经过近五个月的围攻、追击，李自成的大顺军一败再败。五月初，李自成途经湖北通县九宫山时，被当地地主武装围攻，二十余人连同李自成全部殉难，余部分道进入湖南，与南明联合起来，继续抗清。
在江南一隅的弘光政权并没有苟安多少时候，由于内部军阀相互争权夺地，无人积极准备抵御清军，所以多铎的南下清军未遇顽强抵抗便于四月十七日到达扬州城下。守城的大学士史可法，手无多少正规军队，向南京告急也未搬来救兵，靠老弱残兵对付七八倍于自己的正规八旗军。在激战数日后，城破，史可法自杀未成，被俘牺牲。清军屠城十天后，大军直奔南京而来。五月十四日，多铎兵临城下，守城明军不战而降，逃跑的弘光帝未出半月即被叛将刘良佐擒获，成为多铎的阶下囚。
捷报不断传到北京，多尔衮此时以为天下大势已定，于是又重新下令薙发。一石激起千层浪，多尔衮的这一举动使得本来已尖锐的矛盾更加激化，抗清烽火在原来的基础上燃遍全国。就在清的后方亦有重新树起抗清大旗，战火在全国各地蔓延。经过很长时间的镇压和征讨，局势才基本稳定下来，在这期间多尔衮再次发挥了他的聪明才智和铁腕手段，没有使清这一新兴政权滑向毁灭。
在清军东征西讨的同时，在北京的多尔衮沿袭明的旧制，把明从中央到地方的官制承袭了下来，并且大胆启用明旧臣。多尔衮接受范文程的建议，重新开科取士，这是稳定汉族知识分子的重要措施。整顿吏治，革除了旧的习俗，对贪官污吏进行严惩。一系列的举动和措施都是为了新生政权的稳定。
由于形势的需要，多尔衮又废除了明末加派到人民身上的三饷，虽然得到百姓的拥护，但财政上的困难也接踵而来。于是多尔衮不得不一边指挥平定江南各地，一边整顿赋役制度，推行垦荒政策、勉理漕政、重视盐课收入。幸运的是，由于连年灾战，百姓对不安定的环境已深恶痛绝，不顾天灾人祸，辛勤劳作，承担着清初政府的一切征派，没有大规模的反抗，使多尔衮得以免遭灭顶之灾。
接下来就是面对如此广大的国土，如此众多的臣民，各种复杂的社会关系，修定律例成为重要议程。1644年（顺治元年）八月，刑科给事中孙襄就上疏要求“定刑书”、“存国体”、“禁习讼”、“苏滞狱”等，制定新的法律法规。多尔衮十分重视，当即批复表示支持。几经修改，直至1647年（顺治四年），在原《明律》的基础上新颁了《大清律》。由于情况十分复杂，问题极多，《大清律》只是作为应急处事的依据出台，并非真正意义上的法律，因为很多问题需要具体处理，所以清初出现的许多法外有法、以权代法的现象并不足为奇。
这期间，多尔衮卓越的政治才干还体现在外交上。
早在清太祖努尔哈赤起兵之时，蒙古对满族一直是很大的威胁。到太宗皇太极时，漠南蒙古统一于清，这一切都对漠北蒙古震动很大。多尔衮摄政期间，对漠南蒙古仍友好相待，坚持通婚，互相往来；对漠北蒙古，多尔衮在其苏尼特部落腾机思等投奔喀尔喀车臣汗硕雷后，命多铎率兵征讨。顺治三年七月，多铎在土拉河一带斩腾机思侄，大败苏尼特部，硕雷逃往塞冷格，多铎班师回京。多尔衮为显示大清威仪，亲自率王公大臣在乌兰诺尔迎候多铎。后来，迫于清王朝的压力，漠北蒙古诸部向清表示臣服，双方争执告一段落。但漠北蒙古的臣服是表面的，真正向心于清政府是四十年后的事了。
