后至元六年，顺帝在脱脱等人的协助下，铲除了专权的丞相伯颜，开始亲自掌控朝政。顺帝亲政后做的第一件重要的事就是追究当年文宗谋害其父明宗一事。后至元六年六月丙申，顺帝下诏将文宗的牌位从宗庙中撤除，徙文宗皇后卜答失里于东安州安置，流放文宗皇子燕帖古思于高丽；九月，将参与谋害明宗的文宗旧臣明里董阿诛杀。为了纪念这一历史性的转折，顺帝改年号为至正。同时，为了纠正伯颜专权以来的弊政，顺帝起用脱脱进行改革，史称脱脱更化，当时“天子图治之意甚切”。
脱脱担任中书右丞相期间，纠正伯颜弊政，恢复科举取士之法，复行太庙四时祭祀之礼，为郯王彻彻秃雪冤，召还被流放的宣让、威顺二王，使居旧藩，恢复阿鲁图的亲王之位，同时开马禁，减盐额，蠲负逋，又开经筵，遴选儒臣以劝讲，而脱脱实际统领经筵之事。朝廷内外都称脱脱为贤相。另外，至正元年六月戊辰，元廷还改旧奎章阁为宣文阁，以示重视宫廷教育。至正三年（1343）三月，顺帝下诏修辽、金、宋三史，以中书右丞相脱脱为都总裁官，中书平章政事铁木儿塔识、中书右丞太平、御史中丞张起岩、翰林学士欧阳玄、侍御史吕思诚、翰林侍讲学士揭傒斯为总裁官。脱脱又请修《至正条格》颁行天下。顺帝尝亲临宣文阁。脱脱奏请顺帝留心儒学。脱脱听说顺帝左右之人多阻挠顺帝学习汉文化，便说假使经史典籍没有什么用处，那么世祖忽必烈皇帝为什么要让真金太子学习呢？于是脱脱到秘书监取出当年真金太子所学之书进呈顺帝，顺帝十分高兴。脱脱担任右丞相的几年间，元廷文治色彩较为明显。
脱脱与顺帝的关系极为密切。顺帝皇太子爱猷识理达腊出生后由脱脱抚养。脱脱精心照顾皇太子，每次皇太子有病吃药，脱脱必先代为尝药，以防不测。有一次顺帝驻跸云州，遇烈风暴雨，山洪爆发，随行车马人畜很多被淹死，脱脱便抱起皇太子骑马登上山，皇太子安然无恙。到皇太子六岁时，脱脱将皇太子归还给顺帝，顺帝安慰脱脱说：“汝之勤劳，朕不忘也。”脱脱还自己出钱造大寿元忠国寺于健德门外，为皇太子祝釐，共费钞十二万二千锭。（《元史》卷一百三十八《脱脱传》；《元史》卷四十、四十一《顺帝本纪》；《元史》卷一百八十三《苏天爵传》）
深谙为官之道的脱脱知道久居极品，早晚会招致皇帝的猜忌甚至惹来杀身之祸，燕铁木儿、唐其势、伯颜等权臣的命运就是很好的例子。加上脱脱当时有病在身、日渐衰弱，而卜算之人认为脱脱有灾，于是脱脱上表请辞，顺帝不允。脱脱先后十七次上表，最后顺帝只好同意让脱脱辞职。为了奖赏脱脱，顺帝下旨封脱脱为郑王，食邑安丰，赏赉巨万，脱脱均辞而不受。顺帝又赐脱脱江南松江之田，并为他设立稻田提领所以领之。
此后数年，顺帝先后起用蒙古贵族阿鲁图、别儿怯不花、朵儿只为中书右丞相，主持朝政，但这些人的施政能力远逊于脱脱。
年轻气盛的顺帝仍然力主推行改革，希望借此挽救日益衰败的元帝国。顺帝重视吏治，惩治腐败，选拔廉洁的官员，以《至正条格》作为断案的依据。至正五年（1345）十月，顺帝为澄清地方吏治、询民疾苦，派遣奉使宣抚巡行天下，下诏曰：“朕自践祚以来，至今十有余年，托身亿兆之上，端居九重之中，耳目所及，岂能周知？故虽夙夜忧勤，觊安黎庶，而和气未臻，灾眚时作，声教未洽，风俗未淳，吏弊未祛，民瘼滋甚。岂承宣之寄，纠劾之司，奉行有所未至欤？若稽先朝成宪，遣官分道奉使宣抚，布朕德意，询民疾苦，疏涤冤滞，蠲除烦苛。体察官吏贤否，明加黜陟，有罪者，四品以上停职申请，五品以下就便处决。民间一切兴利除害之事，悉听举行。”
看来，顺帝在亲政后颇有励精图治、挽救帝国于颓势之中的决心，但是元朝长期以来形成的种种积弊，并非几条并能触及核心问题的新政所能解决的。元代统治层所进行的改革基本上都是以不触犯蒙古特权阶层的利益、不改变制度中蒙古旧制的内核为前提进行的，所以顺帝的所谓新政虽有可能在一定范围内起到积极的效果，但帝国大厦将倾的趋势是无法遏止的，更何况由于吏治腐败，顺帝的一些新政一开始就走了样，结果反而加剧了社会的矛盾。以顺帝派遣奉使宣抚巡行天下为例，“奉使者皆脂韦贪浊，多非其人”，以致“欺诈百端，昏弊主聪”，“政绩昭著者，十不一二”。元末的两则民谣十分形象地反映了这次奉使宣抚对民间的危害：“九重丹诏颁恩至，万两黄金奉使还。”“官吏黑漆皮灯笼，奉使来时添一重。”（《南村辍耕录》卷十九《阑驾上书》；《庚申外史》卷上；《元史》卷四十一《顺帝本纪四》；陈得芝主编《中国通史》第八卷）
