海顿于1772年创作的《弦乐四重奏》可能是莫扎特在接下来的两年里创作同类作品的模板。1781年，海顿在维也纳出版了6首全新的四重奏（作品33）。这很可能激发莫扎特的灵感创作自己的一套6首四重奏。最后一首，《C大调，KV465》完成于1785年。1785年2月，莫扎特邀请自己的父亲莱奥波特和海顿，以及其他一些宾客来到位于维也纳的家中，演奏了三首最新的四重奏。沃尔夫冈·莫扎特演奏中提琴，海顿演奏第一小提琴。卡尔·迪特斯·冯·迪特斯朵夫可能演奏第二小提琴，而大提琴可能是约翰·巴普蒂斯特·万哈尔演奏。在这个历史性的夜晚，海顿这么对莱奥波特说：“我在上帝面前以一个诚实人的名誉发誓，你的儿子是我所知所见的最伟大的作曲家。他很有品味，而且更重要的是，他技艺精湛。”沃尔夫冈把这些弦乐四重奏题献给海顿，并附带这些话：“我把这些作品送走，就像一个父亲把自己的孩子们送进这个险恶的世界。但幸好接受他们的是当今最伟大的人，也是我最好的朋友。”莫扎特写信给海顿说：“尊贵而亲爱的朋友，我按照习俗将这6个孩子送给您。他们是我长时间辛勤耕耘的硕果，但朋友们给我的希望使我相信这样的劳动一定会获得回报。这些鼓励和恭维让我相信这些孩子终将让我感到欣慰。”
这些四重奏于1785年由维也纳的阿塔利亚公司出版。
1785年2月，莫扎特介绍海顿加入共济会。海顿对共济会的兴趣更多地停留在社交活动上，他的天主教信仰经常和共济会的行为相互抵触。1787年，他退出了共济会。
正如前面所说，海顿认为《阿尔米达》是自己最好的作品。但当他听了莫扎特的几部歌剧以后，才发现自己在歌剧方面的造诣还差得很远，于是不再有写作歌剧的想法。有一次，在《唐·乔望尼》的演出之后（1788年5月7日），他表示，莫扎特是有史以来最伟大的作曲家。1787年，海顿接到布拉格的委约，写作一部新的歌剧。他回答说，自己的歌剧都是为埃斯特哈查创作的，而他的朋友莫扎特能创作更好的歌剧。莫扎特邀请海顿参加在维也纳的《女人心》最后彩排（1790年1月26日）。每天早晨，人们都能看到这两位作曲家肩并肩走向剧院。
1791年，海顿告诉莫扎特说，自己想出访伦敦。莫扎特说：“老爸，这恐怕会是我们最后的永别。”也许莫扎特已经意识到自己的死期将至。同一时期，洛伦佐·达·蓬特（《费加罗的婚礼》、《唐·乔望尼》和《女人心》的脚本作家）也正准备访问英格兰。1790年，这位作家与一个英国女人结婚，由于财政问题仓促离开维也纳。他要求莫扎特跟自己一起走，但莫扎特拒绝了，因为他的妻子康士坦茨正在生病。
1791年12月5日，莫扎特去世。海顿得知这一消息时正在伦敦。一开始，他不相信。直到1792年1月，他确认这消息的真实性之后，感到大为震惊。整整一年中，只要提到莫扎特，他就热泪盈眶。海顿在伦敦布罗德里音乐书店对查尔斯·伯尼博士说：“很多人都说我有才华，但莫扎特远在我之上。”
胡普纳为海顿作的画像
1791年1月2日，海顿和萨洛蒙抵达伦敦。头一晚他们干脆住在出版商约翰·布兰德的家里。海顿对伦敦街头的人口密度和交通繁忙印象深刻。他被邀请前往伦敦上流社会，受到奥地利和那不勒斯大使的接见。当时，他还不懂英语，只参加一些课程。萨洛蒙和一位年轻的作曲家阿达尔贝·基洛维茨成了他的翻译。在那里，海顿见到了在维也纳时就有所耳闻的作曲家克雷蒙蒂、斯托雷斯和杜塞克等。
1月19日，海顿应邀参加为庆祝女皇生日而开的皇家舞会。会见了威尔士亲王，也就是后来的国王乔治四世。第二天，他来到卡尔顿王室，并参加了亲王的住地时一个音乐会。从此他就成了卡尔顿王室的常客。
海顿在伦敦的时候，当地音乐氛围十分红火。1710年，古乐学院刚刚成立。当时一共有65位演奏员和歌手，第一小提琴是萨洛蒙。专业音乐会的竞争也十分激烈，很多乐团与合唱团都在伦敦演出。
