当善扑营的小侍卫们个个训练得武功娴熟，勇猛有力之时，康熙估计凭着他们的本领，擒拿鳌拜已经不成问题了。于是兢把自己的想法向索额图说了，但是索额图听后却认为现在动手还有一定的风险，他认为鳌拜擅政多年，他培植的党羽遍布朝野，各种关系盘根错节，如果仅仅只擒拿了他一个人，难保不会掀起政治波澜，恐怕会有后患。康熙觉得索额图的分析也有道理，但到底如何才能万无一失地剪除鳌拜的党羽，索额图也没有好的对策。康熙又将自己的想法和索额图的意见告诉了祖母，孝庄皇太后听后非常高兴，觉得孙子真正地成熟起来了。同时，她也认为索额图的分析非常正确，要彻底地铲除鳌拜势力而又不致引起太大的政治动乱的确不是一件容易的事。太后也清楚地知道鳌拜的权势，要对付他，不能没有一个万全之策。太后想了想，给康熙出了个主意，先将鳌拜在朝中的党羽用各种名义派出京师，然后再行动。
康熙遵照祖母的主意，立即以各种名义将鳌拜的胞弟巴哈、亲侄侍卫苏尔玛、姻党理藩院侍郎绰克托、工部尚书都统济世等具有一定实权的亲信派往外地，以削弱鳌拜的实力。为了不引起鳌拜的怀疑，康熙还特地将鳌拜的胞弟靖西将军穆里玛、儿子纳穆福等留着不动。
康熙八年（1669年）五月十六日，一切安排就绪后，康熙召鳌拜到书房议事。鳌拜奉召，坐着大轿神气傲慢地直往康熙书房。鳌拜到了书房后，才从大轿中大摇大摆地走了出来，房廊下和平常一样，依然有不少小侍卫在玩“布库”游戏，他也没有当回事。可当他走近这帮小侍卫们时，却不见他们让路。鳌拜不由得大声吼道：“你们想找死啦！”话音刚落，一个小侍卫就给了鳌拜当胸一拳。鳌拜没有任何的准备，被这出其不意的一拳打得踉踉跄跄地倒退了好几步。此刻，只见小侍卫们随即一拥而上，旋展“布库”游戏的本领，不一会就将这位武功超群，号称“满洲第一勇士”的鳌拜摔得仰面朝天，鳌拜躺在地上疼得动弹不得。同时被擒住的还有辅政大臣遏必隆和一等侍卫阿南达。
康熙又亲自向议政大臣和诸王揭露鳌拜的罪状，此后，康亲王杰书等议政诸王遵旨勘问鳌拜，列鳌拜三十条罪状。
主要罪行包括：
1、欺君擅权，邀结党羽。鳌拜为国家大臣，“背负先帝重托，任意横行”，“文武各官尽出门下”，与穆里玛、塞本得等“结成奸党，一切政事，先于私家议定，然后施行，又将部院启奏官员，带往私门商酌”。2、排斥异己，枉杀大臣。鳌拜“倚持党恶，紊乱国政，所喜者荐举，所恶者陷害”。3、禁止科道，阻塞言路。鳌拜执柄国政，为所欲为，心里尚虚，“禁止科道陈言，恐摘发情弊。”4、横行霸道，藐视圣上。鳌拜“于皇上前，凡事不依理进奏，多以旧时疏稿呈览，逼勒依允”。“御前呵叱部院大臣，拦截章奏”。
同时，遏必隆也被列罪十二款，革职锁拿。清洗鳌拜党羽，定班布尔善罪状二十一条，鳌拜之侄赛本得罪行六条等。杰书根据每人罪恶轻重提出处理意见，将“鳌拜革职立斩”，其亲子、兄弟亦斩，妻并孙为奴，家产籍没；对遏必隆、吏部尚书阿思哈等重要党羽二十多人，也分别处以立绞、立斩、即行凌迟处死鳌拜得知死刑，请求晋谒陛下，康熙开恩赐见时，他向皇上展示了自己在搭求清太宗御驾时留下的伤痕。康熙鉴于鳌拜从清太宗以来，一直为国家建功立业，决定从宽处理，将议政诸王合议的死刑，改为终身监禁（不久却死于狱中）。遏必隆也只革去了太师及公爵，免了死罪。对受鳌拜迫害致死、革职的，都一一平反昭雪。
铲除鳌拜及其党羽，涉及权力更迭大事，人事关系也极其复杂。
但是前后仅用了短短十天的时间，就全面宣布了处理结果，表现了年轻康熙的卓越谋略和杰出的领导才能。
康熙清除鳌拜及其党羽后，立即宣布废除辅政大臣制，将“批红”之权收了回来。此后，各处奏折所批朱笔谕旨，都出自康熙亲手，宜至晚年，康熙始终都坚持这个做法。后来患病右手不能写字了，他宁可自己用左手写，也从不让侍臣代笔。
康熙在鳌拜事件中也吸取了深刻的经验教训，自亲政之后，他即宣布“施行政务惩创奸诈佞谀，察其有忠坚才能者才用”。发现“妄行陷人，以图侥幸，自以为贤，希图升迁者，定行从重治罪，决不饶恕”。由此可以看出，鳌拜事件对康熙的影响是非常深刻的，同时也表明年青康熙在政治上的日渐成熟。
康熙是满清入关后的第二位皇帝，也是中国历史上屈指可数的几位杰出帝王之一。康熙八岁即位，十六岁时铲除权臣鳌拜，开始躬亲执政，在位执政长达六十一年，也是在位时间最长的一位皇帝。
康熙执政期间，他先后撤除吴三桂等三藩势力，从郑成功的孙子郑克爽手中收复台湾，平定准噶尔汗噶尔丹叛乱，驱逐沙俄对我国东北地区的侵略，进兵西藏统一边疆，武功盛极一时
