第二年2月，廖正式成立“台湾共和国临时政府”作为台独的流亡政府，他自任“大统领”，临时政府使用日本昭和纪年，“国旗”为日本太阳旗上附一轮新月，“国歌”中含有日式句子。这是一个赤裸裸的日本“试管婴儿”。此后，台独由“政党”升为“政府”，并由日本不断向岛内和美国分化势力。但其组织五花八门，政治目标和斗争方式也不尽相同，且内部涣散，矛盾重重。
为联合各地台独分子更好地“斗争”，1960年廖文毅建立了“台湾独立统一战线”，自任“总裁”。他不断周游世界，到各地宣传台独主张，寻求世界的同情和支持，“并不时派遣人员潜伏来台，从事颠覆活动”。
蒋介石对台独活动的日益猖獗气恼已极，擒贼先擒王，通缉瘳文毅，查封并没收了他的全部财产。
到60年代中期，蒋介石对台独分子的策略稍有变化，在严厉谴责的同时，发出暗示：在共同反共的前提下，可既往不咎，实行合作。在国民党“九全大会”上，蒋介石建议成立由海内外各反共政党团体、人士等组成的“反共建国联盟”。并称：“在反共建国过程中，非举国意志，更加集中，才智更加发挥，行动更加一致，不足以迅赴事功，加速胜利。九全大会允应掌握时期，恢宏襟袍，以与海内外仁人志士才智俊彦，推诚合作。”在1964年“元旦文告”中，蒋再次向台独分子伸手，提出：“不是敌人，都是同志。”
为了制服“台独先锋”廖文毅，台湾有关部门制定了详细的计划。根据台独组织内部分裂、活动屡次碰壁、经济拮据及思乡心切等具体情况，一方面先派特工打入台独组织内部，接近廖本人，乘机进言，传递台湾当局宽大处理的信息，动之以情，晓之以理。另一方面，又将廖文毅的大嫂、侄儿廖史豪及台独分子数人逮捕，并将廖史豪给廖文毅的录音捎话送往日本：“……叔叔，我母亲患心脏病快死了，我和您的部下黄纪男也被判死刑，即将被枪决，国民党已保证，只要你回台湾，他们不但不追究您的罪行，我们也会马上得到释放，……叔叔，请赶快回来救我们吧！”国民党的恩威并用取得成功，廖文毅思前想后，决定放弃台独主张。台湾当局闻讯立即派高级官员秘密与廖会晤，做出善后安排。1965年3月6日，瘳文毅终于同意向国民党当局输诚。
5月15日，56岁的廖文毅从日本返回离别18年的台湾，他发表书面声明，公开宣布解散台独组织，放弃台独活动。并且“他希望过去受他领导的朋友们，也跟着放弃那种错误的主张。”在谈到放弃台独返回台湾的动机时，廖文毅称，是受了蒋介石的“感召”，要“响应蒋总统反共建国联盟号召，剑及履及，离日返台，贡献所有力量为反共建国大业，坚决奋斗。”
廖文毅此举，造成“独立运动一时顿失重心，整个士气遭受极大的打击”。不久，海外许多台独头目和骨干纷起效尤。1966年4月，郑万福解散其“台湾民政党”，返台定居；10日，吴振南宣布解散“民主独立党”返台；1971年，廖文耀、简文介等解散“台湾自由独立党”投蒋；1972年，“台湾青年会”的赞助人辜宽敏、廖春荣宣布放弃台独，回到台湾；同年4月，原“台湾再解放联盟”秘书长、曾担任多种台独组织顾问的邱永汉也宣布“反正回台。”
廖文毅和蒋介石化干戈为玉帛，“共同反共”，被称为台湾当局“最近十年来在政治上成功的一件大事。”蒋介石更是喜不自胜，在廖返台的当天他就表示：“对廖文毅的幡然悔悟，参加反共大业，予以慰勉。”随之，当局宣布，“对廖文毅的通缉予以撤销”。蒋依“宪法赋予总统的权力”，赦免廖文毅的“叛乱罪”，并发还所没收的廖家财产，廖的大嫂、侄儿也获赦出狱。廖文毅对蒋介石的“宽宏大量”感动万分。台湾“中央社”在播发这条消息时特说：“今后凡迷途知返，愿为国效力者，据悉均将获得自新之路。”
廖文毅刚刚返台，蒋介石就想见见这个“台独英雄”，后来意识到这样急不可耐地与一个昨日政敌见面，有失尊严，遂延宕了一些时日。7日，蒋召见廖文毅，询问他返台后的生活情形和家人的近况，并自豪地告诉廖，他已把台湾建成了“三民主义的模范省”，“这也就是我们今后反攻大陆，复国建国的准据。”
是年年底，廖文毅被任命为“曾文水库建设委员会”副主任委员。曾文水库是台湾当时最大的水利工程，预算投资台币60亿元，主任委员为台湾省主席黄杰，所以，廖文毅的这个职位也没多少实权。