1791年3月11日，海顿参加了在汉诺威广场的音乐会。这是他第一次在英国公众面前亮相，简直就是一次“伟大的开端”。海顿在音乐会上献出了自己的《D大调第96交响曲》，标题是“奇迹”。当时，热情的观众蜂拥至台前，要同作曲家握手。这时，一只吊灯突然坠落，砸在刚才还坐满观众的坐席上。由于观众都已涌向台前，所以没有人员伤亡，这部交响曲因此得名。这部交响曲的成功击碎了关于海顿年事已高无力创作优秀作品的传言。当晚，海顿坐在羽管键琴前指挥，萨洛蒙担任首席。演出使用的乐队比埃斯特哈奇管弦乐团大出两倍。
海顿对英国人的演奏方式十分满意，而英国人则热爱海顿的音乐。对伦敦的访问大大刺激了海顿的创造激情。在那里，没有像在埃斯特哈查所遇到的种种限制。他充满自信，由此创作出最优美动听的交响曲。
有人邀请海顿写作歌剧，他选择了《奥菲欧，一个哲学家的故事》作为蓝本。但完成的作品却不能上演，完全由于当地的意大利歌剧协会从中作梗。这个协会的背后有国王撑腰，对伦敦当地的歌剧演出市场有巨大的影响力。不过，海顿还是获得了丰厚的报酬。
1791年5月，为纪念伟大的乔治·弗雷德里克·亨德尔而在威斯敏斯特大教堂举行亨德尔音乐节。演出阵容庞大，歌手与乐手总和超过1000人（这可能也是英国演出大规模亨德尔清唱剧传统的开端）。海顿自然也出席了这次音乐节，深受感触。他从未听到过这样的音乐，也恐怕从来不曾耳闻亨德尔美妙的清唱剧。《弥赛亚》的演出过后，他说：“亨德尔是我们中最伟大的大师。”结果，海顿自己也跃跃欲试，想要谱写清唱剧。
1791年7月8日，海顿被牛津大学音乐艺术学院授予荣誉博士学位。这是由他的朋友，音乐家查尔斯·伯尼博士提名的。海顿将原先为巴黎写作的《G大调第92交响曲》题献给这次事件。他还创作了一首三声部卡农《和谐的声音如此神圣》用以证明自己当之无愧。惟一令他感到遗憾的就是参加这个仪式所需的开销。海顿向来勤俭节约，但这次，他不得不花一个半几尼敲一下铃、半个几尼租一身袍子还有6个几尼作路费。尽管如此，他还是非常自豪：“如果我在维也纳的朋友都能看见就好了。”（显然，电视直播出现得太晚了。）
1791年8月，他呆在伦敦银行家布雷西在赫福谢尔郡的山庄里，距离伦敦12英里。在那里，他创作了《d小调第93交响曲》和《G大调第94交响曲》。后者在英国被称为“惊愕”，而欧洲大陆则称之为“定音鼓”交响曲，因为第二乐章中有一声没有任何预兆的突强和弦。
11月5日，海顿被邀请参加伦敦市长的晚宴，11月25日起他在奥特兰隐居了一段时日。这里是杜克公爵的别墅，公爵的妻子弗雷德里克（普鲁士弗雷德里克·威廉二世的女儿）是海顿的狂热追随者。威尔士亲王也常常来参加这里的家庭音乐会，亲自演奏大提琴。他命令约翰·胡普纳为海顿画一张画像。一开始，海顿有些不自然，表情十分阴沉。于是，画师叫来一个德国女佣人陪海顿聊天，说着说着，海顿渐渐高兴起来。结果海顿对这张画像十分满意，原作至今保留在白金汉宫，而这也成了海顿的标准画像。
就是在这个时候，海顿得知了莫扎特的死讯。
海顿很受伦敦上流社会的欢迎，女士们对他都很着迷。他愉快的个性和彬彬有礼的态度为他赢得了许多人的友谊。他同其中很多女士的关系都很亲近，特别是一位音乐家的寡妇吕蓓卡·什罗特。海顿对一个朋友说，如果自己还单身的话一定会考虑娶她为妻。她写了很多情书给海顿，海顿也将这些书信抄录进自己的日记。其他与海顿通信的还有路易佳·波尔采丽和玛丽安娜·冯·简钦格。