这期间，多尔衮摄政的清政府也和漠西蒙古发生了联系。漠西蒙古基本上与清政府是友好相处，相安无事。
对西藏，多尔衮沿袭清太宗皇太极的做法，推崇佛教，进一步加强与黄教首领的联系。他多次派使前往西藏，邀请达赖和班禅进京。尽管在多尔衮摄政期间达赖和班禅都未到京，但这期间清政府和西藏却保持着相当密切的关系。
在对待朝鲜的关系上，其间恩恩怨怨、善恶掺杂，不一而足。
这时，许多西方的传教士早就来到了中国。在处理与西方人的关系上，多尔衮没有用狭隘的民族偏见看待西人。来自日尔曼的传教士汤若望上疏多尔衮，请求制造测量日月星辰的仪器，推行西历等，得到多尔衮的很大支持，并赐名新修的历法为《时宪历》，任命汤若望为钦天监监正。由此可见，多尔衮勇于改新，不拘成法的政治家气度可见一斑。
当多尔衮全力对外时，来自朝廷内部的原明降臣中“党争”，使得多尔衮在以汉治汉的问题上如鱼得水，游刃有余。
这次的“党争”实际上是南北党争，是明末党争的延续。北党是阉党余孽，如阉党名人冯铨在多尔衮入京后即被招至京中担任大学士。另外还有抢先薙发的孙之獬、李若琳，及南明的降臣阮大铖等。
南党郡东林党，在社会上的名望很大。其代表是在顺治五年第一个担任清吏部尚书的汉人陈名夏、江南名士龚鼎慈、钱谦益等。
南北党争的中心是弹劾冯铨案。
1645年（顺治二年）七月，浙江道御史吴达，给事中许作梅、庄宪祖、杜立德，御史王守履、桑芸、李森先等十多人，先后上疏弹劾冯铨，历数冯铨“揽权自负、索要贿银、包庇坏官、引荐阮大铖、结党营私”等罪状，这里面还包括冯铨的死党孙之獬等人，东林党正式向阉党开始攻击。
问题到了多尔衮手中着实令他犯难。一方面冯铨罪行大多数不假，另一方面冯铨又对清王朝忠心耿耿。如果打击他，南方人就会在朝中得势，朝政一旦被其左右，江南战火未熄，后果是不堪设想的。权衡利弊，多尔衮决定支持冯铨。最后，冯铨不但没有被告倒，反而被多尔衮赐予一品顶戴、朝衣等，以示慰问。但多尔衮并未打击南党，龚鼎慈被多尔衮斥责，不久便被提升为太常寺少卿，冯铨的死党孙之獬却因招抚无力而被革职，永不叙用。南党的首领陈名夏不久便被任命为吏部尚书。多尔衮在平衡南北党争中游刃有余，避免了内部动荡的局面发生，手段不温不火，的确老练，这一年多尔衮只有34岁。
多尔衮在左右逢源之时，又抽出部分精力对付来自皇族的异己势力。其中争斗虽未见于刀马弓箭，却也是惊心动魄。
自福临北京登基，全国形势一片大好之时，原来在沈阳时遗留的矛盾又逐渐显露出来。首先是未在那场争斗中取得皇位的肃亲王豪格。
肃亲王豪格是清太宗皇太极长子，早年即随太祖征蒙古有功，在后来的征明中，其功绩不在几位叔父之下。在皇太极死时，豪格拥有两黄旗文武大臣的支持。眼看着皇位落入九弟之手，而且自己什么也没有得到，比自己还小的叔父却势力蒸蒸日上，豪格心中十分不满。
1644年（顺治元年）四月，豪格对正蓝旗固山额真何洛会等发泄了他对多尔衮的不满，没成想何洛会见豪格不能成气候，便将这件事告诉了摄政王多尔衮。多尔衮乘机夺了豪格的七个牛录、罚银，废为平民，杀掉了其党羽俄莫克图等人。