3.不给“台独”势力以生存空间
廖文毅的招降，使海外的台独势力元气大伤。60年代末，日本的台独组织已江河日下，台独大本营的地位已发生动摇，台独运动的中心渐渐转移到岛内和美国。
对于岛内的台独活动，蒋介石历来毫不手软，他决不会让眼皮底下翻船。对于岛内大大小小的台独小喽啰，一经查知便一网打尽。因此，岛内、岛外的台独案件接连不断，被捕判刑的台独分子数以千计。其中较著名的有：
“台湾共和党案”：1959年底，台湾当局侦知高雄人黄阳辉接受廖文毅等的指令，秘密在台湾南部组织“台湾共和党”，并计划准备短期内在台湾各地发动小规模骚乱，激发台湾青年“民族意识”。同时，准备以10年为期，在军队中串连台籍士兵发动政变，夺取政权。事情败露后，黄阳辉等涉嫌人员30多人被捕，叶呈祥、叶江水、孙荣灿、俞姬填等被判重刑。
“廖启川事件”：1960年上半年，台北市商人廖启川联络孙秋源、蔡国铿等，准备“以暴力推翻国民党统治”，以达到“台湾独立”的目的。他们举行秘密集会，筹募经费，组织敢死队，积极准备在台北、桃园、基隆等地举事。1961年9月，事机泄露，廖启川、孙秋源被捕。第二年，廖启川、孙秋源各判12年徒刑，蔡金铿被判8 年，其余涉嫌人员判2—5年有期徒刑。
“苏启东叛乱案”：此案与廖启川案有一定牵连。1960年底，云林县议员苏启东伙同嘉义县张茂钟、詹盖仁及部分驻防士兵，密谋成立“武装别动队”，并提出“政变须以军队为主，而军队又以装甲部队为中心，所以特别要注重争取装甲部队”的方针，计划3月9日晚起义，袭击军营。但当十几人按计划到达聚集点之时，又临阵退缩，害怕寡不敌众而停止行动。此后他们秘密与台北方面的廖启川取得联系，积蓄力量，同时行动。1961年9月，台湾警方在全岛范围内突然出动，逮捕苏启东等嫌疑犯300多人。1963年做出判决：苏启东、张茂钟、詹益仁等被判无期徒刑，其他涉嫌人员被判2—15年不等徒刑。此案受刑人数达50人。
“高雄军校学生台独运动案”：1962年，高雄炮兵学校候补军官第十三期学生施明德、陈三兴等，串联陆军军官学生蔡财源、吴炳坤和台湾大学法律系学生黄自得等，秘密组织“台湾独立联盟”，以“推翻国民党，建立台湾民主共和国”为宗旨，并分别在台中、高雄等地区发展力量，联络人员达200多人。1962年7月，台湾“警备司令总部”以“叛乱罪”逮捕施明德等骨干成员30余人。施明德、陈三兴被判无期徒刑，蔡财源等各被判半年至12年有期徒刑。
“同心社事件”：侨居印尼经商的台湾屏东人陈志雄在日本加人廖文毅领导的“台湾民主独立党”后，被任命为该组织驻东南亚巡回特使。1962年6月，陈涉嫌台独活动被捕，不久因证据不足而释放回屏东。在屏东，陈与戴村德、萧坤旺等密谋成立台独组织。1962年底，陈志雄写给戴村德等人的信件被国民党特务截获。信中透露，美国将更换驻台“大使”，台独有望，并要组织“同心社”，为“推翻腐败的国民党而斗争。”陈志雄等人被捕。1963年10月，陈以“阴谋颠覆政府”罪判处死刑，戴村德、萧坤旺各判6年有期徒刑。
“台湾民主共和国革命案”：1964年4月，台北吴明丸和基隆杨国太等人在金门劫取蒋军枪支弹药，准备起义，建立所谓的“台湾民主共和国”。经人告密，相关人员被捕。吴明丸、杨国太被判死刑，同案60余人处不等的惩罚。
“台湾人民自救宣言案”：1964年9月20日，台大法律系教授、原被捧为“十大杰出青年”之一的彭明敏，联合他的学生、《今日中国》编辑谢聪敏，“中央研究院”助理研究员魏廷朝等人起草了《台湾自救宣言》，该宣言约2800字，开宗明义即断言：
