高允，字伯恭，自幼就是孤儿，因此有些早熟，有着非凡的气度，清河人崔玄伯见他后极为惊异，赞叹说：“高子内心德行高尚美好，神情文雅明朗，如镜子外照一般，将来必能成大器，而为一代人杰。只可惜我不能亲眼看到了。”在高允十几岁时，祖父去世，他为奔丧回到家乡，把家产交给两个兄弟管理，自己出家作了僧徒，释名法净。不久又还俗。高允生性喜爱文史典籍，身背书籍，不远千里拜师求学。他知识广博，对历史和儒家的经典，以及天文、历法、占卜等学问都很精通，尤其喜爱《春秋公羊传》一书。曾被郡守征聘为功曹。
北魏神阁三年，世祖太武帝的舅舅阳平王杜超临时代行征南大将军，镇守邺城，任高允为从事中郎。这时他已四十多岁了。当时正值春天，但很多州郡中的囚徒还不能处置，杜超于是命高允与中郎吕熙等人分别前往这些州郡，评议刑罚事务。吕熙等人贪污受贿，尽皆获罪，只有高允一人为官清廉，获得了奖赏。卸官后他回到家乡，以教书为生，学生有千余人。神阁四年，高允与卢玄等人一起被朝廷征聘，封为中书博士。后来升任为侍郎，与太原人张伟一起以侍郎兼领卫大将军及乐安王拓跋范的从事巾郎。世祖太武帝的弟弟拓跋范，备受宠爱，他在陇西镇守长安时，曾得到高允多方面的扶正和帮助，大受裨益。深得秦地人民的拥戴。不久，高允被征召回朝。高允曾作过一首《寒上翁诗》，诗中饱含辛酸苦辣，抒发了他以往得意与失落之情。骠骑大将军，乐平王拓跋丕西征上邽时，高允又以侍郎的身份参议拓跋丕军中的作战事务。有关的事迹收在《乐平王丕传》中。魏军平定凉州后，高允因参议谋划有功，被赐汶阳子的爵位，兼领建武将军。
此后，魏帝颁诏令高允与司徒崔浩共同著述国史，写成《国记》，兼任著作郎。当时，崔浩召集了很多通晓天文历法的人，考证校定自汉代建国以来日食月食和金木水火土五星的运动行度。并检查旧史中的失谬，另外制定了魏国的历法，然后拿给高允看。高允说：“天文历法不能作毫无证据的空谈，要想将距今很远时代的天象推算准确，必须首先检验对距今较近的时代的天象的推算结果。况且汉代元年仲冬十月，金、木、水、火、土五星汇聚在东井宿的说法，实际是对历法的浅薄不识之论。今天我们讥笑汉代的史官，却察觉这种说法的错误，恐怕将来我们的后人会像我们现在讥笑古人一样地讥笑我们了。”崔浩说：“你所说的谬误指的是什么？”高允道：“考查《星传》，金、水二星常常在距太阳很近的地方运行。仲冬十月的凌晨，太阳运行到尾宿和箕宿附近，黄昏时从西南方落下，而东井宿此时正从东北方升起。有什么理由说金、水二星会跑到正对着太阳的最远的地方运行呢？这是因为史官想神化，所以不再依据天象运动的规律来推算的结果。”崔浩说：“想要改变天象并没什么不可以，您难道不怀疑木、火、土三星能汇聚在一起吗？为什么只对金、水二星的往来运行感到奇怪呢？”高允道：“这些事不可以作没有根据的争论，最好还是深入地研究一下为好。”当时在座的人都感到奇怪，只有东宫少傅游雅说：“高君擅长历法，他的说法应当是有根据的。”过了一年多，崔浩对高允说：“过去我们争论的问题，我并没有认真的思考，后来经过进一步的考证研究，确实像你说的一样，五星应提前三个月汇聚在东井宿，而不是在十月。”他又对游雅说：“高允的学问如此精深。我却不知道。就像钟阳元不知魏舒的箭法高明一样。”于是大家对高允的才识尽皆臣服。高允虽然精通历法，但最初并不做推算，而且对于自己的这种谨慎做法很有说辞。只是游雅屡次向他请教有关灾害和奇异天象的问题。高允说：“古人说过，真正了解一件事并不容易。已经了解了又怕了解得不全面，因此还不如不了解。天下玄妙的道理极多，怎么能问这些事呢。”游雅不再提问。
