1963年，中国人民大学老校长吴玉章急请总理给他派一得力助手，中央经慎重研究，决定让郭影秋任人民大学党委书记、副校长。1963年5月，郭影秋只身来到中国人民大学，拿着组织介绍信和党的关系到党委办公室报到。
郭影秋到校后，亲自找受过错误批判的同志促膝谈心，消除他们的怨气，勉励他们大胆地工作。他也找错误地批判过别人的同志总结经验教训，鼓励他们主动去做解疙瘩、讲团结的工作。
由于郭影秋对中国人民大学的情况掌握得清、矛盾抓得准，身体力行，到校后半年工夫就驾驭了局面，为中国人民大学的发展进步奠定了思想基础和组织基础。为了争得这种工作局面，郭影秋不知付出了多少心血！正如他的一首自题诗所吟：“半截林园道，遑遑夜未休，归来儿睡足，当户数牵牛”。
郭影秋懂得教育工作规律，明确学校的中心任务是教学。他在到职后头一次参加的开学典礼上就指出：“学校的中心工作是继续贯彻党和政府关于高等教育的方针政策，把一切工作都转到以教学为中心的轨道上来，进一步提高教学质量。”他亲自兼任教务部主任，要求各专业、各学科根据学校的发展方向制订或修订教学计划，强调要加强基础知识、基本理论和基本技能的训练。他认为基础课学得好不好，不只关系到专业课能否学好的问题，而且还关系到学生毕业以后在业务上能否继续前进的问题，关系到今后若干年内科学、学术领域继续前进的问题，关系到攀登科学高峰的问题。因此，他不拘泥于本科学生前三年学完专业基础课的传统做法，要求专业基础课学得不好、不扎实的，要在今后两年补补课，务必把专业基础课学得深一些、厚一些，知识面宽一些，掌握得牢固一些。
郭影秋虽然强调要加强专业基础课，但他又指出必须从学生的学习时间和接受能力等实际出发，不要使学生的学习负担过重，要贯彻少而精的原则。他说，少而精关键不在于少，而在于精，不是教学内容简单的削减，而是精湛得少。这样才有助于学生独立思考，才有助于学生生动活泼地学习，才能真正做到专业基础打得扎实，提高教学质量。要做到少而精，主要靠教师，只有教师水平提高了，才能做到去粗取精、深入浅出。
郭影秋在抓教学的同时，也十分重视科学研究工作。人大清史研究所就是郭影秋根据周恩来和董必武生前的愿望亲自领导筹建起来的。为了筹建这个所，郭影秋倾注了自己大量的心血。他亲自兼任该所的前身——清史研究小组组长，确定研究方向，制订研究规划，参加学术讨论，评价研究成果。在中国人民大学被撤销时，为了保存这批研究力量，郭影秋费尽唇舌说服上级领导机关把中国历史教研室改为清史研究小组，把学校相近专业的教师吸收进来，然后附设在北京师范大学。这样，一批具有相当专业基础和研究能力的人才便完整地保留下来了。
郭影秋虚怀若谷、礼贤下士，他刚到中国人民大学就登门拜访了30位学有专长的教授，虚心听取他们对办学的意见。一些教授们回忆说：“郭影秋在听取意见时，总是细心听、认真记，并且也谈他自己的看法，互相交流思想，就像同老朋友谈心一样。”他还参加过他召开的青年教师座谈会，经常和蔼可亲地向与会者问长问短，了解他们的工作和学习中的困难和要求，并语重心长地向他们提出勉励和期望，使大家受到激励和鼓舞，增强了信心和力量。那个时期，他深入到学校的各个部门，他的身影不时出现在课堂中、操场上与伙房里。他还重点到矛盾突出的老大难单位，逐一进行对话，找出形成矛盾的症结，鼓励大家要团结一致向前看。
郭影秋十分关心知识分子，总是在自己力所能及的范围内给予其保护。例如，有的上级权威人士在会议上点名批评某位教师，郭影秋听到后，首先做的事是了解真实情况。当他发现与事实不符时就勇于向上级反映事实真相，对受到不公正批评者热情相待。
由于郭影秋坚持党对知识分子政策的优良传统，深入调查研究，贯彻执行党的正确教育方针，及时调整学校机构和领导班子，所以全校的教学、科研与行政后勤工作很快有了大的推进和提高。到1966年，整个学校的面貌焕然一新，中国人民大学呈现出一派生机勃勃、欣欣向荣的大好局面。郭影秋也被人们称颂为德才兼备的好校长，受到全校师生员工的尊敬和爱戴。
