杨笃生自“黄花岗败后，什匿克之心理尤亢”，因而“神经亢不可阶，往往小故，在他人宜绝不经意者，而笃生视与地坼天崩无异，卒至亲其所疏，疏其所亲，颠倒错乱，一至于是而章士钊、杨昌济两人“日与之习，又是政见不合，因首承其敝，而为彼病态动作之目的物”。章士钊与杨笃生曾因小事争吵过，章士钊在给杨昌济的信中述及此事：笃生“一日以小事哄于弟寓，顿失常度，弟妇吴弱男，至为骇走，弟以笃生忽有意外之举，中心痛之”，“至于雪涕，弟生平未尝为人流泪，独此次不能忍。”平心而论，杨笃生是一位坚定的革命志士，曾为辛亥革命作出过杰出的贡献，这是毋庸置疑的。然而，他暮年由于受广州三·二九之役失败的刺激，“忧伤过度，夜不成寐，头痛浮肿，时哭时歌”，精神似乎有失常态，加以斗争复杂，情况不明，《遗书》中确有失实之处，自然也是情理之中的事。所谓“既在《帝国日报》投稿”，已如前述；《遗书》谈及“《国风报》上曾有大作一首”，何所指呢？“大作者，乃《论翻译名义》，见该报二十九期中”，第一次提出了将西方“logic”直接音译为“逻辑”的倡议。当时，“逻辑”这个词，在我国译作“名学”、“辩学”、“伦理学”等等，章士钊认为这种舍音而取意的翻译均不恰当，倒不如以音直译“逻辑”为妥，学术界经过反复讨论，最后终于接受他的建议以“逻辑”定名，流传至今。毫无疑问，这是他对学术界的一大贡献。至于章士钊何以要向梁启超主编的《国风报》投寄此稿，也并非出于投靠保皇党的政治动机，而是有其他方面的原因。
先是梁启超在东京创立政闻社时，由于徐佛苏的介绍，“曾在东京晤谈一次，特寒暄十数语耳，未及政治。”彼此相识。尔后，章士钊“曾撰《双枰记》小说求鬻，彭希明为携前半部至梁处，支取稿费百元，乃稿未成”，而章士钊西渡。第二年，章士钊由于经济困窘，要求将小说《双枰记》改投他报，但前半部已寄梁处，且支取部分稿酬，为了说明情况，“乃与梁一通书，并以大作一首寄之”，如此而已。至于与康有为的关系，“笃生书中并未及康”纯属子虚。可以断言，章士剣“苦学救国”时期，心境悲观，潜心学术，与孙、黄往来较少，诚有之，但卖身“负友”、投靠康、梁保皇党人则实无之。
章士钊未人同盟会虽然不能说他脱离了革命，但是，这件事毕竟不是一件好事，因为像他那样才华横溢的政治活动家如果能及时加盟，那么，他对辛亥革命的贡献将会更大。而正当革命需要他人盟、做更多工作的时候，而他竟“以学自庶”，对于孙中山在东南沿海所领导的几次起义“无一役身与”，回首往事，他认为自己“自暴自弃，深愧死友”！当时的革命党人包括他的同姓兄弟章炳麟对他拒绝加盟，不为《民报》撰稿亦“深恨之”。孙中山虽曾对章士钊给予了很髙的评价，但对他未能人盟、与之共事深感惋惜，孙中山曾对刘成禺说过：“行严矫矫如云中之鹤，苍苍如山上之松，他日学问事业，必有大贡献于国家民族惜未能与予共生命艰难之事，只能领上乘号召之功耳，革命得此人，可谓万山皆响“二次革命”中，孙中山甚至对章士钊风趣地说过广吾革命无成，因君不肯相助！”这句话是颇耐人寻味的。
武昌首义后，章士钊应孙中山之召，废卷东驰，他的革命活动进入“反袁立国”的阶段。与同时代的其他革命党人一样，章士钊走向反袁立国的道路是有一个过程的。然而，由于他与袁世凯之间有着一种特殊的关系，对于袁世凯的野心早有觉察，因而能够当机立断，尽快地与袁氏决裂，其反袁立场是异常坚定的。
