二十年时光匆匆流过，转眼到了明神宗万历未年，满人崛起于东北的白山黑水之间，以努尔哈赤为帝，公然向大明边境挑衅。明神宗调集八万大军征边应敌，却不料出师不利，八万大军几乎全军覆没。辽东情势危急，朝延重调全国兵马赴援，秦良玉此已经四十六岁了，仍然亲自率领三千白杆兵，连同自己的哥哥、弟弟、儿子，兼程北上卫边。
万历四十八年，秦良玉的白杆兵已与满清军队打了几场硬仗，挫伤了清兵的一些锐气。这时，明神宗驾崩，明光宗继位，光宗在位仅一个月就崩逝，又由明嘉宗登上了皇帝宝座。
前后几个月时间，换了几个皇帝，明朝廷一时无人主事，清兵乘虚而进，攻占了沈阳，势头更加猖撅，秦良玉的大哥邦屏和弟弟民屏，为了挽回大明的损失，强渡浑河与清兵激战，无奈因寡不敌众，邦屏战死疆场，民屏身陷重围；秦良玉闻讯后，亲自率领百名白杆兵，渡河杀入重围，拼死救出了弟弟，抢回了哥哥的尸体。其后，因秦良玉智勇双全，朝廷任命她为把守山海关的主将。山海关是东北通向内地的必经之路，清军屡次派重兵前来叩关挑战，秦良玉不为所激，只命部下加固防守，终使清兵无法得逞。一次，秦良玉的儿了马祥麟带兵巡关时，被敌军的流矢射中一目，他忍痛拔出箭簇，援弓搭箭向远处的敌人射去，连发三箭，射死三个敌人，清将大力震惧，从此不敢轻易再来山海关挑衅了。
兄亡子伤，秦良玉悲怒交集，于是上书皇帝，陈述了自家军队作战及伤亡情况，嘉宗深为感动，下诏赐予秦良玉二品官服，并封为诰命夫人，任命其子马祥麟为指挥吏，追封秦邦屏为都督佥事，授民屏都司金事之职，还重赏了白杆兵众将士。
后来，清兵暂时放弃了骚扰边境的举措，于是秦良玉率部返回石柱。返回之时，正赴上永宁宣抚使猓猡族的奢崇明起兵叛乱，奢崇明的党羽樊龙占据了重庆，听说秦良玉带兵回到了石柱，马上派人携金银厚礼去与她联络，想请她共同举兵；秦良玉大怒道；我受朝延厚恩，正思报效国家，岂能与叛贼为伍！当即斩了贼使，火速发兵，溯江西上赶到重庆，出其不意地打败了樊龙的部队，攻下重庆。紧接着，她又率兵直赴成都，赶走了围攻成都的奢崇明部众，先后拿下红崖墩、观音寺、青山墩等几个大寨，彻底击毁了叛军势力。朝延闻报后，授秦良玉为都督佥事，拜为石砫总兵官，以嘉奖她的血战功绩。
当解除了成都之围，秦良玉率领白杆兵骑马进城时，成都的市民纷纷涌上街头，扶老携幼，争睹女将军的风采。这时秦良玉已是五十开外，几十年的戎马生涯，不但没催她衰老，反而把她磨炼得愈加英姿飒爽。只见她端骑桃花马上，面颊红润饱满，两眼炯炯有神，身姿挺拔，气宇轩昂，一派大将风范，却又不失成熟女性的醇美。成都民众简直把她视为神明，纷纷在她走过的路上焚香跪拜。
巡抚朱燮元设盛宴为秦良玉及部众庆功，秦良玉毫爽海量，与当地高层官员同坐一桌，开杯畅饮。酒酣耳热之时，一位临座的巡抚署官员，也许是被秦良玉酒酣面红的神态迷住了，竟忘乎所以地从桌下伸过一只手来，拉住她的衣角抚弄不放；秦良玉很觉烦心，悄悄抽出佩刀，猛地割下被牵的衣角。在座的人大惊失色，秦良玉却丝毫不动声色，依旧举起酒杯，谈笑风声，倒是那位失态的官员羞愧地离开了席位。