不久，高允在作本官的同时兼作了秦王拓跋翰的老师。其后，世祖让他教授恭宗学习儒家经典，受到了很高的礼遇。同时又令高允与侍郎公孙质、李虚、胡方回共同议定法令条文。世祖推荐高允参与讨论刑罚和治国之策，他的见解非常符合世祖的主张。于是世祖向他征询道：“国家政务繁多，应最先处理什么事呢？”当时全国的土地多遭封禁，而且京城中不靠务农而吃饭的人非常多。因此高允说：“臣自幼穷苦，只懂得种地，请允许我谈论农业的事情吧。古人说：一平方里的土地可开垦良田三顷七十亩，一百平方里的土地则可开垦良田三万七千顷。如果辛勤地耕耘，每亩就可以增产三斗粟米，如果懒惰则会减少三斗。这样一来，一百平方里的良田。增产或减产粟米的总数就可以达到二百二十二万斛，况且天下的良田如此广大，增产或减少的粟米又该有多少呢？如果官府和农户都有积蓄的粮食，那么即使遇上饥荒的年景，又有什么可担忧的呢？”世祖认为这个想法非常好。于是解除对土地的封禁，把良田都授给了农民。
曾经，崔浩举荐提拔了冀、定、相、幽、并五州的数十人，初次为官就当了郡守。恭宗对崔浩说：“在他们之前已经征聘了很多人，也是从各个州郡中选拔的。这些人在职的时间长，勤勤恳恳地工作，但未能得到任何报答。现在可以先把过去征聘的人补充到其他郡县任职，然后以新征聘的人代行郎吏一级的官职。而且郡守县令要管理民众，所以最好任用那些经历丰富的人。”崔浩与太子恭宗争辩，并派遣了他自己选拔的那些人。高允听说此事后，对东宫博士管恬说：“崔公不能幸免了！如果他非要以他的这种错误做法来和殿下较量，并要争个胜负，怎么还能平安度日呢？”
辽东公翟黑子深受世祖的恩宠，他奉公出使并州时，竟收受上千匹布的贿赂，事情很快败露。于是黑子来向高允请教对策，他说：“如果圣上向我问及此事，我是自首伏罪呢，还是避而不答？”高允道：“公是朝廷中的宠臣，回答圣上的提问时最好说实话。并且要告诉圣上你对朝廷的忠诚，这样你的罪就不会太大了。”而中书侍郎崔览和公孙质等人却不这样认为，他们都说，一旦自首从实招认，获罪大小实在无法测度，因此最好是回避不说。黑子认为崔览等人更关心自己，反而愤怒地对高允说：“按您说的去做，简直就是引诱我去送死，如果真是这样，为什么不直说呢！”于是就这样与高允绝交了。后来，黑子在回复世祖的提问时没能说实话，终于被世祖疏远，最后获罪而遭杀戳。
当时，著作令闵湛和郄摽寸因性格奸佞，巧言奉迎，深为崔浩所信任。他们看到崔浩注的《诗经》、《论语》、《尚书》和《易经》后，立即上书魏帝，声称马融、郑玄、王肃和贾逮等人。虽然都注释讲述过《六经》，但都存在疏漏和错误，不如崔浩的注解精辟。建议广泛搜集国内的各种书籍，藏入官府。然后颁行崔浩对儒家经典的注解，让天下人学习。并请求魏帝降旨，让崔浩注解《礼传》，使后人能够了解正确的经义。崔浩也上表推荐闵湛，称他有著述才能。而后，闵湛又劝崔浩把他所撰写的国史刊刻上石，以便流传万世，他的目的是想使崔浩撰写国史时秉笔直书。对拓跋部的事迹记录得既详备又不雅观的情况得到更充分的表现。高允听说此事后，对著作郎宗钦说：“闵湛所做的一切，分寸之间，恐怕就会导致崔家遭受百年不遇的大难。我的门徒中可没有这种人。”不久，大祸降临了。