惯于使用权术的袁世凯是在章士钊政治处境维艰、在上海无法立足的情况下施展其阴谋手段的。章士钊初到南京时，受黄兴、于右任之邀，至上海主《民立报》笔政，并兼任江苏都督府顾问。章士钊得以运用他在西方学习的政治理论，以社论形式，发抒己见。迨至临时政府北迁，政党林立，章士钊发表《政党组织案》一文，畅所欲言，主张解散包括同盟会在内的所有政党，然后，根据不同政见将议员分为两党，像西方一样竞选，得多数票者当权，这就是着名的“毁党造党说”。这无异于给当时政坛投下了一颗炸弹，此论一出，震世骇俗，于是章士钊成为众矢之的，不少同盟会员纷纷拥到报馆，“面质右任，何事出此自杀之愚计，并何厚于章某而薄于本党？”章士钊因此被迫辞职。
1912年9月，章士钊与王无生别创《独立周报》，尽管如此，还是有人攻击他是保皇派，“镑词复连载十余日不休，若谓中国可亡，而章行严之名誉不可使存。”嗣又因王无生暗中接受袁世凯津贴，为人举发，事涉章氏，《独立周报》又只得停刊，章士钊在上海弄得几无立锥之地。所有这一切，袁世凯都看在眼里；加之，袁世凯与章士钊还有一层鲜为人知的关系：章士钊夫人吴弱男原是清军名将吴长庆(号武壮公)之孙女，吴、袁两家“交同骨肉”，袁之继父袁保庆卒于宁，时吴长庆“驻军江浦，既经纪其丧，复令项城依己，为任教养之责”，袁世凯后随吴长庆赴朝，“仍留吴营”，“项城事业，卒以从朝鲜之所建树为第一期，则武壮始终提挈之力也。”袁世凯利用这层关系，对其极尽欺骗拉拢之能事，袁亲邀章士钊人京，礼遇甚隆。袁尝对章说：“君自家人，有所见，恣言毋隐”。吴弱男在南京函电士钊：“革命党不得自污为裙带官”，促章南归。袁世凯又百般殷勤，欲调吴氏北上，且由“项城自为手书诏之”；袁世凯并将他自己在北京锡拉胡同的豪华住宅转让给章，令士钊“迎眷居之”。并授意教育总长范源濂聘士钊为北大校长，事已见报，但章士剣固辞未就。由于章士到“与袁迹日亲，稍稍预袁秘事”，对袁帝制自为的野心早有觉察，“内心滋疚，苦不得脱”，等到宋案发生以后，他再也不能继续忍耐下去了！据章士钊回忆：“宋案发，遁初遗电到府，吾方与袁会食，袁太息曰：遁初可惜，早知如此，何必当初”？“余隐笑遁初受袁诳，至死不悟。”更令章士钊气愤的是，袁世凯“竟以宋案凶手归克强，执先一日同孚路黄寓议事，黄、宋争国务总理，两派大决裂为证。余大怒，不对而出。明日，余潜赴东站，独驰返沪。”至沪，先谒黄兴，力主武装讨袁以袁且称帝”，“即败亦须为之”。黄兴意不谓然，“谓袁专横诚有之，称帝却不敢”；嗣又谒孙中山，“中山喜吾主用兵，而同以吾诋袁为过当”。不言而喻，章士钊由于与袁世凯接触较多，对袁的了解甚深，因而对袁的幻想更少，武力讨袁的决心更大。
1913年7月12日，李烈钧在江西湖口宣布独立，举兵讨袁，“二次革命”爆发。14日，黄兴偕石陶钧等抵南京，召集军事会议，决定出兵计划。章早以惊人的胆略第一个起草了《讨袁通电》，据一目击者透露：“在黄克强寓处，讨论如何去南京独立，他（指士钊——引者）在袖子管里把一篇讨袁文一经拿出，头一个蔡孑民接了先看，大家也把头凑上去同看。”《通电》在北站向记者披露后，很快就掀起了讨袁声浪。嗣后，章士钊又奉孙中山、黄兴之命，往说岑春煌、黎元洪联合讨袁。”与西林纵谈天下大计，语无不合，西林极意诟袁，用力无所顾恤”，会谈颇有成效。章士钊为此特地在沧州别圣设宴庆贺，邀约孙中山、黄兴、岑春煊、于右任、陈英士等参加。越数日，章士钊偕岑春煊赴汉，黎元洪于都督府，章士钊“徐以袁世凯帝制自为状语元洪，元洪愤激，立而誓曰：项城称帝，元洪敢以百口保之，一座嚣然。”无结果而返。回上海后，章士钊欣然就任江苏讨袁军秘书长，曾偕江苏讨袁军总司令黄兴由沪至宁，前往江苏都督府就职，终于使江苏都督程德全在南京宣告独立。
