祖莹，字元珍，范阳遒人也。曾祖敏，仕慕容垂为平原太守。太祖定中山，赐爵安固子，拜尚书左丞。卒，赠并州刺史。祖嶷，字元达。以从征平原功，进爵为侯，位冯翊太守，赠幽州刺史。父季真，多识前言往行，位中书侍郎，卒于安远将军、钜鹿太守。
莹年八岁，能诵《诗》、《书》；十二，为中书学生。好学耽书，以昼继夜，父母恐其成疾，禁之不能止。常密于灰中藏火，驱逐僮仆，父母寝睡之后，燃火读书，以衣被蔽塞窗户，恐漏光明，为家人所觉。由是声誉甚盛，内外亲属呼为“圣小儿”。尤好属文，中书监高允每叹曰：“此子才器，非诸生所及，终当远至。”
时中书博士张天龙讲《尚书》，选为都讲。生徒悉集，莹夜读书劳倦，不觉天晓。催讲既切，遂误持同房生赵郡李孝怡《曲礼》卷上座。博士严毅，不敢还取，乃置《礼》于前，诵《尚书》三篇，不遗一字。讲罢，孝怡异之，向博士说，举学尽惊。后高祖闻之，召入，令诵五经章句，并陈大义，帝嗟赏之。莹出后，高祖戏卢昶曰：“昔流共工于幽州北裔之地，那得忽有此子？”昶对曰：“当是才为世生。”以才名拜太学博士，征署司徒、彭城王勰法曹行参军。高祖顾谓勰曰：“萧赜以王元长为子良法曹，今为汝用祖莹，岂非伦匹也？”敕令掌勰书记。
莹与陈郡袁翻齐名秀出，时人为之语曰：“京师楚楚袁与祖，洛中翩翩祖与袁。”
再迁尚书三公郎。尚书令王肃曾于省中咏《悲平城》诗，云：“悲平城，驱马入云中。阴山常晦雪，荒松无罢风。”彭城王勰甚嗟其美，欲使肃更咏，乃失语云：“王公吟咏情性，声律殊佳，可更为诵《悲彭城》诗。”肃因戏勰云：“何意《悲平城》为《悲彭城》也？”勰有惭色。莹在座，即云：“所有《悲彭城》，王公自未见耳。”肃云：“可为诵之。”莹应声云：“悲彭城，楚歌四面起。尸积石梁亭，血流睢水里。”肃甚嗟赏之。勰亦大悦，退谓莹曰：“即定是神口。今日若不得卿，几为吴子所屈。”
为冀州镇东府长史，以货贿事发，除名。后侍中崔光举为国子博士，仍领尚书左户部。李崇为都督北讨，引莹为长吏。坐截没军资，除名。未几，为散骑侍郎。孝昌中，于广平王第掘得古玉印，敕召莹与黄门侍郎李琰之，令辨何世之物。莹云：“此是于阗国王晋太康中所献。”乃以墨涂字观之，果如莹言，时人称为博物。累迁国子祭酒，领给事黄门侍郎，幽州大中正，监起居事，又监议事。元颢入洛，以莹为殿中尚书。庄帝还宫，坐为颢作诏罪状尔朱荣，免官。后除秘书监，中正如故。以参议律历，赐爵容城县子。坐事系于廷尉。前废帝迁车骑将军。
初，庄帝末，尔朱兆入洛，军人焚烧乐署，钟石管弦，略无存者。敕莹与录尚书事长孙稚、侍中元孚典造金石雅乐，三载乃就，事在《乐志》。迁车骑大将军。及出帝登阼，莹以太常行礼，封文安县子。天平初，将迁邺，齐献武王因召莹议之。以功迁仪同三司，进爵为伯。薨，赠尚书左仆射、司徒公、冀州刺史。莹以文学见重，常语人云：“文章须自出机杼，成一家风骨。何能共人同生活也？”盖讥世人好偷窃他文以为己用。而莹之笔札，亦无乏天才，但不能均调，玉石兼有，制裁之体，减于袁、常焉。性爽侠，有节气，士有穷厄，以命归之，必见存拯，时亦以此多之。其文集行于世。子珽，字孝征，袭。
