新的内阁建立之后，并未一成不变，仍然根据时事的需要不时地进行着调整。如康熙十年(1671年)，借曾经党附鳌拜的保和殿大学士魏裔介“以老病乞休”之机，“诏许解官回籍”。递补勇于反对鳌拜的冯溥。康熙对他的胆识非常赏识，将他从左都御史提升为刑部尚书，后又升他为文华殿大学士。而熊赐履任大学士仅一年余，因误拟票签，掩盖错误，遭到索额图筹几名大学士的联合疏劾，于十五年(1676年)被革职。康熙于翌年七月令与索额图关系密切的满族大学士巴泰致仕；提吏、户两部满尚书明珠和觉罗勒德洪为武英殿大学士。
康熙十九年(1680年)八月，索额图因病被解除大学士的官职。
翌年，图海病故。二十一年，杜立德因病解职。这时，康熙进一步更新内阁。在二十年(1681年)补入原兵部尚书王熙为保和殿大学士兼礼部尚书；原吏部尚书黄机为文华殿大学士兼吏部尚书；原礼部尚书吴正治为武英殿大学士。加上原有的李爵、明珠、勒德洪，共六人。
其中，两名满人，四名汉人。四名汉人中，南人北人各半。这一阵容，可以说是康熙为了利于推行新的江南政策而精心设计的。此后直至康熙末年，在五、六名内阁大学士中，一直保持着一到两个南人的名额，确立了满汉联合，南北地主共同参政的内阁体制。
康熙还从鳌拜事件中吸取经验教训，对包括内阁大学士在内的大臣、近侍、宦官等人严格要求。康熙针对鳌拜当权时形成的“交通在内近侍、使令人员，妄行干求，或潜为援引，或良威趋奉”等歪风，郑重宣布：“以后如有不遵禁例，仍前干求趋奉者，定行从重治罪，决不饶恕。”他还训谕子孙说：“太监原为宫中使令，以备洒扫而已，断不可使其干预外事。朕宫中之太监，总不令在外行走。有告假者，日中出去，晚必进内。即朕御前近侍之太监等，不过左右使令，家常闲谈笑语，从不与言国家之政事也。”因无大臣互讦及近侍、宦官干政之事发生，所以内阁大学士的职掌能正常发挥，康熙四十五年（1706年）七月，他深感欣慰地说：
“是以三、四十年间，无大臣互讦之事。此一端，朕心颇以为善。”由此可见，康熙时期的内阁，确实起到了中枢机构的作用。
康熙亲政之后，还在内廷设立了一个特殊的机构——南书房。
南书房源于清初。从太祖努尔哈赤创业时起，以至诸王、贝勒，都有书房，内设秀才若干，帮助他们读书，并兼管文墨。当太宗皇太92极即位后，就将书房改称文馆，命儒臣入值，成为朝廷的一个正式机构。入关后，顺治帝为了加强皇权，曾经打算重建内廷书房，并于十七年(1660年)六月，下旨在景运门内建造直房，选翰林院官员分三班值守，以备“不时召见顾问”，这也就是内廷书房的雏形。康熙初年，内三院逐渐演变为权臣结党营私的工具。因此，剪除鳌拜之后，立即废除内三院，重组内阁和翰林院，并选择翰林入值内廷，设立南书房。
南书房位于紫禁城乾清宫的斜对面，偏西向北，实即乾清门之右阶下。从乾清宫的西庑向东是懋勤殿，殿南为批本处，“又南西出者为月华门，门之南为奏事处，转南向北者为南书房”。据说这里是康熙1日日的读书处所。
南书房设立的时间，多数认为是在康熙十六年（1677年）。实际比这要早，大约在康熙十年(1671年)前后。最早入值的人为沈荃和熊赐履。
南书房由清一色的汉族士大夫组成，也无固定的编制和人数。完全根据皇帝的需要而增减。入值人员的流动性也比较大，除少数人入值时间较长以外，大多数都比较短。康熙十二年春，康熙曾想增加南书房的入值人数，并赐第内庭。后因故被延缓。康熙十六年(1677年)冬，平叛战争开始出现胜利的转机，康熙为加强文治做准备。子是命大学士从翰林内选择博学善书之人，会议具奏。经过将近一个月的酝酿，至十一月十八日，选定侍讲学士张英在内供奉，食正四品俸，书写之事，令高士奇在内供奉，加内阁中书俸。为便于“不时宣召”，给张英、高士奇和原来就在南书房的励杜讷三人，都在皇城内赐第。张英、高士奇赐居西安门内，励杜讷赐第厚载门（即地安门）。
汉官赐第皇城之内自此开始。此后赐第皇城之内的还有在康熙二十年入值南书房的朱彝尊，赐第在景山北黄瓦门东南。给入值大臣在禁城之内赐第是书房翰林的殊荣，同时也标志着南书房的发展到了一个新的阶段。
南书房翰林的主要工作，大致可归纳为五项：
一是讲解经史，为皇帝读书治学充当咨询和顾问。康熙一生勤奋好学，虽然从康熙十年就开设经筵日讲，但仍不能满足他的求学要求。设南书房，召翰林入值，就是要充分地利用自己的业余时间，随时讲读。在召张英、高士奇入值南书房的第一天，就对他们说：“朕于书经、四书，讲读己久，常于宫中复诵，大义皆能晓畅。但圣贤义理无穷，今更欲细加讨论。”可见，康熙对进一步深入探讨儒家经典很感兴趣。他除了每日跟张英学四书、五经，讲读德鉴之外，还向高士奇学习书法和唐诗，即使在出巡时，南书房翰林也都随侍身边。