当初，崔浩被拘捕后。高允则在中书省内值班。恭宗派东宫侍郎吴延去叫高允，并把他留在宫内暂住一夜。第二天，恭宗要入朝拜见世祖，让高允同往。走到宫门前，恭宗对高允说：“入朝后当见到圣上的时候，我自然会引导你的。倘若圣上有事问你，你只管依着我的话说。”高允问恭宗；“为了什么这样做呢？”恭宗说：“进去自然就知道了。”入朝后见到了魏帝，恭宗说：“中书侍郎高允自在臣的宫中以来，已共同相处了多年，他做事小心谨慎而且周密，臣非常了解他。虽然他与崔浩同做一事，然而高允低微，都是听从崔浩的主张。请饶恕他的性命吧。”世祖把高允叫到面前，对他说：“《国书》是否都是由崔浩撰写的呢？”高允答道：“《太祖记》是前著作郎邓渊所撰。《先帝记》和《今记》是臣与崔浩共同撰写的。然而崔浩多做综合的工作，只是统筹裁定而已。至于史中注解疏证的部分，臣做的比崔浩多。”世祖听后勃然大怒，说道：“这个罪比崔浩还重，怎么能留他活路！”恭宗急忙说：“高允是小臣，见到圣上威严庄重的样子，就语无论次了。臣曾经详细地问过高允，他每次都说是崔浩写的。”世祖问高允：“果然如太子所说的吗？”高允答道：“臣才质平庸，著述写作时谬误百出，冒犯了天威，此罪理应灭族，如今臣已甘愿受死，所以不敢不说实话。殿下因为臣长期为他讲习授课。所以可怜臣，为臣祈求活命。其实他并没有问过臣，臣也没有说过那些话。臣回答圣上的都是实话，不敢心神无主。”世祖对恭宗说道：“正直啊！对一个人来说，这已经是很难做到的了，而且能够至死不移，不就更难了吗！而且他说之话都是实话，真是忠臣啊。就为他的这些话，我宁愿不追究他的罪，最好还是宽恕了他吧。”高允终于被赦免了。世祖于是把崔浩叫到面前，让人诘问他。崔浩非常惶恐，不能答对。而高允却对每件事情都能郑重说明，有条有理。所以当时世祖更加生气了，命高允撰写诏书，自崔浩以下，僮仆及小吏以上，共一百二十八人，均夷灭五族。高允迟疑着没有动笔，世祖则频频下令急切地催促。高允祈求再次拜见圣上，然后再动笔撰写诏书，于是世祖把他叫到跟前，高允说道：“崔浩所犯的罪，如果还有除著述国史之外的其他什么原因的话，那不是臣胆敢知道的。倘若只因国史一事，那么，秉笔直书，坦率写作虽然对朝廷有所触犯，但也还不至于处死呀。”世祖勃然大怒，命武士将高允拘捕起来。恭宗赶快为高允请罪。世祖说：“如果没有这个人对我表示忿然不满。早就有几千人被斩了。”崔浩最后终于被杀，而且灭了五族，其他人也都惨遭杀戳。宗钦在临死之前，曾感叹说：“高允或许是个圣人吧！”
事过之后，恭宗责备高允说：“人应当能够把握时机，审时度势，不能审时度势，书读得再多又有什么用呢？那时候，我一开始就引导卿回复圣上的提问，为什么不顺着我的话说，以至于把圣上气成那个样子。每当想起此事，就让人心惊肉跳。”高允说：“臣是出生于东方荒野中的凡夫俗子，本来并没打算做官。恰遇上太平盛世，在朝廷征聘贤十的时候，也就应选了。于是脱去布衣，穿上官服，在中书省任职，而且还经常在麒麟阁参与校勘典籍。那些白拿着朝廷的奉禄而又不做事的官员都很荣耀，而真正有才干的人却被压制不能任用，这种局面已经太久了。史书乃是帝王行为的真实记录，是为后代留下的一个明确鉴戒，这样才能使今人可以了解古人，而后人也可以了解今天。