一个中国，一个台湾早已是铁一般的事实！……蒋政权只靠美国第七舰队苟延残喘，我们绝对不要被“反攻大陆”这一厢情愿的神话蒙住眼睛，走向毁灭的路上去。第七舰队一旦撤退，蒋政权在数小时内就会崩溃。“反攻大陆”云云，只是蒋介石用来维持非法政权和压榨我们的口实罢了。……十余年来，台湾实际上已成为一个国家。……我们的目标是：（1）确认“反攻大陆”为绝不可能，推翻蒋政权，团结一千二百万人的力量，不分省籍，竭诚合作，建设新的国家，成立新的政府。（2）重新制定宪法，保、障基本人权，成立国会，成立向国会负责且具有效能的政府，实行真正的民主政治。（3）以自由世界的一分子重新加入联合国，与所有爱好和平的国家建立邦交，共同为世界和平而努力。
宣言写好后还没来得及散发，1964年10月，台湾“警备司令总部”宣布彭、谢、魏三人被捕，1965年3月，台军事法庭判决谢聪敏10年有期徒刑，彭明敏和魏廷朝8年有期徒刑。不久在国际各种势力的压力下，彭获“特赦”，其余二人刑期减半。
“林水泉、颜尹谟事件”：台北市议员林水泉受日本的台独分子辜宽敏的指使，在台搜集情报、分发宣传品，并秘密联络颜尹漠、吕国民、张明彰等人秘密筹设“台湾独立联合战线行动委员会”。1966年3月，颜尹漠、吕国民等人以该委员会名义，散发“建立台湾共和国”、“台湾独立斗争决战书”、“三不三唯宣言”等台独文件，并多次集会，组织“全国青年团结促进会”，张明彰、陈光英等被选为“中央常委”，而陈光英实为调查局的内探。1966年底后，该组织与日本台独分子往来密切，并计划在台湾炸水库、桥梁、油厂及暗杀国民党上层要人。台警方对此了如指掌。1967年8月20日，台湾情治单位突然下手，逮捕了林水泉等247人。1970年8月做出判决：林水泉、颜尹谟、吕国民等处于15年有期徒刑，张明彰等人被判2—10年不等徒刑。
“台湾大众幸福党事件”：1965年9月，宜兰县陈泉福、黄英武、林树枞等人组成“台湾大众幸福党”。因与林水泉、颜尹谟案有牵连，1967年该组织成员全部被捕，分别处以2—12年不等徒刑。
“纽约刺蒋未遂案”：1970年4月，台湾“行政院副院长”蒋经国访美。4月24日，在纽约布拉萨酒店门前，“台独联盟”成员郑自才、黄文雄乘蒋出席宴会之际，图谋行刺。在蒋经国下车进入酒店正门之时，黄、郑二人从正门两侧的大理石石柱后迅速闪出，黄文雄刚拔枪欲射，美国警探眼疾手快，将其手腕托起，子弹向空中射出。黄文雄未及射第二枪即被打倒在地。与此同时，刚有动作的郑自才也被警卫制服。此案发生后，“台独联盟”宣称黄文雄、郑自才的所作所为是“台湾民族英雄的除暴义举。”当有记者问蒋经国有何感想时，蒋经国说：“这些怀有异见的人，他们如果有什么不同意见，可以向我陈述，我一定接见。至于这两个被拘捕的无知青年，我希望美国将他们释放。”
对于发生在美国的台独分子行刺事件，根据国际法惯例，台湾当局没有权利直接审判。事后，黄文雄、郑自才分别被保释出狱。
“美国在台机构被炸案”：1970年10月12日，台南市美国新闻处被炸，次年2月5日，台北市美国花旗银行被炸。涉嫌此案的台独分子20多人被捕，谢聪敏、魏廷朝因出狱后再次作案，分别被判15年、12年徒刑，其余人员各有惩处。著名作家李敖被诬指为“台独联盟”成员被判10年。
“台湾独立革命军事件”：移居巴西的台湾人温连章参加日本“台湾独立革命军”，1971年10月，他返回台湾，陆续吸收姜启我、林国祥、张世明等人参加组织，准备进行恐怖活动。1972年3月，温连章及其同伙试制炸弹成功，这时，张世明告密，温连章等人被捕，分别处以5—12年有期徒刑。
“郑评事件”：台湾面包店业主郑评在日本参加“基督教反共联合会”并加入台独组织。回台后，他吸收游进龙等13人参加台独组织，并准备进行暗杀、攻占军事据点等活动。1973年10月，因人告密，郑评等人被捕。台军事法庭判郑评为死刑，其余也严加惩处。
总之，自50年代中期以后，台独在岛内活动就日趋频繁和猖獗。台独分子虽多系乌合之众，斗争也没有明确的目标和统一的组织领导，但在美、日等海外势力的支持下，他们谋求“台湾独立”、反抗蒋介石白色恐怖的呼声日益增高。一些“台独老斗士”屡捕屡释，屡释屡捕，其“斗争业绩”数不胜数。蒋介石在台主政时期，不管他是不愿看到中国分裂也好，还是妄想“反共复国”也好，他始终对台独采取打击策略，台独在台湾也始终没有取得任何公开的生存机会。