二是反映下情，咨询时政。早在熊赐履入值时，康熙即频繁召对，所谈内容极为广泛，凡是有关国计民生、用人行政、弭盗治河、诸子百家，无不论及。南书房的入值大臣大多为南方汉人，因此，南书房也成了汉族地主，尤其是江南士大夫，向皇帝反映意见和要求的一个渠道。
第三是抄写撰拟特颁谕旨，或口传上谕。高士奇入值时的主要工作就是誊抄密谕，当然也不排除有时代为起草撰拟。而张英参与的机密事务更多，据辅史稿》记载：“一时制诰多出其手。”不过，南书房并不撰拟一般的诏旨，而只起草“特颁”的诏旨。它与内阁、议政处的夫系是：“章疏票拟，主之内阁。军国机要，主之议政处。若特颁诏旨，由南书房翰林视草。”四是编纂书籍。从康熙十七年(1678年)起，南书房增加了编纂图书的项目。张英、高士奇之后入值的陈廷敬、王士祯、叶方蔼等人，就是为了“在内编辑”。康熙二十年，平定三藩逆叛乱之后，南书房的工作重点则转入以修书为主。康熙的御制文集》共一百七十六卷，基本都是书房翰林帮助其整理的。
五是陪同皇帝吟诗作画、临摹书法、参观古迹、察访民情。康熙平生喜好书法、赋诗，经常与书房翰林一起鉴赏品评，互相唱和。康熙与入值诸臣吟诗作画，剖析经义，讨论时政，感情极为融洽。他向沈荃学习书法，沈荃悉心指教，“每侍圣祖书，下笔即指其弊，兼析其由”。康熙不仅不恼，反而“深喜其忠益”。直到沈荃离开南书房几年以后，还经常召入内殿。
继张英、高士奇之后，至康熙二十七年之前，陆续入值的还有陈廷敬、叶方蔼、王士祯、张玉书、孙在丰、朱彝尊、徐乾学、王鸿绪、陈元龙、戴梓等人。凡入值南书房的人，都授以翰林的职衔，称南书房翰林。只有励杜讷与高士奇在入值时未授，后来分别授为编修和侍讲。
康熙对入值者，以师友之情，备加信任，不次擢用。张英入值不满三年，就被指名提升为翰林院学士兼礼部侍郎，后晋礼部尚书兼翰林院掌院学士，仍管詹事府事。康熙三十八年，又拜文华殿大学士兼礼部尚书、经筵讲官，仍“总督南书房”。康熙称赞他“始终敬慎，有古大臣风。”四十年致仕后，康熙南巡仍一再接见，向其询问地方的吏治。自张英之后，桐城张氏日益显赫，“以科第世其家，四世皆为讲官”，子孙五人入值南书房。其子张廷玉历事康熙、雍正、乾隆三朝，官至保和殿大学士兼吏部尚书、军机大臣、总理事务，进三等伯，死后配享太庙，为满清一代名臣。励杜讷以诸生受知，入值后赐博学鸿词科，授编修，迁侍讲，转外吏后历任光禄寺少卿、宗人府府丞、左副都御史、刑部侍郎等职。“子孙继起，四世皆入翰林。”三世入值南书房。其他入值者因此成为达官显贵的，也不在少数。
对于有过失的入值大臣，康熙也能尽量地加以保全。以前面我们讲到的熊赐履为例，他在康熙十五年期间，因为票拟错误，事后又想委咎于另一位大学士杜立德，遭到索额图的弹劾，被革除职务，侨居江宁（今南京）。康熙念及他的才能以及他对自己事业的杰出贡献，在第一次南巡至江宁的时候，就曾召见过他，并且亲书经义斋匾额赐予给他。在康熙二十七年的时候，再次启用他为吏部尚书。康熙三十四年，熊赐履的弟弟熊赐瓒引奏对欺饰下狱，御史借机上书弹劾吏部选官以意高下，尚书熊赐履窃道学虚名，负恩溺职，请予严惩。都察院准备将其降级调任。康熙不仅不问，还赦免了熊赐璜，并在三十八年授予熊赐履东阁大学士兼吏部尚书，充《圣训》、《实录》、《方略》、《明史》等大型丛书的总裁官。四十二年，因年老乞休，康熙允许他卸去职务，但仍然食俸，留京备顾问。康熙四十八年，熊赐履去世，命礼部遣官视丧，赐银千两，赠太子太保。五十一年，康熙想起熊赐履的讲幄、辅弼之功，又下命吏部，说“原任大学士熊赐履，夙学老成，历任多年。朕初立讲官，熊赐履早夜惟勤，未尝不以内圣外王之道，正心修身之本，直言讲论，务得至理而后已。且品行清正，学问优长，身殁以后，朕屡加赐恤，至今犹轸于怀。原任大学士张英、张玉书，朕因眷念1日劳，擢用其子，熊赐履之子自应一例推恩，著调取来京，酌量录用，以示不忘耆旧之意。”后来因为其子年幼，于是“命俟年壮录用”。
康熙通过设立南书房制度，不仅加强了自身对汉文化的了解，使自己博古通今，成为文化素质和思想修养都比较高的统治者。同时，对团结汉族士大夫，缓和满汉民族矛盾也起到了积极的作用。