数年之后，贵州水西一带，有一个叫安邦彦的匪首，自立为罗甸王，招兵买马，很快占据了贵阳以西的千里之地。朝廷又诏命秦良玉率白杆军入黔平乱，秦良玉义无反顾，很快就平定了叛乱，消灭了安邦彦，但为此也丧失了弟弟秦民屏。
天启七年，明熹宗驾崩，明思宗入承大统。清兵趁朝廷改帝之机，由蒙古人作向导，从龙井关越过长城，直奔向通州，京师形势十分急迫。明朝廷再次诏今天下诸军镇边勤王，当然忘不了调遣上次抗清有功的女将军秦良玉。秦良玉接旨后，带领她的白杆兵，日夜兼程赶往京师，并拿出自己的全部家产作为军饷，以补朝廷因连年应战而造成的军需不足。
秦良玉的部队与清兵在京师外围相遇，还没来得及安营扎寨，就开始了全面进攻。年己五十五岁的秦良玉，手舞白杆长矛，好似瑞雪飞舞、梨花纷飘，锋刃所过之处，清兵不是头落地就是手脚分家；所有白杆兵将士，无不以一当十，威猛如虎，打得清兵落荒而逃。很快，秦良玉接连收复了泺州、永平，解救了京城之围。
明思宗听到捷报后，派特使携带大批赏赐前来犒军，并在平台召见了富有传奇色彩的女将军秦良玉。见过女将军后，明思宗感慨万千，写下了四首诗，夸赞她的功迹，并御笔亲誊，赐给了秦良玉：
学就四川作阵图，鸳鸯袖里握兵符；由来巾帼甘心受，何必将军是丈夫。蜀锦征袍自剪成，桃花马上请长缨；世间多少奇男子，谁肯沙上万里行。露宿风餐誓不辞，忍将鲜血代胭脂；凯歌马上清平曲，不是昭君出塞时。凭将箕帚扫匈奴，一片欢声动地呼；试看他年麟阁上，丹青先画美人图。
皇帝亲题的四首赞美诗，给予了秦良玉极高的评价，这实在是一件难得的殊荣，秦良玉叩谢圣恩后，班师回石砫。
又过了十来年，起义军张献忠进入四川一带，年过花甲的秦良玉再次披挂上阵，风采不减当年。她率领白杆兵，连战连捷，解除太平之围，扼反将罗汝才于巫山，斩叛帅东山虎于谭家坪，使张献忠的军队在川地吃尽了苦头。然而，由于川地屡经兵灾，府库空乏，损耗的兵力和粮饷无法补充；而起义军部队势力强大，潮水般涌进川蜀，在整个战局上，官兵是无法取胜的。秦玉良万般无奈，只有退保石柱一地。
这时京城已被李自成所率领的义军攻破，明思宗自缢于煤山，大明皇朝在风雨飘摇中终于彻底倒塌，李自成入主京城，张献忠则想牢牢控制住川蜀，以作为自己的据点。张献忠东征西战，几乎囊括了全蜀，却唯对石砫弹丸之地无可奈何。己六十八岁高龄的秦良玉，带着她手下历经百战的白杆兵，不畏强暴，誓死抗拒，一直到张献忠败亡，起义军终没能踏入石柱半步。
清顺治五年端阳节过后，七十五岁的秦良玉，在一次检阅过白杆兵后，刚刚迈下桃花马，身子突然一歪，溢然离开了人世，结束了她戎马倥惚，驰骋疆场的豪迈生涯。秦良玉葬在石柱县东3公里处、龙河北岸的回龙案（今石柱县大河乡鸭桩村），享年75岁。其墓碑题刻为：“明上柱国光禄大夫镇守四川等处地方提督汉土官兵总兵官挂镇东将军印中军都督府左都督太子太保忠贞候贞素秦夫人墓。”
秦良玉26岁时开始带兵打仗，一生多次率师远征，历经44年戎马生涯，足迹遍及贵州高原，长城内外，大江南北，为明朝建立了赫赫战功。作为历史人物的秦良玉，受其历史的局限，一方面忠君爱国，另一方面与农民起义军为敌。但“功则功之，过则过之”，“暇不掩瑜”。总其一生，功大于过，这是著名政治家、历史学家、文学家郭沫若公正的对秦良玉一身作出的历史评价。
