军事进展很顺利，顺治十六年正月初八，顺治接到收复昆明的捷报，南明永历帝逃入缅甸，晋王李定国退据缅滇交界地方，滇、黔、川、湖、桂五省基本平定，统一全国的艰巨大任已基本完成，巨额军费重担可以逐步迅速地减少，太平盛世有可能早日到来。但随特大喜讯而来的是如何对付永历帝与李定国，如何料理五省的善后问题两个棘手的难题，是进剿还是防守实难决断。
顺治在决断这个问题上视为机密事务，只与诸议政王大臣、两黄、正白“上三旗”大臣会议，当兵部秘密咨询洪承畴时，洪上了长达四千余字的揭帖，总的基调是不赞成进兵缅甸，可以说分析得很透彻，种种困难都提到，连朝中许多大臣都支持洪承畴的建议。但顺治帝经过考虑再三，还是不顾巨额兵费的压力，咬紧牙关毅然同意平西王吴三桂的建议，于顺治十七年八月十八日，授领侍卫内大臣，一等公爱星阿为定西将军，率八旗军，会同平西王吴三桂前往中缅边境进攻李定国，可惜的是顺治帝没有看到自己正确的决定的胜利便因疾而逝。
顺治帝在极力对付西南战场的同时，也在东南战场大费苦心。
正在西南战事吃紧之时，郑成功起兵于海上，树起反清复明的大旗。
郑成功，本名郑森，字明俨，出生于日本，其父郑芝龙本为福建、广东一带沿海大盗，海商聚众数万，后被明福建巡抚熊文灿招降，顺治元年八月，因扶植明唐王朱聿键建立政权，被封为平国公，掌军政大权。
清军进攻福建时，遣密使招降郑芝龙，许授三省总督，郑芝龙不顾郑成功等人反对，降清，清军遂亡隆武政权。郑成功率余部袭金门厦门，以此作为抗清基地，并于顺治九年攻取闽粤军事重镇漳州。
顺治帝闻报大惊，于第二年下敕书，封郑成功为海澄公，劝其降清，并撤出平南将军固山额真金励八旗兵，以示诚意。而且，顺治帝还命人打造海澄公大印，携带其父郑芝龙手书前往郑成功处劝降。郑成功也因清军势大，将计就计，提出割让三省。
顺治帝尽管对郑成功提出的条件大为恼火，但考虑到郑成功远离中原，地势险要，征剿困难等一系列原因，仍许诺以漳、泉、惠、潮四府及所属领海归郑成功，其旧部仍归郑统领，但郑成功没有受高官厚禄的引诱，仍派兵进攻清地。不久便连克瓜州镇江、大军直抵南京城下。
消息传到北京，顺治惊怒交加，急忙召集诸王、大臣议事，宣布要御驾亲征。因为南京如果丢失，江南半壁江山即将不保，清政府赖以维生的财政支柱便断，那将意味着顺治可能很快被赶出北京。一时间京城内外一片恐慌，纷纷做好逃跑的准备。
也可能是天佑清廷，就在马上摘到胜利果实之时，郑成功却犯了军事上的错误，在数十倍于清军的绝对优势下惨败于江宁（南京）。
本来郑成功克瓜州、镇江，距南京只有百余里，不过一日行程。但郑却因接连胜利生骄傲之心，于六月二十三日取镇江后大阅士卒，意在示威扬名。而此时守在南京城中，只有区区六千人马的江南总督郎廷佐却迎来了从贵州凯旋而归的梅勒章京马尔赛等四千余八旗劲旅，但即便是此时，南京城中一万人马也难以抵挡郑十余万兵马的进攻。然而郑成功却没有听从属下劝说，由陆路兼程，而是舟行水路，轻信郎廷佐派来诈降之人，在谒明太祖陵后，大赏军卒，营中大摆酒宴，致使军伍不整。即便是在两军对垒时，也没有允许众将的请战，迟迟不发动总攻，错过战机。结果被清军奋力冲杀而溃不成军，遂撤兵厦门，转攻台湾，收复了被荷兰侵占三十八年之久的台湾、澎湖。
郑成功因轻敌而惨败于南京，顺治帝终于达到了巩固闽粤海防的目的，为以后的康乾盛世奠定了基础。
在连年征战的过程中，顺治帝还得抽出时间和精力应付来自朝廷内部的争斗。