“二次革命”失败后，章士钊被迫再度亡命日本。至此，袁世凯仍然十分注意他的行踪。“一日，忽获北京徐佛苏、林白水各一札，林札内且夹有袁氏一亲笔便条，有“闻行严为暴徒所狙击，务劝其迅速返京”，所谓章“为暴徒所狙击”，确有其事，但此事之所以“传播尔速，且上达袁氏之耳”，表明袁世凯还想继续拉拢他，但章不为所动，仍然坚持反袁。
1914年5月，章士钊在东京创办《甲寅》月刊，至翌年10月，发表《政本》、《国家与责任》、《帝政驳议》、《共和评议》、《复辟平议》等政论文章50多篇，他引证中外学说和历史事实说明“人民感受苦痛今日为最”，其原因是由于“好同恶异”的独裁政府进行专制统治所致，指出袁氏称帝是注定要失败的。唤起国人“为公益而结为一体”，为实现真正的民主共和国理想而斗争。《甲寅》杂志旨在讨袁，持论严正，颇为时论所重，“七日中接函二千三百件杨昌济读过《甲寅》杂志后，认为章氏“大有所见”；着名记者黄远庸读了《甲寅》，“佩恨交集”，认为章氏行文“非惟名理通论，足以扶发隐微，生人哀感，即其文体组织，符于伦理，亦足为一大改革家”。章士钊除办《甲寅杂志》外，还担任过欧事研究会书记职务，袁世凯称帝后，章又随岑春煊返国讨袁，任肇庆军务院秘书长兼两广都司令部秘书长。
1916年6月袁世凯毙命。黎元洪继任临时大总统职务。国会恢复，章士钊以国会参议员身份代表岑春煊北上，在北京居仁堂谒黎元洪，黎执章手说回忆民国二年五月，你在武昌所言，我实在惭愧。”毫无疑问，由于章士钊夫妇与袁世凯之间存在着一种鲜为人知的关系，如果章士钊愿为袁世凯效劳，欲得一高位，易如反掌，但是他却始终坚持反袁立场。诚如章炳麟所云：“武昌义起，而行严自伦敦归，其妻党与袁氏有连，夫妇相誓不受暴人羁縻，余以为难能也。”这种看法是颇中肯綮的。
此后，在他的政治生涯中，虽然出现过问题，例如他在五四时期对抗新文化运动和镇压学生运动等等，但他后来还是做过一些有益于人民的工作。1927年4月，他得知李大钊被捕的消息，曾与杨度积极设法营救。特别值得一提的是，他与毛泽东交谊甚笃，毛泽东青年时代去北京求学，旅费用罄，章士钊曾在经济上予以资助。抗战胜利后，毛泽东自延安飞抵重庆，与国民党进行和平谈判，在重庆见到章士钊，重提1920年他初至北京时，赖士钊解囊相助渡过难关的往事，深表谢意，使章深受感动。1949年1月，蒋介石被迫下野，李宗仁出任国民党政府代总统，提出“和平谈判”，章先后两次被任命为“和谈”代表，谈判破裂后，他与邵力子等留居北京，曾联名向李宗仁写信，用亲身经历说明中共对“和谈”的诚意，揭露国民党的“备战求和”的骗局，从此，他脱离国民党反动营垒。解放后，章士钊被推选为第一届全国政协委员和第二、三届全国政协常委；第一、二届全国人大代表和第三届全国人大常委；历任政务院法制委员会委员、中央文史馆馆长等职，晚年从事文史研究工作，曾多次去香港访问亲朋故旧，为台湾回归祖国而积极奔走，直到1973年7月1日在香港公寓进入弥留状态时，仍然念念不忘祖国的统一大业！