正因为言行举止都要详细记载，所以帝王的行为才要格外谨慎。然而崔浩一家虽世代都蒙受朝廷特殊的礼遇，在当时是非常显赫的大族，但他辜负了圣上对他的恩宠，自取灭亡。但即使对崔浩的这些做法，在当时也还是有值得讨论的余地的。崔浩才智疏弱，却担负着栋梁般的国家重任，在朝中他没有正直的节操，在家中难与亲人和睦相处，个人的贪欲早已使他忘记了廉洁之本，个人的爱憎早已取代了正直与真理，这些都是崔浩的责任。但是，至于记录朝廷日常生活的种种事迹，谈论国家事务的正确与失误，这些却也都是史书中的要点，与事实不可违背太多。然而，臣与崔浩实际上共同参与此事，不论生死荣辱，按理说两人本不应该有什么不同，实在是由于蒙受了殿下的极大关怀，才违心地苟且幸免，这并非臣的本意。”恭宗听后非常感动，赞叹一番。高允后来对人说，我没有接受太子的引导，是唯恐辜负了翟黑子，因为当初我就是这样教导他的，所以现在我自己也应该这样做。
恭宗临去世的几年前，对自己身边的人非常亲近，私自营造田园，获取财利。高允规劝他说：“天地没有私欲，所以天能够覆盖着大地，而大地能够生长万物；帝王没有私欲，所以能够包养天下。过去贤明的君主，都以极公正的态度从政治民，所以把金银留藏在山中而不去开采它。把珍珠留藏在深水中而不去捕捞它，用这些事实将自已的无私昭示天下，用自己的节俭教诲天下人。所以赞美之声四起。万代传颂。今天殿下作为国君的继承者，四海归心。您的言行举止，将成为天下人效法的榜样，而您却营造私人田园，畜养鸡犬，甚至在市集上贩酒，还与市民讨价还价，以至到处流布着各种议论。天下乃是殿下的天下，您富有得享有了四海之内的一切，还有什么想要而得不到的呢，有什么欲望不能满足呢，反而去和那些男女商贾争夺蝇头小利。从前虢国将亡之时，神从天上降临了，赐给他们土地田园，最后竟丧失了国家。汉灵帝不学习君主的庄重威严，而喜欢与宫中的人摆摊贩卖，自己建立了府库，经营小利，最后使国家发生了颠覆混乱的灾难。前车之鉴，非常可怕呀。一个作君主的人，在选择用人时必须慎重，仔细观察。所以人们把知人善任叫作哲，这一点对于帝王来说是困难的。《商书》说：‘不要接近小人’，孔子也说过，你亲近了小人，他就会对你无礼，你疏远了小人，他就会怨恨你。武王亲近周公、邵公、姜太公和毕公，所以能称王天下。殷纣王亲近飞廉、恶来，因而灭亡了国家了。纵观古今的社稷存亡之际，没有不是由于亲近小人所致。现在殿下总发自内心地感叹缺少人才，实际上贤达之人并不少。近来在您身边侍奉您的那些人，恐怕都不是治国安邦的材料。所以希望殿下能够稍微倾听一下臣的话，远小人近贤臣，把归自己所有的田园分给贫苦的人，找准时机把畜养和贩卖之事也结束了。只有这样，听到赞美之声的那一天才会到来，而指责之声也就可以平息了。”恭宗并没有接受高允的劝告。
恭宗死后，高允很久都没有入宫进见圣上。后来世祖召见他，高允入宫时，一上台阶就抽泣，悲痛不已。世祖见此情景，也跟着哭了，并命高允出使，离开京城。朝臣们都不知因为什么缘故，彼此说道：“高允没遇到什么值得悲泣的事呀，让圣上如此哀伤，究竟为什么呢？”世祖听到后，把他们召呼过来说：“你们不知道高允的悲痛吗？”朝臣们说：“臣等看到高允不说话，只是哭泣，而陛下为这事很悲伤，所以偷偷地说几句。”世祖说：“崔浩被杀时，高允也应当一同处死，由于太子苦谏，才得以幸免。今天太子不在人世了，高允看到我因此很悲痛。”
