文德元年（公元888年）正月，太祖率领军队向东奔赴淮南，行程中驻扎在宋州时，听到杨行密攻下扬州，于是回师。这时，李璠、郭言到淮河岸边，被徐州军队扼阻，不能前行。太祖大怒，便计划征讨徐州。二月十八日，僖宗诏令任太祖为蔡州四面行营都统，各镇的军队受太祖控制指挥。三月三日，唐昭宗即位。同月，蔡州人石璠率领1万多人剽掠陈州、亳州，太祖派朱珍率领精锐骑兵几千人擒获石瑶献上。四月一日，魏博镇乐彦祯违背律令，他儿子乐从训逃奔到相州，派人来请求援军。太祖派朱珍率领大军渡过黄河，接连攻占黎阳、临河两邑。不久魏博镇军队推举小校官罗弘信当统帅。罗弘信当上统帅后，派遣使者到汴州致送心意，太祖厚待使者并按受了他的求和心意，命令朱珍班师。同月，河南尹张全义在河阳袭击李罕之，打败了他。李罕之逃出，到太原请求救兵，李克用派出1万骑兵去支援他。李罕之就收聚自己的部队，与太原晋军一起联合兵力，急攻河阳。张全义危急，派遣使者到汴州求救，太祖派丁会、牛存节、葛从周率领军队奔赴救援，在温县发生激烈战斗，击败敌军。于是解除了河桥的围困，张全义回到河阳，趁便以丁会作为河阳留后。
五月三日，昭宗诏令受太祖为检校侍中，同月，太祖认为已经拥有了洛、孟地区，解除了对西部的忧虑，准备大力整顿军队，尽力诛除蔡州贼寇。适逢蔡州人赵德讠垔将汉南地区全部归降朝廷，又派遣使者向太祖求和，发誓尽力同讨秦宗权。太祖向朝廷上表奏明这件事，朝廷于是任赵德讠垔为蔡州四面副都绕。又将河阳、保义、义昌三处节度使作为太祖的行军司马，兼管粮食马料等后勤供应。到此时，太祖统领诸侯的军队会合赵德讠垔到汝水边去攻伐蔡州贼寇，逼近蔡州城。5天之内，建起28座兵寨包围蔡州城，这是仿照天上28星宿的数量。这时太祖亲自冒着敌人的弓箭炮石指挥战斗，一天，一支飞来的箭射中了他的左腋，鲜血浸透了单衣，太祖对身旁的人说：“不要让别人知道。”
九月，因为粮食运输供应不上，撤军。这时，太祖知道秦宗权余孽已不足以构成祸害，就转移部队去攻伐徐州。十月，太祖派朱珍率领军队在吴康镇与徐州时溥交战，徐州兵马被打得大败，接连占领丰、萧两座城邑，时溥带着击散了的骑兵逃进了彭门。太祖命令分出一支兵力去攻打宿州，宿州刺史张友带着符节印章投降。不久徐州人关闭城门坚守，太祖就命令庞师古屯扎部队守着徐州就回去了。同月，蔡州贼寇孙儒攻陷扬州，自称为淮南节度使。
龙纪元年（公元889年）正月，庞师古攻下宿迁县，向吕梁进军。时溥率领两万军队，首先压住庞师古的军队摆开战阵，庞师古坚急迎战，击败时溥，杀敌两千多人，时溥逃进彭门。二月，蔡贼将领申丛派遣使者报告说，已将秦宗权捆缚在营帐下面，折断其腿，予以囚禁。太祖当天接受诏令以申丛为淮西留后官。不久，申丛又被都将郭璠杀害。同月，郭璠押解秦宗权前来献给太祖，太祖派遣行军司马李璠、牙校朱克让用囚车将秦宗权解押到长安。押到后，在一棵独柳树下面将秦宗权斩首。蔡州平定，三月，加封太祖为检校太尉、兼任中书令，提封为东平王，以奖赏平定蔡州的功劳。