1966年5月，中央决定调他去北京市委任文教书记，他又一次请求中央免调，并向当时的中组部副部长赵汉申明了三条理由。其中他指出，自己的人生理想和追求目标是愿做一个大学的好校长。“我是个教书匠，我也乐意当教书匠，而不想当官”。他说，是革命形势与党的工作需要，长期将自己推到党、政、军的领导工作岗位。他在一首诗中写道“学剑不成书误了，脱胎未净神难肖”，由此可以看出他的心迹。但他这次的免调请求最终未被批准。这样，他便在邓拓被撤职后接替了邓拓过去的工作。
郭影秋虽然离开了人大，但他始终对其充满了感情。文革中，中国人民大学陷入停办状态，他万分焦急。1976年后，他开始为恢复中国人民大学而日夜操劳。他向有关方面正式表示了自己的意见，他认为，中国人民大学的师资力量、图书资料基础较好，聚集不易，散掉可惜。几亿人口的国家，三百多所高等学校是远远不够的。社会主义教育事业的发展，需要一个培养政治理论师资的高等学校。
当中国人民大学被撤销、教师都重新分配工作时，他高瞻远瞩地提出了按建制集中分配到几所大学去的办法，以保存这批力量，这为日后迅速恢复中国人民大学奠定了可靠的基础。1977年春，他强忍着沉重的病痛召集一部分原中国人民大学的教师、干部座谈了复校问题，会后将大家的意见整理成报告，委托吴玉章生前的秘书王宗伯设法送给邓小平。1977年12月18日，教育部部长李琦在全国招生工作座谈会上说：“中国人民大学肯定要恢复，但工作不能等，复校前可以先招研究生。”与会的原人民大学教务部主任胡林昀专程到医院向郭影秋汇报了这个好消息。郭影秋万分喜悦，即委托胡林昀尽快把中国人民大学原负责人召集起来通报这一情况，商议落实研究生的招收工作，并要求趁热打铁，抓紧进行复校的各项准备工作。
1978年3月24日，教育部刘西尧部长特意去积水潭医院，向郭影秋传达了邓小平关于恢复人大的指示。次日一早，郭影秋把胡林昀、李思宇（原人大党委办公室主任）召集到医院，向他们传达了邓小平的指示并提出了复校的一系列具体意见，由胡林昀整理成文，第二天上报教育部。1978年7月7日，中共中央批准下达了国务院关于恢复中国人民大学的文件，并任命成仿吾为中国人民大学党委书记。
郭影秋热爱党和人民的教育事业、热爱中国人民大学，为完成中央交给的复办中国人民大学的任务，他架着双拐，来回奔走，同有关单位负责人联系人员、校舍、物资回归问题，亲自主持各种会议，周密细致地安排各项工作。
他带着伤痛，为让二炮让出校址而亲自到处奔走呼吁。后经中央军委作出决定，二炮机关逐步撤出了人大校址，人大得以逐步恢复正常的教学、科研活动。经常情况下，每次开会他都同大家一样连坐三四个钟头，开完会回到医院像得了一场大病似的，不能吃、不能喝。很多同志建议把有些会议挪到医院病房举行，他坚决不同意，宁愿自己多承受疼痛艰辛，也不愿丝毫影响工作，这就是他的信条。正是在这种精神的鼓舞下，全校教工和干部克服重重困难，仅用了几个月的时间，就正式招生、开学上课。随后招生人数逐年增加，教学和生活条件逐年改善，教学质量也逐年提高，为国家培养出了一批批有用之才。
复校只几年时间，人大就远远超过了8年前的规模和水平。人们看到学校今天的发展，很自然地联想到郭影秋为中国人民大学的恢复和振兴所作出的特殊贡献，很自然地联想到他在1978年7月26日复校大会上对全校师生员工的勉励：“时间是宝贵的。我们从现在起步到本世纪末的时间大约是7亿秒。7亿秒是一个很长很长的天文数字。如果我们能一秒秒地思考问题，一秒秒地处理工作，一秒秒地培养青年……就是说，争分夺秒地大干快上，我们会在1年、3年、8年、12年之内，飞跃前进，多出成果，多出人才。”