英国舞台监督之间的明争暗斗让海顿十分困扰。专业剧院的组织方公开宣称，海顿太老了，已经无力创作优秀的作品，从而转向曾跟随海顿学习的普雷耶尔，后者在当时是个前途无量的作曲家（海顿的追随者和普雷耶尔的追随者之间的互相叫骂足以同50年后瓦格纳与勃拉姆斯阵营对垒的局面相提并论）。尽管如此，海顿和普雷耶尔之间的感情依旧很好，经常会面，一同出席音乐会。1792年2月13日，普雷耶尔的一次公开音乐会上，海顿就是最重要的嘉宾之一。普雷耶尔演奏了海顿、莫扎特和自己的交响曲。他们两个都需要为音乐会写作大量的作品。总体来说，海顿是个慢工出细活的音乐家，在创作速度上有点跟不上趟。但每场音乐会都很成功，听众与评论家都十分满意。
演出季末，海顿终于因为过度劳累而病倒。1792年夏天，在伦敦的第二个演出季结束以后，海顿决定四处观光放松身心。他参观了温莎的圣乔治礼拜堂，6月4日看了阿斯科特的赛马。6月15日，他前往斯劳，与德国作曲家、天文学家威廉·赫歇尔会面，后者在1781年发现了天王星。在那里，海顿使用天文望远镜观看星空。
访问英国期间，海顿用了整整4本笔记本记录日常事宜。目前只有三本得以保存。其中两本记录了1791-1792年的第一次出访，保存在奥地利国家图书馆。另一本则记录了1794-1795年的第二次出访。这两次旅行都是海顿一生中很重要的经历。
1792年夏末，海顿觉得自己该回奥地利了。他听说安东大公希望自己早日回去，并且理应去料理一下维也纳的事物。正如两年前依依不舍离开奥地利时一样，这次，海顿对英国流连忘返。在这里他交了太多朋友。
在回奥地利的途中，他顺便在德国波恩作了短暂停留。21岁的路德维希·梵·贝多芬进入了他的视野。贝多芬刚刚完成《葬礼康塔塔》，海顿对他印象深刻，并教了他几课作曲技巧。
海顿于7月底回到维也纳。
《创世记》之亚当创造
海顿悄无声息地回到维也纳。没有庆祝他归来的音乐会，报纸上也只字未提。这与他在伦敦的境遇完全相左，令他十分无趣。
1793年8月，海顿在维也纳买下了一栋房子（今天的海顿大街19号）。
1793年，海顿听闻玛丽安娜·冯·简钦格去世了，时年38岁。她的死对海顿来说是一次巨大的震动，因为如今他失去了最后一个可以倾心长谈的红颜知己。他已孑然一身。
1792年，路德维希·范·贝多芬来到了维也纳，跟随海顿开始学习作曲。这两人实在太不相同了，因此也不可能产生海顿与莫扎特之间发生过的亲密友谊。海顿年满60岁，贝多芬才只有22岁。1793年，海顿把贝多芬带到艾森施塔特，并且还考虑带他一同前往英国。不过，海顿一定是发现这年轻人不会是个很好的旅伴，因而打消了这个念头。有一次，海顿对他说：“我觉得，你好像有许多不同的头脑、不同的心性和不同的灵魂。”贝多芬一心想学对位法，但海顿并不喜欢这种学院式的练习。因而，贝多芬私底下跟随另一个作曲家兼音乐教师约翰·申克上对位课。几年后，海顿发现了，但依旧对贝多芬十分友善。1793年11月，海顿请求波恩的统治者提高贝多芬的津贴，让他得以继续留在维也纳。在信中，他说：“总有一天，贝多芬会成为全欧洲最伟大的作曲家，我以身为他的导师而感到自豪。”大公没有答应，贝多芬误以为海顿出于嫉妒在信中批评了自己的作品。等贝多芬渐渐成熟起来，他才开始明白海顿的为人。1808年，贝多芬出席了海顿的清唱剧《创世记》的首演，这也是海顿这位老作曲家最后一次公开露面。
怀特岛上的卡利斯布鲁克城堡
1793年夏天，海顿为自己的第二次伦敦之行详细进行了谋划。相比伦敦，维也纳能带给他的实在太少了。经过不少艰难的磋商，海顿终于获得大公的允许。1794年1月19日，海顿带着抄写员约翰·艾斯勒一同出发了。2月4日，两人到达了伦敦。2月10日，海顿就不得不准备举办音乐会。这次他又受到热烈的欢迎。为第一次音乐会创作的三部交响曲是《降E大调第99交响曲》、《G大调第100交响曲“军队”》和《D大调第101交响曲“时钟”》。