大顺元年（公元890年）四月一日，宿州小将领张筠驱逐刺史张绍光，胁迫众人投靠时溥。太祖率领亲信部队征讨他，杀敌千人，张筠坚守城池。乙卯日，时溥出兵蹂躏碣山县，太祖派遣朱友裕领兵袭击他，击败徐州叛军3000多人，俘虏沙陀援军石君和等30人。六月七日，淮南孙懦派遣使者与太祖亲善友好，太祖上表奏明这件事，请求将淮南节度使授予孙懦。十七日，昭宗任命太祖为宣义军节度使，又充任河东东面行营招讨使，因当时朝廷宰臣张濬正在领兵攻伐太原。八月一日，昭义军都将冯霸杀死了沙陀人所任命的节度使李克恭来投降。十五日，李克用亲自率领蕃族汉族步兵骑兵几万人包围了潞州，太祖派遣葛从周率领骁勇善战的兵士，在黑夜悄悄地穿过包围圈潜入潞州。九月十九日，太祖到河阳，派遣都将李谠领军直奔泽州、潞州，走到马牢川时，被晋人打败。太祖又派遣朱友裕、张全义率领精兵作为接应援助。不久朱从节、葛从周放弃潞州归来。二十五日，太祖在厅堂上责备众位将领的败军之罪，砍下李谠、李重胤的首级传视军中后，回师。十月三日，太祖从河阳到滑台。当时奉诏令将讨伐太原，先派遣使者向魏州人借路通过，魏州人不答应。此前，太祖曾派信使雷邺向魏州请购粮食，不久被罗弘信的牙军杀害。罗弘信害怕，而跟太原互通友好。十二月二十，太祖派遣丁会、葛从军率领部队渡过黄河攻取黎阳、临河，又命令庞师古、霍存攻占淇门、卫县，太祖率领大军徐徐跟随其后。
二年（公元891年）春正月，魏州军队屯扎在内黄。五日，太祖与魏军交战，从内黄到永定桥，魏军连败五次，杀死魏军1万多人。罗弘信害怕，派遣使者带很多的钱来请求讲和。太祖下令停止对魏州的焚烧抢掠并归还俘虏给他，罗弘信因而感激欢悦听从命令。太祖于是收兵驻扎在黄河岸边。八月十二日，太祖派遣丁会急攻宿州，宿州剌史张筠坚守城池，丁会于是堵拦汴水来淹浸宿州。十月五日，张筠投降，宿州平定。十一月一日，曹都副将郭绍宾杀死刺史郭饶，带着金郡军民投降。同月，徐州将领刘知俊率领2000人投降，从此徐州军势不振。十二月，兖州朱瑾率领3万士兵进犯单父，太祖派丁会率领大军攻袭他，在金乡界取得大胜，杀敌2万多人，朱瑾一人骑马逃走。
景福元年（公元892年）二月三日，太祖亲征郓州，先派朱友裕驻军斗门。九日夜晚，郓州朱瑄率领1万步兵骑兵在斗门袭击朱友裕，朱友裕南退。十日，太祖一早营救斗门，不知道朱友裕已经撤退，在前面先到斗门的人都被郓军杀害。当时朱瑄还在濮州。十二日，遇上朱瑄率领兵士准备回到郓州，前来冲击。太祖驱马南奔，被敌军追赶非常危急，前有堑沟，太祖跃马而过，张归厚持鞘矛殿后奋力迎战，才得以逃脱。这时李瑄和几位部将全被杀害。十一月，太祖派朱友裕领兵攻克濮州，濮州平定。于是下令转移军队攻伐徐州。
