在桓谢正式会面之前，建康发生了一场天师道叛乱。
天师道在东晋是最大的道教流派。当时的道教流派有三个，另外两个是上清派和灵宝派。人们熟知的葛洪就属于灵宝派。在葛洪的著作里，世界充满了美丽的仙人、奇妙的丹砂、神秘的真气，光辉灿烂，那些邪恶的鬼魅只能躲避在阴暗的角落里。但在天师道里，鬼和人一起分享这个世界，人们用巫术取悦鬼、制服鬼。在天师道里，信徒把自己奉献给信仰的团体，甚至愿意为其舍弃生命。狂热的幻想支配着信徒，这种幻想可以点燃野蛮的内心火焰。
按照天师道的说法，其创始人是被后人尊称为天师的张道陵。此人本是东汉太学的学生，后因想长生不老放弃了专业课儒学经典转而学习道教方术。他运气非常好，不仅得到了《黄帝九鼎丹法》，而且碰上了太上老君。他用一千天学会了种种仙术，又用三年炼成了仙丹。他对弟子们说：“我吃了仙丹以后马上就能飞上天当神仙，但我不忍心，我总要出来为大家做点儿事，给大家谋点儿好处。”于是，他放下仙丹不服，使出手段降服了六天界的数万魔鬼并与他们立下盟约：“人主于昼，鬼行于夜，阴阳分别，各有司存，违者必加诛戮。”从此，阴阳两界悬隔异域，和平共处。
据说张道陵活到一百多岁才吞下仙丹拔地飞升，他一手创立的天师道传到孙子张鲁手中才真正成了一个组织严密、规模宏大的教团。因该教规定凡入教的人都要交纳五斗米，所以又叫“五斗米教”。当然，信徒们并不是交了五斗米的入会费就可以一劳永逸，他们还要交纳租米钱税。这既是一种宗教献金，也是一种日常捐税。天师道组织非常严密，刚入道的称为“鬼卒”，资深的则称为“祭酒”，统辖辖区内的信徒，其地位类似于政府委任的地方官。信徒多的祭酒称为大祭酒，祭酒是人间的官，据说还有阴官，虽然信徒们肉眼看不见，但他们的存在有助于维护秩序。天师道的最高领袖称为“师君”。
天师道的祭酒对信徒从财产到房事都有发言权。对于古代人来说，国家政权所提供的最基本公共服务有三项：军事力量、司法和社会救济，但往往做得很差。这些天师道都做得很好。比如军事，一旦战争到来，“鬼卒”们便迅速转化为战士，每人领个咒符就上阵杀敌。更妙的是，所有信徒都能召唤神灵阴兵，且召唤的规模非常庞大，最多时一个人可召唤110万大军。有众多阴兵助阵，天师道便可率士卒们放下包袱奋勇杀敌。何况为圣教牺牲，还能成仙呢。天师道的祭酒不但是信徒的宗教指导员和税务员，而且是教徒的医生和法官。教徒如果得病，祭酒不会认为他身体受到病毒的侵害而是说他干了坏事。要想痊愈，病人要拖着病歪歪的身子跟道众交心，做自我检查，自我批判，忏悔自己犯的各种过失。祭酒还会给信徒画个符，烧了以后让他们就着水吞下。这看起来似乎很荒唐，但对于那些付不起医药费的社会底层人士来说，有病“不必吃药，做做检讨就能好”的说法很有吸引力。如果教徒犯法，那么祭酒就可以自行动手惩治他，但惩罚之前，祭酒会原谅他三次，到第四次才会真正动刑。这种重教育轻惩处的行为据说卓有成效，深受信徒的欢迎。
天师道对于社会救济也相当关注。各地祭酒都设置义舍，类似于免费的公共食堂，且搞的是自助餐。祭酒从信徒上缴的财物中拿出一部分做义舍的开支，义舍里头有米有肉，路过义舍的人如果需要，可以自己进去拿，吃多少拿多少。如果你贪心，吃八两非拿一斤，那么鬼神就要给你降下灾祸，所以据说大家都不敢多拿。
有了严密的组织，还有军事力量、司法组织和救济机构，甚至有免费医疗，在功能上天师道完全可以取代世俗国家。如果让老百姓自己选的话，官府和天师道相比并不占优势。三国时期的官府，除了拼了老命征税就是拉壮丁打仗。你的房事虽然政府未必会插手，但是你遭了难官府也根本不会管你的死活。得了病，官府那里别说是药，连符水也没有，饿了也没有吃自助餐的地方。在官府眼里，你不过是一些等待剪毛的老绵羊，但在天师道组织里，至少你还是一个信徒，一个教友。天师道至少能让你得到一些精神上的关怀，找到一种归属感。所以魏晋时期，天师道在整个中国广泛流行，规模扩展得相当可观，尤其在东晋的江浙沿海一带不仅老百姓信，而且士族豪门也信。比如赫赫有名的书法大师王羲之就信奉天师道。