后来，1644年十月，福临在北京登基大赦，恢复了豪格的肃亲王衔，被多尔衮派往山东，这时豪格的态度明显软化。1645年十二月，多尔衮派豪格赴四川征讨张献忠，豪格虽然明知多尔衮整他，也只有硬着头皮前往。好在很快就在西充射杀了张献忠而班师，但庆祝胜利的宴会却异常冷清。而且在当月，多尔衮以争功之名，处罚了随豪格征四川的将领希尔艮。此外，鳌拜、苏纳海等人均被降职或停赏。到了1648年（顺治五年），多尔衮在先打击济尔哈朗的镶蓝旗势力和鳌拜、图赖、索尼等反自己的两黄旗强硬派后，便将肃亲王豪格推了出来，罪名是他征服四川已有两年，地方却未全部平定；说他推荐杨善之弟任护军统领；说他对希尔艮冒功之事不加处理；说他对自己的三次戒饬，犹不引咎。于是，诸王大臣会议议其应处死，多尔衮此时却认为不可行，最后豪格虽免一死，却被剥夺了他的所属人员，被幽禁起来，等于被判了无期徒刑。
不久，豪格因多尔衮的无端陷害，忧愤填膺，数日不食，绝食而亡。
多尔衮和豪格之间的争斗，政治上的原因是主要的，但还有一则传说也是多尔衮置豪格于死地的原因。
据说肃亲王豪格的福晋博尔吉特氏容貌美丽，在祝贺多尔衮寿诞之时二人一见钟情，感情日渐浓厚。为长期在一起相处，豪格长年被多尔衮派往外面出征，加之又出于政治原因，所以多尔衮终于治肃亲王豪格于死地。豪格死后不久，多尔衮便将肃亲王妃纳为皇父摄政王妃。
肃亲王豪格虽然被多尔衮冤死，但两黄旗的势力却未归到多尔衮手中。于是多尔衮再次以他的铁腕手段，打击了两黄旗的死硬派图赖鳌拜、索尼等；分化了谭泰、拜严图等，使两黄旗受制分化，异己势力被他剪除。这期间，中间派的两红旗、两蓝旗在很大程度上也被多尔衮分化瓦解。原辅政王济尔哈朗被降为郡王，而豫亲王多铎，与多尔衮同母的弟弟，却在1647年（顺治四年）七月被晋升为辅政叔德豫亲王，罢了济尔哈朗辅政权。第二年，两红旗的主心骨大贝勒代善死，多尔衮在这一年的十一月被晋为“皇父摄政王”，权力达到了顶峰。
物极必反，任何事物的发展都遵循这条规律。当多尔衮的权力达到顶峰之时，也是他开始走向衰落之日。
首先出现的征兆是多尔衮的同母兄弟，左膀右臂的多铎早夭。
多铎精明能干，深得多尔衮信赖，兄弟二人一直保持着比较良好的关系。尽管多铎与肃亲王豪格交往很多，生性风流，无拘无束，但多尔衮还是比较优待他。1649年（顺治六年），大同总兵姜瓖反叛，多尔衮亲征。三月，多尔衮闻报多铎在北京出痘病重，尽管前线吃紧，多尔衮还是立即班师回朝。
出痘即染天花，满洲人在关外时很少出天花，入关后，由于气候变暖，就总出天花。当时，一得天花，即无法医治，往往一命呜呼。
多尔衮虽昼夜兼程，但当他赶到居庸关附近时，白旗大臣苏克萨哈带来了多铎的死讯。多尔衮一听便失声痛哭，天黑赶到京城，隆重地安排了多铎的后事，为他立碑纪念。多铎的死，使多尔衮失去了一个很大的支柱，剩下的同母哥哥阿济格是一勇之夫，实不堪委以重任。
像努尔哈赤和皇太极一样，多尔衮很早就驰骋于疆场上。皇太极死后，在他摄政期间可以说是大清国多事之年。开创基业、入主中原之时，在这关键的时刻，多尔衮没有一日不是疲于应付各种事物，亲自东征西杀，繁重的杂务和过度的操劳使得多尔衮本来并不很强壮的身体更加虚弱，加上多尔衮和历代帝王一样，拥着成群的妻妾，过着纵欲的生活，掏虚了身子，病魔经常缠身。据史料记载，多尔衮由于脑劳动过多，患有中风一类的脑血管病。多尔衮经常觉得精力不够，头昏目胀也都可能是脑血管病的症状。因此，顺治四年，多尔衮便见顺治帝免跪拜。虽然多尔衮表面上看起来精力过人，但正如肃亲王豪格所说：“他身体多病，怎么能坚持到摄政结束呢？”豪格不幸言中，死神正在向多尔衮一步步靠近。