二年（公元893年）四月十九日，庞师古攻下彭门，彭门平定。乾宁元年（公元894年）二月，太祖亲自率领大军从郓州东路向北到达鱼山。朱瑄察知后，就领兵直奔鱼山，而且想速战速决。太祖整顿军队出营时，朱瑄、朱瑾已在前面摆好阵势。突然间刮起强烈的东南风，太祖军旗乱了行次，兵士都有怯色，太祖立即命令骑兵扬鞭呐喊，一下子西北风猛然刮起，这时两军都在杂草中间，太祖乘机下令放火。顷刻烟雾火焰连天，太祖乘势进攻敌方阵地，朱瑄、朱瑾大败，死亡有1万多人，残兵拥挤着进入清河城，太祖在鱼山下收聚敌尸筑起高大的坟墓以纪战功，驻军几天后返回。
二年（公元895年）正月二十九日，太祖派朱友恭率领军队再次攻伐兖州，挖成堑壕围住兖城。不久，朱瑄从郓州率领步卒骑兵运送支援的粮食想进入兖州，朱友恭埋下伏兵击败了他们，在高吴将他们的军粮全部夺过来，趁机俘虏了蕃将安福顺、安福庆。二月二十一日，太祖率领亲信部队驻扎在单父，作为朱友恭的后援。四月，濠州、寿州又被杨行密攻陷。这时，太原派将领史俨儿、李承嗣带领1万骑兵驰援郓州。朱友恭退回汴州。八月，太祖率领亲信部队攻伐郓州，到大仇时，派前锋部队挑战，在梁山埋下伏兵。不久俘虏蕃将史完府，夺得战马数百匹。朱瑄逃回郓城。十月，太祖驻军郓州，齐州刺史朱琼派使者前来请求投降，朱琼就是朱瑾的堂兄。太祖于是将部队转往兖州，朱琼果然来降。不久，朱琼被朱瑾欺骗，被抓住杀害了，太祖就以朱琼弟弟朱玭为齐州防御使。十一月，朱瑄又派部将贺环，柳存以及蕃将何怀宝等1万多人袭击曹州，想解除兖州之围。太祖知道后，从兖州带领军队策马飞奔到钜野南边，追击敌寇，敌寇几乎被全部杀尽，活捉了贺环、柳存、何怀宝及剩余贼党3000多入。下午四时，忽然刮起狂风，沙尘飞腾，太祖说：“这是杀人还不够。”于是下令将所获俘虏全部杀光，狂风才停止。第二天，捆起贺环等将领在兖州城下示众，太祖平素知道贺环名声，于是放了他，只在兖州城下杀了何怀宝，然后班师。
三年（公元896年）六月，李克用率领蕃族、汉族等队在斥丘扎营，派他儿子落落领着铁林小儿骑兵3000人逼近洹水。葛从周与他们战斗，大获全胜，活捉落落献上。李克用悲痛惊骇，请求重修过去的友好亲善以赎回他儿子，太祖不答应，就将落落押送给罗弘信，杀了他。七天后，太祖军队回来驻扎在阳留以攻伐郓州。
四年（公元897年）正月，太祖率领洹水的军队大举攻伐郓州。十五日，在济水旁边扎寨，庞师古命令诸将搭起桥梁。十九日夜晚，庞师古率领中军先渡过济水，呐喊声震撼郓城，朱瑄听到后，弃城而逃。葛从周追到中都北面，抓住了朱瑄和他的妻子儿子献上，立即诛杀。郓州平定。二十三日，太祖进入郓城，任命朱友裕为郓州兵马留后。这时太祖听说朱瑾与史俨儿在丰、沛一带搜括军粮，只留下康怀英据守兖州，太祖因而乘胜派遣葛从周带领大军袭击兖州。康怀英听说郓城失守，接着又有葛从周大军来临，就出城投降。朱瑾、史俨儿便逃奔淮南。兖、海、沂、密等州平定。于是以葛存周任兖州留后。
九月，兖、郓等州已经平定，将士们雄猛骁勇，太祖便大举南征淮南。命令庞师古率领徐、宿、宋、滑等州部队直奔清口，葛从周率领兖、郓、曹、濮等州部队径赴安丰。淮南人派朱瑾领兵抵拒庞师古，朱瑾便决淮水来淹庞师古部队，庞师古于是兵败战死。葛从周行军到濠梁，听说庞师古失败了，也下令回师撤军。
