1986年，中共瑞金县纪律检查委员会内设办公室、纪律检查科、案件审理科，下设19个乡镇（场）纪律检查委员会，向县林业局、粮食局、教育局等14个单位派驻纪检组。1991年，增设研究室、信访室，成立“县党风廉政建设领导小组办公室”。1993年6月，中共瑞金县纪律检查委员会与瑞金县监察局合署办公，履行党的纪律检查和政府行政监察两种职能。2000年，市纪委内设办公室、信访室（廉政举报中心）、纪检监察一室、纪检监察二室、案件审理室、教育研究室、执法监察室和党风廉政建设办公室等机构，设行政编制27人，工勤人员3人，下设19个乡镇纪委，在市直单位和企业设立30个纪检组或监察室。1986～2000年，历任纪委书记周春标、刘之伦、丁远和、朱俊峰、黄泰连。
（第一节）党纪教育
1986年，纪检监察部门采取举办培训班，播放党纪教育映视片，印发党风党纪教育材料等形式，对全体党员干部开展党风党纪教育活动。1990年，编印以中纪委颁布的廉政建设、纪律处分等《条例》、《规定》为主要内容的辅导宣讲材料4500册，发至基层党员干部。同年，县纪委聘请党风监督员36名，基层纪委聘请党风监督员279名，进一步拓宽党风监督渠道。1991年，纪检部门组织全县党员干部参加《纪检条例》考试，参考单位119个。1993年，创刊《瑞金纪检监察》，传达党风党纪信息。1994年后，市纪委、监察局开展一年一个专题教育，并在报刊上大力宣传勤政廉洁先进典型。通过简报、通报等形式剖析违纪违法案例。1996年，市纪委下发《关于开展“讲政治、讲党性”教育的实施意见》，组织市内900余名党员干部参加党纪、政纪、条规知识竞赛。1997年，市纪检监察部门组织全市党员干部学习《廉政准则》、《中国共产党纪委处分条例（试行）》和中共中央、国务院《关于厉行节约、反对奢侈浪费的若干规定》，并组织6800余名干部、党员、群众观看中纪委和中央电视台联合举办的《综艺大观·廉政》专场直播节目。1998年，开展干部作风建设年活动，市委印发《关于进一步改进干部作风密切党群干群关系的决定》和《关于当前干部作风中几个突出问题的处理意见》等规章制度。1999年，开展以“讲学习、讲政治、讲正气”为主要内容的党风党性教育。2000年，利用胡长清、成克杰等典型案例作为党员干部的警示教育教材，在市内机关、厂矿、社区播放10部电教片300场次，观众达4万余人次。党员干部受教育面达95％以上。
（第二节）廉政建设
1987年，县纪委下发《关于坚决纠正用公款请客送礼的歪风的通知》，对全县用公款吃喝、请客送礼的案件进行清查。1988年，县纪委对党政机关及其工作人员提出党风廉政建设具体要求，并举行全县党风党纪大检查。同年4月，围绕省委、省政府提出的廉政建设九件事和《中共中央、国务院关于近期做几件群众关心的事的决定》，开始着手清理党政机关干部在城镇建私房、清收干部职工拖欠的公款和逾期贷款等工作。至同年10月，共收回欠款78万余元。1991年，结束清房工作，全县清理出1986～1991年间在城镇建私房的干部职工468户，清退多占土地面积5015．21平方米，上缴罚款或补缴宅基地使用费27万元，6名违纪建私房的副科级干部受处理。
1992年，结合农村社教，县纪检部门对全县乡镇土管所、农经站等所、站及村级财务进行全面清理。清理出违纪资金16．8万元，对乱集资、乱摊派、乱罚款所得资金进行清退处理。同时，县纪委协助计划生育督查部门，开展计划外生育清理，查出1979年以来违纪超生的干部职工2306人，其中副科级干部19人，一般干部257人；受党纪处分45人，行政开除留用349人，开除97人，罚款146万元。1994年以后，反腐倡廉工作实行党委统一领导，党政齐抓共管，纪委组织协调，部门各负其责，并接受群众监督。1997年，市委、市政府贯彻执行中共中央、国务院《关于党政机关厉行节约、制止奢侈行为的若干规定》，配套制订《实施细则》，对领导干部使用交通工具、会议会务招待、党政机关新建或装修办公楼、庆典活动、检查评比活动、公款出国（境）等作出明确规定。1999年，市委、市政府印发《关于实行党风廉政建设责任制的规定的实施办法》，进一步明确牵头单位、责任部门和领导干部的工作职责。2000年，全市实行领导干部重大决策追究制度，对1993～2000年间的214名失策并造成不良影响的党员干部进行责任追究。其中，给予党纪和政纪处分的科级干部48人，一般干部117人；给予组织处理的干部46人，移送司法机关追究刑事责任的违法人员3人。
（第三节）案件查办
1986～1992年，县纪委按“事实清楚、证据确凿、定性准确、处理恰当、手续完备”的要求，对违纪违规的183名党员干部立案查处，结案172件。其中，县纪委直接查处77件，处分党员144人（开除党籍38人、留党察看8人、撤销党内职务4人、严重警告30人）。同期，县监察局共查处违纪案件113件（其中大案12件），给予政纪处分95人，收缴违纪资金22．08万元。
1993～2000年，全市各级纪检监察部门受理违纪举报2600余件（次），初核违纪线索1269件，立案查处829件，结案824件。给予党纪、政纪处分804人，移送司法机关追究刑事责任19人。
（第四节）专项治理
1993年起，对境内国家机关及所属部门利用职权巧立名目收费进行治理，年内检查30个单位，检查收费项目29个，查出15个单位有违纪问题，查处违纪金额13．35万元。同年，重点整治蔗季损农歪风，查处违纪司机和红都糖厂农务人员155人，收缴处罚违纪金额11万元，全部退回蔗农；开展计划生育清查，查出违反政策人员2306名，给予党纪处分45名，政纪处分596人。
1994年，清理国家机关及部门乱收费，公布取消99个不合理收费项目，查处违纪款61．9万元。
1995年，全面清理中小学乱收费、清查处理违规收费50余万元；开展减轻农民负担执法监察，纠正村级擅自收取提留款和校舍建设集资等问题。
1996年，开展中小学乱收费专项检查，查出乱收费项目70项，违纪收费97万元，全部退还学生。同年，监督落实已取消的农民负担项目，对全市272个村1993～1996年的村级财务进行全面清理，查出违纪金额24．3万元，查出村干部侵占集体财产1429件、价值114．6万元，收回债款116．2万元，偿还债务96．3万元。
1997年，有侧重地在乡镇领导班子和市直机关中开展思想作风整顿工作，狠刹巧立名目加重农民负担的歪风，纠正乱摊派、乱集资、乱收费9．06万元，查处乡村干部贪占集体资金2．39万元，对违反“减负”政策的16名乡、村干部予以党、政纪处分。
1999年，对1998年执行公务招待费的执行情况执法监督，对招待费超限额较大的4个乡镇、20个市直单位给予通报批评，并处10％的罚款，同时对其主要领导、分管领导给予1～2个月工资额的处罚，共罚款7．04万元。
2000年，贯彻中央、国务院减轻企业负担的《决定》，当年取消不合理收费项目5项，为国有企业减负210万元。开展社会保障资金管理，使用执法监督，推行建筑工程公开招标投标。全面落实预算外资金和罚没收入“收支两条线”规定，推行会计委派和政府采购制度。全市接受委派会计单位41个，纳入政府采购物类49种，当年采购资金47．4万元。