多铎死后，多尔衮在安排完后事后，再次亲征大同，平定姜瓖反叛。不料，走到阿鲁席巴尔台时，由于身体不适，无法前行，边打猎边回北京。
雪上加霜，这一年（顺治六年）的十二月，多尔衮的元妃博尔济锦氏死去，多尔衮带病给博尔济锦氏安排后事。一年内，多尔衮失弟丧妻，对他的打击很大。虽然他如愿以偿地娶到了肃亲王妃博尔吉特氏，但是悲伤的心情和日渐憔悴的身体却给多尔衮的精神带来了很大压力。
多尔衮精神压力还来自于顺治帝的日渐长大。此时的顺治帝已不是昔日的小毛孩子，随着年龄和见闻的增长，要求亲政的想法越来越强烈，只不过碍于多尔衮的强大势力，而不能成行罢了。
1650年（顺治七年）十一月，多尔衮因病缠身，心情烦躁，无法静下心来处理事务，遂率诸王、贝勒、贝子及八旗固山额真等出边围猎散心。不料在打猎时，由于“风疾”突发，摔下马来，将膝盖摔伤。后来，在围猎时，士兵在围场赶出一只虎，多尔衮勉强射了三箭，由于伤口疼痛难忍，体力不支，只得草草收场，驻扎于喀喇城。
十二初九日夜，多尔衮由于脑血管病突发，勉强嘱咐完后事，便一命归天，死时年仅39岁。
五天后，多尔衮的死讯传到了北京。不同阶层、派系的人都为之震惊，一时不知所措。顺治忙下诏让百姓素服。四天后，福临率文武百官到东直门外五里迎多尔衮灵柩。福临连跪三次，亲自举爵祭奠，痛哭失声，从东直门到玉河桥的路两旁都是四品以下官员跪在那里痛哭哀悼。柩车到王府时，公主、福晋以下文武百官的命妇，都在大门内跪哭。当夜，诸王贝勒以下各官都为他守丧。
己亥，福临下哀诏，叙说多尔衮生平，盛赞拥立自己有功，摄政时平定中原，功德无量，自定戊辰之日为国丧日，计二十七天，官民人等一律素服；京城禁屠牛十三日；在京在外嫁娶、官员停百日，民间停一月等等。
六天后，福临又下诏，追尊多尔衮为“懋德修道广业定功安民立政诚敬义皇帝”，庙号成宗。
1651年（顺治八年）正月，将多尔衮夫妇同袝于太庙。二十六日，福临正式颁诏，将多尔衮夫妇尊为义皇帝、义皇后并同袝太庙之事公布于众。致此，多尔衮的丧事告一段落。多尔衮生前显赫，身后也得到了无比的殊荣，尽管这殊荣是昙花一现的。
他死后未过两月，在他摄政期间遭到排挤和压抑的两黄旗大臣、辅政王济尔哈朗以及顺治帝本人就很快联合起来。先是排挤了多尔衮的哥哥英亲王阿济格，然后其旧日的亲信党羽，像刚林、何洛会、谭泰等人，或被杀、或被革职、或被长期监押。多尔衮生前的一切封号也被顺治帝下诏追夺，直至一百多年后的乾隆朝，乾隆帝才给多尔衮翻案昭雪。真可谓身后几经沉浮。但无论怎样，多尔衮在其虽然短暂但声名显赫的一生中，为满清的社会进步及清王朝在全国统治的确立和民族的融合都做出了很大的贡献。虽然他避免不了有许多像剃发、易服、投充等历史局限之处，但在中国封建社会历史上众多的少数民族政治。家中，他应属业绩显赫、地位显著的一个。