咸安二年（372年）十月，也就是新皇帝即位后的三个月，京城建康突发一件怪事，区区三百名天师道教徒聚众造反，诈称是一年前被废的司马奕回宫，竟然攻进了守卫森严的皇宫殿廷，还夺取武器库中的盔甲兵杖，最后出手镇压的是桓温派驻宫城的亲信部队、由游击将军毛安之率领的机动部队。
这件事虽说风浪不大，但是反映出了两个问题：第一，这件事表面是天师道干预皇权，实质是低层士族对高层士族的反抗。
天师道对晋室有很大影响力，简文帝自己字道万，后来生的儿子又分别叫道生、道子。本来，六朝人最重视家讳，父亲或祖宗的名字，儿子绝对要避讳，但是大家看六朝人物中，父子叫“之”，比如王羲之、王献之的大有人在，叫“道”的也大有人在。陈寅恪先生说，这个原因可能要归于宗教信仰。
天师道叛众，主要是社会的中下阶层。天师道领袖多半是北方望族，通常与朝中高官有千丝万缕的关系，所以容易得到同情和利用。天师道参与者也不只是一般平民，一部分是中原流民，还有一大部分是来源于富庶的三吴地区。晋室南渡，有策反传统的北方天师道势力也播迁到江东，并与江东土著道众结合。北方道众的很多人尝过权力滋味。但是过江之后，他们之中很多人地位、财富都不如从前，甚至沦为流民，新旧地位悬殊，这让他们比单纯流民更有可能发动政变。无巧不成书，这次叛乱之前，三吴地区还发生一场大旱灾，前一年人民颗粒无收，虽然这是天灾，但政府税负不轻，民不聊生，江东道众更加觉得生活无望，南北方道众一合流，政变危机时刻存在。
对握有军权的士族来说，只要天师道问题一天不解决，他们的权力就可以一天不放手，所以天师道问题终东晋一世都没法解决。对于士族来说，无论是镇压天师道，还是亲自率领天师道众叛乱，都只是生存游戏而已。
天师道刚好利用这些因素，不断起来反抗。
第二，这次事件的实质是反对桓温。
首先，这次叛乱能够杀进内廷，直接跑到兵器库去拿兵器，肯定有内奸策应。有点常识的人都知道，在中国历史上，除了类似李自成这样以绝对优势兵力能攻入后宫的，在和平时期，没有高官默许和支持，以区区几百教众之力，根本没有办法在宫禁如入无人之地，如果没有内应，更不能知道内廷的兵器库方位。其次，这次叛乱人员是以废帝司马奕回宫为幌子，司马奕是谁废的？是桓温。所以政变实质是反桓温。再次，皇城那么多卫队，竟然只有桓温的人才出手镇压叛乱，可见传统势力大有市场。
不过，政变发动者的幕后支持者身份和目的很可疑。
可能是桓温自导自演的把戏，目的是提醒士族们，京城不能没有桓温。这样的例子很多，比如1912年南北议和，孙中山同意让袁世凯当国家元首，但是为了限制袁的权力，要求他离开老巢北京，到南京任职，为了促其南下，南京方面还派出迎接团队，结果南方代表一到北京，人家袁世凯阵营就自导自演了一出冲撞代表团的闹剧。闹剧过后，袁世凯就以北方离不开他为理由，赖在北京。
但这个可能性很小：一是京城不是桓温势力范围，如果是桓温所为，叛乱徒众纵横京城时，必定有其他力量阻止；二是这种行为不符合桓温性格，桓温为人谨慎，京城毕竟不是他能绝对掌控的地方，如果行动不慎，很容易引火烧身，得不偿失。当年袁世凯阵营之所以自导自演那场闹剧，很大原因是他们能掌控北京局势。
所以，这场叛乱的幕后推手极有可能是反桓势力，他们当然不是指望叛乱真的能成功：叛乱者只有三百人，不是职业军队，也没有后援，古今中外以这么少人造反能成功的屈指可数，简直是以卵击石，下场可见。
但是不论真相如何，这次叛乱，给了桓温陈兵首都的理由。