随着清王朝统一中原，更多的汉族降臣在清政府中起着举足轻重的作用，随之而来的便是要求提高汉族官员的职权的呼声越来越高，这势必会冲击满清贵族的权力。在清入关前以及多尔衮摄政期间，遵循“首崇满洲、满汉一家的策略”，清政府的议政王、六部尚书，侍郎八旗都统及护军统领都是满洲开国元勋及其子弟。但随着清政府统一中国的进程，汉族的能臣名士进入朝中参政，其地位也显得越来越重要，仅以顺治委任洪承畴经略五省军政就可见一斑。
顺治亲政后，虽仍遵循“首崇满洲”的宗旨，但明末旧臣，江南名士却逐渐在朝中占据重要位置，倾心汉化的顺治一面提拔许多能臣名士入阁拜相，一面扩大开科取士，重用恩科进士，使汉族官员改变了有职无权、有能无官的境遇，汉官终于可以和满洲官员分庭抗礼。汉官境遇的变化，在顺治是否亲迎达赖中可为佐证。
1652年（顺治九年），达赖入京朝见顺治，请求在代噶（即代海之滨，今呼和浩特市东南）地方朝见，顺治谕告同意亲迎至代噶，后在廷议到底是否亲迎时，满汉臣僚对立相争。
最初，顺治帝与满洲议政王、贝勒、大臣满洲大学士、尚书主张亲迎。理由是：请达赖入京，不亲迎恐怕于理不合；达赖是喇嘛教宗教领袖，深在满清后方的喀尔喀蒙古诸部都崇信达赖喇嘛，不亲迎恐怕喀尔喀诸部不来归顺。但在廷议时，汉官大学士、九卿、科道六十余人主张遣人代迎，这在入关后廷议时惟满臣马首是瞻的情况下是第一次与诸议政王、贝勒及满洲大学士针锋相对，更何况是在顺治帝已经下诏的情况下，双方争执不下，顺治遂于廷议后第八天下谕准备亲迎。就在大局已定但此行又欠妥当的情况下，大学士洪承畴、陈之遴上了谏阻亲迎奏折。
奏折中，二人分析当时的局势：时值大西军李定国围困孔有德，逼其自杀，华南局势未卜，京城内外谣言四起，如果顺治离京，势必引起民心动荡。分析局势后，二人共同认为皇帝是天下共主，达赖只不过是宗教领袖，如果亲迎必有损尊严，遣亲王或大臣去代迎，也足见优待之意。
奏折递上去的当天，顺治帝即下诏停止亲迎，随即遣和硕承泽亲王硕塞代迎达赖。
清王朝入主中原后，顺治帝年少亲政，除在军事、政治上显示出其才华外，在与周边藩属和沙皇俄国的联系中，其政治手腕也颇值称道。
1656年（顺治十三年），世祖福临采取了有清以来罕有的行动，派遣使臣分别到科尔沁等部，慰问漠南蒙古诸部亲王、郡王、贝勒、贝子等。在赐予诸部的教谕中，提出一项明确的国策，即满清世世为天子，蒙古世世为王”。将满蒙关系定格、继续、巩固和发展了太祖、太宗制定的满蒙联盟的基本国策。顺治将满蒙关系定格为君臣隶属关系，实际上是扩大了清王朝的版图，将蒙古作为清北部的屏障，对于抵御沙皇俄国的侵略，扩大满蒙汉的经济文化交流，安定清后方起着积极的作用，这同顺治赐给蒙古王公大量的赏赐不可而语。
针对远离清王朝的漠北蒙古，虽然其间打打杀杀较多，但世祖福临以强有力的军事作后盾靠诚意的安抚，终于使喀尔喀三部先后归顺、议和修好，停止了军事敌对行动，代之而来的是使臣的往来，贡市频繁，友好和睦，对于双方的安宁和经济交流起到了推进作用。
对于西南的西藏佛教黄派领袖达赖和班禅，顺治六年时，藏区行政领袖顾实汗即奏请清帝延请达赖入京诵法，摄政王多尔衮准奏，达赖遂定于顺治九年入京。
1652年（顺治九年），五世达赖阿旺罗桑嘉措启程进京朝见顺治帝。十二月到达代噶，顺治放弃先前亲迎之议，派和硕承泽亲王硕塞代迎。
十二月二十五日，达赖在北京南苑谒见顺治帝，福临赐宴，达赖进贡马匹方物，世祖福临命户部拔给达赖布施银九万两，安排达赖住于为其特别建造的黄寺。此后，世祖又多次宴请款待达赖，诸王亦依次设宴招待。
